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제4조(어업자등에 대한 지원)
①협정으로 인하여 어업활동이 제한됨에 따라 어업등을 계속하는 것이 곤란한 어업자등에 대한 지원금의 지급기준은 다음 각호와 같다.
1. 어업등을 폐업하고자 하는 경우 어선·어구의 감정가격에 의한 매입 및 평년수익액의 3년분의 범위내에서 대통령령이 정하는 폐업지원금
2. 어장의 이동이나 업종의 전환으로 어구의 전부 또는 일부를 사용할 수 없게 된 경우 그 어구의 감정가격에 의한 매입
②농림수산식품부장관은 지원금을 지급함에 있어 협정으로 인한 어업활동의 제한정도, 수산업구조조정계획 및 어업기반의 유지 기타 어업여건을 감안하여 필요한 경우에는 업종별로 지원대상 어업자등의 수를 정할 수 있다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
③어업자등이 지원금을 받지 아니하고 대통령령이 정하는 수역에서 새로운 어장을 개발하고자 하는 경우에는 농림수산식품부령이 정하는 바에 따라 어선·어구의 개조비용과 출어비용을 보조할 수 있다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
④제1항의 규정에 의한 지원금의 구체적인 산출기준과 방법 및 지원대상등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월을 넘지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 날부터 시행한다.
제2조 (소급적용과 이에 따른 경과조치) ①이 법은 1999년 1월 22일에 발효된 대한민국과일본국간의어업에관한협정으로 인하여 어업활동이 제한된 어업인 등중 대통령령이 정하는 자에 대하여도 이를 적용한다.
②이 법 시행전에 제1항의 규정에 의한 대한민국과일본국간의어업에관한협정과 관련하여 농어촌발전특별조치법 제11조의 규정에 의한 지원대책으로 어선감척지원금 등을 받거나 이에 수반하여 실직어선원 실업수당을 받은 어업인에 대하여는 지원금을 정산하여 지급한다.
③이 법 시행전에 제2항의 규정에 의한 지원대책으로 이루어진 신청·심의·감정평가 및 재심의 등은 이 법에 의한 것으로 본다.
제3조 (어획물운반업자에 대한 경과조치) 제2조제2호의 규정중 어획물운반업자는 법률제5977호 수산업법중개정법률중 제46조의 개정규정의 시행일 전일까지는 종전의 수산업법 제46조에 의하여 허가를 받은 자로 본다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①농수산물유통및가격안정에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항·제3항, 제10조제1항·제4항, 제10조의2제1항 본문·제2항, 제44조제1항 및 제47조제1항제1호 내지 제3호·제5호·제6호·제2항제4호중 "농수산물"을 각각 "농산물"로 한다.
제10조제2항 본문·제3항·제5항 전단·제8항중 "비축용농수산물"을 각각 "비축용농산물"로 한다.
제9조제1항 본문, 제10조제1항, 제10조의2제1항 본문, 제10조의4제2항 및 제44조제1항중 "농수산물가격안정기금"을 각각 "농산물가격안정기금"으로 한다. 제5장의 제목 "농수산물가격안정기금"을 "농산물가격안정기금"으로 한다. 제62조제2항중 "농림부장관 또는 해양수산부장관"을 "농림부장관"으로 한다. 제10조제6항중 "수산업협동조합중앙회(이하 "농림축수협중앙회"라 한다)"를 "(이하 "농림축협중앙회"라 한다)"로 한다.
제47조제3항중 "농림축수협중앙회"를 "농림축협중앙회"로 한다.
②기금관리기본법중 다음과 같이 개정한다. 별표에 제127호를 다음과 같이 신설한다.
127. 어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업 발전특별법

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑮생략
<16>어업협정체결에따른어업인등의지원 및수산업발전특별법중 다음과 같이 개정한다.
제23조제1항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 공공자금관리기금법에 의한 공공자금관리기금으로부터의 예수금

