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제16조(기금의 운용ㆍ관리)
① 기금은 농림축산식품부장관이 운용·관리한다. [개정 2013.3.23]
② 농림축산식품부장관은 기금의 운용·관리에 관한 사무를 대통령령으로 정하는 자에게 위탁할 수 있다. [개정 2013.3.23]
③ 그 밖에 기금의 운용·관리 및 그 사무의 위탁에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 [2004.3.22. 제7207호]
제1조 (시행일) 이 법은 대한민국정부와칠레공화국정부간의자유무역협정의 발효일부터 시행한다.
제2조 (2004년도기금운용계획안에 관한 특례) ①농림부장관은 기금이 설치된 때에는 지체없이 2004년도기금운용계획안을 수립하여 실무위원회의 심의를 거쳐 기획예산처장관에게 제출하여야 하며, 정부는 그 기금운용계획을 확정한 후 지체없이 국회에 제출하여야 한다.
②제1항의 규정에 의한 기금운용계획안에 대하여는 기금관리기본법 제5조제2항ㆍ제7조제1항 전단 및 국회법 제84조의2의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 국회법 제84조의2제2항의 규정중 기금운용계획의 변경 및 기금의 결산에 관한 규정은 그러하지 아니하다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①기금관리기본법중 다음과 같이 개정한다.
별표 2에 제138호를 다음과 같이 신설한다.
138. 자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법
②부담금관리기본법중 다음과 같이 개정한다.
별표에 제111호를 다음과 같이 신설한다
111. 자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법 제19조의 규정에 의한 농산물수입이익금
③어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업발전특별법중 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항에 제7호의2를 다음과 같이 신설한다.
7의2. 자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법 제4조 내지 제9조의 규정에 의한 어업인등의 지원
제25조에 제4항을 다음과 같이 신설한다.
④제1항제7호의2의 지원사업의 수행에 관하여는
자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법 제4조 내지 제9조ㆍ제16조ㆍ제17조ㆍ제18조 및 제20조를 준용한다.
④한국마사회법중 다음과 같이 개정한다.
제42조제4항을 다음과 같이 한다.
④제1항제4호의 특별적립금은 대통령령이 정하는 바에 따라 축산발전, 농어업인 자녀장학사업, 자유무역협정의 이행에 따른 농어업인등에 대한 지원 그 밖에 농어촌사회 복지증진을 위하여 필요한 경비에 충당한다.

부칙 [2006.10.4 제8050호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 규정은 법률에 따라 정부회계에 관한 기준이 마련되어 시행되는 회계연도부터, 부칙 제11조제14항, 동조제17항(「국유재산법」 제48조제4항 관련 규정에 한한다) 및 동조제29항(「물품관리법」 제21조 관련 규정에 한한다)의 규정은 각각 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 <44> 생략
<45>자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제1항 중 “기금관리기본법 제5조”를 “「국가재정법」 제66조”로 한다.
제17조제1항 후단 중 “기금관리기본법 제11조”를 “「국가재정법」 제74조”로 한다.
<46> 내지 <59> 생략
제12조 생략

부칙 [2007.4.11 제8377호(수산업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제14조 생략
제15조(다른 법률의 개정) ① 내지 <20> 생략
<21>자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호 중 “「수산업법」 제2조제8호”를 “「수산업법」 제2조제12호”로, “동법 제9조의2”를 “같은 법 제10조”로 한다.
<22> 내지 <24> 생략
제16조 생략

부칙 [2007.8.3 제9596호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 부담금관리기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 제111호 중 “농산물수입이익금”을 “농산물 공매납입금 또는 수입이익금”으로 한다.
별표에 제123호를 다음과 같이 신설한다.
123. 「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제l9조에 따른 수산물 공매납입금 또는 수입이익 금

부칙 [2007.12.27 제8796호(식품산업진흥법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) 자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중“농산물가공산업육성법 제2조제5호의 규정에 의한 농산물가공산업”을“「식품산업진흥법」 제2조제2호에 따른 식품산업”으로 한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <319> 까지 생략
<320> 자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제7호 중 "농림부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제16조제1항 중 "농림부장관(어업등 분야의 경우에는 해양수산부장관을 말한다. 이하 이조에서 같다)"를 "농림수산식품부장관"으로 하고, 같은 조 제3항 중 "재정경제부차관, 외교통상부차관, 기획예산처차관, 농림부차관(어업등 분야의 경우에는 해양수산부차관을 말한다), 농림부장관"을 "기획재정부차관, 외교통상부차관, 농림수산식품부차관, 농림수산식품부장관"으로 한다.
제10조제2항, 제11조제4항, 제12조제9호, 제13조제1항·제2항, 제14조제1항, 제15조제1항·제2항 전단 및 제16조제2항 중 "농림부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제18조제1항 각 호 외의 부분 및 제2항 중 "농림부장관·해양수산부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제19조제1항부터 제3항까지 및 제20조제1항부터 제3항까지 중 "농림부장관 또는 해양수산부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
<321> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.4.1 제9620호(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑨ 까지 생략
⑩ 자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제5호 중 “농업ㆍ농촌기본법 제3조제2호의 규정에 의한 농업인, 동법 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인”을 “「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호에 따른 농업인, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인”으로 한다.
제2조제6호 중 “같은 법 제10조의 규정에 의한 영어조합법인”을 “「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영어조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 어업회사법인”으로 한다.
⑪ 부터 ⑭ 까지 생략
제6조 생략

