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제54조(품종보호권의 설정등록)
① 품종보호권은 제52조제1항제1호에 따른 설정등록을 함으로써 발생한다.
② 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 품종보호권을 설정등록하여야 한다. [개정 2013.3.23] [[시행일 2013.6.2]]
1. 제46조제1항에 따라 품종보호료를 납부한 때
2. 제47조제1항에 따라 납부기간 경과 후에 품종보호료를 납부한 때
3. 제48조제2항에 따라 품종보호료를 보전한 때
4. 제49조제1항에 따라 품종보호료를 납부하거나 보전한 때
5. 제50조에 따라 품종보호료가 면제된 때
③ 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 제2항에 따라 품종보호권이 설정등록된 품종의 종자인 경우 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관이 정하여 고시하는 바에 따라 일정량의 시료를 보관·관리하여야 한다. 이 경우 종자시료가 묘목, 영양체 또는 수산식물인 경우에는 그 제출 시기·방법 등은 공동부령으로 정한다. [개정 2013.3.23] [[시행일 2013.6.2]]
④ 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 제2항에 따라 품종보호권을 설정등록하였을 때에는 다음 각 호의 사항을 공보에 게재하여야 한다. [개정 2013.3.23] [[시행일 2013.6.2]]
1. 품종보호권자의 성명과 주소(법인인 경우에는 그 명칭, 대표자 성명 및 영업소 소재지)
2. 품종보호 등록번호
3. 설정등록 연월일
4. 품종보호권의 존속기간
⑤ 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 제2항에 따라 품종보호권을 설정등록하였을 때에는 지체 없이 품종보호권자에게 공동부령으로 정하는 품종보호권 등록증을 발급하여야 한다. [개정 2013.3.23] [[시행일 2013.6.2]]

부 칙[2012.6.1 제11457호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(처분 등에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「종자산업법」에 따라 행한 처분·절차나 그 밖의 행정기관의 행위와 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 처분·절차나 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제3조(품종관리인 등록, 복수당사자의 대표자 신고 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제3조제3항에 따라 품종관리인의 선임·변경과 그 대리권의 수여·취소에 관하여 등록한 자는 제4조제3항에 따라 품종관리인의 선임·변경과 그 대리권의 수여·취소에 관하여 등록한 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제5조제1항 단서에 따라 신고한 복수당사자의 대표자는 제7조제1항 단서에 따라 신고한 복수당사자의 대표자로 본다.
③ 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제23조에 따라 품종보호를 받을 수 있는 권리의 승계를 신고한 자는 제27조에 따라 품종보호를 받을 수 있는 권리를 신고한 것으로 본다.
제3조의2(알려진 품종의 품종보호 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제13조의2에 따라 품종보호를 출원하거나 품종보호를 출원하여 품종보호를 받은 경우 그 품종보호권에 대해서는 종전의 「종자산업법」 제13조의2에 따른다.
[본조신설 2013.8.13]
제4조(품종보호 등의 출원, 등록, 청구 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제26조에 따라 품종보호를 출원한 자는 제30조에 따라 품종보호를 출원한 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제53조에 따라 등록된 품종보호권·전용실시권 및 통상실시권의 설정 등은 제52조에 따라 등록된 것으로 본다.
③ 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제68조에 따라 통상실시권 설정에 관한 재정을 청구한 자는 제67조에 따라 재정을 청구한 것으로 본다.
제5조(품종보호심판위원회 설치 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제91조제1항에 따른 품종보호심판위원회는 제90조제1항에 따라 설치된 심판위원회로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제91조제2항에 따라 임명되거나 위촉된 품종보호심판위원은 제90조제2항에 따라 임명되거나 위촉된 심판위원으로 본다. 이 경우 위촉위원의 임기는 남은 기간으로 한다.
제6조(심판청구 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제93조 또는 제94조에 따라 거절결정 또는 취소결정에 대한 심판이나 무효심판을 청구한 자는 제91조 또는 제92조에 따라 거절결정 또는 취소결정에 대한 심판이나 무효심판을 청구한 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제101조 또는 제102조에 따라 재심을 청구하거나 사해심결에 대하여 불복청구를 한 자는 제99조 또는 제100조에 따라 재심을 청구하거나 사해심결에 대하여 불복청구를 한 것으로 본다.
제7조(품종명칭 등록출원 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제111조제1항에 따라 품종명칭 등록출원을 한 자는 제109조제1항에 따라 품종명칭 등록출원을 한 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제111조제8항에 따라 등록된 품종명칭은 제109조제8항에 따라 등록된 것으로 본다.
③ 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제111조의2에 따라 품종명칭등록 이의신청을 한 자는 제110조에 따라 품종명칭등록 이의신청을 한 것으로 본다.
제8조(종자위원회 설치 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제158조제1항에 따른 종자위원회는 제118조제1항에 따라 설치된 종자위원회로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제158조제3항에 따라 임명되거나 위촉된 종자위원은 제118조제3항에 따라 임명되거나 위촉된 종자위원으로 본다. 이 경우 위촉위원의 임기는 남은 기간으로 한다.
제9조(수수료의 면제 및 반환에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제161조 또는 제162조에 따라 수수료를 면제 신청하거나 반환 청구한 경우에는 제126조에 따라 면제 신청하거나 반환 청구한 것으로 본다.
제10조(벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙 및 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 「종자산업법」에 따른다.
제11조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「종자산업법」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2013.3.23 제11701호]
제1조(시행일) 이 법은 2013년 6월 2일부터 시행한다.
제2조(종자위원회의 설치 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제158조제1항에 따른 농림종자위원회와 수산종자위원회는 각각 제118조제1항에 따라 설치된 농림종자위원회 또는 수산종자위원회로 본다.

부 칙[2013.8.13 제12062호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2015.6.22 제13385호(수산종자산업육성법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 식물신품종 보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호를 다음과 같이 한다.
1. "종자"란 「종자산업법」 제2조제1호에 따른 종자 및 「수산종자산업육성법」 제2조제3호에 따른 수산식물종자를 말한다.

부 칙[2015.7.20 제13407호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.2.29 제14035호(특허법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제22조까지 생략
제23조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 식물신품종 보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조 후단 중 "같은 법 제17조 본문 중 "제132조의3""을 "같은 법 제17조제1호 중 "제132조의17""로 한다.
제98조제2항 중 "제134조제1항·제2항 및 제137조제1항의 무효심판 또는 제135조제1항"을 "제134조제1항·제2항 또는 제137조제1항의 무효심판이나 제135조제1항·제2항"으로 하고, 같은 조 제4항 및 제6항 중 "제132조의3"을 각각 "제132조의17"로 한다.
제105조제3항 중 "제135조제1항, 제137조제1항, 제138조제1항 및 제3항"을 "제135조제1항·제2항, 제137조제1항 또는 제138조제1항·제3항"으로 한다.

부 칙[2016.12.2 제14300호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.7.26 제14839호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제5조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 <139>까지 생략
<140> 식물신품종 보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제52조제3항제1호 중 "행정자치부장관"을 "행정안전부장관"으로 한다.
<141>부터 <382>까지 생략
제6조 생략

부 칙[2017.11.28 제15075호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.