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제3조(직무)
행정자치부는 국무회의의 의안정리 및 서무, 법령 및 조약의 공포, 공직자의 재산등록, 정부혁신, 행정기관의 조직 및 정원의 관리, 행정능률향상, 전자정부 구축 및 행정정보자원관리, 행정사무 및 민원제도의 개선과 실태의 평가, 상훈, 공무원의 연금 및 복무에 관한 사무, 지방자치제도 개선, 지방자치단체의 사무지원, 주민등록·선거·국민투표·지방재정·지역균형발전지원·지역경제·지방세·지적·민방위 및 재난제도에 관한 사무와 국가의 행정사무로서 다른 중앙행정기관의 소관에 속하지 아니하는 사무를 관장한다. [개정 2006.6.30 제19596호(고위공무원단제도의 도입 등에 따른 재정경제부와 그 소속기관 직제 등), 2006.7.19]

부칙 [1998.2.28 제15715호]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 폐지) 다음 각호의 대통령령은 이를 각각 폐지한다.
1. 총무처와그소속기관직제
2. 내무부와그소속기관직제
3. 정무장관실직제
제3조 (기관폐지에 따른 소속공무원에 대한 경과조치) 이 영으로 폐지되는 총무처 및 내무부소속 공무원은 행정자치부소속 공무원으로 본다.
제4조 (기능이관에 따른 공무원에 대한 경과조치) 규제개혁관련업무 및 국립공원관리업무의 이관에 따라 이 영 시행당시 총무처소속 공무원 9인(4급 2, 5급 2, 6급 3, 기능직 2)은 국무조정실소속 공무원으로 보아 이를 국무조정실에 이체하고, 내무부소속 공무원 10인(4급 1, 5급 3, 6급 3, 7급 2, 기능직 1)은 환경부소속공무원으로 보아 이를 환경부에 이체한다.
제5조 (정원에 대한 경과조치) 이 영 시행당시 이 영에 의한 정원을 초과하는 현원이 있는 경우에는 1999년 3월 31일까지 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다. 다만, 초과현원이 1급공무원 또는 별정직공무원인 경우에는 1998년 8월 31일까지 그 정원이 따로 있는 것으로 본다.
제6조 (다른 법령의 개정) ①공무원임용령중 다음과 같이 개정한다.
제2조제4호 가목중 "중앙행정기관인 원·부·처·청의 장과 정무장관·대통령비서실장·대통령경호실장·행정조정실장·국무총리비서실장·공정거래위원회위원장·비상기획위원회위원장·민주평화통일자문회의사무총장"을 "중앙행정기관인 부·처·청의 장과 대통령비서실장·대통령경호실장·감사원장·기획예산위원회위원장·여성특별위원회위원장·국무조정실장·국무총리비서실장·공정거래위원회위원장·비상기획위원회위원장·청소년보호위원회위원장·공보실장"으로 하고, 동호 다목중 "내무부장관"을 "행정자치부장관"으로 하며, 동호 바목 후단중 "총무처장관"을 "행정자치부장관"으로 한다.
제13조제3항중 "총무처"를 "행정자치부"로 한다.
제22조제3항 및 제45조제3항 단서중 "내무부"를 각각 "행정자치부"로 한다.
제45조제9항을 삭제한다.
제49조제3항중 "총무처차관"을 "행정자치부차관"으로 한다.
제51조를 삭제한다.
제51조의2제1항제1호중 "60세"를 "59세"로 하고, 동항제2호중 "58세"를 "57세"로 하며, 제2항 및 제3항을 각각 삭제한다.
제4조의2, 제10조, 제13조제2항·제3항, 제16조제1항제2호 전단 및 후단·제4호 후단·제6호·제9호 후단·제10호 전단·제11호 후단·제12호 후단 및 제3항제5호, 제22조제1항, 제24조제2항, 제30조제2호·제5호, 제31조제6항 전단, 제34조제2항 본문·제4항·제6항, 제35조의2제1항제2호 후단·제4호 후단, 제35조의3제2항·제3항, 제36조제3항·제4항, 제37조의2제2항·제3항, 제40조제2항제4호·제4항 단서, 제41조제5항, 제41조의2제4항, 제42조제1항 후단·제2항, 제43조제7항, 제43조의2제2항, 제43조의3제1항 전단 및 후단, 제43조의4제2항·제6항, 제45조의2제3항, 제46조, 제48조제1항, 제49조제3항 및 제49조의2중 "총무처장관"을 각각 "행정자치부장관"으로 한다.
제16조제1항제1호 후단 제3호·제7호·제10호 전단, 제29조제2항, 제30조제4호, 제31조제7항·제9항, 제34조제4항, 제36조제2항·제5항, 제37조제3항, 제37조의4제2항 본문·제5항, 제38조제3항, 제40조제4항 본문, 제43조의3제2항, 제43조의4제5항, 제51조제3항 및 제52조중 "총리령"을 각각 "행정자치부령"으로 한다.
별표 6의 1. 공무원경력의 경력란중 다. 병경력의 (6), 라. 정경력의 (1), 2. 기타경력의 경력란중 가. 박사학위소지경력 및 나. 자격증소지경력중 "총무처장관"을 각각 "행정자치부장관"으로 한다.
②공무원보수규정중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항·제2항·제3항·제4항, 제11조제3항, 제15조제7호, 제20조제1항, 제21조제3항, 제32조제1항 및 제35조제3항중 "총무처장관"을 각각 "행정자치부장관"으로 한다.
제3조제4항중 "외무부장관"을 각각 "외교통상부장관"으로 한다.
제32조제1항 및 동조제2항중 "재정경제원장관 및 총무처장관"을 각각 "행정자치부장관 및 예산청장"으로 하고, 제38조제1항중 "재정경제원장관과 총무처장관"을 "행정자치부장관과 예산청장"으로 하며, 제39조제2항중 "총무처"를 "행정자치부"로 한다.
제35조제2항중 "총무처차관"을 "행정자치부차관"으로 하고, 동조제3항중 "재정경제원·외무부·내무부·국방부·교육부 및 행정조정실"을 "국무조정실·외교통상부·국방부·행정자치부·교육부 및 예산청"으로 한다.
제40조제1항중 "외무부"를 "외교통상부"로, "내무부"를 "행정자치부"로 한다.
별표 2를 다음과 같이 한다.

