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제29조(감독관청 등)
①국무총리는 연구기관 및 연구회의 감독관청이 된다.
②삭제 [2004.9.23]
③국무총리는 연구회의 제19조의 규정에 의한 연구기관에 대한 지도·관리 및 제21조의 사업 등에 대하여 평가하고 그 평가결과를 기획예산처장관에게 통보한다. [개정 2000.12.30, 2004.9.23, 2005.5.31] [[시행일 2005.7.1]]
④국무총리는 제3항의 규정에 의한 평가결과를 국회 소관 상임위원회에 보고하여야 한다. [신설 2005.5.31] [[시행일 2005.7.1]]

부 칙[1999. 1.29 제5733호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (연구회의 설립준비) ①국무총리는 이 법 시행전에 설립위원을 위촉하여 연구회의 설립에 관한 사무를 처리하게 하여야 한다.
②설립위원은 연구회의 정관을 작성하여 국무총리의 인가를 받아야 한다.
③설립당시 연구회의 이사(당연직이사를 제외한다)는 산업계·연구계·학계 등의 추천으로 국무총리가 임명한다.
④설립당시 연구회의 이사장은 제3항의 규정에 의한 연구회 이사 및 당연직이사의 추천으로 국무총리가 임명한다.
⑤설립위원은 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 연명으로 연구회의 설립등기를 한 후 이사장에게 사무를 인계하여야 한다.
⑥설립위원은 제5항의 규정에 의한 사무인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.
제3조 (연구회 이사의 임기에 관한 특례) ①제23조제5항의 규정에 불구하고 설립당시 연구회의 이사(이사장을 제외한다)의 임기는 각각 1년·2년 또는 3년으로 하되, 그 임기가 1년·2년 또는 3년인 이사의 수가 균등하게 되도록 하여야 한다.
②제1항의 규정에 의하여 이사의 임기를 정함에 있어서 필요한 사항은 연구회의 정관으로 정한다.
제4조 (다른 법률의 폐지) 다음 각호의 법률은 이를 폐지한다.
1. 한국개발연구원법
2. 한국조세연구원법
3. 대외경제정책연구원법
4. 민족통일연구원법
5. 한국형사정책연구원법
6. 한국행정연구원법
7. 한국교육개발원육성법
8. 한국교육과정평가원법
9. 한국농촌경제연구원육성법
10. 산업연구원법
11. 에너지경제연구원법
12. 정보통신정책연구원법
13. 한국보건사회연구원법
14. 한국노동연구원법
15. 한국직업능력개발원법
16. 국토개발연구원육성법
17. 한국해양수산개발원법
18. 한국법제연구원법
19. 한국여성개발원법
20. 산업기술정보원법
21. 한국한의학연구원법
22. 한국식품개발연구원육성법
제5조 (다른 법률의 개정) ①국민건강증진법중 다음과 같이 개정한다. 제14조중 "한국보건사회연구원법"을
"정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률"로 한다.
②자격기본법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제5항중 "한국직업능력개발원법"을
"정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률"로 한다.
③국가기술자격법중 다음과 같이 개정한다. 제14조의2중 "한국직업능력개발원장"을
"정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의하여 설립된 한국직업능력개발원의 원장"으로 한다.
④직업교육훈련촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제21조제2항중 "한국직업능력개발원법"을
"정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률"로 한다.
⑤한국컨테이너부두공단법중 다음과 같이 개정한다. 제23조제2항을 삭제하고, 동조제3항중 "제1항의 규정에 의한 출자 및 제2항의 규정에 의한 출연"을 "제1항의 규정에 의한 출자"로 한다.
⑥여성발전기본법중 다음과 같이 개정한다. 제12조를 삭제한다.
제35조중 "개발원 또는 여성단체"를 "여성단체 또는 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관 한법률에 의하여 설립된 한국여성개발원"으로 한다.
⑦공업및에너지기술기반조성에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제5조제2항제6호중 "제15조의 규정에 의한 생산기술연구원"을 "정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의하여 설립된 한국생산기술연구원"으로 하고, 동항제7호를 다음과 같이 한다. 7. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관 한법률에 의하여 설립된 산업기술정보원
제15조 내지 제17조를 각각 삭제한다.
⑧공업발전법중 다음과 같이 개정한다.
제11조제3호중 "공업및에너지기술기반조성에관한법률 제15조의 규정에 의한 생산기술연구원"을 "정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의하여 설립된 한국생산기술연구원"으로 한다.
제13조제1항제5호 및 제7호를 각각 다음과 같이 한다. 5. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관 한법률에 의하여 설립된 한국생산기술연구원 및 공업및에너지기술기반조성에관한법률 제18조의 규정에 의한 민간생산기술연구소
7. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관 한법률에 의하여 설립된 산업기술정보원
⑨중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제5조의3제1항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관 한법률에 의하여 설립된 한국생산기술연구원
⑩협동연구개발촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제2조제4호중 "공업및에너지기술기반조성에관한법률에 의한 생산기술연구원 및 연구소(이하 "생산기술연구원등"이라 한다)"를 "정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의한 한국생산기술연구원 및 공업및에너지기술기반조성에관한법률에 의한 연구소(이하 "생산기술연구원등"이라 한다)"로 한다.
