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제13조(국가에 의한 매장문화재 발굴)
① 문화재청장은 학술조사 또는 공공목적 등에 필요한 경우 다음 각 호의 매장문화재 유존지역을 발굴할 수 있다.
1. 「고도 보존에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 고도(古都)지역
2. 수중문화재 분포지역
3. 폐사지(廢寺址) 등 역사적 가치가 높은 지역
② 제1항에 따라 발굴할 경우 문화재청장은 제24조에 따른 매장문화재 조사기관으로 하여금 발굴하게 할 수 있다.
③ 문화재청장은 제1항과 제2항에 따라 발굴할 경우 매장문화재 유존지역의 소유자, 관리자 또는 점유자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 발굴의 목적, 방법 및 착수 시기 등을 미리 알려 주어야 하며, 발굴이 완료된 경우에는 완료된 날부터 30일 이내에 출토유물 현황 등 발굴의 결과를 알려 주어야 한다. [개정 2011.7.21]
④ 제3항에 따른 통보를 받은 매장문화재 유존지역의 소유자, 관리자 또는 점유자는 제1항과 제2항에 따른 발굴을 거부하거나 방해 또는 기피하여서는 아니 된다.
⑤ 국가는 제1항과 제2항에 따른 발굴로 손실을 받은 자에게 그 손실을 보상하여야 한다.
⑥ 제5항에 따른 손실보상에 관하여는 문화재청장과 손실을 받은 자가 협의하여야 하며, 협의가 성립되지 아니하거나 협의를 할수 없는 때에는 관할 토지수용위원회에 재결을 신청할 수 있다.
⑦ 관할 토지수용위원회의 재결에 관하여는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제83조부터 제87조까지의 규정을 준용한다.

부 칙[2010.2.4 제10001호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(매장문화재 조사기관에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「문화재보호법」 제91조제2항에 따라 고시된 문화재 관련 전문기관은 제24조에 따라 등록된 매장문화재 조사기관으로 본다. 다만, 이 법 시행 후 6개월 이내에 이 법에서 정하는 요건을 갖추어 등록을 하여야 한다.
제3조(행정기관의 행위 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 매장문화재의 보호 또는 조사 등에 관하여 종전의 「문화재보호법」에 따른 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제4조(벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료를 적용할 때에는 종전의 「문화재보호법」에 따른다.
제5조(다른 법률의 개정) ① 산지관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항제10호를 다음과 같이 한다.
10. 「매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률」에 따른 매장문화재 지표조사
② 도로법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제18호를 다음과 같이 한다.
18. 「매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률」 제8조에 따른 협의
③ 사법경찰관리의 직무를 수행할 자와 그 직무범위에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제11호 중 “「문화재보호법」에 규정된 범죄 및 같은 법”을 “「문화재보호법」 및 「매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률」에 규정된 범죄 및 「문화재보호법」”으로 한다.
④ 자연공원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제71조제2항제9호를 다음과 같이 한다.
9. 「문화재보호법」ㆍ「매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률」
⑤ 신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제60조의2제1항제7호 중 “「문화재보호법」”을 “「문화재보호법」ㆍ「매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률」”로 한다.
제6조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「문화재보호법」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 「문화재보호법」 또는 그 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2011.7.21 제10882호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.1.28 제12350호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(지표조사에 관한 적용례) 제7조제3항 단서의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 실시하는 지표조사부터 적용한다.

부 칙[2014.5.28 제12692호(문화재보호법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조제1항제5호 중 "한국문화재보호재단"을 "한국문화재재단"으로 한다.
② 생략

부 칙[2017.3.21 제14605호(배타적 경제수역 및 대륙붕에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1호 중 "「배타적경제수역법」 제2조에 따른 배타적경제수역"을 "「배타적 경제수역 및 대륙붕에 관한 법률」 제2조에 따른 배타적 경제수역"으로 한다.
⑥부터 ⑬까지 생략

부 칙[2017.3.21 제14639호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.12.12 제15172호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.12.24 제16055호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(매장문화재 발굴허가에 관한 적용례) 제12조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 매장문화재 발굴허가의 신청을 하는 경우부터 적용한다.