  [별표 2] 
                                 정무직공무원의 봉급표
                                ───────────
  ┌───────┬─────────────────────┬─────┐
  │     구분     │                   직명                   │  봉급액  │
  ├──┬────┼─────────────────────┼─────┤
  │정부│대통령  │대통령                                    │4,027,000 │
  │    │직속기관├─────────────────────┼─────┤
  │    │        │감사원장                                  │2,436,000 │
  │    │        ├─────────────────────┼─────┤
  │    │        │대통령비서실장·국가안전기획부장·        │2,251,000 │
  │    │        │국가과학기술자문회의위원장·              │          │
  │    │        │기획예산위원회위원장·여성특별위원회위원장│          │
  │    │        │·장관급상당비서관                        │          │
  │    │        ├─────────────────────┼─────┤
  │    │        │감사위원·감사원사무총장·국가안전기획부차│2,061,000 │
  │    │        │장·국가안전보장회의상근위원·            │          │
  │    │        │차관급상당비서관                          │          │
  │    ├────┼─────────────────────┼─────┤
  │    │행정부  │국무총리                                  │3,228,000 │
  │    │        ├─────────────────────┼─────┤
  │    │        │국무위원·국무조정실장·                  │2,251,000 │
  │    │        │공정거래위원회위원장·중앙노동위원회위원장│          │
  │    │        ├─────────────────────┼─────┤
  │    │        │법제처장·국가보훈처장·통상교섭본부장    │2,156,000 │
  │    │        ├─────────────────────┼─────┤
  │    │        │차관·청장·국무총리비서실장·            │2,061,000 │
  │    │        │공정거래위원회부위원장·외교안보연구원장·│          │
  │    │        │소청심사위원회위원장·중앙공무원교육원장·│          │
  │    │        │경찰위원회상임위원·국사편찬위원회위원장·│          │
  │    │        │서울특별시부시장                          │          │
  ├──┴────┼─────────────────────┼─────┤
  │국회          │국회사무총장                              │2,251,000 │
  │              ├─────────────────────┼─────┤
  │              │입법차장, 사무차장, 국회도서관장,         │2,061,000 │
  │              │의정연수원장, 국회의장비서실장            │          │
  ├───────┼─────────────────────┼─────┤
  │법원          │대법원장비서실장                          │2,061,000 │
  ├───────┼─────────────────────┼─────┤
  │헌법재판소    │헌법재판소사무처장                        │2,251,000 │
  │              ├─────────────────────┼─────┤
  │              │헌법재판소사무차장                        │2,061,000 │
  ├───────┼─────────────────────┼─────┤
  │선거관리위원회│중앙선거관리위원회상임위원,               │2,251,000 │
  │              │중앙선거관리위원회사무총장                │          │
  │              ├─────────────────────┼─────┤
  │              │중앙선거관리위원회사무차장                │2,061,000 │
  └───────┴─────────────────────┴─────┘

