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제6조(백두대간보호지역의 지정)
① 환경부장관은 산림청장과 협의하여 백두대간보호지역(이하 “보호지역”이라 한다)의 지정에 관한 원칙과 기준을 정한다. 다만, 사회적·경제적·지역적 여건의 변화로 원칙과 기준의 변경이 불가피하다고 인정하는 경우에는 산림청장과 협의하여 변경할 수 있다.
② 산림청장은 백두대간 중 생태계, 자연경관 또는 산림 등에 대하여 특별한 보호가 필요하다고 인정하는 지역을 제1항 본문에 따른 원칙과 기준에 따라 환경부장관과 협의하여 보호지역으로 지정할 수 있다. 이 경우 보호지역은 다음 각 호와 같다.
1. 핵심구역: 백두대간의 능선을 중심으로 특별히 보호하려는 지역
2. 완충구역: 핵심구역과 맞닿은 지역으로서 핵심구역 보호를 위하여 필요한 지역
③ 보호지역의 지정 절차에 관하여는 제4조제3항·제5항 및 제6항을 준용하되, 필요한 경우 해당 지역주민의 의견을 들을 수 있다.
④ 산림청장은 제2항에 따라 보호지역을 지정하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관보에 고시하고 관계 중앙행정기관의 장과 도지사에게 통보하여야 한다.
⑤ 관계 도지사 또는 시장·군수는 보호지역의 지정과 관련되는 서류를 일반인이 열람할 수 있게 하여야 한다.
[전문개정 2011.4.6

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부칙 [2003.12.31 제7038호]
①(시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행 당시 백두대간보호지역안에서의 개발을 위하여 승인ㆍ인가ㆍ허가 등을 얻거나 받은 경우에는 이 법의 다른 규정에 불구하고 그 개발행위가 종료될 때까지 관계 법률의 규정에 따른다.

부칙 [2004.12.31 제7284호(신에너지및재생에너지개발이용보급촉진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①백두대간보호에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제6호중 "대체에너지개발및이용·보급촉진법에 의한 대체에너지"를 "신에너지및재생에너지개발·이용·보급촉진법에 의한 신·재생에너지"로 한다.
②내지 ⑧생략
제5조 생략

부칙 [2005.5.31 제7548호]
이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.7.13 제8506호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <302> 까지 생략
<303> 백두대간 보호에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제4항 중 "국무조정실장"을 "국무총리실장"으로 한다.
<304> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.1.30 제9401호(국유재산법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 <33> 까지 생략
<34> 백두대간보호에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조제2항 중 “「국유재산법」 제12조”를 “「국유재산법」 제9조”로 한다.
<35> 부터 <86> 까지 생략
제11조 생략

부 칙[2009.3.5 제9479호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조제2항제11호의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2011.4.6 제10561호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2012.12.18 제11565호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.3.11 제12414호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.4.18 제14772호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2020.5.26 제17318호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제7조제2항제9호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 규정을 인용하고 있는 경우 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2023.5.16 제19409호(국가유산기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑰까지 생략
⑱ 백두대간 보호에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제5호 중 "문화재 및"을 각각 "「국가유산기본법」 제3조에 따른 국가유산 및"으로 한다.
⑲부터 ㉖까지 생략

부 칙[2023.8.8 제19587호(매장유산 보호 및 조사에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2024년 5월 17일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑧까지 생략
⑨ 백두대간 보호에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제5호 중 "매장문화재"를 각각 "매장유산"으로 한다.
제4조 생략

부 칙[2023.10.31 제19802호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제2조는 2024년 5월 17일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) 법률 제19587호 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
부칙 제3조에 제9항을 다음과 같이 신설한다.
⑨ 백두대간 보호에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제5호 중 "매장문화재"를 각각 "매장유산"으로 한다.