제13조제1항중 "생산기술연구원등"을 "생산기술연구원등"으로 한다.
⑪환경친화적산업구조로의전환촉진에관한법 률중 다음과 같이 개정한다. 제6조제2항제5호를 다음과 같이 한다.
5. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관 한법률에 의하여 설립된 한국생산기술연구원 및 공업및에너지기술기반조성에관한법률에 의한 민간생산기술연구소
⑫청소년기본법중 다음과 같이 개정한다.
제7장의 제목 "한국청소년개발원·한국청소년상담원등" 을 "한국청소년상담원등"으로 한다.
제50조 내지 제56조를 각각 삭제한다.
제57조에 제2항 및 제3항을 각각 다음과 같이 신설한다. ②상담원은 법인으로 하고, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
③상담원은 필요한 경우에 정관이 정하는 바에 의하여 분원을 둘 수 있다. 제57조의2를 다음과 같이 신설한다.
제57조의2 (정관) ①상담원의 정관에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다. 1. 목적
2. 명칭
3. 주된 사무소의 소재지
4. 사업에 관한 사항
5. 임원 및 직원에 관한 사항
6. 이사회에 관한 사항
7. 재산 및 회계에 관한 사항
8. 공고에 관한 사항
9. 정관의 변경에 관한 사항
②상담원의 정관을 변경하고자 하는 때에는 문화관광부장관의 인가를 받아야 한다. 제59조의2 및 제59조의3을 각각 다음과 같이 신설한다. 제59조의2 (출연금 등) ①정부는 예산의 범위안에서 상담원의 사업 및 운영에 소요되는 경비를 지원할 수 있다.
②개인·법인 또는 단체는 상담원의 운영 또는 사업등을 지원하기 위하여 금전 기타 재산을 출연할 수 있다.
제59조의3 (사업계획서 등의 제출) ①상담원은 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업계획서 및 예산서를 작성하여 사업연도 개시전까지 문화관광부장관에게 제출하여야 한다.
②상담원은 사업연도마다 세입·세출결산서를 작성하여 문화관광부장관이 지정하는 공인회계사의 감사를 받아 다음 사업연도의 3월 20일까지 문화관광부장관에게 제출하여야 한다.
제60조를 다음과 같이 한다.
제60조 (민법의 준용) 상담원에 관하여 이 법에 규정한 것을 제외하고는 민법중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.
제65조제2항중 "제50조의 규정에 의한 개발원"을 "정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의하여 설립된 한국청소년개발원"으로 한다.
제68조제1항중 "개발원·상담원"을
"정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의하여 설립된 한국청소년개발원, 상담원"으로 하고, 동조제2항중 "개발원 및 상담원"을 "정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의하여 설립된 한국청소년개발원과 상담원"으로 한다.
제69조제1항중 "청소년단체·개발원"을 "청소년단체"로 한다. 제71조중 "협의회·개발원"을 "협의회"로,
"한국청소년단체협의회·한국청소년개발원 "을 "한국청소년단체협의회"로 한다.
⑬도시교통정비촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제19조의2 본문중 "제24조의 규정에 의한 교통개발연구원"을 "정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의한 교통개발연구원"으로 한다.
제24조 내지 제34조를 각각 삭제한다.
제35조중 "평가기관 및 연구원"을 "평가기관"으로 한다. 제37조제2항을 삭제한다.
⑭전기통신기본법중 다음과 같이 개정한다. 제15조의2를 삭제한다.
제53조제1항제1호를 삭제한다.
⑮건설기술관리법중 다음과 같이 개정한다. 제2장제1절(제7조 내지 제14조)을 삭제한다. 제16조제1항중 "연구원, 건설기술"을 "건설기술"로 한다. 제37조의3중 "연구원 또는 협회"를 "협회"로, "한국건설기술연구원· 건설감리협회"를 "건설감리협회"로 한다.
제39조제2항중 "연구원·협회"를 "협회"로 한다. 제43조제1항제9호중 "한국건설기술연구원·건설감리협회"를 "건설감리협회"로 한다.
[16]국유철도의운영에관한특례법중 다음과 같이 개정한다. 제33조 내지 제43조를 각각 삭제한다.
[17]계량및측정에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제4조를 삭제한다.
제50조제2항중 "연구원"을 "정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의하여 설립된 한국표준과학연구원"으로 한다. 제57조중 "연구원, 특정연구기관육성법"을 "특정연구기관육성법"으로 한다.
[18]기초과학연구진흥법중 다음과 같이 개정한다. 제6조제1항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관 한법률에 의하여 설립된 한국생산기술연구원 및 공업및에너지기술기반조성에관한법률 제18조의 규정에 의한 민간생산기술연구소
제11조를 삭제한다.
[19]민·군겸용기술사업촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제7조제2항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관 한법률에 의하여 설립된 한국생산기술연구원 및 공업및에너지기술기반조성에관한법률 제18조의 규정에 의한 민간생산기술연구소
[20]환경영향평가법중 다음과 같이 개정한다. 제17조제2항 및 제26조의2제1항중 "제29조의2의 규정에 의한 한국환경정책· 평가연구원"을 각각 "정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의하여 설립된 한국환경정책·평가연구원"으로 한다. 제29조의2를 삭제한다.
[21]항공우주산업개발촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제17조를 삭제한다.
제19조제2항중 "제17조의 규정에 의한 연구기관"을 "정부출연연구기관등의설립·운영및육성에 관한법률에 의하여 설립된 한국항공우주연구소"로 한다.
제6조 (권리·의무의 승계 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 다음 표의 좌란에 규정된 연구기관은 우란에 규정된 이 법에 의하여 설립된 연구기관으로 본다.