별표 3의 비고란을 다음과 같이 한다.
비고
1. 국가안전기획부기획조정실장 및 특1급 외교직공무원의 봉급월액은 2,061,000원으로 하고, 공보실장·통계청장·기상청장·감사원사무차장·차관보·처의 차장·청의 차장·공정거래위원회상임위원·국무총이행정심판위원회상임위원·국민고충처리위원회상임위원·청소년보호위원회위원장·특2급 외교직공무원·무역위원회상임위원·소청심사위원회상임위원·과학기술부연구개발정책실장 및 국회수석전문위원의 봉급월액은 1급 최고호봉상당액으로 한다.
2. 다음 각목의 공무원의 봉급월액은 해당 계급 및 호봉상당액으로 한다. 다만, 제8조 내지 제11조의 규정에 의하여 획정한 호봉이 높은 경우에는 유리한 호봉을 적용한다.
가. 보훈심사위원회위원장, 중앙노동위원회상임위원, 서울지방노동위원회위원장, 중앙해난심판원장 및 특별시·광역시·도 선거관리위원회상임위원 : 1급 19호봉
나. 보훈심사위원회위원·지방노동위원회위원장·지방노동위원회상임위원· 산업재해보상보험심사위원회상임위원·최저임금심의위원회상임위원· 지방해난심판원장 및 중앙해난심판원심판관 : 2급 18호봉
다. 지방해난심판원심판관 : 4급 19호봉
라. 교섭단체정책연구위원중 1급상당 : 1급 15호봉, 2급상당 : 2급 12호봉, 3급상당 : 3급 16호봉, 4급상당 : 4급 21호봉
마. 국회의원보좌관 : 4급 21호봉, 국회의원비서관 : 5급 24호봉, 국회의원비서중 6급상당 : 6급 11호봉, 7급상당 : 7급 9호봉, 9급상당 : 9급 7호봉
별표 14의 1. 비고, 별표 15의 1. 초임호봉란, 별표 16의 2. 가. (1)·(4), 나. (1의2) 및 다. (3), 별표 17의 1. 나. (2)·(3의2)·(4)·(5) 및 2. 나. (2)·(3)·(4), 별표 19의 1. 나. (1)·(3)·(4의2)·(5) 및 2. 나. (2)·(3)·(4), 별표 27의 다. 경력란중 "총무처장관"을 각각 "행정자치부장관"으로 한다.
별표 30의 기관명란중 "내무부"를 "행정자치부"로 한다.
③공무원여비규정중 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항 단서중 "총무처장관"을 "행정자치부장관"으로 한다.
제22조제1항제8호 및 제29조제3항중 "외무부장관"을 각각 "외교통상부장관"으로 한다.
제27조제1항, 제29조제1항 내지 제3항중 "재정경제원장관 및 총무처장관"을 각각 "행정자치부장관 및 예산청장"으로 한다.
제27조제3항중 "내무부장관·법무부장관 및 해양수산부장관"을 "법무부장관·행정자치부장관 및 해양수산부장관"으로 한다.
별표 1의 구분란 특호의 다목의 해당공무원란중 "부총리·" 및 "처장·"을 삭제하고, 라목의 해당공무원란중 "차관, 처의 차장"을 "처장, 통상교섭본부장, 차관"으로 하며, 다목 및 라목의 해당공무원란중 "여수수산대학교"를 "여수대학교"로 하고, 구분란 제3호의 해당공무원란중 "전문직공무원규정 별표의 가 및 나에 해당하는 전문직공무원"을 "계약직공무원규정 별표의 가 및 나에 해당하는 계약직공무원"으로 한다.
별표 3의 비고중 "재정경제원장관"을 "예산청장"으로, "총무처장관"을 "행정자치부장관"으로 한다.
별표 4 및 별표 7의 구분란중 "차관 및 처의 차장"을 각각 "처장, 통상교섭본부장 및 차관"으로 한다.
④자연공원법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항, 제10조 본문 후단, 제11조제3항제4호, 제11조제4항제2호, 제11조제9항, 제12조제1항, 제27조제1항, 제29조의4제1항, 제29조의10, 제29조의13제1항, 제29조의14제1항·제3항, 제29조의15 본문, 제29조의16 본문 및 제37조제1항 본문·제2항중 "내무부장관"을 각각 "환경부장관"으로 한다.
제8조의3제1항, 제27조제2항 본문, 제29조의12제2항 및 제38조제4항중 "내무부령"을 각각 "환경부령"으로 하고, 제8조의3제2항을 삭제한다.
제10조 본문중 "재정경제원장관"을 "예산청장"으로 한다.
제11조제2항중 "내무부차관"을 "환경부차관"으로 하고, 제11조제3항제1호중 "재정경제원"을 "재정경제부"로, "내무부"를 "행정자치부"로, "문화체육부"를 "문화관광부"로, "농림수산부"를 "농림부"로, "산림청 및 수산청"을 "해양수산부 및 산림청"으로 한다

부칙 [1998.7.22 제15841호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(정원감축에 따른 경과조치) 이 영 시행으로 감축되는 정원 51인(2·3급 2인, 3·4급 1인, 4급 4인, 4·5급 3인, 5급 9인, 6급 6인, 7급 7인, 9급 2인, 기능직 10등급 15인, 소방경 1인, 소방위 1인)에 해당하는 현원이 있는 경우에는 이 영 시행일부터 1년간 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다. 다만, 초과현원이 별정직 국가공무원인 경우에는 이 영 시행일부터 6월간 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다.

부칙 [1998.12.31 제16010호]
①(시행일) 이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
②(기관폐지에 따른 소속공무원에 대한 경과조치) 이 영 시행당시 지방행정연수원 소속공무원은 국가전문행정연수원 소속공무원으로 본다.
③(정원감축에 따른 경과조치) 이 영 시행으로 감축되는 공무원 정원에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 1999년 12월 31일까지 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다. 다만, 초과현원이 별정직공무원인 경우에는 1999년 6월 30일까지 그 정원이 따로 있는 것으로 본다.
④(교수 등에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 중앙공무원교육원·지방행정연수원 및 교육행정연수원에 재직중인 교수·부교수·조교수 또는 전임강사는 그 임용기간이 종료될 때까지 교수·부교수·조교수 또는 전임강사로 보아 종전의 규정을 적용하며, 별표 3 및 별표 4의 개정규정에 의한 계약직공무원의 정원에 해당하는 현원으로 본다.

