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제28조(부과금의 조정)
①환경부장관은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 부과금을 다시 산정하여 조정하되, 이미 납부한 금액과 조정된 금액에 차이가 있을 때에는 그 차액을 다시 부과하거나 환급하여야 한다.
1. 제18조제1항의 규정에 의한 개선기간 만료일 또는 명령이행완료예정일까지 개선 또는 명령의 이행이 완료되지 아니하거나 동 기간이내에 개선 또는 명령의 이행이 완료되어 초과부과금 산정의 기초가 되는 오염물질 또는 배출물질의 배출기간이 달라지게 된 경우
2. 초과부과금의 부과후 오염물질등의 배출상태가 당초의 측정시와 달라졌다고 인정하여 다시 측정한 결과 오염물질 또는 배출물질의 배출량이 당초에 측정한 배출량과 다른 경우
3. 사업자가 제22조제1항의 규정에 의하여 제출한 확정배출량의 산정에 착오가 있거나 환경부장관이 제24조의 규정에 의하여 조정한 기준이내 배출량이 틀리게 조정된 경우
②제1항제1호의 사유로 초과부과금을 조정하는 경우의 초과부과금산정을 위한 오염물질 또는 배출물질의 배출기간은 환경부령이 정하는 개선완료일 또는 제14조제1항의 규정에 의한 명령이행의 보고를 한 날까지로 한다. [개정 99·10·13]
③제1항제2호의 사유로 초과부과금을 조정하는 경우의 초과부과금산정에 있어서는 재점검일이후의 기간에 한하여 다시 측정한 배출량을 기초로 하여 산정한다.
④제1항제1호의 규정에 의한 초과부과금의 조정부과 또는 환급은 당해 배출시설 또는 방지시설의 개선완료·조업정지·사용중지 또는 폐쇄완료의 이행여부를 확인한 날부터 30일이내에 하여야 한다. [개정 97·12·31]
⑤제1항제3호의 사유로 기본부과금을 조정하는 경우의 기본부과금산정에 있어서는법 제10조제1항 내지 제3항의 규정에 의한 배출시설의 설치허가·신고 또는변경신고시 제출한 자료, 법 제15조제2항의 규정에 의한 배출시설 및 방지시설의운영기록부, 법 제22조제1항의규정에 의한 자가측정기록부 및 법 제49조의 규정에 의한 검사의 결과등을 기초로 하여 산정한다.
⑥환경부장관은 제1항의 규정에 의한 부과 또는 환급에 있어서는 금액·일시·장소 기타 필요한 사항을 서면으로 통지하여야 한다.

부칙
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제15조, 제16조제2항, 제20조 내지 제31조의 개정규정중 기본부과금의 부과에 관한 사항은 법률 제5094호 대기환경보전법중개정법률 부칙 제1항 단서의 규정에 의하여 다음 각호의 규모에 해당하는 배출시설에 대하여는 1997년 1월 1일부터, 그 외의 배출시설에 대하여는 2000년 1월 1일부터 시행하고, 제39조의 개정규정은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
1. 별표 1에 의한 1종사업장 및 2종사업장
2. 별표 1에 의한 3종사업장중 특별대책지역안에 설치된 사업장
②(기본부과금의 감면에 관한 경과조치) 부칙 제1항제1호의 규정에 의한 사업장에 대하여 1997년부터 1999년까지 기본부과금을 부과함에 있어서는 법 제19조제3항의 규정에 의하여 부칙 제1항제1호의 규정에 의한 사업장중 1종사업장의 사업자에 대하여는 1997년에는 부과금액의 15퍼센트를, 1998년에는 부과금액의 10퍼센트를 각각 감면하며, 부칙 제1항제1호의 규정에 의한 사업장중 2종사업장 및 부칙 제1항제2호의 규정에 의한 사업장의 사업자에 대하여는 1997년에는 부과금액의 70퍼센트를, 1998년에는 부과금액의 50퍼센트를, 1999년에는 부과금액의 30퍼센트를 각각 감면한다. [개정 97·12·31]
③(신고대상 배출시설에 관한 경과조치) 이 대기환경보전법시행령>영 시행전에 설치허가를 받아 설치· 운영하거나 설치중인 배출시설중 제4조제2항의 개정규정에 의한 신고대상 배출시설에 해당하는 배출시설은 이 영에 의하여 신고한 배출시설로 본다.

부칙 [97·12·31]
①(시행일) 이 영은 1998년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조제3항제1호의 개정규정은 1998년 7월 1일부터 시행한다.
②(연료사용승인에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 저황유외연료 또는 고체연료의 사용이 허용된 경우에는 각각 제35조제1항제3호 또는 제36조제2항제4호의 개정규정에 의한 승인을 얻은 것으로 본다.
③(계속중인 행위에 대한 경과조치) 이 영 시행당시 법 제32조제1항 및 제2항의 규정에 의한 수입자동차의 인증·변경인증과 법 제32조제3항의 규정에 의한 인증시험에 관하여 국립환경연구원장이 행한 행위 또는 국립환경연구원장에 대한 행위는 환경부장관이 행한 행위 또는 환경부장관에 대한 행위로 본다.

부칙 [98·12·31]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(배출시설 설치신고에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 종전의 규정에 의하여 설치허가를 받은 배출시설로서 제4조제1항제2호 단서의 개정규정에 해당하는 시설은 설치신고된 배출시설로 본다.

