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제12조(가동개시 신고 및 수리)
① 사업자는 배출시설등 및 방지시설의 전부 또는 일부의 설치 또는 변경(변경신고를 하고 변경을 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 경우만 해당한다)을 완료하고 해당 시설을 가동하려는 경우에는 환경부령으로 정하는 바에 따라 환경부장관에게 가동개시 신고를 하여야 한다. 이 경우 배출시설등 중 「폐기물관리법」 제30조제1항에 따른 검사를 받아야 하는 폐기물처리시설의 경우에는 가동개시 신고를 할 때 검사결과서를 함께 제출하여야 한다.
② 환경부장관은 제1항 전단에 따른 신고를 접수한 날부터 환경부령으로 정하는 기간 이내에 현장 확인을 실시하여 배출시설등 및 방지시설이 제6조에 따른 허가 또는 변경허가나 변경신고된 사항에 적합하게 설치 또는 변경된 경우에는 환경부령으로 정하는 바에 따라 그 신고를 수리하여야 한다.
③ 제2항에 따라 신고가 수리된 배출시설등 및 방지시설 중에서 발전소의 질소산화물 감소 시설, 수질오염방지시설 등 대통령령으로 정하는 시설에 대하여는 환경부령으로 정하는 시운전기간 동안 제14조, 제15조, 제41조제1호 및 제47조제6항제1호를 적용하지 아니한다.
④ 환경부장관은 제2항에 따른 현장 확인 결과 배출시설등 및 방지시설이 제6조에 따른 허가 또는 변경허가나 변경신고된 사항에 적합하게 설치 또는 변경되지 아니한 경우에는 환경부령으로 정하는 기간 이내에 개선을 명할 수 있다.