┌───────────────────────┬────────────┐
│ 한국개발연구원법에 의한 한국개발연구원       │ 한국개발연구원         │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국조세연구원법에 의한 한국조세연구원       │ 한국조세연구원         │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 대외경제정책연구원법에 의한                  │ 대외경제정책연구원     │
│ 대외경제정책연구원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 민족통일연구원법에 의한 민족통일연구원       │ 통일연구원             │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국형사정책연구원법에 의한                  │ 한국형사정책연구원     │
│ 한국형사정책연구원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국행정연구원법에 의한 한국행정연구원       │ 한국행정연구원         │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국교육과정평가원법에 의한                  │ 한국교육과정평가원     │
│ 한국교육과정평가원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 산업연구원법에 의한 산업연구원               │ 산업연구원             │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 에너지경제연구원법에 의한 에너지경제연구원   │ 에너지경제연구원       │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 정보통신정책연구원법에 의한                  │ 정보통신정책연구원     │
│ 정보통신정책연구원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국보건사회연구원법에 의한                  │ 한국보건사회연구원     │
│ 한국보건사회연구원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국노동연구원법에 의한 한국노동연구원       │ 한국노동연구원         │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국직업능력개발원법에 의한                  │ 한국직업능력개발원     │
│ 한국직업능력개발원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국해양수산개발원법에 의한                  │ 한국해양수산개발원     │
│ 한국해양수산개발원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국법제연구원법에 의한 한국법제연구원       │ 한국법제연구원         │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국여성개발원법에 의한 한국여성개발원       │ 한국여성개발원         │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 산업기술정보원법에 의한 산업기술정보원       │ 산업기술정보원         │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 한국한의학연구원법에 의한 한국한의학연구원   │ 한국한의학연구원       │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 청소년기본법 제50조의 규정에 의한            │ 한국청소년개발원       │
│ 한국청소년개발원                             │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 도시교통정비촉진법 제24조의 규정에 의한      │ 교통개발연구원         │
│ 교통개발연구원                               │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 공업및에너지기술기반조성에관한법률 제15조의  │ 한국생산기술연구원     │
│ 규정에 의한 한국생산기술연구원               │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 전기통신기본법 제15조의2의 규정에 의한       │ 한국전자통신연구원     │
│ 한국전자통신연구원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 건설기술관리법 제7조의 규정에 의한           │ 한국건설기술연구원     │
│ 한국건설기술연구원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 국유철도의운영에관한특례법 제33조의 규정에   │ 한국철도기술연구원     │
│ 의한 한국철도기술연구원                      │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 계량및측정에관한법률 제4조의 규정에 의한     │ 한국표준과학연구원     │
│ 한국표준과학연구원                           │                        │
├───────────────────────┼────────────┤
│ 환경영향평가법 제29조의2의 규정에 의한       │ 한국환경정책·평가연구 │
│ 한국환경정책·평가연구원                     │ 원                     │
└───────────────────────┴────────────┘