부칙 [1999.1.29 제16093호(정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률시행령)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①내지 <39>생략
<40>행정자치부와그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다.
제11조제3항제9호를 삭제한다.
<41>내지 <47>생략

부칙 [1999.5.24 제16341호]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (정원에 관한 적용례) 행정자치부에 두는 공무원의 정원에 관하여 1999년 12월 30일까지는 별표 3 및 별표 4에 불구하고 별표 3의2 및 별표 4의2를 각각 적용한다.
제3조 (기능이관에 따른 공무원의 이체) 인사정책관련 업무가 중앙인사위원회로 이관됨에 따라 이 영 시행당시 행정자치부소속 공무원 27인(4급 2, 4·5급 2, 5급 7,6급 13, 기능9급 3)은 중앙인사위원회소속 공무원으로 보아 이를 중앙인사위원회로 이체한다.
제4조 (정원에 관한 경과조치) 이 영의 시행으로 감축되는 정원 148인(2급 1, 3급 2, 4급 9, 5급 10, 6급 13, 7급 14, 8급 2, 기능직 82, 소방위 2, 3급상당 1, 4급상당1, 5급상당 9, 6급상당 2)에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 2000년 6월 30일까지 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 보되, 초과현원이 별정직공무원인 경우에는 1999년 11월 30일까지 그 정원이 따로 있는 것으로 본다.다만, 별표 3 및 별표 4의 시행으로 감축되는 정원에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 2000년 12월 31일까지 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 보되, 초과현원이 별정직공무원인 경우에는 1999년 11월 30일까지 그 정원이 따로 있는 것으로 본다.
제5조 (다른 법령의 개정) ①국무회의규정중 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항중 "부"를 "부·처"로 한다.
제8조제1항중 "기획예산위원회위원장·국무조정실장·법제처장"을 "국무조정실장·법제처장·국정홍보처장"으로 한다.
제10조제2항중 "의정국장"을 "의정관"으로 한다.
②차관회의규정중 다음과 같이 개정한다.
제2조중 "부"를 "부·처"로 한다.
제11조제2항중 "의정국 의정과장"을 "의정관실 의정담당관"으로 한다.
③행정기관의조직과정원에관한통칙중 다음과 같이 개정한다.
제12조제3항을 삭제한다.
제17조의2를 다음과 같이 신설한다.
제17조의2 (보조기관의 명칭) 중앙행정기관의 보조기관의 명칭은 직제 또는 직제시행규칙이 정하는 바에 따라 단·팀·반 등으로 달리 정할 수 있다.
④공무원보수규정중 다음과 같이 개정한다.
별표 32의 구분란중 "법제처장·국가보훈처장·통상교섭본부장"을 "법제처장·국정홍보처장·국가보훈처장·통상교섭본부장"으로 한다.

부칙 [1999.10.1 제16570호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제48조제1항 및 제50조제1항의 개정규정은 1999년 12월 31일부터 시행한다.
②(정원에 관한 경과조치) 이 영의 시행으로 감축되는 정원 24인(4급상당 1, 5급상당 1, 7급상당 2, 기능직 20)에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 2000년 8월 31일까지 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 보되, 초과현원이 별정직공무원인 경우에는 2000년 2월 29일까지 그 정원이 따로 있는 것으로 본다.

부칙 [2000.2.28 제16725호(재정경제부와그소속기관직제등중개정령)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···제52조제1항 및 별표 3의 ···<생략>··· 개정규정은 2000년 9월 1일부터시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [2000.6.7 제16832호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(정원에 관한 경과조치) 이 영의 시행으로 감축되는 정원 3인(5급 1, 기능직 2)에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 2001년 4월 30일까지 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다. 다만, 초과현원이 별정직국가공무원인 경우에는 2000년 10월 31일까지 그 정원이 따로 있는 것으로 본다.

부칙 [2001.1.29 제17115호(교육인적자원부와그소속기관직제)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①내지 <108>생략
<109>행정자치부와그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다.
제38조, 제42조의2제2항 본문 및 제67조제4항 전단중 "교육부"를 각각 "교육인적자원부"로 한다.
<110>내지 <152>생략

부칙 [2001.4.23 제17201호(법무부와그소속기관직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ··<생략>·· 제4항의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행한다.
② 및 ③생략
④(다른 법령의 개정) 행정자치부와그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다.
별표 1중 총계 "774"를 "772"로 하고, 일반직 계 "608"을 "607"로 하며, 5급 "163"을 "162"로 하고, 기능직 계 "108"을 "107"로 하며, 기능10급 "88"을 "87"로 한다.

부칙 [2001.6.30 제17277호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(정원에 관한 경과조치) 이 영의 시행으로 감축되는 정원 3인(기능직 3)에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 이 영 시행일부터 1년간 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다.

부칙 [2001.12.31 제17437호]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조의 규정은 2002년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (정원에 관한 경과조치) 이 영의 시행으로 감축되는 정원 5인중 별정직 6급상당 1인에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 이 영 시행일부터 6월간, 기능직 4인에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 이 영 시행일부터 1년간 각각 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다.
제3조 (다른 법령의 개정) 대통령령 제17201호 법무부와그소속기관직제중개정령 부칙 제4항을 다음과 같이 한다.
④(다른 법령의 개정) 행정자치부와그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다.
별표 1중 총계 "778"을 "776"으로 하고, 일반직 계 "612"를 "611"로 하며, 5급 "163"을 "162"로 하고, 기능직 계 "107"을 "106"으로 하며, 기능10급 "87"을 "86"으로 한다.

