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제40조(수산자원보호구역에서의 허가대상행위 및 허가절차 등)
① 법 제52조제2항에 따라 수산자원보호구역에서 관리관청의 허가를 받아 할 수 있는 행위는 별표 16과 같다.
② 법 제52조제2항에 따라 허가를 받으려는 자는 수산자원보호구역 행위허가신청서(「건축법」에 따른 건축허가·건축신고 대상 건축물 또는 축조신고 대상 공작물인 경우에는 「건축법」에 따른 해당 신청서 또는 신고서)에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 관리관청에 제출하여야 한다.
1. 사업계획서
2. 공사설계도서
3. 해당 행위에 따른 기반시설의 설치 또는 그에 필요한 용지 확보, 환경오염 방지, 경관 또는 조경 등에 관한 계획서
③ 삭제 [2013.6.17

]
④ 삭제 [2013.6.17

]
⑤ 관리관청은 법 제52조제2항에 따른 허가로 인하여 수산자원보호구역에서 시행되는 도시·군계획사업이 지장을 받을 우려가 있는 경우에는 미리 해당 도시·군계획사업 시행자의 의견을 들어야 한다. [개정 2012.4.10

제23718호(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령)] [[시행일 2012.4.15]]
⑥ 법 제52조제2항제1호 및 제2호에 따른 허가대상행위의 종류와 규모, 법 제52조제3항제1호에 따른 허가기준에 관하여는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 제55조 및 제56조를 준용한다. [개정 2013.6.17

]
⑦ 법 제52조제2항제3호에서 "대통령령으로 정하는 행위"란 토석 채취를 말한다. [신설 2013.6.17

]
⑧ 법 제52조제2항제3호에 따른 수산자원보호구역에 있는 산림 안에서의 조림, 육림(育林) 및 임도(林道) 설치의 허가기준에 관하여는 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따르고, 제7항에 따른 토석 채취의 허가기준에 관하여는 「산지관리법」에 따른다. [개정 2013.6.17

]

부 칙[2010.4.20 제22128호]
제1조(시행일) 이 영은 2010년 4월 23일부터 시행한다. 다만, 별표 11[Ⅱ. 제11호가목4), 제12호가목4), 제15호가목2), 제16호가목2), 제17호가목4), 제20호가목3)ㆍ4) 및 나목1), 제21호가목2)ㆍ3) 및 나목2)ㆍ3), Ⅲ. 제1호가목4), 제3호가목5), 제4호가목2)ㆍ3), 제6호가목4), Ⅳ. 제10호가목2)부터 5)까지, 제11호가목2), 제12호가목3)부터 5)까지 및 나목1)은 제외한다]은 2011년 4월 23일부터 적용한다. [개정 2010.11.10] [[시행일 2010.11.18]]
제2조(다른 법령의 폐지) 수산자원보호령은 폐지한다.
제3조(총허용어획량의 설정 및 관리에 관한 기본계획 등에 관한 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 「수산자원보호령」 제30조에 따라 수립된 총허용어획량의 설정 및 관리에 관한 기본계획 및 업종별 또는 시·도별 총허용어획량의 관리에 관한 시행계획은 제20조에 따라 수립된 총허용어획량계획 및 총허용어획량세부계획으로 본다.
제4조(다른 법령의 개정) ① 골재채취법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제8호 중 “「수산업법」 제68조에 따른 육성수면”을 “「수산자원관리법」 제48조에 따른 수산자원관리수면”으로 한다.
② 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제93조제1항 각 호 외의 부분 중 “「수산업법 시행령」 제48조의3 및 제48조의4”를 각각 “「수산자원관리법 시행령」 제40조”로 하고, 같은 조 제2항 본문 중 “「수산업법 시행령」 제48조의3제2항”을 “「수산자원관리법 시행령」 제40조제1항”으로 하며, 같은 조 제3항 중 “「수산업법 시행령」 제48조의3 및 제48조의4”를 “「수산자원관리법 시행령」 제40조”로 한다.
③ 기르는 어업육성법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조부터 제12조까지, 별표 1 및 별표 2를 각각 삭제한다.
제5조(다른 법령과의 관계) 이 영 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「수산업법 시행령」, 종전의 「기르는 어업육성법 시행령」, 종전의 「수산자원보호령」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 영 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 「수산업법 시행령」, 종전의 「기르는 어업육성법 시행령」, 종전의 「수산자원보호령」 또는 그 규정을 갈음하여 이 영 또는 이 영의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2010.6.28 제22224호(소음ㆍ진동관리법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2010년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑥ 까지 생략
⑦ 수산자원관리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 16 제1호나목 중 “「소음ㆍ진동규제법」”을 “「소음ㆍ진동관리법」”으로 한다.
⑧ 부터 <17> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.10.14 제22449호(공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2010년 10월 16일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑬까지 생략
⑭ 수산자원관리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.

  별표 14 중 “┎───────────────┬──────┬┒
               ┃○「공유수면매립법」 제9조에  │○헥타르당  │┃
               ┃따른 매립면허를 받은 자       │21만6천원   │┃
               ┖───────────────┴──────┴┚
”를  “┎────────────────────┬────────┬┒
        ┃○「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 │○헥타르당 21만 │┃
        ┃제28조에 따른 매립면허를 받은 자        │6천원           │┃
        ┖────────────────────┴────────┴┚”로 한다.

