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제9조(준공신고)
① 제7조에 따라 허가를 받거나 제8조에 따라 신고한 자가 그 공사를 준공하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다.
② 시장·군수·구청장은 제1항에 따른 신고를 받은 경우 그 내용을 검토하여 이 법에 적합하면 신고를 수리하여야 한다. [신설 2021.1.5

] [[시행일 2022.1.6]]
③ 시장·군수·구청장은 제1항에 따라 신고한 내용 중 지하수개발·이용시설의 위치 등 대통령령으로 정하는 사항이 제7조에 따라 허가를 받거나 제8조에 따라 신고한 내용과 다르게 준공된 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 시정을 명하거나 필요한 조치를 할 수 있으며, 정당한 사유 없이 이를 이행하지 아니하는 자에게는 해당 개발·이용시설의 폐쇄를 명할 수 있다. [개정 2021.1.5

] [[시행일 2022.1.6]]
[전문개정 2011.5.30

] [[시행일 2011.12.1]]

부칙 [97·1·13]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4장(제22조 내지 제26조)의 규정은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (이행보증금의 예치에 관한 적용례) 제14조의 규정은 이 법 시행후 최초로 이 법 또는 다른 법률의 규정에 의하여 허가·인가등을 받거나 신고를 하는 자부터 적용한다.
제3조 (지하수개발·이용의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지하수개발·이용의 신고를 한 자는 제7조 또는 제8조의 규정에 의하여 허가를받거나 신고를 한 것으로 본다.
제4조 (다른 법률의 개정) 온천법중 다음과 같이 개정한다. 제3조제1항 후단 및 제4조제1항 후단중 "지하수법 제10조"를 각각 "지하수법 제12조"로 한다.
제5조중 "지하수법 제7조 내지 제9조·제13조·제16조 및 제17조"를 "지하수법 제7조·제8조·제11조 및 제19조 내지 제21조"로 한다.
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 지하수법의 규정을인용하고 있는 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [97·12·13]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [99·3·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (지하수영향조사기관의 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제27조의규정에 의하여 지정을 받은 지하수영향조사기관은 제27조의 개정규정에 의한 지하수영향조사기관의 등록을 한 것으로 본다.
제3조 (허가권자등의 변경에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 행한 허가등 각종 행위 또는 신고등 시·도지사에 대한 각종 행위는 이 법에 의한 시장·군수의 행위 또는 시장·군수에 대한 행위로 본다.
제4조 (행정처분에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 행정처분은 종전의 규정에 의한다.
제5조 (벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2001.1.16]
①(시행일) 이 법은 공포후 10월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제29조의2의 개정규정은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
②(지하수개발·이용허가 유효기간에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 정한 지하수개발·이용허가의 유효기간은 제7조의3의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 다만, 유효기간이 정하여지지 아니한 경우에 있어서는 그 유효기간을 이 법 시행일부터 5년으로 본다.
③(지하수의 이용에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 신고하지 아니하고 지하수를 개발·이용하는 자로서 제8조제1항의 규정에 의하여 새로이 신고대상이 되는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이 법 시행일부터 1년 이내에 시장·군수에게 신고하여야 한다.
④(유출지하수에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 제9조의2제1항의 개정규정에 해당되는 지하굴착시설을 설치한 자는 이 법 시행일부터 6월이내에 동조제2항의 이용계획을 수립하여 신고하여야 한다.
⑤(벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
⑥(다른 법률의 개정) 환경범죄의단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다. 별표 1 제4호의 기준란중 "지하수법 제19조"를 "지하수법 제20조"로 한다.

부칙 [2002.2.4 제6655호(국토의계획및이용에관한법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제24조 생략
제25조 (다른 법률의 개정) ①내지 <23>생략
<24>지하수법중 다음과 같이 개정한다.
제7조제3항제3호중 "도시계획"을 "도시관리계획"으로 한다.
<25>내지 <30>생략

부칙 [2002.2.4 제6656호(공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <58>생략
<59>지하수법중 다음과 같이 개정한다.
제18조의2제2항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로 한다.
<60>내지 <85>생략
제12조 생략

부칙 [2005.3.31 제7459호(수질환경보전법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <25> 생략
<26>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호 가목중 "수질환경보전법 제2조제3호"를 "「수질환경보전법」제2조제8호"로 한다.
<27>내지 <35> 생략
제6조 생략