부칙 [2002.5.6 제17595호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(통계청 소속공무원의 이체) 부칙 제3항의 규정에 의하여 감축되는 통계청 소속공무원 1인(8급)은 행정자치부 소속공무원으로 보아 이를 행정자치부로 이체한다.
③(다른 법령의 개정) 통계청과그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다.
별표 2중 총계 "430"을 "429"로 하고, 일반직 계 "355"를 "354"로 하며, 8급 "11"을 "10"으로 한다.

부칙 [2002.10.2 제17756호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 법제처직제중 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항을 다음과 같이 한다.
①행정법제국에 법제관(이사관 또는 복수직급이 아닌 부이사관 법제관은 "법제심의관"이라 한다. 이하 같다) 6인을 둔다.

부칙 [2003.2.24 제17918호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제2항의 규정은 2003년 3월 11일부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 2의 운전면허시험관리단(경찰청소속)의 경상북도지역의 운전면허시험장의 명칭란중 "화원운전면허시험장"을 "문경운전면허시험장"으로 한다.

부칙 [2003.4.7 제17959호(정책보좌관의설치에따른재정경제부와그소속기관직제등의일부개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2003.7.25 제18056호]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제2조 및 제3조의 규정은 2004년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (환경부 및 국가보훈처 소속공무원의 이체) 부칙 제3조의 규정에 의하여 감축되는 환경부 소속공무원 1인(기능10급)과 국가보훈처 소속공무원 2인(기능10급)은 행정자치부 소속공무원으로 보아 이를 행정자치부로 이체한다.
제3조 (다른 법령의 개정) ①환경부와그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다.
별표 4중 총계 "948"을 "947"로 하고, 기능직 계 "172"를 "171"로 하며, 기능10급 "167"을 "166"으로 한다.
②국가보훈처와그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다.
별표 3중 총계 "954"를 "952"로 하고, 기능직 계 "246"을 "244"로 하며, 기능10급 "236"을 "234"로 한다.

부칙 [2004.2.9 제18276호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제11조제2항제1호 내지 제4호 및 제6호의 개정규정의 시행일은 행정개혁에 관한 사무를 행정자치부의 소관사무로 규정한 정부조직법중개정법률이 시행되는 날로 한다.

부칙 [2004.3.11 제18310호(정부조직법의개정에따른행정자치부와그소속기관직제등중개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.3.22 제18328호(재정경제부와그소속기관직제등중개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.5.24 제18392호]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각호의 사항은 각호의 구분에 의한 날부터 시행한다.
1. 제2조제1항(국립방재연구소·중앙소방학교 및 중앙119구조대에 한한다), 제3조(민방위·재해재난관리 및 소방에 관한 사무에 한한다), 제4조제3항(민방위재난통제본부에 한한다)·제4항(안전정책관에 한한다), 제6조의4, 제16조, 제38조, 제40조, 제42조제2항, 제9장 내지 제11장, 제68조(국립방재연구소장에 한한다) 및 부칙 제2조제2항의 개정규정은 2004년 6월 1일
2. 제2조제1항(중앙공무원교육원에 한한다)·제3항, 제3조(공무원의 인사·시험·훈련관리 및 보수에 관한 사무에 한한다), 제4조제3항(인사국에 한한다)·4항(의정관에 한한다), 제5조의2, 제8조제3항(제22호 내지 제26호에 한한다), 제10조, 제11조제3항제27호, 제17조, 제3장, 제13장, 제64조제3항·제5항, 제66조제3항 및 부칙 제2조제1항의 개정규정은 2004년 6월 12일
제2조 (기능이관에 따른 공무원의 이체) ①인사관리기능이 중앙인사위원회로 이관됨에 따라 2004년 6월 12일 행정자치부소속 공무원 정원중 210인(정무직 차관급 2, 1급상당 4, 이사관 또는 부이사관 3, 3급상당 1, 3급 또는 4급 1, 4급 8, 4급 또는 5급 8, 5급 42, 5급상당 3, 5급상당 또는 6급상당 1, 6급 53, 6급상당 1, 7급 18, 7급상당 3, 8급 2, 기능8급 1, 기능9급 5, 기능10급 51, 계약직 교수요원 3)은 중앙인사위원회소속 공무원으로 보아 이를 중앙인사위원회로 이체한다.
②민방위·재난관리 집행기능이 소방방재청으로 이관됨에 따라 2004년 6월 1일 행정자치부 소속공무원 정원중 310인(1급 1, 2·3급 1, 3·4급 1, 4급 4, 4·5급 7, 5급 31, 6급 34, 7급 14, 연구관 10, 연구사 4, 소방총감 또는 소방정감 1, 소방정감 1, 소방감 4, 소방정 13, 소방령 15, 소방경 29, 소방위 34, 소방장 27, 소방교 34, 소방사 8, 기능7급 3, 기능8급 3, 기능9급 2, 기능10급 19, 4급상당 1, 5급상당 4, 6급상당 3, 7급상당 2)은 소방방재청소속 공무원으로 보아 이를 소방방재청으로 이체한다.
제3조 (정원에 관한 적용례) ①행정자치부에 두는 공무원의 정원에 관하여 2004년 5월 31일까지는 별표 1의3을, 2004년 6월 1일부터 2004년 6월 11일까지는 별표 1의2를, 2004년 6월 12일부터는 별표 1을 각각 적용한다.
②행정자치부의 소속기관에 두는 공무원의 정원에 관하여 2004년 5월 31일까지는 별표 3의3을, 2004년 6월 1일부터 2004년 6월 11일까지는 별표 3의2를, 2004년 6월 12일부터는 별표 3을 각각 적용한다.
③국가전문행정연수원에 두는 공무원의 정원에 관하여 2004년 5월 31일까지는 별표 4의2를, 2004년 6월 1일부터는 별표 4를 각각 적용한다.
제4조 (다른 법령의 개정) ①공공기관의기록물관리에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항중 "정부기록보존소로"를 "국가기록원으로"로 한다.
②사무관리규정중 다음과 같이 개정한다.
제28조제1항 본문중 "정부전산정보관리소"를 "전자정부지원센터"로 한다.
제34조의3제3항 전단 및 후단중 "정부기록보존소"를 각각 "국가기록원"으로 하고, 동조제4항중 "정부기록보존소장"을 "국가기록원장"으로 한다.
제39조제2항 전단 및 후단중 "정부기록보존소"를 각각 "국가기록원"으로 한다.
제77조제2항중 "정부전산정보관리소장"을 "전자정부지원센터장"으로 한다.
제106조제2항중 "정부전산정보관리소장"을 "전자정부지원센터장"으로 한다.
③전자정부구현을위한행정업무등의전자화촉진에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제11조중 "정부전산정보관리소"를 "전자정부지원센터"로 한다.
제16조제2항중 "정부기록보존소로"를 "국가기록원으로"로 한다.
제29조제1항중 "정부전산정보관리소"를 "전자정부지원센터"로 한다.
제34조제4항중 "정부기록보존소장"을 "국가기록원장"으로 한다.
제57조제1항 각호 외의 부분중 "정부전산정보관리소장"을 "전자정부지원센터장"으로 한다.