부 칙[2015.12.22 제13603호]
제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(법 시행을 위한 준비행위) ① 환경부장관은 이 법 시행을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 이 법 시행 전에 제24조제5항에 따른 기술작업반을 구성·운영할 수 있다.
② 환경부장관은 이 법 시행을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 이 법 시행 전에 제25조에 따른 실태조사를 실시할 수 있다.
③ 환경부장관은 이 법 시행을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 이 법 시행 전에 제29조에 따른 환경전문심사원을 지정할 수 있다.
제3조(통합허가 등에 관한 적용례) 제6조의 규정은 이 법 시행 후 신청하는 허가부터 적용한다.
제4조(기존의 배출시설등 및 방지시설 설치·운영자에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 제10조제1항 각 호의 법률에 따라 허가 또는 승인을 받았거나 신고를 한 자 중 제6조제1항에 따른 대통령령으로 정하는 업종에 속하는 사업장 중 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업장을 운영하고 있는 자(이하 "기존사업자"라 한다)는 같은 항 각 호 외의 부분 후단에 따른 해당 업종의 적용일부터 4년 이내에 제6조제1항에 따른 허가를 받아야 한다. 이 경우 제6조제1항에 따른 허가를 조기에 받은 자에 대하여는 제9조제1항 전단에 따른 허가조건이나 허가배출기준의 검토 주기를 최대 3년의 범위 내에서 연장하는 등의 행정적 지원을 환경부령으로 정하는 바에 따라 할 수 있다. [개정 2017.11.28, 2019.11.26, 2021.1.5] [[시행일 2021.7.1]]
② 제1항에 따라 제6조제1항에 따른 허가를 받을 때 배출시설등 및 방지시설의 변경이 없는 경우에는 같은 조 제4항에 따른 통합환경관리계획서에 포함되어야 할 사항 중 대통령령으로 정하는 사항을 제외할 수 있다. [신설 2019.11.26] [[시행일 2020.2.27]]
③ 환경부장관은 제1항에 따른 허가를 받은 자가 그 허가 전에 배출시설등 및 방지시설에 대한 허가·승인 또는 신고 등에 관한 제10조제1항 각 호의 법률을 위반한 경우 그 행위에 대하여는 해당 법령에 따른 허가의 취소 또는 정지 등의 처분을 할 수 있다. [개정 2019.11.26] [[시행일 2020.2.27]]
④ 환경부장관은 기존사업자가 제1항에 따른 기한 내에 제6조제1항에 따른 허가를 받지 아니한 경우 그 기존사업자가 운영하는 배출시설등 및 방지시설에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 6개월 이내의 사용중지 또는 폐쇄를 명하여야 한다. [신설 2021.1.5] [[시행일 2021.7.1]]
1. 제1항에 따른 기한 내에 제6조제1항에 따른 허가를 받지 아니한 경우: 사용중지 3개월
2. 제1호에 따른 사용중지 기간 내에 제6조제1항에 따른 허가를 받지 아니한 경우: 사용중지 6개월
3. 제2호에 따른 사용중지 기간 내에 제6조제1항에 따른 허가를 받지 아니한 경우: 폐쇄명령
⑤ 환경부장관은 제4항에 따라 사용중지를 명하여야 하는 경우로서 사용중지가 주민의 생활, 대외적인 신용 및 고용·물가 등 국민경제, 그 밖에 공익에 현저한 지장을 줄 우려가 있는 경우에는 그 사용중지처분을 갈음하여 10억원 이하의 과징금을 부과할 수 있다. 이 경우 제23조제3항 및 제4항을 준용한다. [신설 2021.1.5] [[시행일 2021.7.1]]
⑥ 제4항에 따라 사용중지가 명하여지거나 제5항에 따라 사용중지처분을 갈음하여 과징금이 부과된 경우 그 대상인 배출시설등 및 방지시설에 대해서는 사용중지 기간 동안 제10조제1항 각 호의 법률을 적용한다. 이 경우 제38조제1호, 제40조제1호 및 제42조제1호를 적용하지 아니한다. [신설 2021.1.5] [[시행일 2021.7.1]]
⑦ 제5항에 따라 과징금을 부과하는 위반행위의 종류와 위반 정도 등에 따른 과징금의 금액 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. [신설 2021.1.5] [[시행일 2021.7.1]]
제5조(다른 법률의 개정) ① 금강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 각 호 외의 부분 전단 중 "방류수수질기준 또는 배출허용기준"을 "방류수 수질기준 또는 허가배출기준이나 배출허용기준"으로 하고, 같은 항에 제4호를 다음과 같이 신설한다.
4. 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제8조제1항
제13조제2항 중 "해당 오염물질에 대하여 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제41조에 따른 배출부과금이나"를 "해당 오염물질에 대하여 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제15조제1항 또는 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제41조에 따른 배출부과금이나"로 한다.
제15조제1항 중 "「건축법」 제11조"를 "「건축법」 제11조, 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제6조"로 한다.
제18조제6항제2호 중 "배출허용기준"을 "배출허용기준 또는 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제8조제1항에 따른 허가배출기준"으로 한다.
② 낙동강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 각 호 외의 부분 전단 중 "방류수수질기준 또는 배출허용기준"을 "방류수 수질기준 또는 허가배출기준이나 배출허용기준"으로 하고, 같은 항에 제4호를 다음과 같이 신설한다.
4. 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제8조제1항
제13조제2항 중 "해당 오염물질에 대하여 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제41조에 따른 배출부과금이나"를 "해당 오염물질에 대하여 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제15조제1항 또는 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제41조에 따른 배출부과금이나"로 한다.
제15조제1항 중 "「건축법」 제11조"를 "「건축법」 제11조, 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제6조"로 한다.
제19조제6항제2호 중 "배출허용기준"을 "배출허용기준 또는 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제8조제1항에 따른 허가배출기준"으로 한다.
③ 부담금관리 기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 제25호 및 제46호를 각각 다음과 같이 한다.
25. 「대기환경보전법」 제35조에 따른 배출부과금 및 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제15조에 따른 배출부과금
46. 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제41조에 따른 배출부과금 및 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제15조에 따른 배출부과금
④ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제1항에 제16호를 다음과 같이 신설한다.
16. 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제6조에 따른 허가
제14조의2제1항에 제11호를 다음과 같이 신설한다.
11. 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제12조에 따른 가동개시 신고
⑤ 영산강·섬진강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 각 호 외의 부분 전단 중 "방류수수질기준 또는 배출허용기준"을 "방류수 수질기준 또는 허가배출기준이나 배출허용기준"으로 하고, 같은 항에 제4호를 다음과 같이 신설한다.
4. 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제8조제1항
제13조제2항 중 "해당 오염물질에 대하여 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제41조에 따른 배출부과금이나"를 "해당 오염물질에 대하여 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제15조제1항 또는 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제41조에 따른 배출부과금이나"로 한다.
제15조제1항 중 "「건축법」 제11조"를 "「건축법」 제11조, 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제6조"로 한다.
제18조제6항제2호 중 "배출허용기준"을 "배출허용기준 또는 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제8조제1항에 따른 허가배출기준"으로 한다.
⑥ 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조의4제1항 각 호 외의 부분 전단 중 "방류수 수질기준 또는 배출허용기준"을 "방류수 수질기준 또는 허가배출기준이나 배출허용기준"으로 하고, 같은 항에 제4호를 다음과 같이 신설한다.
4. 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제8조제1항
제8조의5제2항 중 "해당 오염물질에 대하여 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제41조에 따른 배출부과금이나"를 "해당 오염물질에 대하여 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제15조제1항 또는 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제41조에 따른 배출부과금이나"로 한다.
제8조의7제1항 중 "「건축법」 제11조"를 "「건축법」 제11조, 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제6조"로 한다.
⑦ 환경범죄 등의 단속 및 가중처벌에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호에 타목을 다음과 같이 신설한다.
타. 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제21조제1항제1호가목·나목, 같은 항 제2호 또는 제3호에 해당하는 행위
⑧ 환경정책기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제46조에 제7호의2를 다음과 같이 신설한다.
7의2. 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제15조에 따른 배출부과금·가산금 및 같은 법 제23조에 따른 과징금
제58조제1항에 제8호의2를 다음과 같이 신설한다.
8의2. 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제24조제1항에 따른 최적가용기법 및 같은 조 제2항에 따른 최적가용기법 기준서에 관한 사항

