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제33조(임원의 보수기준)
①공기업·준정부기관의 임원의 보수기준은 다음 각 호의 사항을 고려하여 기획재정부장관이 운영위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 정하는 보수지침에 따라 이사회에서 정한다. [개정 2008.12.31] [[시행일 2009.4.1]]
1. 기관장 : 공기업·준정부기관의 경영성과와 제31조제3항 및 제4항의 규정에 따른 계약의 내용과 이행 수준
2. 상임이사 : 제31조제6항의 규정에 따른 성과계약 이행실적 평가 결과
3. 상임인 감사 : 제36조의 규정에 따른 직무수행실적 평가 결과
②제1항의 규정에 따른 임원의 보수기준을 정하는 이사회에는 이해관계가 있는 임원은 참여할 수 없다.
③제1항의 규정에 불구하고 제6조의 규정에 따라 공기업·준정부기관으로 지정(변경지정을 제외한다)된 해의 임원의 보수는 지정 당시 법령 등에 따른다.

부칙 [2007.1.19 제8258호]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 4월 1일부터 시행한다. 다만, 제9조의 규정에 따른 운영위원회의 구성과 이 법 시행 후 최초로 이 법의 적용을 받을 공기업·준정부기관과 기타공공기관의 지정에 필요한 행위는 이 법 시행 전에 할 수 있다.
제2조(다른 범률의 폐지) 다음 각 호의 법률은 이를 각각 폐지한다.
1. 「정부투자기관 관리기본법」
2. 「정부산하기관 관리기본법」
제3조(공공기관 등의 최초 지정 및 구분) ①기획예산처장관은 이 법 시행과 동시에 주무기관의 장과의 협의와 운영위원회의 심의·의결을 거쳐 이 법의 적용을 받는 공기업·준정부기관 및 기타공공기관을 지정하여 고시한다.
②기획예산처장관은 제1항의 규정에 따라 공기업·준정부기관을 최초로 지정하여 고시하는 경우에는 이 법 시행 당시 「정부투자기관 관리기본법」, 「정부산하기관 관리기본법」 및 「공기업의 경영구조개선 및 민영화에 관한 법률」의 적용 대상 기관 중 직원 정원이 50인 이상인 기관 중에서 지정하여 고시한다.
제4조(경과조치) ①제9조제2항의 규정에 불구하고 운영위원회의 위원 중 제9조제1힝제4호의 규정에 따라 최초로 위촉되는 위원의 임기는 3년·2년·1년으로 각각 달리 정할 수 있다.
②제31조제5항의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업 또는 준정부기관의 기관장이 임명 당시 임명과 관련하여 체결한 경영 및 성과에 관한 계약은 이 법에 따라 주무기관의 장과기관장이 체결한 계약으로 본다.
③제46조제2항의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업 또는 준정부기관이 이 법 시행 당시 설정한 경영목표는 이 법에 따라 설정된 것으로 본다.
④제48조제1항 단서의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업·준정부기관의 경영실적 보고 및 경영실적 평가는 「정부투자기관 관리기본법」 및 「정부산하기관 관리기본법」의 관련 규정을 적용하여 이를 실시한다.
⑤이 법 시행 당시 종전의 정부타자기관운영위원회 및 정부산하기관운영위원회가 의결한 사항은 이 법에 따른 운영위원회가 의결한 것으로 본다.
제5조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 정부타자기관 또는 정부산하기관을 인용하고 있는 경우에는 2009년 12월 31일까지는 각각 이 법 시행 당시 「정부타자기관 관리기본법」 또는 「정부산하기관 관리기본법」에 따라 정부투자기관 또는 정부산하기관으로 확정된 기관을 인용한 것으로 본다.[개정 2009.1.30]

부칙 [2007.8.3 제8635호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년 6개월이 경과한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 41조 생략
제42조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <66> 생략
<67>공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제20조제4항 중 "「증권거래법」 제54조의6(감사위원회)"을 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제26조(감사위원회의 설치)"로 한다.
제43조 내지 제44조 생략

부칙 [2007.12.14 제8696호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <694> 까지 생략
<695> 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 각 호 외의 부분·제2항 각 호 외의 부분, 제5조제1항·제2항·제3항 각 호 외의 부분·제4항, 제6조제1항부터 제3항까지, 제7조제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제8조 각 호 외의 부분, 제9조제1항제4호, 제11조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제10호, 제12조제1항부터 제3항까지, 제13조제2항 후단, 제14조제1항부터 제3항까지, 제15조제2항, 제21조제2항 단서, 제25조제3항 전단·제4항, 제26조제4항, 제31조제3항 전단·제4항 단서, 제35조제2항, 제36조제1항부터 제3항까지, 제40조제6항 본문, 제42조제3항, 제46조제1항부터 제4항까지, 제47조제1항, 제48조제1항부터 제6항까지, 제49조, 제50조제1항 각 호 외의 부분·같은 항 제3호, 같은 조 제2항 및 제51조제1항·제2항·제4항 중 "기획예산처장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제9조제1항 각 호 외의 부분 중 "위원장 1인과 부위원장 1인 및"을 "위원장 1인 및"으로, "기획예산처장관이 위원장이 되고, 재정경제부장관이 지명하는 재정경제부차관이 부위원장이 된다"를 "기획재정부장관이 위원장이 된다"로 하고, 같은 항 제1호 중 "국무조정실"을 "국무총리실"로, "국무조정실장"을 "국무총리실장"으로 한다.
제10조제1항 중 "위원장과 부위원장"을 "위원장"으로 한다.
제32조제5항 전단 중 "기획예산처장관이 재정경제부장관과 협의하여"를 "기획재정부장관이"로 하고, 같은 항 후단 중 "기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제39조제3항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제43조제2항 각 호 외의 부분·제3항·제4항·제6항 및 제45조 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
<696> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.12.31 제9277호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.1.30 제9345호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.