부칙 [2004.6.11 제18427호(행정기관의조직과정원에관한통칙)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①행정자치부와그소속기관직제중 다음과 같이 개정한다.
제11조제4항에 제36호를 다음과 같이 신설한다.
36. 기부금품모집 규제 및 허가
제14조제2항제16호를 삭제한다.
②및 ③생략

부칙 [2004.11.11 제18587호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.12.31 제18641호(교육인적자원부와그소속기관직제등중개정령)]
제1조 (시행일) 이 영은 2005년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (기능이관에 따른 행정자치부 소속공무원의 이체) ①행정자치부소속 국가전문행정연수원 산하 5개 연수부가 원 소속기관으로 이관됨에 따라 이 영 시행당시 행정자치부 소속공무원중 37인(장학관 또는 교육연구관 3, 장학사 또는 교육연구사 10, 교수요원 4, 2·3급 또는 장학관 1, 4급 1, 4·5급 1, 5급 2, 6급 6, 7급 2, 기능9급 2, 기능10급 5)은 교육인적자원부 소속공무원으로 보아 이를 교육인적자원부로 이체한다.
②행정자치부소속 국가전문행정연수원 산하 5개 연수부가 원 소속기관으로 이관됨에 따라 이 영 시행당시 행정자치부 소속공무원중 39인(2·3급 1, 4급 2, 4·5급 1, 5급 6, 5급 또는 연구관 2, 5급 또는 5급상당 별정직 1, 6급 7, 7급 5, 8급 2, 기능9급 4, 기능10급 8)은 농림부 소속공무원으로 보아 이를 농림부로 이체한다.
③행정자치부소속 국가전문행정연수원 산하 5개 연수부가 원 소속기관으로 이관됨에 따라 이 영 시행당시 행정자치부 소속공무원중 29인(2·3급 1, 4급 2, 4·5급 2, 5급 9, 6급 5, 7급 4, 기능8급 1, 기능10급 5)은 건설교통부 소속공무원으로 보아 이를 건설교통부로 이체한다.
④행정자치부소속 국가전문행정연수원 산하 5개 연수부가 원 소속기관으로 이관됨에 따라 이 영 시행당시 행정자치부 소속공무원중 31인(2급 1, 4급 3, 4·5급 2, 5급 7, 6급 7, 7급 4, 기능9급 1, 기능10급 6)은 특허청 소속공무원으로 보아 이를 특허청으로 이체한다.
⑤행정자치부소속 국가전문행정연수원 산하 5개 연수부가 원 소속기관으로 이관됨에 따라 이 영 시행당시 행정자치부 소속공무원중 17인(3급 1, 4급 1, 5급 4, 6급 5, 7급 2, 기능9급 1, 기능10급 3)은 통계청 소속공무원으로 보아 이를 통계청으로 이체한다.

