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제16조(불리한 처우의 금지)
사용자는 기간제근로자 또는 단시간근로자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 것을 이유로 해고 그 밖의 불리한 처우를 하지 못한다.
1. 제6조제2항의 규정에 따른 사용자의 부당한 초과근로 요구의 거부
2. 제9조의 규정에 따른 차별적 처우의 시정신청, 제10조의 규정에 따른 노동위원회에의 참석 및 진술, 제14조의 규정에 따른 재심신청 또는 행정소송의 제기
3. 제15조제2항의 규정에 따른 시정명령 불이행의 신고
4. 제18조의 규정에 따른 통고

부칙 [2006.12.21 제8074호]
①(시행일) 이 법은 2007년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조제5항의 규정은 2007년 1월 1일부터 시행하고, 제8조, 제9조, 제10조제1항 내지 제4항, 제11조 내지 제15조, 제16조제2호·제3호 및 제24조제1항·제2항제1호의 규정의 시행일은 사업 또는 사업장(사용사업주의 사업 또는 사업장을 말한다. 이하 같다)별로 다음 각 호와 같다.
1. 상시 300인 이상의 근로자를 사용하는 사업 또는 사업장 : 2007년 7월 1일
2. 국가 및 지방자치단체의 가관, 「정부산하기관 관리기본법」 제3조의 규정에 따른 정부산하기관, 「정부투자기관 관리기본법」 제2조의 규정에 따른 정부투자기관, 「지방공기업법」 제49조 및 동법 제76조의 규정에 따른 지방공사 및 지방공단, 「정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제2조 및 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제2조의 규정에 따른 정부출연연구기관 및 연구회, 「국립대학병원 설치법」에 따른 대학병원 : 2007년 7월 1일
3. 상시 100인 이상 300인 미만의 근로자를 사용하는 사업 또는 사업장 : 2008년 7월 1일
4. 상시 100인 미만의 근로자를 사용하는 사업 또는 사업장 : 2009년 7월 1일
②(근로계약기간에 관한 적용례) 제4조의 규정은 이 법 시행 후 근로계약이 체결·갱신되거나 기존의 근로계약기간을 연장하는 경우부터 적용한다.
③(다른 법률의 개정) 근로기준법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조를 삭제한다.
제115조제1호중 “제13조, 제23조”를 “제13조”로 한다.

부칙 [2007.4.11 제8372호(근로기준법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제15조 생략
제16조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑧ 생략
⑨법률 제8074호 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 “제21조”를 “제2조”로 한다. 제6조제1항 전단 중 “제20조”를 “제2조”로 한 다.
⑩ 내지 <24> 생략
제17조 생략

부 칙[2010.6.4 제10339호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <31> 까지 생략
<32> 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항ㆍ제2항, 제18조, 제19조 및 제24조제2항제1호ㆍ제3항부터 제5항까지 중 “노동부장관”을 각각 “고용노동부장관”으로 한다.
제19조 중 “지방노동관서”를 “지방고용노동관서”로 한다.
<33> 부터 <82> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2012.2.1 제11273호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(차별적 처우의 시정신청에 관한 적용례) 제9조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 차별적 처우의 시정을 신청한 경우부터 적용한다.

부 칙[2013.3.22 제11667호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.3.18 제12469호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(초과근로에 관한 적용례) 제6조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 초과근로를 하는 경우부터 적용한다.
제3조(배상 명령에 관한 적용례) 제13조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생한 차별적 처우부터 적용한다.