②이 법 시행당시 다음 표의 좌란에 규정된 연구기관(이하 이 항에서 "종전기관"이라 한다)은 그 이사회의 의결에 의하여 그 모든 권리와 의무를 우란에 규정된 이 법에 의하여 설립된 연구기관(이하 이 항에서 "신설기관"이라 한다)이 승계하도록 국무총리에게 승인을 요청할 수 있고, 국무총리의 승인을 얻은 때에는 신설기관의 설립과 동시에 민법중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 보며, 종전기관에 속하였던 모든 권리와 의무는 신설기관이 이를 승계한다.

┌─────────────────┬──────────────────┐
│ 한국교육개발원                   │ 한국교육개발원                     │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국농촌경제연구원               │ 한국농촌경제연구원                 │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 국토개발연구원                   │ 국토연구원                         │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국식품개발연구원               │ 한국식품개발연구원                 │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국해양연구소                   │ 한국해양연구소                     │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국과학기술연구원               │ 한국과학기술연구원                 │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국자원연구소                   │ 한국자원연구소                     │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국기계연구원                   │ 한국기계연구원                     │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국항공우주연구소               │ 한국항공우주연구소                 │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국에너지기술연구소             │ 한국에너지기술연구소               │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국전기연구소                   │ 한국전기연구소                     │
├─────────────────┼──────────────────┤
│ 한국화학연구소                   │ 한국화학연구소                     │
└─────────────────┴──────────────────┘

③이 법 시행당시 제1항 및 제2항의 표의 좌란에 규정된 연구기관(이하 "종전기관"이라 한다)의 등기부 기타 공부상의 명의는 이를 각각 같은 표의 우란에 규정된 이 법에 의한 연구기관(이하 "신설기관"이라 한다)의 명의로 본다. 다만, 한국생산기술연구원의 경우에는 종전의 공업및에너지기술기반조성에관한법률 제15조제4항제1호의 규정에 의한 사업과 관련된 등기부 기타 공부상의 명의를 이 법에의한 한국생산기술연구원의 명의로 본다.
제7조 (임원에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전기관의 장 및 감사는 제12조의 규정에 의하여 원장 및 감사가 임명될 때까지 신설기관의 원장 및 감사로 본다. 다만,종전의 규정에 의한 잔임기간을 초과하지 못한다.
②이 법 시행당시 종전기관의 이사는 이 법 시행과 동시에 해임된 것으로 본다.
제8조 (회계 등에 관한 경과조치) ①종전기관의 설립당시 정부의 재산이 아닌 재산으로서 정부의 승인에 의하여 동 연구기관에 출연되고 이 법 시행당시 구분계리되고 있는 재산은 이를 다른 계정과 구분하여 계리하여야 한다.
②제1항의 규정에 의하여 구분계리되는 재산이 있는 신설기관이 제17조의 규정에 의하여 해산되거나, 그 기능의 일부가 폐지되는 경우 당해 기능의 수행을 위한 재산은민법 제32조의 규정에 의하여 설립되고 그와 유사한 기능을 수행하는 법인에 귀속시킬수 있다.
제9조 (경제정보센터 및 국제대학원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 한국개발연구원법 제3조제3항 및 제4항의 규정에 의하여 한국개발연구원에 설치된 경제정보센터와 국제대학원은 이를 각각 이 법에 의한 한국개발연구원에 설치된 경제정보센터 및 국제대학원으로 본다.
제10조 (벌칙에 관한 경과조치) 부칙 제4조 및 부칙 제5조의 규정에 의하여 폐지 또는개정되는 법률에서 정한 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙(과태료를 포함한다)의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제11조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전기관을 인용하고 있는 경우에는 그에 갈음하여 신설기관을 각각 인용한 것으로 본다.