부칙 [2005.5.31 제7569호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (지하수개발·이용시설 공사 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제22조제3항제1호 내지 제3호의 규정에 의하여 지하수개발·이용시설 공사를 하고 있거나 종전의 제29조의2제2항제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 지하수정화업무를 하고 있는 경우에는 당해 공사 또는 업무가 종료될 때까지 제22조제3항제1호 내지 제3호의 개정규정 또는 제29조의2제2항제1호 또는 제2호의 개정규정을 적용하지 아니한다.
②이 법 시행 당시 지하수개발·이용시공업자가 지하수개발·이용시설의 공사를 하고 있는 경우에는 해당 공사가 종료될 때까지 제22조제4항의 개정규정을 적용하지 아니한다.
제3조 (벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (다른 법률의 개정) 부담금관리기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표에 제112호를 다음과 같이 신설한다.
112. 「지하수법」 제30조의3의 규정에 의한 지하수이용부담금

부칙 [2006.2.21 제7849호(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제39조 생략
제40조 (다른 법령의 개정) ①내지 <43>생략
<44>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제4항 전단 중 "「제주국제자유도시 특별법」에 의한 제주도지역 지하수"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 의한 제주특별자치도지역 지하수"로 한다.
<45>내지 <47>생략
제41조 생략

부칙 [2006.3.24 제7924호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.9.27 제8014호(하수도법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 내지 <40> 생략
<41>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호다목을 다음과 같이 한다.
다. 「하수도법」 제2조제1호·제2호의 규정에 따른 오수·분뇨 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제2홍의 규정에 따른 가축분뇨
<42> 내지 <57> 생략
제11조 생략

부칙 [2007.4.11 제8370호(수도법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제18조 생략
제19조(다른 법률의 개정) ① 내지 <47> 생략
<48>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조의3제1항제3호 중 “「수도법」 제3조제17호”를 “「수도법」 제3조제19호”로 한다.
<49> 내지 <66> 생략
제20조 생략

부칙 [2007.5.17 제8466호(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 내지 <39> 생략
<40>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호가목 중 “「수질환경보전법」”을 “「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」”로 한다.
<41> 내지 <55> 생략
제5조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <605> 까지 생략
<606> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항·제3조 본문·제6항, 제6조제1항 각 호 외의 부분·제3항·4항 후단·5항 본문·제6항, 제12조제4항·제5항·제6항 각 호 외의 부분, 제17조제1항·제4항 본문·제6항 후단, 제18조제1항 및 제36조제1항 중 "건설교통부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 한다.
제5조제4항·제5항, 제5조의2제1항·제2항·제4항, 제6조제2항, 제6조의2제1항 본문·제2항·제3항, 제17조제3항·제6항 전단·제8항, 제18조의2제1항, 제26조의2제3항·제4항·제5항제4호, 제30조의2제6항 및 제34조의2제1항·제2항·제3항 중 "건설교통부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 한다.
제9조의2제1항·제2항·제3항, 제9조의3, 제9조의4제1항 각 호 외의 부분·제4항, 제9조의5제2항 중 제26조의2제6항 중 "건설교통부령"을 각각 "국토해양부령"으로 한다.
제17조제7항 및 제33조 각 호외의 부분 본문 중 "건설교통부령"을 각각 "국토해양부령"으로 한다.
<607> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.28 제 9058호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2009.5.27 제9717호(농어업·농어촌 및 식품산업 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑭ 까지 생략
⑮ 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농어업을 영위할 목적으로 대통령령으로 정하는 규모 이하로 지하수를 개발ㆍ이용하는 경우
제30조의3제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농어업을 영위할 목적으로 지하수를 개발ㆍ이용하는 경우
<16> 및 <17> 생략
제7조 생략

부 칙[2010.3.22 제10154호(먹는물관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제4항 전단 중 “먹는샘물”을 “먹는샘물 및 먹는염지하수”로 한다.
④ 생략

부 칙[2010.3.31 제10219호(지방세기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 부터 <45> 까지 생략
<46> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제12호 중 “「지방세법」”을 “「지방세기본법」”으로 한다.
<47> 부터 <61> 까지 생략
제11조 생략

