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제4조(일반행정 운영상의 특례)
① 행정안전부장관이 「지방재정법」 제11조에 따라 서울특별시의 지방채 발행의 승인 여부를 결정하려는 경우에는 국무총리에게 보고하여야 한다. [개정 2011.5.30, 2013.3.23 제11690호(정부조직법), 2014.11.19 제12844호(정부조직법), 2017.7.26 제14839호(정부조직법)]
② 행정안전부장관은 「지방자치법」 제171조에 따라 서울특별시의 자치사무에 관한 감사를 하려는 경우에는 국무총리의 조정을 거쳐야 한다. [개정 2011.5.30, 2013.3.23 제11690호(정부조직법), 2014.11.19 제12844호(정부조직법), 2017.7.26 제14839호(정부조직법)]
③ 삭제 [94·12·20]
④ 삭제 [95·12·6]
⑤ 서울특별시 소속 국가공무원의 임용 등에 관한 「국가공무원법」 제32조제1항부터 제3항까지, 제78조제1항·제4항 및 제82조에 따른 소속 장관 또는 중앙행정기관의 장의 권한 중 대통령령으로 정하는 사항은 서울특별시장이 행사하며, 이와 관련된 행정소송의 피고는 같은 법 제16조에도 불구하고 서울특별시장이 된다. [개정 2011.5.30]
⑥ 삭제 [94·12·20]
⑦ 서울특별시 소속 공무원 등에 대한 서훈(敍勳)의 추천은 「상훈법」 제5조제1항에도 불구하고 서울특별시장이 한다. [개정 2011.5.30]
⑧ 삭제 [94·12·20]
[본조제목개정 2011.5.30]

부칙 [91·5·31]
제1조 (시행일) 이 법은 서울특별시의회의 구성일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) ①정부조직법 제20조제1항중 "각 중앙행정기관 및 서울특별시"를 "각 중앙행정기관"으로 한다.
②공무원교육훈련법중 다음과 같이 개정한다.
제5조 를 삭제한다.
제6조 제1항중 "부산시장 및 도지사"를 "서울특별시장·직할시장 및 도지사"로 한다.
제8조 제2항중 "서울특별시공무원교육원장과 부산시 및 각도 지방공무원교육원장"을 "서울특별시·직할시 및 도 지방공무원교육원장"으로, "서울특별시장 또는 내무부장관"을 "내무부장관"으로 한다.
③지방공기업법중 다음과 같이 개정한다.
제35조 제3항중 "(서울특별시에 있어서는 국무총리가 지정하는 공인회계사)"를 삭제한다.
제44조 제2항중 "부산시·도를 조합원으로 할 때에는 내무부장관, 서울특별시를 조합원으로 할 때에는 국무총리의 승인을 얻어 이를 정한다"를 "서울특별시·직할시 및 도를 조합원으로 할 때에는 내무부장관의 승인을 얻어 이를 정한다"로 한다.
제47조 제1항중 "부산시·도에 있어서는 내무부장관, 서울특별시에 있어서는 국무총리가 조정한다"를 "서울특별시·직할시 및 도에 있어서는 내무부장관이 조정한다"로 하고, 동조제2항중 "국무총리 또는 내무부장관"을 "내무부장관"으로 한다.
제49조 제1항중 "서울특별시·부산시·도"를 "서울특별시·직할시 및 도"로 하고, 동조제3항중 "서울특별시에 있어서는 국무총리의, 기타 지방자치단체에 있어서는 내무부장관"을 "내무부장관"으로 한다.
제50조 제2항중 "서울특별시가 공동설립단체인 경우에는 내무부장관을 경유하여 국무총리의, 기타의 경우에는 내무부장관"을 "내무부장관"으로 한다.
④도시철도법 제12조제2항중 "국무총리 또는 내무부장관"을 "내무부장관"으로 한다.

부 칙[1994·12·20]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) 서울특별시행정특례에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조 , 제4조제3항·제6항 및 제8항을 각각 삭제한다.
제5조 생략

부 칙[1995·12·6]
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) 서울특별시행정특례에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제4조 제4항을 삭제한다.

부칙 [2007.5.11 제8423호(지방자치법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑩ 생략
⑪서울특별시행정특례에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제1조 중 "지방자치법 제161조"를 "「지방자치법」 제174조"로 한다.
제4조제1항 중 "지방자치법 제115조제1항"을 "「지방자치법」 제124조제1항"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "지방자치법 제158조"를 "「지방자치법」 제171조"로 한다
⑫ 내지 <27> 생략
제13조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <209> 까지 생략
<210> 서울특별시행정특례에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 및 제2항 중 "내무부장관"을 각각 "행정안전부장관"으로 한다.
<211> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2011.5.30 제10730호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <177>까지 생략
<178> 서울특별시 행정특례에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 및 제2항 중 "행정안전부장관"을 각각 "안전행정부장관"으로 한다.
<179>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2014.11.19 제12844호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <86>까지 생략
<87> 서울특별시 행정특례에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 및 제2항 중 "안전행정부장관"을 각각 "행정자치부장관"으로 한다.
<88>부터 <258>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2017.7.26 제14839호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제5조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 <71>까지 생략
<72> 서울특별시 행정특례에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 및 제2항 중 "행정자치부장관"을 각각 "행정안전부장관"으로 한다.
<73>부터 <382>까지 생략
제6조 생략