부 칙[1999. 5.24 제5982호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조제71항은 1999년 7월 1일부터, 동조제72항중 제90조제4항제5호의 개정에 관한 사항은 1999년 8월 6일부터 각각 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑭생략
⑮정부출연연구기관등의설립ㆍ운영 및육성에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제28조제2항 및 제29조제3항 본문중 "예산청장"을 각각 "기획예산처장관"으로 한다.
<16> 내지 <78>생략
제4조 내지 제6조 생략

부 칙[2000.12.30 제6329호]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (권리·의무의 승계 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 산업기술정보원은 이 법에 의한 한국과학기술정보연구원으로 본다.
②이 법 시행당시 연구개발정보센터는 제17조 및 민법중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 보며, 연구개발정보센터에 속하였던 모든 권리와 의무는 한국과학기술정보연구원이 이를 승계한다.
③이 법 시행당시 연구개발정보센터의 직원은 한국과학기술정보연구원의 직원으로 본다.
④이 법 시행당시 연구개발정보센터의 등기부 기타 공부상의 명의는 이를 이 법에 의한 한국과학기술정보연구원의 명의로 본다.
제3조 (연구기관 명칭변경에 따른 경과조치) 이 법 시행당시 다음 표의 좌란에 기재된 연구기관은 이를 각각 같은 표의 우란에 기재된 연구기관으로 본다.

┌──────────────────┬─────────────────┐
│한국해양연구소                      │한국해양연구원                    │
├──────────────────┼─────────────────┤
│한국자원연구소                      │한국지질자원연구원                │
├──────────────────┼─────────────────┤
│한국항공우주연구소                  │한국항공우주연구원                │
├──────────────────┼─────────────────┤
│한국에너지기술연구소                │한국에너지기술연구원              │
├──────────────────┼─────────────────┤
│한국전기연구소                      │한국전기연구원                    │
├──────────────────┼─────────────────┤
│한국화학연구소                      │한국화학연구원                    │
├──────────────────┼─────────────────┤
│기초과학지원연구소                  │한국기초과학지원연구원            │
├──────────────────┼─────────────────┤
│생명공학연구소                      │한국생명공학연구원                │
└──────────────────┴────────────────┘

제4조 (다른 법률의 개정) ①산업기술기반조성에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제5조제2항제7호중 "산업기술정보원"을 "한국과학기술정보연구원"으로 한다.
②산업발전법중 다음과 같이 개정한다.
제24조제1항제7호를 다음과 같이 한다.
7. 정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관 한법률에 의한 한국과학기술정보연구원
③항공우주산업개발촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제19조제2항중 "한국항공우주연구소"를 "한국항공우주연구원"으로 한다.
④과학기술혁신을위한특별법중 다음과 같이 개정한다. 제4조제2항제5호중 "평가와 발전방안"을 "발전방안"으로 한다.
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 다음 표의 좌란에 규정된 연구기관을 인용하고 있는 경우에는 그에 갈음하여 우란에 규정된 연구기관을 각각 인용한 것으로 본다.

┌───────────────────┬────────────────┐
│산업기술정보원 또는 연구개발정보센터  │한국과학기술정보연구원          │
├───────────────────┼────────────────┤
│한국해양연구소                        │한국해양연구원                  │
├───────────────────┼────────────────┤
│한국자원연구소                        │한국지질자원연구원              │
├───────────────────┼────────────────┤
│한국항공우주연구소                    │한국항공우주연구원              │
├───────────────────┼────────────────┤
│한국에너지기술연구소                  │한국에너지기술연구원            │
├───────────────────┼────────────────┤
│한국전기연구소                        │한국전기연구원                  │
├───────────────────┼────────────────┤
│한국화학연구소                        │한국화학연구원                  │
├───────────────────┼────────────────┤
│기초과학지원연구소                    │한국기초과학지원연구원          │
├───────────────────┼────────────────┤
│생명공학연구소                        │한국생명공학연구원              │
└───────────────────┴────────────────┘

부 칙[2001. 1.16 제6353호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①정부출연연구기관등의설립ㆍ운영 및육성에관한 법률중 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항 후단중 "과학기술혁신을위한특별법 제4조"를 "과학기술기본법 제9조"로 한다.
② 내지 ⑬생략
제5조 생략

