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제32조(정부출연연구기관등의 육성)
① 정부는 국가연구개발사업을 효율적으로 하기 위하여 정부가 출연하는 연구기관, 연구지원기관 및 교육·연구기관 등(이하 "정부출연연구기관등"이라 한다)을 적극 육성하여야 한다. [개정 2010.2.4]
② 관계 중앙행정기관의 장은 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제18조에 따른 연구회(이하 이 조에서 "연구회"라 한다)와 대통령령으로 정하는 산하 정부출연연구기관등에 대하여 평가하고 그 결과를 위원회에 제출하여야 한다. 다만, 연구회 소관 정부출연연구기관에 대한 평가결과는 연구회가 제출한다. [개정 2010.2.4, 2010.12.27] [[시행일 2011.3.28]]
③ 삭제 [2008.2.29]
④ 삭제 [2010.12.27] [[시행일 2011.3.28]]
⑤ 제2항에 따른 평가의 대상·범위·방법 및 절차 등 평가에 관한 세부 사항은 대통령령으로 정한다. [개정 2010.2.4]

부칙 [2001.1.16 제6353호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (폐지법률) 과학기술혁신을위한특별법 및 과학기술진흥법은 이를 각각 폐지한다.
제3조 (경과조치) ①이 법 시행당시 부칙 제2조의 규정에 따라 폐지되는 과학기술혁신을위한특별법(이하 "종전특별법"이라 한다)의 규정에 따른 과학기술혁신5개년계획과 연도별시행계획의 수립·추진 및 추진실적의 제출·보고에 관한 사항은 제7조의 규정에 따른 과학기술기본계획이 세워질 때까지 종전특별법의 규정에 따른다.
②이 법 시행당시 종전특별법의 규정에 따른 지방과학기술진흥종합계획은 제8조의 규정에 따라 세워진 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전특별법의 규정에 따라 설립된 한국과학기술평가원은 제20조의 규정에 따라 설립된 한국과학기술기획평가원으로 본다.
④이 법 시행당시 종전특별법의 규정에 따라 설립된 한국과학문화재단은 제30조의 규정에 따라 설립된 것으로 본다.
⑤이 법 시행당시 부칙 제2조의 규정에 따라 폐지되는 과학기술진흥법(이하 "종전법률"이라 한다)의 규정에 따라 설치된 과학기술진흥기금은 제22조의 규정에 따라 설치된 것으로 본다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항 후단중 "과학기술혁신을위한특별법 제4조"를 "과학기술기본법 제9조"로 한다.
②방위산업에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제21조의3제2항중 "과학기술진흥법에 의한 과학기술정보유통에 관한 시책과 계획에 따라 유통"을 "과학기술기본법에 의한 국가과학기술지식·정보의 관리· 유통에 관한 시책에 따라 관리·유통"으로 한다.
③기초과학연구진흥법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항 및 제17조중 "과학기술진흥법 제14조"를 각각 "과학기술기본법 제22조"로 한다.
제16조제2항중 "과학기술진흥법 제5조의 규정에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
④협동연구개발촉진법을 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항중 "과학기술진흥법 제2조 및 제3조"를 "과학기술기본법 제17조"로 한다.
제5조제2항중 "자금과 과학기술진흥법 제9조제2항제1호의 규정에 의한 사업의 계획수립자 또는 시행자가 투자하는 연구개발비가 포함된다"를 "자금이 포함된다"로 한다.
⑤민군겸용기술사업촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제18조제3호중 "과학기술진흥법 제14조"를 "과학기술기본법 제22조"로 한다.
⑥한국과학재단법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제2항중 "과학기술진흥법 제14조"를 "과학기술기본법 제22조"로 한다.
⑦기금관리기본법중 다음과 같이 개정한다.
별표 2중 제30호를 다음과 같이 한다.
30. 과학기술기본법
⑧농촌진흥법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항중 "과학기술진흥법 제5조의 규정에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
⑨산업발전법중 다음과 같이 개정한다.
제23조제3항 전단중 "과학기술혁신을위한특별법 제4조"를 "과학기술기본법 제9조"로 한다.
⑩산업기술기반조성에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항중 "과학기술진흥법 제3조의 규정에 의한 과학기술진흥종합계획"을 "과학기술기본법 제7조의 규정에 의한 과학기술기본계획"으로 하고, 동조제2항중 "과학기술진흥법 제5조의 규정에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
⑪에너지이용합리화법중 다음과 같이 개정한다.
제37조제3항중 "과학기술진흥법에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
⑫보건의료기술진흥법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항중 "과학기술진흥법 제5조의 규정에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
⑬환경기술개발및지원에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항중 "과학기술혁신을위한특별법 제4조"를 "과학기술기본법 제9조"로 한다.
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전특별법 또는 종전법률을 인용한 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2002.12.26 제6815호(과학기술인공제회법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) 과학기술기본법중 다음과 같이 개정한다.
제22조제3항제3호중 "과학기술문화의 창달"을 "과학기술문화의 창달 및 과학기술인의 복지 증진"으로 한다.

