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제3조(부정기편 운항의 구분)
법 제2조제9호나목, 제11호나목 및 제13호에 따른 국내 및 국제 부정기편 운항은 다음 각 호와 같이 구분한다.
1. 지점 간 운항: 한 지점과 다른 지점 사이에 노선을 정하여 운항하는 것
2. 관광비행: 관광을 목적으로 한 지점을 이륙하여 중간에 착륙하지 아니하고 정해진 노선을 따라 출발지점에 착륙하기 위하여 운항하는 것
3. 전세운송: 노선을 정하지 아니하고 사업자와 항공기를 독점하여 이용하려는 이용자 간의 1개의 항공운송계약에 따라 운항하는 것

부 칙[2017.3.30 제411호]
제1조(시행일) 이 규칙은 2017년 3월 30일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 폐지) 항공운송사업진흥법시행규칙은 폐지한다.
제3조(국내항공운송사업 또는 국제항공운송사업의 면허 신청에 관한 적용례) 국토교통부령 제367호 항공법 시행규칙 일부개정령 제278조의 개정규정은 국토교통부령 제367호 항공법 시행규칙 일부개정령의 시행일인 2016년 10월 6일 이후 최초로 국내항공운송사업 또는 국제항공운송사업의 면허를 신청하는 자부터 적용한다.
제4조(행정처분기준에 관한 경과조치) 국토교통부령 제367호 항공법 시행규칙 일부개정령의 시행일인 2016년 10월 6일 전의 위반행위에 대한 행정처분에 대해서는 국토교통부령 제367호 항공법 시행규칙 일부개정령 별표 59 제7호의 개정규정에도 불구하고 종전의 「항공법 시행규칙」(국토교통부령 제367호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따른다.
제5조(일반적 경과조치) 이 규칙 시행 당시 종전의 규정에 따른 처분·절차, 그 밖의 행위는 이 규칙의 규정에 저촉되지 아니하는 한 이 규칙의 규정에 따라 행하여진 것으로 본다.
제6조(다른 법령의 개정) ① 국제항공운수권 및 영공통과 이용권 배분 등에 관한 규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.
제1조 중 "「항공법」 제118조제1항 및 제118조의2조제1항"을 "「항공사업법」 제16조제1항 및 제17조제1항"으로 하고, 제2조제1호 중 "「항공법」(이하 "법"이라 한다) 제112조제1항"을 "「항공사업법」(이하 "법"이라 한다) 제7조제1항"으로 하며, 제10조 중 "법 제118조의2제1항"을 "법 제17조제1항"으로 하고, 제11조제1항 중 "법 제120조제2항"을 "법 제12조"로 하며, 제17조제1항 중 "법 제118조제3항제3호"를 "법 제16조제3항제3호"로 하고, 같은 조 제2항 중 "법 제118조의2제3항"을 "법 제17조제3항"으로 하며, 제18조 중 "법 제118조제3항 각 호, 법 제118조의2제3항"을 "법 제16조제3항 각 호, 법 제17조제3항"으로 한다.
② 여객자동차 운수사업법 시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조제3항제1호 및 제64조제2항 중 "「항공법」"을 각각 "「항공사업법」"으로 한다.
③ 항공보안법 시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 및 제3조 중 "「항공법」 제139조에 따라 도심공항터미널을 경영하는 자"를 각각 "「항공사업법」 제2조제33호에 따른 도심공항터미널업자"로 한다.
제7조(다른 법령과의 관계) 이 규칙 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「항공법 시행규칙」, 「항공운송사업진흥법시행규칙」 또는 그 규정을 인용하고 있는 경우로서 이 규칙 가운데 그에 해당하는 규정이 있을 때에는 종전의 「항공법 시행규칙」, 「항공운송사업진흥법시행규칙」 또는 그 규정을 갈음하여 이 규칙 또는 이 규칙의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2017.7.18 제438호]
이 규칙은 2017년 7월 18일부터 시행한다. 다만, 제42조제1항제1호, 제44조제1항제1호, 제46조제1항제1호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.10.31 제553호]
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제30조제1호의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(국내항공운송사업 등의 면허 기준에 관한 적용례) 제8조의2의 개정규정은 이 규칙 시행 이후 국내항공운송사업 또는 국제항공운송사업의 면허를 신청하는 경우부터 적용한다.
제3조(재무구조 개선명령에 관한 적용례) 제30조제1호의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 최초로 도래하는 사업연도부터 적용한다.
제4조(국내항공운송사업 등의 면허 신청에 관한 적용례) 별지 제1호서식 에 따른 처리기간의 개정규정은 이 규칙 시행 이후 국내항공운송사업 또는 국제항공운송사업의 면허를 신청하는 경우부터 적용한다.

부 칙[2019.1.3 제578호]
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(신청서의 처리기간에 관한 경과조치) 이 규칙 시행 당시 제출된 신청서의 처리기간에 대해서는 별지 제17호서식 및 별지 제35호서식의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제3조(항공기취급업 등록신청 시 제출하는 서류에 관한 적용례) 제43조제1항제2호아목 및 별지 제26호서식의 개정규정은 이 규칙 시행 전에 항공기취급업의 등록을 신청한 자가 도급(하도급을 포함한다. 이하 같다)을 통해 해당 사업을 수행하려는 경우에 대해서도 적용한다.
제4조(수수료에 관한 적용례) 별표 4 제6호의 개정규정은 이 규칙 시행 이후 소형항공운송사업의 등록을 신청하는 경우부터 적용한다.
제5조(종전 항공기취급업의 등록자에 대한 특례) 이 규칙 시행 전에 항공기취급업을 등록한 자가 도급을 통해 해당 사업을 수행 중이거나 수행하려는 경우에는 제43조제1항제2호아목 및 별지 제26호서식의 개정규정에도 불구하고 이 규칙 시행일로부터 3개월 이내에 도급에 관한 사항을 포함한 사업계획서를 작성하여 관할 지방항공청장에게 제출해야 한다.

부 칙[2020.2.28 제695호]
이 규칙은 2020년 2월 28일부터 시행한다.

부 칙[2020.5.27 제732호]
이 규칙은 2020년 5월 27일부터 시행한다.

부 칙[2020.12.10 제782호]
제1조(시행일) 이 규칙은 2020년 12월 10일부터 시행한다.
제2조(비행훈련을 하는 전문교육기관의 항공기사용사업 등록에 관한 경과조치) 이 규칙 시행 당시 「항공안전법」 제48조에 따라 전문교육기관으로 지정받아 비행훈련을 실시하고 있는 전문기관은 이 규칙 시행일부터 6개월이 되는 날까지 법 제30조에 따라 항공기사용사업의 등록을 해야 한다.
제3조(무인비행장치 소유자의 보험 또는 공제 가입에 관한 경과조치) 이 규칙 시행 당시 종전의 규정에 따른 보험 또는 공제에 가입한 무인비행장치를 초경량비행장치사용사업, 항공기대여업 및 항공레저스포츠사업에 사용하는 자에 대하여는 제70조제5항제2호의 개정규정에도 불구하고 이 규칙 시행 이후 그 보험 또는 공제의 갱신일이 도래하기 전까지는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2021.8.27 제882호(어려운 법령용어 정비를 위한 80개 국토교통부령 일부개정령)]
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>

부 칙[2022.12.8 제1164호]
이 규칙은 2022년 12월 8일부터 시행한다.