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제41조(보고·검사)
①환경부장관, 농림수산식품부장관(제1호의 경우에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 하여금 필요한 보고를 하게 하거나 자료를 제출하게 할 수 있다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
1. 제11조의 규정에 따른 시설설치자
2. 제25조의 규정에 따른 공공처리시설설치자등
3. 제27조의 규정에 따른 재활용시설의 설치·운영자
4. 제28조의 규정에 따른 가축분뇨관련영업자
5. 제34조의 규정에 따른 설계·시공업자
②환경부장관, 농림수산식품부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 가축분뇨의 처리 실태 등을 확인하기 위하여 관계공무원으로 하여금 그 시설 또는 사업장 등에 출입하여 관계서류나 시설·장비 등을 검사하게 하거나 방류수수질기준의 준수 여부를 확인하기 위하여 오염도검사 등을 실시하게 할 수 있다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
③제2항의 규정에 따라 출입·검사하는 공무원은 그 권한을 표시하는 증표를 지니고 이를 관계인에게 내보여야 한다.

부 칙[2006. 9.27 제8010호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」의 규정에 따라 행한 처분·절차 그 밖의 행위는 그에 해당하는 이 법의 규정에 따라 행한 것으로 본다.
제3조 (축산폐수처리기본계획 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」 제4조의2의 규정에 따라 승인을 얻은 축산폐수처리기본계획은 제5조의 규정에 따라 승인을 얻은 가축분뇨관리기본계획으로 본다.
제4조 (축산폐수배출시설 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」 제24조의2의 규정에 따라 허가를 받거나 신고한 축산폐수배출시설은 제11조의 규정에 따라 허가를 받거나 신고한 배출시설로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」 제25조의 규정에 따라 설치되어 있거나 설치 중인 축산폐수처리시설은 제12조의 규정에 따라 설치되거나 설치 중인 처리시설로 본다. 축산폐수처리시설 중 동법 제2조제8호의2의 퇴비화시설 및 동조제8호의3의 액비화시설은 제2조제4호의 규정에 따른 자원화시설로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」 제30조의 규정에 따라 설치되어 있거나 설치 중인 축산폐수공공처리시설은 제24조의 규정에 따라 설치되거나 설치 중인 축산폐수공공처리시설은 제24조의 규정에 따라 설치되거나 설치 중인 공공처리시설로 본다.
제5조 (재활용 신고자에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」 제20조의 규정에 따라 축산폐수의 재활용 신고를 한 자는 제27조의 규정에 따라 가축분뇨의 재활용 신고를 한 자로 본다.
제6조 (분뇨 등 관련 영업에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」에 따라 분뇨등수집·운반업, 분뇨등처리업, 오수처리시설등관리업 또는 오수처리시설등설계·시공업의 허가를 받거나 등록을 한 자는 각각 이 법의 해당규정에 따라 가축분뇨수집·운반업, 가축분뇨처리업, 가축분뇨시설관리업 또는 가축분뇨처리시설설계·시공업의 허가를 받거나 등록을 한 자로 본다.
②시장·군수·구청장이 종전의 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」 제35조제5항의 규정에 따라 분뇨 등 관련 영업을 허가함에 있어서 그 영업구역을 정한 경우에는 제28조제3항의 규정에 따라 그 영업구역을 정한 것으로 본다.
제7조 (배출부과금 및 벌칙 등의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 위반행위에 대한 배출부과금·과징금의 부과 및 징수와 벌칙·과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 따른다.
제8조 (다른 법률의 개정) ①공유수면관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1호중 "축산폐수"를 "가축분뇨"로 한다.
②금강수계물관리및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제4호 마목을 다음과 같이 한다.
마. 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제9호의 규정에 따른 공공처리시설
제5조제2항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 가축분뇨를 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제9호의 규정에 따른 공공처리시설에서 모두 처리하는 배출시설
제15조제1항중 "오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률 제24조의2"를 "「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제11조"로 한다.
③낙동강수계물관리및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제4호 마목을 다음과 같이 한다.
마. 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제9호의 규정에 따른 공공처리시설
제5조제2항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 가축분뇨를 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제9호의 규정에 따른 공공처리시설에서 모두 처리하는 배출시설
④부담금관리기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 제48호를 삭제한다.
⑤사회기반시설에대한민간투자법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 커목을 다음과 같이 한다.
커. 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제9호의 규정에 따른 공공처리시설
제2조제13호 고목을 다음과 같이 한다.
고. 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」
⑥수산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조의3제1항제3호중 "오수·분뇨및가축분뇨의처리에관한법률 제2조제11호"를 "「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제1호"로 한다.
⑦영산강·섬진강수계물관리및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제4호 마목을 다음과 같이 한다.
마. 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제9호의 규정에 따른 공공처리시설
제5조제2항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 가축분뇨를 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제9호의 규정에 따른 공공처리시설에서 모두 처리하는 배출시설
제15조제1항중 "오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률 제24조의2"를 "「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제11조"로 한다.
⑧중소기업창업 지원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조제2항제5호중 "오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률 제24조의2"를 "「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제11조"로 한다.
⑨토양환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제1항제7호중 "축산폐수"를 "가축분뇨"로 한다.
⑩한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제1호 각 호 외의 부분 단서중 "축산폐수를 전량 공공처리시설에 유입하거나"를 "가축분뇨를 전량 공공처리시설에서 처리하거나"로 한다.
제5조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제3호의 규정에 따른 배출시설
⑪환경범죄의단속에관한특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호 라목을 다음과 같이 한다.
라. 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제2조제3호의 규정에 따른 배출시설
제2조제5호 바목중 "오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률 제28조제1항제1호·제2호"를 "「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제17조제1항제1호·제2호"로 한다.
제12조제3항중 "대기환경보전법 제19조 및 오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률 제29조"를 "「대기환경보전법」 제19조"로 한다.
제9조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 「오수·분뇨 및 가축분뇨의 처리에 관한 법률」 또는 그 규정을 인용한 경우 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2007.4.11 제8354호(축산법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제33조와 제47조제1항제8호의 개정규정은 2007년 6월 29일부터 시행하고, 부칙 제8조제1항의 개정규정은 2007년 9월 28일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조(다른 법률의 개정) ①법률 제8010호 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항제1호 중 “「축산법」 제20조의5”를 “「축산법」 제26조”로 한다.
② 내지 ⑧ 생략
제9조 생략