부 칙[2011.4.14 제10599호(국토의 계획 및 이용에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법률의 개정) ①부터 <70>까지 생략
<71> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제3항제3호 중 “도시관리계획”을 “도시ㆍ군관리계획”으로 한다.
<72>부터 <83>까지 생략
제9조 생략

부 칙[2011.5.30 제10763호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과된 날부터 시행한다. 다만, 제6조제4항, 제7조의2, 제14조제1항, 제38조 및 제41조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제30조의2제4항제9호 및 제33조제2항의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과된 날부터 시행한다.
제2조(수질검사 수수료 감면에 대한 적용례) 제33조제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 수질검사를 신청한 자가 수수료를 납부하는 분부터 적용한다.
제3조(하천 인근에서의 지하수개발·이용허가 협의에 대한 경과조치) 제7조의2의 개정규정 시행 전까지 시장·군수·구청장이 하천의 관리청에 협의를 신청하였으나 협의가 완료되지 아니한 경우에 대하여는 국토해양부장관에게 협의를 신청한 것으로 본다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 사법경찰관리의 직무를 수행할 자와 그 직무범위에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제19호버목 중 “제37조제7호”를 “제37조제3호”로 한다.
② 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제312조제12항 각 호 외의 부분 단서 중 “제10조제1항제1호·제8호 및 제9호”를 “제10조제1항제1호·제7호 및 제8호”로 한다.
제320조제2항 중 “같은 항 제6호”를 “같은 항 제8호”로, “제41조제1항”을 “제41조”로 한다.

부 칙[2012.1.17 제11192호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <631>까지 생략
<632> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항·제2항, 같은 조 제4항 본문, 같은 조 제5항부터 제7항까지, 제5조의2제1항·제2항·제4항, 제6조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항·제3항, 같은 조 제4항 후단, 같은 조 제5항 본문, 같은 조 제6항 전단, 제6조의2제1항 본문, 같은 조 제2항·제3항, 제7조의2제1항, 같은 조 제2항 전단 및 후단, 제9조의6제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항·제4항, 제9조의7제1항부터 제3항까지, 제10조제1항제8호의2, 제12조제4항·제5항, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분, 제17조제1항부터 제3항까지, 같은 조 제4항 전단, 같은 조 제6항 전단 및 후단, 같은 조 제8항, 제18조제1항, 제18조의2제1항, 제26조의2제3항·제4항, 같은 조 제5항제4호, 제30조의2제6항 전단, 제34조의2제1항부터 제3항까지 및 제36조제1항 중 "국토해양부장관"을 각각 "국토교통부장관"으로 한다.
제6조제4항 후단 중 "행정안전부장관·농림수산식품부장관"을 "안전행정부장관·농림축산식품부장관"으로 한다.
제7조제7항, 제9조의2제1항부터 제3항까지, 제9조의3, 제9조의4제1항 각 호 외의 부분 전단, 같은 조 제4항, 제9조의5제2항, 제9조의6제3항, 제9조의7제3항, 제17조제7항, 제26조의2제6항 및 제33조제1항 각 호 외의 부분 중 "국토해양부령"을 각각 "국토교통부령"으로 한다.
<633>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.5.22 제11803호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(지하수 유출감소대책 신고에 관한 적용례) 제9조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 지하수 유출감소대책을 수립하는 경우부터 적용한다.
제3조(가산금에 관한 적용례) 제30조의3제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 지하수이용부담금을 부과하는 경우부터 적용한다.

부 칙[2013.6.4 제11862호(화학물질관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑧까지 생략
⑨ 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호라목 중 "「유해화학물질 관리법」 제2조제8호에 따른 유해화학물질"을 "「화학물질관리법」 제2조제7호에 따른 유해화학물질"로 한다.
⑩부터 <29>까지 생략
제12조 생략

부 칙[2013.8.6 제11998호(지방세외수입금의 징수 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 <63>까지 생략
<64> 법률 제11803호 지하수법 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조의3제5항 중 "지방세 체납처분의 예에 따라 징수한다"를 "「지방세외수입금의 징수 등에 관한 법률」에 따라 징수한다"로 한다.
<65>부터 <71>까지 생략