부칙 [99·10·13]
①(시행일) 이 영은 1999년 10월 16일부터 시행한다. 다만, 제10조제4항, 제13조제2항·제3항, 제18조제1항 단서, 제19조제4항 및 제22조제3항의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행한다.
②(기본부과금의 농도별 부과계수에 관한 적용례) 별표 7 제2호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 기본부과금을 부과하는 분부터 적용한다.
③(초과부과금에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 배출허용기준을 초과하여 오염물질을 배출한 경우의 초과부과금은 제15조제2항·제17조제1항 및 별표 3의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2000·7·1]
제1조 (시행일) 이 영은 2000년 7월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제13조 생략

부칙 [2000·8·17]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2002.8.8]
이 영은 2002년 10월 1일부터 시행한다.

부칙 [2003.06.30]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제5조제2호, 제38조제6호 및 제9호, 별표 8의 개정규정은 2004년 1월 1일부터 시행한다.
②(배출시설설치의 제한에 관한 적용례) 제5조제2호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 설치되는 배출시설부터 적용한다.
③(사업장의 종별에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 다른 법령에 의하여 적법하게 설치되거나 그 설치를 위하여 인ㆍ허가 등을 받은 사업장은 별표 8의 개정규정에 불구하고 당해 법령에 적합한 종별의 사업장으로 본다.

부칙 [2003.12.11]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①대기환경보전법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제4조제4항을 삭제한다.
②생략

부칙 [2004.3.17]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.2.7 대통령령 제18695호(악취방지법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2005년 2월 10일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①대기환경보전법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항제10호를 삭제한다.
제17조제2항제1호나목 및 제2호나목을 각각 삭제하고, 동조제3항중 “배출허용기준 초과율별 부과계수, 악취농도별 부과계수 및 지역별 부과계수”를 “배출허용기준 초과율별 부과계수 및 지역별 부과계수”로 한다.
제39조의2 및 제39조의3을 각각 삭제한다.
제48조제1항제19호자목을 삭제하고, 동호차목중 “제4호의2려4호의3 및 제5호”를 “제4호의2 및 제4호의3”으로 한다.
별표 3중 악취란 및 악취농도별 부과계수란을 각각 삭제한다.
② 및 ③ 생략

부칙 [2005.4.15 제18788호]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(적산전력계 부착에 대한 경과조치) 이 영 시행전에 설치허가를 받거나 설치신고를 하고 설치·운영중인 배출시설로서 제10조제2항의 개정규정에 의한 적산전력계 부착대상 방지시설이 설치된 배출시설에는 2006년 12월 31일까지 적산전력계를 부착하여야 한다.
제3조(굴뚝자동측정기기 부착에 대한 경과조치) ①이 영 시행전에 설치허가를 받거나 설치신고를 하고 설치·운영중인 배출시설로서 제10조제3항의 개정규정에 의한 굴뚝자동측정기기 부착대상인 배출시설에는 2005년 12월 31일까지 굴뚝자동측정기기를 부착하고, 관제센터에 측정결과가 정상적으로 전송되도록 하여야 한다. 다만, 별표 2 제1호가목(2) 내지 (4), 나목, 다목(2)(가)(중질유 분해시설에 한한다), 다목(3)(나)(측정항목중 먼지에 한한다), 다목(3)(다)(염산회수시설에 한한다), 다목(3)(라)(질산회수재생시설에 한한다), 다목(4)(가), 다목(4)(나)(측정항목중 먼지에 한한다), 다목(5)(측정항목중 먼지에 한한다), 다목(6)·(7), 라목, 마목, 바목(2) 내지 (5), 자목(연속식 생활폐기물 소각시설을 제외한다), 차목 및 카목의 개정규정에 의한 배출시설의 경우에는 2007년 6월 31일까지, 동호바목(1)의 개정규정에 의한 배출시설중 시멘트제조시설의 냉각시설의 경우에는 2007년 12월 31일까지 굴뚝자동측정기기를 부착하고, 관제센터에 측정결과가 정상적으로 전송되도록 하여야 한다.
②제1항의 규정에 불구하고 별표 7 제2호의 규정에 의한 배출시설로서 제1항의 규정에 의한 부착기한만료일 이전 1년동안 매월 1회 이상 측정한 결과 오염물질이 배출허용기준의 30퍼센트 미만으로 항상 배출된 경우에는 오염물질이 배출허용기준의 30퍼센트 이상으로 배출될 때까지 부착을 유예한다. 이 경우 배출허용기준의 30퍼센트 이상으로 배출되는 날부터 6월 이내에 굴뚝자동측정기기를 부착하고, 관제센터에 측정결과가 정상적으로 전송되도록 하여야 한다.

부칙 [2005.4.22 제18796호(석유 및 석유대체연료 사업법 시행령)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑦생략
⑧「대기환경보전법 시행령」 일부를 다음과 같이 개정한다.
제37조제2항중 "「석유사업법」"을 "「석유 및 석유대체연료 사업법」"으로 한다.
⑨내지 <20>생략
제5조 생략

부칙 [2005.7.22 제18953호(환경부와 그 소속기관 직제)]
제1조 (시행일)
이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정)①내지④ 생략
⑤대기환경보전법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조제3항 각 호 외의 부분 및 제50조제1항중 “국립환경연구원장”을 각각 “국립환경과학원장”으로 한다.
⑥내지<17> 생략

부칙 [2005.9.30 제19071호]
이 영은 2005년 10월 1일부터 시행한다.

부칙 [2005.12.9 제19172호]
이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제45조의2제2호의 개정규정은 2008년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2006.5.22 제19480호]
이 영은 2006년 6월 29일부터 시행한다. 다만, 법률 제7779호 대기환경보전법 일부개정법률 부칙 제1조 단서에 따라 소형의 디젤기관 중 130킬로와트 이상 294킬로와트 미만에 해당되는 디젤기관에 대하여는 2009년 6월 29일부터 시행한다.