부칙 [2001·9·12]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제23조제1항제7호의 개정규정중 해양오염방지법 제46조의3의 규정에 의한 해양환경개선부담금은 공포한 날부터 1년이 넘지 아니하는 범위내에서 해양수산부령이 정하는 날부터 부과·징수한다.
제2조 (어선·어구의 매각대금의 귀속에 관한 소급적용) 이 법 시행전에 제27조제1항제1호의 규정에 의한 어선·어구의 매각대금중 대통령령이 정하는 금액은 제23조제1항제5호의 개정규정에 의하여 기금의 재원으로 조성할 수 있다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①어항법중 다음과 같이 개정한다. 제25조의2에 제4항을 다음과 같이 신설한다. ④해양수산부장관은 제1항의 규정에 의한 토지매각대금중 국가어항의 토지매각대금을 어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업 발전특별법 제22조의 규정에 의한 수산발전기금으로 납입하여야 한다.
②해양오염방지법중 다음과 같이 개정한다. 제5장에 제46조의3 및 제46조의4를 각각 다음과 같이 신설한다. 제46조의3 (해양환경개선부담금) ①해양수산부장관은 해양환경 및 생태계에 현저한 영향을 미치는 사업으로서 다음 각호에 해당하는 사업에 대하여는 해양환경개선부담금(이하 "부담금"이라 한다)을 부과·징수한다. 1. 폐기물해양배출업자의 폐기물 해양배출행위 2. 그 밖에 대통령령이 정하는 규모 이상의 기름 등 배출행위 ②해양수산부장관은 국가·지방자치단체 및 공공기관이 시행하는 사업, 그 밖에 국방목적 또는 공익상 중요한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업에 대하여는 부담금을 감면할 수 있다.
③해양수산부장관은 제1항의 규정에 의한 부담금을 어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업 발전특별법 제22조의 규정에 의한 수산발전기금으로 납입하여야 한다.
④제1항의 규정에 의한 부담금의 산정·감면기준 및 부과·징수절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제46조의4 (부담금의 강제징수) ①해양수산부장관은 제46조의3의 규정에 의하여 부담금을 납부하여야 할 자가 납부기한 이내에 이를 납부하지 아니한 경우에는 30일 이상의 기간을 정하여 이를 독촉하여야 한다. 이 경우 체납된 부담금에 대하여는 100분의 5에 상당하는 가산금을 부과한다. ②제1항의 규정에 의하여 독촉을 받은 자가 기한 이내에 부담금과 가산금을 납부하지 아니한 경우에는 국세체납처분의 예에 의하여 이를 징수할 수 있다. ③해양수산부장관은 제1항의 규정에 의한 가산금을 어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업 발전특별법 제22조의 규정에 의한 수산발전기금으로 납입하여야 한다.

부칙 [2002.1.14 법률 제6611호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년 6월이 지난 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ① 및 ②생략
③어업협정체결에따른어업인등의지원 및수산업발전특별법중 다음과 같이 개정한다.
제21조제2항을 삭제한다.
④ 및 ⑤생략

부칙 [2002.12.30 (국고금관리법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 <27>생략
<28>어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업발전특별법중 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항을 다음과 같이 하고, 동조제2항중 "이사중에서 기금출납담당이사를, 그 직원중에서 기금출납원을"을 "이사중에서 기금수입담당이사와 기금지출원인행위담당이사를, 그 직원중에서 기금지출원과 기금출납원을"로 하며, 동조제3항중 "출납명령관과 출납공무원, 기금출납담당이사와 기금출납원"을 "기금수입징수관·기금재무관·기금지출관 및 기금출납공무원, 기금수입담당이사·기금지출원인행위담당이사·기금지출원 및 기금출납원"으로 하고, 동조제4항을 삭제한다.
①해양수산부장관은 기금의 수입과 지출에 관한 사무를 행하게 하기 위하여 소속공무원중에서 기금수입징수관·기금재무관·기금지출관 및 기금출납공무원을 임명한다.
<29>내지 <31>생략
제7조 생략

부칙 [2004.3.22 법률 제7207호(자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법)]
제1조 (시행일) 이 법은 대한민국정부와칠레공화국정부간의자유무역협정의 발효일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 ① 및 ② 생략
③어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업발전특별법중 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항에 제7호의2를 다음과 같이 신설한다.
7의2. 자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법 제4조 내지 제9조의 규정에 의한 어업인등의 지원
제25조에 제4항을 다음과 같이 신설한다.
④제1항제7호의2의 지원사업의 수행에 관하여는
자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법 제4조 내지 제9조ㆍ제16조ㆍ제17조ㆍ제18조 및 제20조를 준용한다.
④ 이하생략

부칙 [2004.12.31 제7275호(농수산물유통및가격안정에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업발전특별법중 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제4호를 다음과 같이 하고, 동항에 제4호의2 및 제4호의3을 각각 다음과 같이 신설한다.
4. 산지위탁판매사업 등 수산물유통구조의 개선
4의2. 농수산물유통및가격안정에관한법률 제4조 내지 제14조의 규정에 의한 수산물의 생산조정 및 출하조절 등 가격안정에 관한 사업
4의3. 수산물의 보관·관리
②및 ③생략
제5조 생략

부칙 [2005.5.31 제7571호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (폐지법률) 「어항법」은 이를 폐지한다.
제3조 (어항의 지정 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 「어항법」에 따라 지정 또는 개발된 어항 및 어항시설은 이 법에 따라 지정 또는 개발된 어항 및 어항시설로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 「어항법」에 따라 수립되거나 시행된 어항개발계획 또는 어항시설사업은 이 법에 따라 수립되거나 시행된 어항개발계획 또는 어항개발사업으로 본다.
제4조 (일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「어항법」에 따라 행정기관이 행한 처분 그 밖의 행위 또는 행정기관에 대한 각종 신청 그 밖의 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제5조 (한국어항협회에 대한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 「어항법」에 따라 설립된 한국어항협회는 이 법에 따라 설립된 한국어촌어항협회로 본다.
②이 법 시행 당시 한국어항협회가 행한 행위 그 밖의 법률관계에 있어서는 이를 한국어촌어항협회가 행한 것으로 본다.
③이 법 시행당시 등기부 그 밖의 공부(公簿)상의 한국어항협회의 명의는 한국어촌어항협회의 명의로 본다.
④이 법 시행 당시 다른 법령에서 한국어항협회를 인용하고 있는 경우에는 그에 갈음하여 한국어촌어항협회를 인용한 것으로 본다.
제6조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 「어항법」의 규정에 의한다.
제7조 (다른 법률의 개정) 제1항 내지 제3항 생략
④어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제1항제6호중 "어항법 제25조의2제1항"을 "「어촌·어항법」 제27조제1항"으로 한다.
제5항 내지 제11항 생략
제8조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「어항법」 및 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2005.7.29 제7639호]
이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2006.10.4 제8045호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 생략 ④ 생략
⑤어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제1항에 제7호의3을 다음과 같이 신설한다.
7의3. 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제49조 및 제51조의 규정에 의한 해양생태계보전협력금 및 가산금
제25조제1항에 제7호의3을 다음과 같이 신설한다.
7의3. 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의한 해양생태계의 보전 및 관리에 필요한 사업
⑥ 생략
제11조 생략

