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제35조(원장 등)
①국립재활원에 원장 1인을 두되, 원장은 고위공무원단에 속하는 계약직공무원으로 보하고, 그 직위의 직무등급은 다등급으로 한다.
②국립재활원에 제1항에 따른 원장 외에 고위공무원단에 속하는 공무원으로 보하는 직위 1개를 두되, 그 직위의 직무등급은 「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률」 제10조에 따른 기본운영규정에 표시한다.
[전문개정 2006.8.1]
[본조제목개정 2006.8.1]

부칙 [1998.2.28 제61호]
①(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
②(교수의 임명자격에 관한 경과조치) 국립사회복지연수원의 교수의 임명자격과 관련하여 제26조의 규정에 의한 "고등교육법 제16조 "는 1998년 2월 28일까지 "교육법 제79조제3항"을 인용한 것으로 본다.

부칙 [1998.9.23 제76호]
①(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
②생략

부칙 [1998.12.31 제91호]
이 규칙은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제19조의 개정규정은 1998년 12월 31일부터 시행한다.

부칙 [1999.5.24 제112호]
①(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
②(정원에 관한 적용례) 보건복지부소속기관에 두는 공무원의 정원에 관하여 1999년 12월 30일까지는 별표 3중 총계는 "752"로, 기 능직 계는 "239"로, 기능7급은 "1"로, 기능8급은 "1"로, 기능9급은 "13"으로, 기능10급은 "224"로 하고, 별표 4중 총계는 "175"로, 기 능직 계는 "24"로, 기능9급은 "3"으로, 기능10급은 "21"로 하며, 별표 6중총계는 "1,098"로, 기능직 계는 "545"로, 기능7급은 "4"로, 기능8급은 "1"로, 기능9급은 "49"로, 기능10급은 "491"로 하고, 별표 7중 총계는 "196"으로, 기능직 계는 "124"로, 기능8급은 "2"로, 기능9급은 "11"로, 기능10급은 "111"로 하며, 별표 8중 총계는 "178"로, 기능직 계는 "46"으로, 기능8급은 "2"로, 기능9급은 "3"으로, 기능10급은 "41"로 하고, 별표 9중 총계는 "216"으로, 기능직 계는 "76"으로, 기능8급은 "2"로, 기능9급은 "7"로, 기능10급은 "67"로 하며, 별표 10중 총계는 "7"로하고, 별표 11중 총계는 "225"로, 기능직 계는 "60"으로, 기능9급은 "4"로, 기능10급은 "56"으로 한다.
③(다른 법령의 폐지) 국립검역소지소의명칭위치및관할검역항에관한규칙 및 국립보건연구원분원의명칭및위치에관한규칙 은 이를 각 각 폐지한다.

부칙 [1999.8.3 제123호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [1999.12.31 제140호]
이 규칙은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제18조의2제4항제3호 및 제5항제1호 내지 제5호의 개정규정은 2000년 2월 9일부터, 별 표 3중 "전기서기 1"의 삭제에 관한 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2000.6.7 제150호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2000.10.28 제182호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2000.12.30 제185호]
이 규칙은 2001년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2001.1.29 제188호]
①(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 폐지) 보건의료과학단지조성에관한한시조직설치규칙은 이를 폐지한다.

부칙 [2001.3.27 제191호]
이 규칙은 2001년 3월 29일부터 시행한다.

부칙 [2001.10.9 제202호]
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [2001.11.23 제203호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 별표 2 내지 별표4, 별표 6, 별표 7, 별표 9 및 별표 11중 식품위생직렬 및 보건직렬에 관한 개정부분과 별표 4중 보건주사보 및 의료기술주사보에 관한 개정부분은 공포 후 1월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2002.3.7 제213호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2002.5.13 제217호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 폐지) 국립소록도병원부설간호조무사양성소운영규칙은 이를 폐지한다.
③(다른 법령의 개정) 국립서울정신병원부설정신간호조무사양성소운영규칙중 다음과 같이 개정한다.
제명 및 제1조중 "국립서울정신병원"을 각각 "국립서울병원"으로 한다.

부칙 [2002.06.26, 보건복지부령 제220호]
이 규칙은 2002년 6월 26일부터 시행한다.