부 칙[2009.5.27 제9717호(농어업·농어촌 및 식품산업 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑫ 까지 생략
⑬ 자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 "농업ㆍ농촌기본법 제3조제1호의 규정에 의한"을 "「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호가목에 따른"으로 한다.
제2조제5호를 다음과 같이 한다.
5. "농업인등"이란 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호가목에 따른 농업인, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.
제2조제8호 중 "농업ㆍ농촌기본법 제3조제4호의 규정에 의한"을 "「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호에 따른"으로 한다.
⑭ 부터 <17> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2011.7.21 제10890호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(소급적용) 제6조부터 제9조까지의 개정규정은 「대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정」의 발효일부터 소급하여 적용한다.
제3조(경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」에 따른 처분이나 절차, 그 밖의 행위는 이 법에 따른 처분이나 절차, 그 밖의 행위로 본다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 수산업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제77조제1항제10호 중 “「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제19조제1항에 따라 농림수산식품부장관이 부과ㆍ징수하는”을 “「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제22조제1항에 따라 농림수산식품부장관이 납부하게 하거나 부과하는”으로 한다.
제79조제4항 중 “「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제4조부터 제9조까지”를 “「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제5조부터 제12조까지”로 한다.
② 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조제1항제7호 중 “「자유무역협정체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제4조에 따라 지원되는 농지구입·임차 등 영농·영어규모의 확대사업으로 인한”을 “「자유무역협정체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제5조에 따라 지원되는 농지의 구입·임차 등 농업경영·어업경영 규모의 확대 사업에 따른”으로 한다.
③ 지방세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호 중 “「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제4조제1호에 따른 영농규모 확대사업”을 “「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제5조제1항제1호에 따른 농업경영 규모의 확대 사업”으로 한다.
제5조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 또는 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 또는 그 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2012.1.17 제11172호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(소급적용) 제7조제1항제1호 및 제8조제4항의 개정규정은 「대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정」의 발효일부터 소급하여 적용한다.

부 칙[2012.10.22 제11505호]
이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11703호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(농어업인등 지원위원회에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 농림수산식품부장관 소속으로 설치된 농어업인등 지원위원회는 제19조제1항의 개정규정에 따라 농업인등 지원위원회 또는 어업인등 지원위원회가 새로 구성되기 전까지는 같은 항의 개정규정에 따라 설치된 농업인등 지원위원회 또는 어업인등 지원위원회로 본다.
제3조(농어업인등 지원센터에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지정된 농어업인등 지원센터는 제20조제1항의 개정규정에 따라 지정된 농업인등 지원센터 또는 어업인등 지원센터로 본다.
제4조(다른 법률의 개정) 농어촌구조개선특별회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항제3호의3을 다음과 같이 한다.
3의3. 「자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제14조제3항제7호에 따른 기금으로의 전출금

부 칙[2013.5.28 제11821호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조의2제1항 전단 중 "90일"을 "120일"로 한다.
제4조부터 제6조까지 생략

부 칙[2013.8.13 제12063호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.3.11 제12412호(농어촌구조개선 특별회계법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제3항제7호 중 "「농어촌구조개선특별회계법」 제4조제2항제3호의3"을 "「농어촌구조개선 특별회계법」 제4조제2항제5호"로 한다.
⑥ 생략
제3조 생략

부 칙[2015.6.22 제13383호(수산업·어촌 발전 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 자유무역협정 체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 "「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호가목"을 "「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호"로 한다.
제2조제5호 중 "「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호가목"을 "「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호"로 한다.
제2조제8호를 다음과 같이 한다.
8. "생산자단체"란 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호 및 「수산업·어촌 발전 기본법」 제3조제5호에 따른 생산자단체를 말한다.
제8조제4항 중 "「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호가목"을 "「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호"로 한다.
제22조제2항 중 "「수산업법」 제76조에 따른 수산발전기금"을 "「수산업·어촌 발전 기본법」 제46조에 따른 수산발전기금"으로 한다.
<19>부터 <63>까지 생략

부 칙[2017.1.17 제14528호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(유효기간) 제18조의2제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 10년간 효력을 가진다.
제3조(지급단가 산출에 관한 적용례) 제8조제2항의 개정규정은 2016년에 지급하는 피해보전직접직불금의 지급단가를 산출하는 경우부터 적용한다.
제4조(피해보전직접지불금 지급기간 변경에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제6조에 따라 지급된 피해보전직접지불금을 이 법 시행 후에 환수하는 경우에는 제6조의 개정규정에도 불구하고 제21조를 적용한다.