부칙 [2007.1.19 제8260호(해양환경관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제19조제1 항제2호의 규정은 공포한 후 2년이 경과한 날부터, 제110조제1항의 규정은 공포 후 3년이 경과한 날부터, 제40조 및 제53조의 규정은 이 법 시행 후 「선박 유해 방오시스템의 규제에 관한 국제협약」이 우리나라에서 효력을 발생하는 날부터 시행한다.
제2조 내지 제22조 생략
제23조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑨ 생략
⑩어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제1항제7호중 “해양오염방지법 제46조의3 및 제46조의4”를 “「해양환경 관리법」 제19조 및 제20조”로 한다.
⑪ 내지 <17> 생략

부칙 [2007.4.11 제8377호(수산업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제14조 생략
제15조(다른 법률의 개정) ① 내지 <16> 생략
<17>어업협정체결에 따른 이업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 “수산업법 제41조”를 “「수산업법」 제43조”로, “동법 제46조”를 “같은 법 제49조”로 한다.
<18> 내지 <24> 생략
제16조 생략

부칙 [2007.8.3 제8625호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.8.3 제8629호(해양심층수의 개발 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 내지 ② 생략
③어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제1항에 제7호의5를 다음과 같이 신설한다.
7의5.「해양심층수의 개발 및 관리에 관한 법률」 제40조에 따른 해양심층수이용부담금
제25조제1항에 제5호의2를 다음과 같이 신설한다.
5의2. 해양심층수의 수질관리, 해양심층수 관련 산업의 육성 및 해양심층수 등 해양자원에 대한 연구개발사업의 지원

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <669> 까지 생략
<670> 어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항, 제5조제2항 전단, 제8조제1항제7호, 제9조제1항 및 제2항, 제12조제1항 전단, 제13조제1항 각 호 외의 부분 전단·후단 및 제2항 전단, 제16조제1항 각 호 외의 부분 및 제2항, 제18조제1항 및 제3항, 제19조, 제24조제1항 및 제2항, 제25조제1항제8호, 제26조제2항 및 제3항, 제27조제1항 각 호 외의 부분 및 제5호, 제28조제1항 및 제2항, 제29조제1항 및 제32조제2항 중 "해양수산부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제4조제3항, 제9조제3항 및 제28조제2항 중 "해양수산부령"을 각각 "농림수산식품부령"으로 한다.
제7조제1항 중 "해양수산부"를 "농림수산식품부"로 한다.
제23조제1항제7호의2 중 "해양수산부장관"을 "국토해양부장관"으로 한다.
제23조제1항제7호의4, 제24조제4항 및 제26조제1항 중 "해양수산부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제26조제3항 중 "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
<671> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.4.22 제9626호(수산업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 “「수산업법」 제43조”를 “「수산업법」 제41조”로 하고, 제2조제5호, 제18조, 제19조, 제20조, 제21조, 제22조, 제23조, 제24조, 제25조, 제26조, 제28조 및 제32조제1항제2호를 각각 삭제하며, 제29조제1항을 다음과 같이 한다.
① 농림수산식품부장관은 이 법에 따른 권한 또는 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 시ㆍ도지사 또는 수산업협동조합중앙회에 각각 위임 또는 위탁할 수 있다.
⑨ 부터 ⑮ 까지 생략
제12조 생략

부 칙[2010.3.31 제10220호(지방세특례제한법)]
제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <23> 까지 생략
<24> 어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조 중 “지방세법”을 “「지방세특례제한법」”으로 한다.
<25> 부터 <45> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.6.4 제10339호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <52> 까지 생략
<53> 어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항 후단 중 “노동부장관”을 “고용노동부장관”으로 한다.
<54> 부터 <82> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2011.7.25 제10947호(연근해어업의 구조개선 및 지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 폐지) 어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법은 폐지한다.
제3조 및 제4조 생략

부 칙[2011.8.4 제11024호(선원법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제3항 중 “선원법 제40조의 규정에 의한”을 “「선원법」 제37조에 따른”으로 한다.
④ 및 ⑤ 생략
제9조 생략