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제14조(사업연도)
지방의료원의 사업연도는 지방자치단체의 일반회계의 회계연도에 따른다.

부칙 [2005.7.13 제7589호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 2월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (지방공사에 대한 경과조치) ①이 법 시행 당시 「지방공기업법」에 의하여 의료사업을 목적으로 설립한 지방공사는 지방의료원으로 본다.
②제1항의 규정에 의한 지방공사의 권리와 의무 및 재산은 지방의료원이 승계한다.
제3조 (조례 및 정관에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 부칙 제2조의 지방공사의 정관 및 「지방공기업법」에 의하여 제정된 조례는 이 법에 의한 정관 및 조례로 본다. 다만, 지방자치단체와 지방공사는 이 법 시행 후 6월 이내에 이 법에 의하여 조례 및 정관을 정비하고, 등기사항 변경 등 필요한 조치를 취하여야 한다.
제4조 (임·직원에 대한 경과조치) ①이 법 시행 당시 「지방공기업법」에 의하여 임명된 사장·감사 및 이사는 이 법의 규정에 의한 원장·감사 및 이사로 임명된 것으로 본다. 다만, 임기는 「지방공기업법」의 규정에 의한 잔임기간으로 한다.
②이 법 시행 당시 「지방공기업법」에 의하여 임명된 직원은 제12조의 규정에 의하여 임명된 직원으로 본다.
제5조 (위탁운영에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 위탁운영 중인 지방의료원에 대하여는 제26조제3항의 규정에 의하여 위탁운영된 것으로 본다.
제6조 (과태료 부과에 관한 적용례) 제29조제1항제1호의 규정에 의한 과태료 부과는 이 법 시행 후 최초로 위반행위를 한 자부터 적용한다.
제7조 (다른 법률의 개정) 지방공기업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제9호를 삭제한다.

부칙 [2007.4.11 제8366호(의료법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제19조 생략
제20조(다른 법률의 개정) ① 및 ⑬ 생략
⑭지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조 중 “제49조의2”를 “제62조”로 한다.
⑮ 내지 <17> 생략
제21조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <491> 까지 생략
<492> 지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제7호, 제10조제4항 및 제5항, 제16조, 제20조제1항, 제21조제1항 본문 및 단서, 제3항 및 제4항, 제22조제1항 및 제2항, 제23조제2항, 제26조제1항 및 제3항, 제29조제2항부터 제4항까지 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제8조제4항, 제20조제2항제3호, 제21조제5항 및 제24조 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제29조제2항 중 "보건복지부"를 "보건복지가족부"로 한다.
<493> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.12.29 제9847호(감염병의 예방 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ① 부터 <21> 까지 생략
<22> 지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제2호 중 “전염병”을 “감염병”으로 한다.
<23> 부터 <30> 까지 생략
제22조 생략

부 칙[2010.1.18 제9932호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <111> 까지 생략
<112> 지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제7호, 제10조제4항ㆍ제5항, 제16조, 제20조제1항, 제21조제1항 본문 및 단서ㆍ제3항ㆍ제4항, 제22조제1항 각 호 외의 부분ㆍ제2항, 제23조제2항, 제26조제1항ㆍ제3항 및 제29조제2항 단서ㆍ제3항ㆍ제4항 중 “보건복지가족부장관”을 각각 “보건복지부장관”으로 한다.
제8조제4항 각 호 외의 부분, 제20조제2항제3호, 제21조제5항 및 제24조 중 “보건복지가족부령”을 각각 “보건복지부령”으로 한다.
제29조제2항 단서 중 “보건복지가족부”를 “보건복지부”로 한다.
<113> 부터 <137> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2012.2.1 제11254호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.8.13 제12072호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(보건복지부장관과의 협의 등에 관한 적용례) ① 제4조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 설립 또는 통합하거나 분원을 두는 지방의료원부터 적용한다.
② 제4조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 같은 개정규정 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 발생한 지방의료원부터 각각 적용한다.
제3조(지방의료원의 폐업 등에 관한 적용례) ① 제20조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 「의료법」 제40조에 따라 폐업하는 지방의료원부터 적용한다.
② 제20조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 해산하는 지방의료원부터 적용한다.

부 칙[2015.1.28 제13111호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(업무 상황 등의 공시 및 통합공시에 관한 준비행위) 보건복지부장관 또는 원장은 이 법 시행 전에 제24조 및 제24조의2의 개정규정에 따른 업무 상황 등의 공시 및 통합공시를 시행하기 위하여 필요한 조치를 할 수 있다.
제3조(이사의 구성에 관한 적용례) 제8조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 이사를 임명하는 경우부터 적용한다.
제4조(지방의료원의 규정에 관한 적용례) 제13조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 지방의료원의 예산상의 조치를 수반하는 규정의 제정·개정에 대하여 이사회가 의결하는 경우부터 적용한다.
제5조(운영진단에 관한 적용례) 제22조제1항의 개정규정은 이 법 시행 전에 실시한 운영평가(운영진단의 착수 시기가 지나지 아니한 경우로 한정한다)나 제21조제3항에 따라 지방자치단체의 장이 제출한 운영평가 결과보고의 서류 등을 분석하는 경우(운영진단의 착수 시기가 지나지 아니한 경우로 한정한다)에도 적용한다.
제6조(원장과의 계약 등에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 제10조의2제1항제1호의 개정규정에 따른 계약을 체결하지 아니한 지방자치단체의 장은 제10조의2제2항제1호의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 후 1개월 이내에 원장과 해당 계약을 체결하여야 한다. 다만, 원장의 남은 임기가 1년 미만인 경우에는 계약을 체결하지 아니할 수 있다.
② 이 법 시행 당시 제10조의2제1항제2호의 개정규정에 따른 계약을 체결하지 아니한 지방자치단체의 장은 제10조의2제2항제2호의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행 후 1개월 이내에 원장과 해당 계약을 체결하여야 한다. 다만, 원장의 남은 임기가 6개월 미만인 경우에는 계약을 체결하지 아니할 수 있다.
제7조(원장의 임명 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 임명된 원장은 제8조의 개정규정에 따라 임명된 원장으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 제8조제3항에 따라 이사의 임명과 관련하여 임원추천위원회의 추천절차가 진행 중인 사람은 제8조제3항 단서의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제8조(이사 및 감사의 연임 기간 제한에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제8조제7항에 따라 연임하고 있는 이사 및 감사에 대해서는 제8조의2제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제9조(종전 후임 임원의 임기에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제8조제8항에 따라 임명된 임원의 임기는 제8조의2제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제10조(사업계획서 등의 제출에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 전에 종전의 제16조에 따라 보건복지부장관 및 지방자치단체의 장에게 제출된 지방의료원의 사업계획서 및 예산서는 제16조제1항의 개정규정에 따라 이사회의 의결을 거쳐 지방자치단체의 장에게 승인을 받은 사업계획서 및 예산서로 본다.
② 지방자치단체의 장은 제16조제3항의 개정규정에도 불구하고 제1항에 따라 지방자치단체의 장에게 승인을 받은 것으로 보는 사업계획서 및 예산서를 보건복지부장관에게 제출하지 아니한다.

부 칙[2016.2.3 제14008호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조제1항제7호의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.