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제16조(생물다양성관리계약)
① 환경부장관은 해양을 제외한 다음 각 호의 지역을 보전하기 위하여 토지의 소유자·점유자 또는 관리인과 경작방식의 변경, 화학물질의 사용 감소, 습지의 조성, 그 밖에 토지의 관리방법 등을 내용으로 하는 계약(이하 “생물다양성관리계약”이라 한다)을 체결하거나 관계 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장에게 생물다양성관리계약의 체결을 권고할 수 있다.
1. 멸종위기 야생생물의 보호를 위하여 필요한 지역
2. 생물다양성의 증진이 필요한 지역
3. 생물다양성이 독특하거나 우수한 지역
② 환경부장관, 관계 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장이 생물다양성관리계약을 체결하는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 그 계약의 이행으로 인하여 해당 토지에서 수익이 감소된 자에게 실비 보상을 하여야 한다.
③ 생물다양성관리계약을 체결한 당사자가 그 계약 내용을 이행하지 아니하거나 계약을 해지하려는 경우에는 상대방에게 3개월 이전에 이를 통보하여야 한다.
④ 생물다양성관리계약의 체결 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부 칙[2012.2.1 제11257호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(국외반출 승인에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제41조제2항에 따라 생물자원의 국외반출 승인을 받은 경우에는 제11조제2항에 따라 생물자원의 국외반출 승인을 받은 것으로 본다.
제3조(생태계교란 야생생물의 수입 또는 반입 허가에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제25조제3항에 따라 생태계교란 야생생물의 수입 또는 반입 허가를 받은 경우에는 제24조제1항 단서에 따른 허가를 받은 것으로 본다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 독도 등 도서지역의 생태계 보전에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제10호 중 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물”을 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 생태계교란 생물”로 한다.
② 무인도서의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제6호 중 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물”을 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 생태계교란 생물”로 한다.
③ 수목원 조성 및 진흥에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항 단서 중 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」”을 각각 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」”로 한다.
④ 습지보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항 중 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물”을 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 생태계교란 생물”로 한다.
⑤ 법률 제10977호 야생동ㆍ식물보호법 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제4호를 삭제한다.
제2조제7호 중 “「자연환경보전법」 제2조제16호”를 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제3호”로 한다.
제5조의2를 삭제한다.
제6조제1항 중 “생태계교란 야생생물”을 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 생태계교란 생물”로 한다.
제21조제2항제3호 중 “제41조에 따라”를 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제11조에 따라”로 한다.
제25조, 제25조의2, 제41조, 제41조의2, 제56조제1항제5호 및 제7호를 각각 삭제한다.
제57조제8호를 다음과 같이 한다.
8. 「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제24조제1항을 위반하여 생태계교란 생물을 수입ㆍ반입ㆍ사육ㆍ재배ㆍ방사ㆍ이식ㆍ양도ㆍ양수ㆍ보관ㆍ운반 또는 유통한 자
제58조제3호를 삭제한다.
제58조의2제1항제2호 중 “생태계교란 야생생물”을 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 생태계교란 생물”로 한다.
제59조제1항 중 “생태계교란 야생생물”을 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 생태계교란 생물”로 한다.
제63조 중 “제25조의2제1항, 제36조제1항, 제40조제5항, 제41조의2제1항”을 “제36조제1항, 제40조제5항”으로 한다.
제64조 중 “제25조의2제1항, 제36조제1항, 제40조제5항, 제41조의2제1항”을 “제36조제1항, 제40조제5항”으로 한다.
제65조제3항 중 “제7조, 제25조”를 “제7조”로 하고, 같은 조 제4항을 삭제한다.
제69조제1항제8호ㆍ제9호 및 제11호를 각각 삭제한다.
제73조제3항제10호 및 제18호를 각각 삭제한다.
⑥ 자연환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제5호를 다음과 같이 한다.
5. “생태계”란 식물ㆍ동물 및 미생물 군집(群集)들과 무생물 환경이 기능적인 단위로 상호작용하는 역동적인 복합체를 말한다.
제2조제16호를 다음과 같이 한다.
16. “생물자원”이란 「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 생물자원을 말한다.
제35조의 제목 “(생물다양성과 생물자원의 보전대책 수립 및 국제협력)”을 “(생태계 보전대책 및 국제협력)”으로 하고, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 중 “이행을 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 다음의 사항을 포함하는 생물다양성 및 생물자원의 보전대책을”을 “이행에 필요한 시책을”로 하며, 같은 항 각 호를 삭제하고, 같은 조 제2항 전단 중 “국제기구 및 관련국 정부와 협조하여”를 “생물다양성에관한협약등과 관련된 국제기구 및 외국정부와 협조하여”로 하며, 같은 항 후단을 삭제한다.
제36조의 제목 “(생물다양성의 연구ㆍ기술개발 등)”을 “(생태계의 연구ㆍ기술개발 등)”으로 하고, 같은 조 제1항 중 “생물다양성구성요소의 서식지 및 서식지외에서의 보전, 생물자원의 관리 및 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물의 관리상황”을 “기후변화 등에 의한 생태계 변화와 적응”으로 하며, 같은 조 제2항 본문 중 “생물다양성의 보전과 생물다양성구성요소의 지속가능한 이용을 위하여 별도의 보전조치가 필요하거나 사회적ㆍ경제적ㆍ문화적ㆍ과학적 가치가 있는 생물다양성구성요소의 분포상태ㆍ변화추이 등과 생물다양성의 보전과 생물다양성구성요소의 지속가능한 이용에 부정적 영향을 미칠 수 있는 개발사업등에 대하여 필요한”을 “기후변화에 따른 생태계의 변화 양상 및 적응ㆍ관리 사례, 기후변화 등에 취약한 생태계 등에 대한”으로 하고, 같은 항 단서를 삭제하며, 같은 조 제3항을 삭제한다.
제37조를 삭제한다.
제49조제8호를 다음과 같이 한다.
8. 「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제16조에 따른 생물다양성관리계약의 이행
⑦ 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제42조제1항 각 호 외의 부분 단서 중 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제21조 및 제41조의 규정에 의하여”를 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제21조 및 「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제11조에 따라”로 한다.

부 칙[2012.12.11 제11536호(유전자변형생물체의 국가간 이동 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법률의 개정) 법률 제11257호 생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조제1항 각 호 외의 부분 단서 중 “「유전자변형생물체의 국가간 이동 등에 관한 법률」 제2조제1호”를 “「유전자변형생물체의 국가간 이동 등에 관한 법률」 제2조제2호”로 한다.

부 칙[2014.3.18 제12459호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.12.27 제14513호(해양수산생명자원의 확보·관리 및 이용 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항 단서를 다음과 같이 한다.
다만, 「농업생명자원의 보존·관리 및 이용에 관한 법률」 제18조제1항 또는 「해양수산생명자원의 확보·관리 및 이용 등에 관한 법률」 제22조제1항에 따른 국외반출승인을 받은 경우에는 그러하지 아니하다.
제13조제1항에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 「해양수산생명자원의 확보·관리 및 이용 등에 관한 법률」 제11조제1항에 따른 외국인등의 획득허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다.
제10조 생략