부 칙[2016.12.27 제14476호(지방세징수법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <63>까지 생략
<64> 법률 제13603호 환경오염시설의 통합관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항제3호 중 "「지방세기본법」"을 "「지방세징수법」"으로 한다.
<65> 생략
제5조 생략

부 칙[2017.1.17 제14532호(물환경보전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <86>까지 생략
<87> 환경오염시설의 통합관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호마목 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조제7호"를 "「물환경보전법」 제2조제7호"로 하고, 같은 조 제2호바목 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조제2호"를 "「물환경보전법」 제2조제2호"로 하며, 같은 호 사목 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조제10호"를 "「물환경보전법」 제2조제10호"로 한다.
제4조 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」"을 "「물환경보전법」"으로 한다.
제6조제1항제2호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조제4호"를 "「물환경보전법」 제2조제4호"로 한다.
제7조제5항 각 호 외의 부분 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제33조제5항"을 "「물환경보전법」 제33조제5항"으로 한다.
제10조제1항제3호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제33조제1항부터 제3항까지의 규정"을 "「물환경보전법」 제33조제1항부터 제3항까지의 규정"으로, "변경신고: 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」"을 "변경신고: 「물환경보전법」"으로 한다.
제14조제1항 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제35조제4항"을 "「물환경보전법」 제35조제4항"으로 한다.
제15조제1항제1호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제35조제4항"을 "「물환경보전법」 제35조제4항"으로 하고, 같은 조 제2항제1호나목 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제12조제3항"을 "「물환경보전법」 제12조제3항"으로 한다.
제16조제3호 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제12조제3항"을 "「물환경보전법」 제12조제3항"으로 한다.
제21조제1항 각 호 외의 부분 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제35조제4항"을 "「물환경보전법」 제35조제4항"으로 한다.
<88> 및 <89> 생략
제7조 생략

부 칙[2017.11.28 제15107호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.10.16 제15832호(물환경보전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제10조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 환경오염시설의 통합관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제5항 각 호 외의 부분 중 "「물환경보전법」 제33조제5항"을 "「물환경보전법」 제33조제7항"으로 한다.

부 칙[2019.4.2 제16305호(대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 환경오염시설의 통합관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제5호 중 "「수도권 대기환경개선에 관한 특별법」 제16조제3항"을 "「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법」 제17조제4항"으로 한다.
⑤ 생략

부 칙[2019.11.26 제16618호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제15조제4항의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

부 칙[2020.5.26 제17326호(법률용어 정비를 위한 환경노동위원회 소관 65개 법률 일부개정을 위한 법률)]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>

부 칙[2021.1.5 제17856호]
제1조(시행일) 이 법은 2021년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제6조제5항부터 제7항까지의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(통합허가대행업의 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 통합허가대행업을 하고 있는 자는 제11조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일부터 6개월까지는 같은 개정규정에 따른 등록을 하지 아니하고 통합허가대행업을 할 수 있다.
제3조(금치산자에 대한 경과조치) 제11조의3제1호의 개정규정에 따른 피성년후견인은 법률 제10429호 민법 일부개정법률 부칙 제2조에 따라 금치산 선고의 효력이 유지되는 사람을 포함하는 것으로 본다.