부칙 [2003.3.17 제242호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2003.4.29 제246호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2003.12.27 제264호]
제1조 (시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제27조, 제11장(제41조), 별표 4 및 별표 11이 개정규정 및 부칙 제4조의 규정의 시행일은 질병관리본부의 설치근거를 규정한 검역법중개정법률이 시행되는 날로 한다.
제2조 (질병관리본부에 관한 경과조치) 부칙 제1조 본문의 규정에 불구하고 제4장(제19조 내지 제27조) 및 제43조제2항의 개정규정에 의한 "질병관리본부"는 부칙 제1조 단서의 규정에 의한 시행일까지는 이를 "국립보건원"으로 한다.
제3조 (정원에 관한 적용특례) 별표 4 및 별표 11의 개정규정에 불구하고 국립보건원 및 국립검역소에 두는 공무원의 정원은 검역법중 개정법률이 시행되는 전날까지는 별표 4의2 및 별표 11의2와 같이 한다.
제4조 (다른 법령의 개정) ①전염병예방법시행규칙중 다음과 같이 개정한다.
제1조의3제1호의 "국립보건원"을 "질병관리본부"로 한다.
제1조의4, 제2조의3제1항ㆍ제2항, 제3조제2항, 제3조의3제1항ㆍ제2항 및 제8조중 "국립보건원장"을 각각 "질병관리본부장"으로 한다.
②검역법시행규칙중 다음과 같이 개정한다.
별표 7중 "국립보건원시험의뢰규칙"을 "식품의약품안전청및질병관리본부시험의뢰규칙"으로 한다.
③국민건강증진법시행규칙중 다음과 같이 개정한다.
제22조제1항중 "국립보건원"을 각각 "질병관리본부"로 한다.
④농어촌등보건의료를위한특별조치법시행규칙중 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항중 "국립보건원"을 "질병관리본부"로 하고, 제9조제1항중 "국립보건원장"을 "질병관리본부장"으로 한다.
⑤사회복지사업종사자훈련규칙중 다음과 같이 개정한다.
제2조중 "국립보건원"을 "질병관리본부"로 한다.
⑥식품의약품안전청및국립보건원시험의뢰규칙중 다음과 같이 개정한다.
제명 "식품의약품안전청및국립보건원시험의뢰규칙"을 "삭품의약품안전청및질병관리본부시험의뢰규칙"으로 한다.
제1조, 제3조제2항 각호외의 부분, 제5조제1항제1호 및 제2호, 제10조제1항, 별지 제8호서식 및 별지 제9호서식중 "국립보건원"을 각 각 "질병관리본부"로 한다.
제4조, 제5조제1항 각호외의 부분, 동조제2항 각호외의 부분 및 동항제3호, 동조제3항, 제6조 각호외의 부분, 제7조, 제8조제1항, 별 지제7호서식, 별지제8호서식, 별지 제10호서식 및 별지 제12호서식중 "국립보건원장"을 각각 "질병관리본부장"으로 한다.
별지 제1호서식 내지 별지 제7호서식 및 별지 제12호서식중 "식품의약품안전청및질병관리본부시험의뢰규칙"으로 한다.
⑦식품위생법시행규칙중 다음과 같이 개정한다.
별표 16 및 별지 제4호서식중 "삭품의약품안전청및국립보건원시험의뢰규칙"을 각각 "식품의약품안전청및질병관리본부시험의뢰규칙"으 로 한다.
⑧윤락행위등방지법시행규칙중 다음과 같이 개정한다.
제10조제1항 및 제2항중 "국립보건원장"을 각각 "질병관리본부장"으로 한다.
⑨후천성면역결핍증예방법시행규칙 중 다음과 같이 개정한다.
제7조제2항, 제8조제1항ㆍ제2항 및 제9조 중 "국립보건원장"을 각각 "질병관리본부장"으로 한다.

부칙 [2004.2.17 제272호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.2.28 제273호(구강보건법시행규칙)]
제1조 (시행일) 이 규칙은 2004년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 ① 생략
②보건복지부와그소속기관직제시행규칙중 다음과 같이 개정한다.
제9조제9항제2호중 “수돗물불소화사업”을 “수돗물불소농도조정사업”으로 한다.

부칙 [2004.3.26 제278호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.6.12 제286호]
이 규칙은 2004년 6월 12일부터 시행한다.

부칙 [2004.7.28 제291호(의료기기법시행규칙)]
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법령의 개정) ①보건복지부와그소속기관직제시행규칙중 다음과 같이 개정한다.
제8조제5항제4호 및 제5호중 “의약품·의약외품 및 의료용구의”와 “의료용구 및 화장품”을 각각 “의약품·의약외품 및 의료기기 의”와 “의료기기 및 화장품”으로 하고, 동항 제6호중 “중앙약사심의위원회의”를 “중앙약사심의위원회 및 의료기기위원회의”로 한다.
제9조제9항제6호중 “치과의료용구관련”을 “치과의료기기관련”으로 한다.
②이하생략

부칙 [2004.9.21 제298호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.1.5 제308호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.3.4 제311호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.4.15 제313호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.6.20 제318호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.6.30 제320호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.9.8 제326호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.10.21 제334호]
①(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 보건복지부장관의소속청장에대한지휘에관한규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항중 “보건정책국장”을 “보건의료정책본부장”으로 한다.

부칙 [2005.12.30 제340호]
①(시행일) 이 규칙은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
②(다른 법령의 폐지) 다음 각 호에 해당하는 규칙은 이를 폐지한다.
1. 국립정신병원운영규칙
2. 국립결핵병원운영규칙
3. 국립서울병원부설정신간호조무사양성소운영규칙
③(정원에 관한 적용례) 보건복지부의 공무원의 정원에 관하여 2006년 3월 25일 까지는 별표 2의2를, 2006년 3월 26일부터는 별표 2를 각각 적용한다.
④(기능이관에 따른 공무원의 이체) 전산장비의 운영·관리 기능이 정보통신부로 이관됨에 따라 정원중 1인(전산주사보)은 정보통신부 소속 공무원으로 보아 이를 정보통신부로 이체한다.

부칙 [2006.2.10 제348호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.3.29 제354호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.8.1 제367호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.12.30 제378호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.5.17 제404호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.8.10 제411호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.10.18 제419호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.11.30 제422호]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.3.3, 제1호(보건복지가족부와 그 소속기관 직제 시행규칙)]
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 폐지) 다음 각 호의 시행규칙은 이를 각각 폐지한다.
1. 보건복지부와 그 소속기관 직제 시행규칙
2. 생략
제3조 생략