부칙 [2005.3.2 제18729호(재정경제부와그소속기관직제 등 일부개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.3.24 제18746호]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①국무회의규정 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조제2항중 "의정관리국장"을 "의정관"으로 한다.
②사무관리규정 일부를 다음과 같이 개정한다.
제28조제1항 본문중 "전자정부지원센터"를 "전자정부본부"로 한다.
제77조제2항 및 제106조제2항중 "전자정부지원센터장"을 각각 "전자정부본부장"으로 한다.
③전자정부구현을위한행정업무등의전자화촉진에관한법률시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조 및 제29조제1항중 "전자정부지원센터"를 각각 "전자정부본부"로 한다.
제57조제1항 각호외의 부분중 "전자정부지원센터장"을 "전자정부본부장"으로 한다.
④차관회의규정 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항중 "의정관리국 의정과장"을 "의정관실 의정팀장"으로 한다.

부칙 [2005.4.15 제18786호(교육인적자원부와 그 소속기관 직제 등 일부개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.5.9 제18823호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만 부칙 제3항의 개정규정은 2005년 5월 24일부터 시행한다.
②(기록관리혁신단의 존속기간) 제9장(제43조)의 개정규정에 의하여 설치된 기록관리혁신단의 존속기간은 공포일부터 3년으로 한다.
③(「중앙인사위원회와 그 소속기관 직제」의 개정) 중앙인사위원회와 그 소속기관 직제 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항중 "3인"을 "5인"으로 한다.

부칙 [2005.6.8 제18858호(교육인적자원부와 그 소속기관 직제 등 일부개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.7.22 제18957호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.10.26 제19097호]
제1조 (시행일) 이 영은 2005년 10월 30일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) 행정자치부와 그 소속기관 직제 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1중 총계 “805”를 “811”로 하고, 일반직 계 “670”을 “676”으로 하며, 5급 “203”을 “206”으로, 6급 “232”를 “235”로 한다.

부칙[2005.11.4 제19115호(정보통신부와 그 소속기관 직제)]
제1조 (시행일)
이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정)①,② 생략
③행정자치부와 그 소속기관 직제 일부를 다음과 같이 개정한다.별표 1을 다음과 같이 하
고, 별표 1의2 및 별표1의3을 각각 다음과 같이 신설한다.

[별표 1] 
                행정자치부공무원정원표(제39조제1항관련)
                   ───────────────
총  계                                                                  791
 정무직 계                                                                3
   장 관                                                                  1
   차 관                                                                  2
 별정직 계                                                               16
   1급상당                                                                1
   2급상당                                                                1
   5급상당                                                                1
   6급상당                                                                5
   7급상당                                                                4
   8급상당                                                                1
   9급상당                                                                3
 일반직 계                                                              669
   1급                                                                    2
   2급 또는 3급                                                           9
   2급ㆍ3급 또는 별정직(2급상당 또는 3급상당)                             3
   3급                                                                    1
   3급 또는 4급                                                          13
   3급ㆍ4급 또는 별정직(3급상당 또는 4급상당)                             1
   4급                                                                   33
   4급 또는 별정직(4급상당)                                               2
   4급 또는 5급                                                          63
   5급                                                                  205
   5급 또는 별정직(5급상당)                                               9
   6급                                                                  234
   6급 또는 별정직(6급상당)                                              14
   7급                                                                   58
   7급 또는 별정직(7급상당)                                               4
   8급                                                                   17
   연구사                                                                 1
 기능직 계                                                              103
   기능6급                                                                1
   기능7급                                                                2
   기능9급                                                               11
   기능10급                                                              89
〔별표 1의2〕 
                      행정자치부공무원정원표(제39조제1항관련)
                        ───────────────
총  계                                                                  808
 정무직 계                                                                3
   장 관                                                                  1
   차 관                                                                  2
 별정직 계                                                               16
   1급상당                                                                1
   2급상당                                                                1
   5급상당                                                                1
   6급상당                                                                5
   7급상당                                                                4
   8급상당                                                                1
   9급상당                                                                3
 일반직 계                                                              673
   1급                                                                    2
   2급 또는 3급                                                           9
   2급ㆍ3급 또는 별정직(2급상당 또는 3급상당)                             3
   3급                                                                    1
   3급 또는 4급                                                          13
   3급ㆍ4급 또는 별정직(3급상당 또는 4급상당)                             1
   4급                                                                   33
   4급 또는 별정직(4급상당)                                               2
   4급 또는 5급                                                          63
   5급                                                                  205
   5급 또는 별정직(5급상당)                                               9
   6급                                                                  235
   6급 또는 별정직(6급상당)                                              14
   7급                                                                   60
   7급 또는 별정직(7급상당)                                               4
   8급                                                                   18
   연구사                                                                 1
 기능직 계                                                              116
   기능6급                                                                2
   기능7급                                                                3
   기능8급                                                                1
   기능9급                                                               13
   기능10급                                                              97
〔별표 1의3〕
                    행정자치부공무원정원표(제39조제1항관련)
                        ───────────────
총  계                                                                  811
 정무직 계                                                                3
   장 관                                                                  1
   차 관                                                                  2
 별정직 계                                                               16
   1급상당                                                                1
   2급상당                                                                1
   5급상당                                                                1
   6급상당                                                                5
   7급상당                                                                4
   8급상당                                                                1
   9급상당                                                                3
 일반직 계                                                              676
   1급                                                                    2
   2급 또는 3급                                                           9
   2급·3급 또는 별정직(2급상당 또는 3급상당)                             3
   3급                                                                    1
   3급 또는 4급                                                          13
   3급ㆍ4급 또는 별정직(3급상당 또는 4급상당)                             1
   4급                                                                   33
   4급 또는 별정직(4급상당)                                               2
   4급 또는 5급                                                          63
   5급                                                                  206
   5급 또는 별정직(5급상당)                                               9
   6급                                                                  235
   6급 또는 별정직(6급상당)                                              14
   7급                                                                   61
   7급 또는 별정직(7급상당)                                               4
   8급                                                                   19
   연구사                                                                 1
 기능직 계                                                              116
   기능6급                                                                2
   기능7급                                                                3
   기능8급                                                                1
   기능9급                                                               13
   기능10급                                                              97