부 칙[2014.11.19 제12844호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <222>까지 생략
<223> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제4항 후단 중 "안전행정부장관"을 "행정자치부장관"으로 한다.
<224>부터 <258>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2015.1.6 제12990호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2015.6.22 제13383호(수산업·어촌 발전 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <43>까지 생략
<44> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제2호 및 제30조의3제1항제2호 중 "「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농어업"을 각각 "「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농업과 「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조제1호가목에 따른 어업"으로 한다.
<45>부터 <63>까지 생략

부 칙[2016.12.27 제14476호(지방세징수법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <48>까지 생략
<49> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항제3호 및 제25조제1항제8호 중 "「지방세기본법」"을 각각 "「지방세징수법」"으로 하고, 제30조의3제4항 후단 중 "「지방세기본법」 제57조 및 제59조"를 "「지방세징수법」 제14조 및 제30조"로 한다.
<50>부터 <65>까지 생략
제5조 생략

부 칙[2017.1.17 제14532호(물환경보전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <68>까지 생략
<69> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호가목 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조제8호"를 "「물환경보전법」 제2조제8호"로 한다.
<70>부터 <89>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2017.4.18 제14801호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(지하수개발·이용시공업 및 지하수영향조사기관의 결격사유에 관한 적용례) 제23조제5호 및 제28조제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 지하수개발·이용시공업 또는 지하수영향조사기관의 등록을 신청하는 자부터 적용한다.
제3조(금치산자 등에 대한 경과조치) 제23조제1호의 개정규정에 따른 피성년후견인 또는 피한정후견인에는 법률 제10429호 민법 일부개정법률 부칙 제2조에 따라 금치산 또는 한정치산 선고의 효력이 유지되는 사람을 포함하는 것으로 본다.

부 칙[2017.7.26 제14839호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제5조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 <228>까지 생략
<229> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제4항 후단 중 "행정자치부장관"을 "행정안전부장관"으로 한다.
<230>부터 <382>까지 생략
제6조 생략

부 칙[2018.2.21 제15403호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.6.8 제15624호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항·제2항, 같은 조 제4항 본문, 같은 조 제5항부터 제7항까지, 제5조의2제1항·제5항, 제6조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 같은 조 제4항 후단, 같은 조 제5항 전단, 같은 조 제6항 전단, 제6조의2제1항 전단, 같은 조 제2항, 제9조의6제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항·제4항, 제9조의7제1항부터 제3항까지, 제10조제1항제8호의2, 제12조제4항·제5항, 같은 조 제7항 각 호 외의 부분, 같은 조 제9항, 제17조제1항·제2항, 같은 조 제3항 본문·단서, 같은 조 제4항 전단, 같은 조 제6항 본문·단서, 같은 조 제9항·제10항, 제26조의2제3항·제4항, 같은 조 제5항제4호, 제30조의2제6항 본문·단서 및 제34조의2제1항부터 제3항까지 중 "국토교통부장관"을 각각 "환경부장관"으로 한다.
제5조의2제2항, 제6조제3항, 제6조의2제3항 및 제17조제7항을 각각 삭제한다.
제5조의2제3항 중 "국토교통부장관 및 환경부장관"을 "환경부장관"으로 하고, 제18조의2제1항 중 "국토교통부장관, 환경부장관"을 "환경부장관"으로 하며, 제36조제1항 중 "국토교통부장관 또는 환경부장관"을 "환경부장관"으로 한다.
제6조제4항 후단 중 "행정안전부장관·농림축산식품부장관 및 환경부장관"을 "행정안전부장관·농림축산식품부장관"으로 한다.
제7조의2제1항 중 "국토교통부장관"을 "환경부장관"으로 하고, 같은 조 제2항 전단 중 "국토교통부장관"을 "환경부장관"으로 하며, 같은 항 후단 중 "국토교통부장관"을 "환경부장관"으로, "명백한 경우에는"을 "명백한 경우에는 국토교통부장관과 협의하여"로 한다.
제9조의2제1항부터 제3항까지, 제9조의3, 제9조의4제1항 각 호 외의 부분 전단, 같은 조 제4항, 제9조의5제2항 전단, 제9조의6제3항, 제9조의7제3항, 제11조제3항, 제17조제8항 및 제26조의2제6항 중 "국토교통부령"을 각각 "환경부령"으로 한다.
제12조제7항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 수질보전을 위하여 필요하다고 인정되는 지역
제18조제1항 중 "측정하여야 하며, 측정을 완료하였을 때에는 그 결과를 국토교통부장관에게 통보하여야 한다"를 "측정하여야 한다"로 한다.
제33조제1항 각 호 외의 부분 중 "제1호·제2호·제4호 또는 제5호의 경우에는 국토교통부령으로, 제3호 또는 제6호의 경우에는 환경부령"을 "환경부령"으로 한다.
법률 제15403호 지하수법 일부개정법률 제5조제1항 중 "국토교통부령"을 "환경부령"으로 한다.
④부터 ⑩까지 생략
제5조 생략