부 칙[2002.12.18 제6790호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.9.23. 법률 제7219호(과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 과학기술분야 연구기관의 설립에 관하여는 따로 법률로 정한다.
제8조의2를 삭제한다.
제13조제2항 후단을 삭제한다.
제18조제1항제3호 내지 제5호를 각각 삭제한다.
제29조제2항을 삭제한다.
제29조제3항중 “경제사회연구회 및 인문사회연구회의 경우에는 기획예산처장관에게, 기초기술연구회·산업기술연구회 및 공공기술연구회의 경우에는 국가과학기술위원회 및 기획예산처장관에게 각각 통보한다”를 “기획예산처장관에게 통보한다”로 한다.
제30조제2항중 “경제사회연구회·인문사회연구회·기초기술연구회·산업기술연구회 또는 공공기술연구회”를 “경제사회연구회 또는 인문사회연구회”로 한다.
별표중 제17호, 제18호, 제21호 내지 제25호, 제30호 내지 제38호, 제40호 내지 제42호를 각각 삭제한다.
② 내지 [20] 생략

부칙 [2005.5.31 제7573호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (결산 승인 및 평가결과 보고에 관한 적용례) 제15조제1항·제3항, 제24조제2항제1호, 제28조제3항 및 제29조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 2005년도를 대상으로 한 연구회 및 연구기관의 결산 및 평가 분부터 적용한다.
제3조 (연구회의 설립준비) ①국무총리는 이 법 시행 전에 설립위원을 위촉하여 연구회의 설립에 관한 사무를 처리하게 하여야 한다.
②설립위원은 연구회의 정관을 작성하여 국무총리의 인가를 받아야 한다.
③설립 당시 연구회의 이사장은 제23조의 규정에 불구하고 이 법 시행 전의 경제사회연구회 또는 인문사회연구회 이사장 중에서 국무총리가 지명하는 자로 하되, 임기는 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의한 잔여임기로 한다.
④설립 당시 연구회의 이사(당연직 이사를 제외한다)는 제23조의 규정에 불구하고 설립위원으로 구성하는 설립위원회의 추천으로 국무총리가 임명한다.
⑤설립위원은 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체 없이연명으로 연구회의 설립등기를 한 후 제3항의 규정에 의한 이사장에게 사무를 인계하여야 한다.
⑥설립위원은 제5항의 규정에 의한 사무인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.
제4조 (연구회 이사의 임기에 관한 특례) ①제23조제5항의 규정에 불구하고 설립 당시 연구회의 이사(이사장과 당연직 이사를 제외한다)의 임기는 각 이사별로 1년·2년 또는 3년으로 달리 정하여야 한다.
②제1항의 규정에 의하여 임기를 정함에 있어서 필요한 사항은 연구회의 정관으로 정한다.
제5조 (권리·의무의 승계 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 경제사회연구회와 인문사회연구회는 「민법」중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 보며, 경제사회연구회와 인문사회연구회의 모든 권리와 의무는 제18조제1항의 개정규정에 따라 설립되는 경제·인문사회연구회가 이를 승계한다.
②이 법 시행 당시 경제사회연구회와 인문사회연구회의 등기부 그 밖의 공부상의 명의는 이를 제18조제1항의 개정규정에 따라 설립되는 경제·인문사회연구회의 명의로 본다.
제6조 (연구기관 명칭변경에 따른 경과조치) 이 법 시행 당시 교통개발연구원은 한국교통연구원으로 본다.
제7조 (다른 법률의 개정) 환경·교통·재해등에관한영향평가법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제34조제1항 각호 외의 부분중 "교통개발연구원"을 "한국교통연구원"으로 한다.
제8조 (다른 법령과의 관계) ①이 법 시행 당시 다른 법령에서 경제사회연구회 또는 인문사회연구회를 인용하고 있는 경우에는 그 규정에 갈음하여 제18조제1항의 개정규정에 따라 설립되는 경제·인문사회연구회를 인용한 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 다른 법령에서 교통개발연구원을 인용하고 있는 경우에는 그 규정에 갈음하여 한국교통연구원을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2007.5.11 제8432호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) 청소년기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제53조제3항 중 “「정부출연연구기관 등의 설립· 운영 및 육성에 관한 법률」에 의하여 설립된 한국청소년개발원(이하 “청소년개발원”이라 한다)”을 “「정부출연연구기관 등의 설립· 운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국청소년정책연구원(이하 “청소년정책연구원”이라 한다)”으로 한다.
제58조제1항 내지 제3항 중 “청소년개발원”을 각각 “청소년정책연구원”으로 한다.
제3조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 한국여성개발원을 인용한 경우에는 한국여성정책연구원을, 한국청소년개발원을 인용한 경우에는 한국청소년정책연구원을 각각 인용한 것으로 본다.