④내지⑬ 생략

부칙 [2005.12.9 제19167호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제2조 및 제5장(자치인력개발원의 명칭을 지방혁신인력개발원으로 변경하는 부분에 한한다)의 개정규정은 2006년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2005.12.30 제19230호 (「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령」 개정 등에 따른 교육인적자원부와 그 소속기관 직제 등 일부개정령)]
제1조(시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(정원에 관한 경과조치) ①제4조의 개정규정에 의하여 국립종자관리소를 책임운영기관으로 설치함에 따라 감축되는 공무원의 정원 1인(3급 또는 농업연구관)에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 2006년 12월 31일까지 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다.
③제7조의 개정규정에 의하여 지방통계청 및 통계사무소(충남통계사무소를 제외한다)를 책임운영기관으로 설치함에 따라 감축되는 공무원의 정원 11인(4급 5인, 5급 6인)에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 2006년 12월 31일까지 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다.
④제10조의 개정규정에 의하여 농업생명공학연구원 및 원예연구소를 책임운영기관으로 설치함에 따라 감축되는 공무원의 정원 2인(농업연구관)에 해당하는 초과현원이 있는 경우에는 2006년 12월 31일까지 그 초과현원에 상응하는 정원이 따로 있는 것으로 본다.
제3조(다른 법령의 개정) 책임운영기관의 설치?운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항 본문중 “충남통계사무소의 경우에는 정원중 103인”을 “지방통계청 및 통계사무소의 경우에는 정원 중 981인”으로 한다.
별표 1의 경찰병원의 총정원의 한도란중 “473인”을 “483인”으로 한다.

부칙 [2006.2.8 제19323호(공무원노조관련 인력배치를 위한 교육인적자원부와 그 소속기관 직제 등 일부개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.3.29 제19414호(공용차량관리규정)]
제1조 (시행일)
이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정)
①및 ②생략
③행정자치부와 그 소속기관 직제 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제3항제24호중 “관용차량관리제도”를 “공용차량관리제도”로 한다.
④생략

부칙 [2006.6.30 제19596호(고위공무원단제도의 도입 등에 따른 재정경제부와 그 소속기관 직제 등)]
이 영은 2006년 7월 1일부터 시행한다.

부칙 [2006.7.19 제19612호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.12.12 제19751호]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(정부제주지방합동청사의 설치·운영에 따른 타 부처 소속공무원의 이체) 정부제주지방합동청사 설치·운영에 따라 이 영 시행 당시 입주부처 중 부칙 제3조의 규정에 따라 감축되는 타 부처 소속공무원의 정원 중 6인 [병무청 4인(기능8급 1인, 기능10급 3인), 조달청 1인(3급 또는 4급 이하 및 기능직) 및 통계청 1인]은 행정자치부 소속공무원으로 보아 이를 행정자치부로 이체한다.
제3조(다른 법령의 개정) ①책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1의2중 제주통계사무소 총정원의 한도란중 “42인”을 “41인”으로 한다.
②병무청과 그 소속기관 직제 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 4중 총계 “1,545”를 “1,541”로 하고, 기능직 계 “263”을 “259”로 하며, 기능 8급 “19”를 “18”로, 기능 10급 “239”를 “236”으로 한다.
③조달청과 그 소속기관 직제 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 3중 총계 “448”을 “447”로 하고, 일반직 및 기능직 계 “448”을 “447”로 하며, 3급 또는 4급 이하 및 기능직 “445”을 “444”로 한다.

부칙 [2007.1.29 제19835호]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제23조의6 및 제41조제2항의 개정규정은 2007년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(정원에 관한 적용례) ①행정자치부에 두는 공무원의 정원에 관하여 2007년 6월 30일 까지는 별표 1의 개정규정에 불구하고 별표 1의2의 개정규정을 적용한다.
②행정자치부 소속기관에 두는 공무원의 정원에 관하여 2007년6월30일 까지는 별표 3의 개정규정에 불구하고 별표 3의2의 개정규정을 적용한다.
제3조(다른 법령의 개정) 책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1의2중 국립과학수사연구소의 총정원의 한도란중 “286인”을 “292인”으로 한다.

부칙 [2007.8.22 제20233호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.8.22 제20236호(대변인제도의 도입에 따른 재정경제부와 그 소속기관 직제 등)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.11.30 제20401호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.11.30 제20423호(국가통계의 혁신 기반 구축을 위한 과학기술부와 그 소속기관 직제 등)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.2.29 제20741호(행정안전부와 그 소속기관 직제)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 폐지) 다음 각 호의 대통령령을 각각 폐지한다.
1. 행정자치부와 그 소속기관 직제
2. 부터 4. 까지 생략
제3조부터 제6조까지 생략