부칙 [2007.5.17 제8466호(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①법률 제8010호 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조, 제31조제3호 및 제37조제1항제2호 중 “「수질환경보전법」”을 각각 “「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」”로 한다.
② 내지 <55> 생략
제5조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <277> 까지 생략
<278> 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항 중 "농림부차관"을 "농림수산식품부차관"으로 한다.
제2조제5호·제6호, 제7조제1항·제2항, 제9조제2항제5호·제3항제3호·제6항, 제19조제1항, 제21조제1항 전단 및 제22조제1항 후단 중 "농림부령"을 각각 "농림수산식품부령"으로 한다.
제5조제2항, 제6조제1항, 제7조제1항·제2항, 제9조제1항·제2항 각 호 외의 부분·제3항 각 호 외의 부분·제4항 각 호 외의 부분 본문·제5항, 제12조제2항, 제16조 단서, 제19조제2항, 제41조제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제43조제1항·제2항, 제44조제1항 후단·제2항 및 제47조제1항 중 "농림부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.<279> 부터 <502> 까지 생략
<503> 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제5호·제6호, 제7조제1항·제2항, 제9조제2항제5호·제3항제3호·제6항, 제19조제1항, 제21조제1항 전단, 제22조제1항 후단 중 "농림부령"을 각각 "농림수산식품부령"으로 한다.
제5조제2항, 제6조제1항, 제7조제1항·제2항, 제9조제1항·제2항 각 호 외의 부분·제3항 각 호 외의 부분 및 제4항 각 호 외의 부분 본문·제5항, 제12조제2항, 제16조 단서, 제19조제2항, 제41조제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제43조제1항·제2항, 제44조제1항 후단·제2항, 제47조제1항 중 "농림부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제6조제2항 중 "농림부차관"을 "농림수산식품부차관"으로 한다.
<504> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.21 제8957호(환경기술개발 및 지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ① 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조 중 “「환경기술개발 및 지원에 관한 법률」 제18조”를 “「환경기술개발 및 지원에 관한 법률」 제15조”로 한다.
② 부터 ⑧ 까지 생략
제3조 생략

부 칙[2009.2.6 제9433호(한국환경공단법)]
제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑥ 까지 생략
⑦ 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항제3호 중 “환경관리공단 등”을 “한국환경공단 등”으로 한다.
⑧ 부터 ⑩ 까지 생략
제11조 생략