⑮부터 <31>까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.11.10 제22476호]
제1조(시행일) 이 영은 2010년 11월 18일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) 수산업법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제33조부터 제36조까지를 각각 삭제한다.

부 칙[2011.6.7 제22962호(농림수산식품부와 그 소속기관 직제)]
제1조(시행일) 이 영은 2011년 6월 15일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 수산자원관리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제50조제2항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제5항 중 “어업지도사무소장”을 각각 “어업관리단장”으로 한다.
⑭부터 <19>까지 생략
제3조 생략

부 칙[2011.7.5 제23021호]
이 영은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2012.1.6 제23488호(민감정보 및 고유식별정보 처리 근거 마련을 위한 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률 시행령 등)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략

부 칙[2012.1.13 제23510호]
이 영은 2012년 1월 26일부터 시행한다. 다만, 별표 1의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2012.4.10 제23718호(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2012년 4월 15일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제13조까지 생략
제14조(다른 법령의 개정) ①부터 <42>까지 생략
<43> 수산자원관리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제39조 및 제40조제5항 중 “도시계획사업”을 각각 “도시·군계획사업”으로 한다.
<44>부터 <85>까지 생략
제15조 생략

부 칙[2012.5.22 제23795호(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2012년 5월 23일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 수산자원관리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조제3항제2호 중 “어업인후계자”를 “후계어업경영인”으로 한다.
⑤ 생략

부 칙[2012.7.31 제24001호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 수산자원관리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제19조제2항제1호 중 “「야생동·식물보호법」”을 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」”로, “멸종위기야생동·식물”을 “멸종위기 야생생물”로 하고, 같은 항 제2호 중 “「야생동·식물보호법」”을 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」”로, “국제적멸종위기종”을 “국제적 멸종위기종”으로 한다.
⑦부터 ⑨까지 생략
제3조 생략

부 칙[2013.3.23 제24455호(농림축산식품부와 그 소속기관 직제)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법령의 개정) ①부터 <44>까지 생략
<45> 수산자원관리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조, 제3조제1항, 같은 조 제2항제8호, 제4조제1항, 같은 조 제2항제1호마목, 같은 항 제2호다목, 같은 조 제3항ㆍ제4항, 제7조제2항, 제8조제1항부터 제3항까지, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분, 같은 조 제5항, 제9조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항ㆍ제3항, 제10조제4항, 제16조, 제17조, 제18조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제3호, 제19조제1항, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 후단, 같은 항 제3호, 제20조제2항ㆍ제4항, 제21조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 제31조제1항ㆍ제3항, 같은 조 제4항 전단ㆍ후단, 같은 조 제5항 후단, 같은 조 제6항, 제32조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 제33조제3항 각 호 외의 부분, 제37조제2항, 제38조, 제39조, 제42조제1항, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 제43조제2항 각 호 외의 부분, 같은 항 제2호, 제47조의4제1항부터 제4항까지, 제48조제1항 각 호 외의 부분, 제49조, 제50조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 같은 조 제3항ㆍ제5항, 제52조제1항ㆍ제2항, 제52조의2, 제53조제2항 본문, 별표 1 제3호가목의 포획ㆍ채취 금지 기간ㆍ구역 및 수심란, 별표 11 Ⅳ. 구획어업의 어구의 규모ㆍ형태ㆍ사용량 및 사용방법 제12호가목3) 단서 및 별표 16 제1호다목 중 "농림수산식품부장관"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제12조제2호, 제18조제2항 및 제32조제4항 중 "농림수산식품부령"을 각각 "해양수산부령"으로 한다.
제24조 중 "농림수산식품부"를 "해양수산부"로 한다.
제43조제2항 각 호 외의 부분 중 "농림수산식품부 제2차관"을 "해양수산부차관"으로, "농림수산식품부의"를 "해양수산부"로 한다.
<46>부터 <76>까지 생략

부 칙[2013.6.17 제24625호]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제50조제4항의 개정규정은 2013년 6월 19일부터 시행한다.
제2조(수산자원보호구역에서의 허가에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 신청된 수산자원보호구역에서의 행위 허가에 대해서는 제40조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2013.12.17 제25014호(수산업법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2013년 12월 19일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) 수산자원관리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조를 삭제한다.
별표 11부터 별표 13까지를 각각 삭제한다.
별도 1을 별지 9와 같이 한다.
[별지 생략]

부 칙[2013.12.30 제25050호(행정규제기본법 개정에 따른 규제 재검토기한 설정을 위한 주택법 시행령 등)]
이 영은 2014년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

부 칙[2014.3.24 제25273호(건축법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 수산자원관리법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 16 제2호다목1) 단서 중 "「건축법 시행령」 별표 1 제4호나목 및 사목에 해당하는 것"을 "「건축법 시행령」 별표 1 제4호아목 및 너목에 해당하는 것"으로 하고, 같은 목 2)을 다음과 같이 한다.
2) 「건축법 시행령」 별표 1 제4호나목의 종교집회장 및 같은 호 카목 중 학원
⑦부터 ⑬까지 생략
제5조 생략

부 칙[2014.3.24 제25276호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.