부 칙[2020.3.24 제17091호(지방행정제재·부과금의 징수 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <90>까지 생략
<91> 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조의3제5항 중 "「지방세외수입금의 징수 등에 관한 법률」"을 "「지방행정제재·부과금의 징수 등에 관한 법률」"로 한다.
<92>부터 <102>까지 생략
제5조 생략

부 칙[2020.5.26 제17326호(법률용어 정비를 위한 환경노동위원회 소관 65개 법률 일부개정을 위한 법률)]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>

부 칙[2020.12.8 제17618호(양식산업발전법)]
제1조(시행일) 이 법률은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제2호 중 "「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조제1호가목에 따른 어업"을 "「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조제1호가목에 따른 어업 및 같은 호 마목에 따른 양식업"으로 한다.
제30조의3제1항제2호 중 "「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조제1호가목에 따른 어업"을 "「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조제1호가목에 따른 어업 및 같은 호 마목에 따른 양식업"으로 한다.

부 칙[2020.12.31 제17814호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조의2제2항 중 "국토교통부장관과 협의하여 허가를 신청한 자"를 "허가를 신청한 자"로 한다.
③부터 ㉕까지 생략
제5조 생략

부 칙[2021.1.5 제17850호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(유출지하수 이용계획 신고에 관한 적용례) 제9조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 지하층 공사를 완료한 경우부터 적용한다.
제3조(굴착행위의 신고 등에 관한 적용례) 제9조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 지하수개발·이용을 위하여 토지 굴착행위를 하는 경우부터 적용한다.
제4조(지하수개발·이용자의 권리승계신고 등에 관한 적용례) 제11조제3항 및 제24조제4항·제5항의 개정규정은 이 법 시행 이후 지하수개발·이용자의 권리승계신고, 지하수개발·이용시공업의 양도·양수 또는 합병 신고를 하는 경우부터 적용한다.
제5조(지하수이용부담금 부과에 관한 적용례) 제30조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 지하수이용부담금을 부과하는 경우부터 적용한다.
제6조(유출지하수 감소대책 개선명령에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제9조의2제3항에 따라 유출지하수 감소대책을 시행하지 아니하여 시장·군수·구청장이 개선을 명한 경우에는 종전의 규정을 따른다.
제7조(지하수 오염방지명령 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제16조제2항에 따라 환경부장관 또는 시장·군수·구청장이 지하수 오염방지를 위한 조치를 명한 경우에는 제16조제3항의 개정규정을 적용한다.
제8조(벌칙이나 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다
제9조(다른 법률의 개정) 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제390조제2항 중 "제5항·제6항·제7항, 제5조의2제4항"을 "제5항·제6항·제7항, 같은 조 제9항 본문, 같은 조 제10항, 제5조의2제4항"으로, "제9조제1항·제2항, 제9조의2제1항부터 제3항까지, 제9조의3"을 "제9조제1항·제3항, 제9조의2제1항·제2항·제4항, 제9조의3제1항"으로, "제3항·제4항, 제9조의5제2항 전단, 같은 조 제3항·제4항"을 "제4항·제5항, 제9조의5제2항 전단, 같은 조 제4항·제5항"으로, "제12조의2제1항"을 "제11조제1항·제2항, 제12조의2제1항"으로, "제17조제1항, 같은 조 제6항 본문, 같은 조 제8항부터 제10항까지"를 "제17조제1항·제6항"으로, "제24조제1항·제3항"을 "제24조제1항·제2항"으로 한다.

부 칙[2023.1.3 제19170호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.