부칙 [2003.12.30 제7015호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.1.29 제7159호(복권및복권기금법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2004년 4월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①내지 ④생략
⑤과학기술기본법중 다음과 같이 개정한다.
제22조제2항제4호를 제5호로 하고, 동항에 제4호를 다음과 같이 신설한다.
4. 복권및복권기금법 제23조제1항의 규정에 의하여 배분된 복권수익금
⑥내지 ⑬생략

부칙 [2004.9.23 제7218호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제32조제2항의 개정규정은 과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률이 시행되는 날부터 시행하며, 제9조제3항·제4항·제6항 및 제7항, 제12조제1항·제2항 및 제32조제3항의 개정규정은 정부조직법 제29조제1항 및 제2항의 규정에 의한 과학기술부의 과학기술혁신사무를 담당하는 본부의 조직에 관한 대통령령이 시행되는 날부터 시행한다.

부칙 [2005.12.30 제7805호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.9.27 제7989호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제22조제3항제2호 및 제2호의2의 개정규정은 공포한 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.4.27 제8389호(인적자원개발 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조생략
제3조(다른 법률의 개정) ①과학기술기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항제6호의3 후단 중 “인적자원개발회의”를 “국가인적자원위원회”로 한다.
② 생략
제4조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <118> 까지 생략
<119> 과학기술기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제2항·제5항 전단 및 제7항, 제9조제4항 각 호 외의 부분 중 "과학기술부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제9조제2항제5호 중 "예산의 배분 및 조정"을 "예산의 배분방향"으로 한다.
제9조제7항을 다음과 같이 한다.
⑦ 국가과학기술위원회의 사무를 처리하기 위하여 간사 1인과 사무국을 둔다. 이 경우 간사는 대통령실의 과학교육문화 분야를 보좌하는 정무직인 비서관이 된다.
제9조제8항부터 제10항까지를 제9항부터 제11항까지로 하고, 같은 조에 제8항을 다음과 같이 신설한다.
⑧ 사무국은 교육과학기술부에 두고, 그 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제10조제2항을 다음과 같이 한다.
② 관계 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체의 장은 직접 관할하고 있는 과학기술시책에 국가과학기술위원회의 심의 결과를 반영하여야 한다.
제12조에 제6항 및 제7항을 각각 다음과 같이 신설한다.
⑥ 국가과학기술위원회는 제1항 및 제3항 중 평가에 관한 사항은 「국가연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률」이 정하는 바에 따라 그 사무를 기획재정부장관에게 위임할 수 있다.
⑦ 기획재정부장관이 제6항에 따라 평가에 관한 사무를 수행한 때에는 「국가연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률」제7조 및 제8조에 따른 특정평가 및 자체성과평가의 결과를 종합분석하여 국가과학기술위원회에 이를 보고하여야 한다.
제12조의2를 다음과 같이 한다.
제12조의2 (국가연구개발사업 예산의 배분방향 등 검토·심의)
① 제9조제2항제5호에 따른 국가연구개발사업에 관련된 중앙행정기관의 장은 해당 기관의 다음 다음 해 국가연구개발사업의 투자우선순위에 대한 의견을 매년 10월 31일까지 국가과학기술위원회 및 기획재정부장관에게 제출하여야 한다.
② 관계 중앙행정기관의 장은 「국가재정법」 제28조에 따라 기획재정부장관에게 제출하는 해당 회계연도부터 5회계연도 이상의 기간 동안의 신규사업 및 기획재정부장관이 정하는 주요계속사업 중 국가연구개발사업 관련 중기사업계획서를 매년1월 31일까지 국가과학기술위원회에 제출하여야 한다.
③ 국가과학기술위원회는 제2항에 따른 사업계획서를 검토하고, 정부연구개발투자의 방향·기준을 매년 4월 15일까지 기획재정부장관 및 관계 중앙행정기관의 장에게 알려야 한다.
④ 관계 중앙행정기관의 장은 「국가재정법」 제31조제1항에 따라 기획재정부장관에게 제출하는 해당 기관의 예산요구서 중 국가연구개발사업 관련 예산요구서를 매년 6월 30일까지 국가과학기술위원회에 제출하여야 한다.
⑤ 국가과학기술위원회는 제1항·제2항 및 제4항에 따라 관계 중앙행정기관의 장이 각각 제출한 국가연구개발사업의 투자우선순위에 대한 의견, 국가연구개발사업 관련 중기사업계획서 및 예산요구서에 대하여 다음 각 호의 사항을 검토·심의하고 그 의견을 매년 7월 31일까지 기획재정부장관에게 알려야 한다.
1. 국가연구개발사업의 목표 및 추진방향
2. 국가연구개발사업의 분야별·사업별 투자우선순위
3. 국가연구개발사업 예산의 배분방향
4. 유사하거나 중복되는 국가연구개발사업간의 조정 및 연계
5. 대형 국가연구개발사업의 투자적정성·중점추진방향 및 개선방향
6. 다수 부처 관련 국가연구개발사업의 부처별 역할분담
7. 기초과학연구 및 지방과학기술진흥에 관한 사항
8. 그 밖에 국가연구개발사업의 투자효율성을 높이기 위하여 필요한 사항
⑥ 제2항 및 제4항에도 불구하고 국방 분야의 국가연구개발사업관련계획서 및 예산요구서 중 국방부장관이 국가과학기술위원회와 협의하여 정하는 계획서 및 예산요구서의 경우에는 이를 제출하지 아니할 수 있다.
제13조제3항, 제15조의2제2항제4호 및 제4항, 제17조제3항, 제18조제2항, 제22조제1항, 제22조제4항, 제23조제2항, 제25조, 제27조제1항 및 제3항, 제30조제2항제3호 및 제5항제3호, 제31조제4항 중 "과학기술부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제20조제4항제1호의2 중"예산의 배분 및 조정에의 지원"을 "예산의 배분방향에 대한 지원"으로 한다.
제21조제4항 중 "기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제32조제2항 본문 중 "국가과학기술위원회"를 " 기획재정부장관 및 국가과학기술위원회"로 하고, 같은 조 제3항을 삭제하며, 같은 조 제4항 중 "과학기술부 장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제22조제2항제6호 중 "과학기술부장관이 기획예산처장관"을 "교육과학기술부장관이 기획재정부장관"으로 한다.
<120> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.6.5 제9088호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(한국과학문화재단 명칭 변경에 따른 경과조치) 이 법 시행 당시 한국과학문화재단은 이 법에 따른 한국과학창의재단으로 본다.
③(다른 법률의 개정) 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다. 제73조제1항제8호라목 중 “한국과학문화재단”을 “한국과학창의재단”으로 한다.

부칙 [2008.6.5 제9089호(국가과학기술자문회의법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①과학기술기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제4항 중 “「국가과학기술자문회의법」에 따른 국가과학기술자문회의”을 “「국가교육과학기술자문회의법」에 따른 국가교육과학기술자문회의”로 한다.
②생략

부 칙[2010.2.4 제9992호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제11조, 제11조의2부터 제11조의5까지 및 제15조의2의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(참여제한에 관한 적용례) 제11조의2의 개정규정은 이 법 시행 당시 국가연구개발사업에 참여하고 있는 연구책임자, 연구기관ㆍ참여기업 또는 실시기업부터 적용한다.
③(기술료 징수에 관한 적용례) 제11조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 실시권의 내용, 기술료 및 기술료 납부방법 등에 관하여 계약을 체결하는 경우부터 적용한다.

부 칙[2010.12.27 제10412호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(위원회 심의ㆍ의결사항 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 제9조제2항에 따른 국가과학기술위원회의 심의를 거친 기본계획, 지방과학기술진흥종합계획 및 국가연구개발사업 등에 관한 사항은 제9조의7의 개정규정에 따라 위원회의 심의ㆍ의결을 거친 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 제7조, 제13조, 제17조 및 제27조에 따른 기본계획의 수립 및 다음 연도 시행계획과 전년도 추진실적의 종합, 과학기술예측, 협동ㆍ융합연구개발의 촉진 및 국가과학기술표준분류체계의 확립 등과 관련하여 교육과학기술부장관이 한 자료 제출 요청 및 권고 등의 행위 및 교육과학기술부장관에 대한 자료 제출 등의 행위는 이 법에 따른 위원회의 행위 및 위원회에 대한 행위로 본다.

부 칙[2011.3.9 제10445호(기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ① 과학기술기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제3항제7호 중 “기초과학”을 “기초연구”로 한다.
제12조의2제5항제7호 중 “기초과학연구”를 “기초연구”로 한다.
제15조의 제목 “(기초과학의 진흥)”을 “(기초연구의 진흥)”으로 하고, 같은 조 중 “기초과학”을 “기초연구”로 한다.
제15조의2의 제목 “(기초과학연구진흥협의회)”를 “(기초연구진흥협의회)”로 하고, 같은 조 제1항, 제2항 각 호 외의 부분 및 제3항 중 “기초과학연구진흥협의회”를 각각 “기초연구진흥협의회”로 하며, 같은 조 제1항 및 제2항제2호ㆍ제4호 중 “기초과학연구”를 각각 “기초연구”로 하고, 같은 조 제2항제1호 중 “「기초과학연구 진흥법」 제5조에 따른 기초과학연구”를 “「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제5조에 따른 기초연구”로 한다.
②부터 <24>까지 생략
제3조 및 제4조 생략

부 칙[2011.7.21 제10878호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.