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제13조(행위 제한)
① 누구든지 제8조제1항에 따른 습지보호지역(이하 "습지보호지역"이라 한다)에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 해서는 아니 된다. 다만, 「농어촌정비법」 제2조제6호에 따른 농업생산기반시설을 유지·관리하기 위하여 필요한 경우와 그 시설을 농업 목적으로 사용하기 위하여 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 행위를 하는 경우, 「재난 및 안전관리 기본법」 제37조의 응급조치를 위하여 제2호 또는 제3호에 해당하는 행위를 하는 경우, 군 병력 투입 및 작전활동 등 군사 목적을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 건축물이나 그 밖의 인공구조물의 신축 또는 증축(증축으로 인하여 해당 건축물이나 그 밖의 인공구조물의 연면적이 기존 연면적의 두 배 이상이 되는 경우만 해당한다) 및 토지의 형질변경
2. 습지의 수위 또는 수량이 증가하거나 감소하게 되는 행위
3. 흙·모래·자갈 또는 돌 등을 채취하는 행위
4. 광물을 채굴하는 행위
5. 동식물을 인위적으로 들여오거나 경작·포획 또는 채취하는 행위(해당 지역주민이 공동부령으로 정하는 기간 이상 생계수단 또는 여가활동 등의 목적으로 계속하여 경작·포획하거나 채취한 경우는 제외한다)
② 누구든지 제8조에 따른 습지주변관리지역이나 습지개선지역에서 「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 생태계교란 생물 또는 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제2조제12호에 따른 해양생태계교란생물을 풀어 놓거나 심고 재배하는 행위를 해서는 아니 된다.
③ 제8조제1항에 따른 습지주변관리지역에서 일정 규모 이상의 간척사업, 공유수면매립사업, 그 밖에 습지보호에 위해를 줄 수 있는 행위를 하려는 사람은 환경부장관, 해양수산부장관 또는 시·도지사의 승인을 받아야 하며, 관계 중앙행정기관의 장이 그러한 행위를 하려는 경우에는 환경부장관, 해양수산부장관 또는 시·도지사와 협의하여야 한다.
④ 제3항에 따른 승인 또는 협의 대상 행위 및 사업 규모, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 환경부장관, 해양수산부장관 또는 시·도지사의 승인을 받은 경우(관계 중앙행정기관의 장의 경우에는 환경부장관, 해양수산부장관 또는 시·도지사와 협의한 경우를 말한다)에는 제1항과 제2항을 적용하지 아니한다.
1. 「자연재해대책법」 제2조제2호에 따른 자연재해의 예방 및 복구를 위한 활동 및 구호 등에 필요한 경우
2. 습지보호지역등의 보전을 위하여 필요하거나 습지보호지역등에서 농림수산업을 영위하기 위하여 필요한 경우
3. 그 밖에 공익상 부득이한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
⑥ 제5항에 따른 승인 또는 협의의 절차 및 요건에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[전문개정 2014.3.24

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부 칙[1999.2.8 제5866호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (생태계보전지역중 습지에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 자연환경보전법에 의하여 지정된 생태계보전지역중 낙동강하구생태계보전지역, 대암산생태계보전지역, 우포늪생태계보전지역 및 무제치늪생태계보전지역은 이 법에 의하여 습지보호지역으로 지정·고시된 것으로 본다.
②제1항의 규정에 의하여 습지보호지역으로 지정·고시된 것으로 보는 지역에 대하여 이 법 시행전에 자연환경보전법에 의하여 행한 습지의 보전에 관한 허가·처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제3조 (매립면허등을 받은 지역에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 공유수면매립법 또는 골재채취법에 의하여 매립면허 또는 골재채취허가를 받았거나 다른 법률에 의하여 당해 면허 또는 허가를 받은 것으로 보는 지역에 대하여는 제8조의 규정을 적용하지 아니한다.
제4조 (기존 면허어업등에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 다음 각호의 1에 해당하는 영업에 관하여 면허·허가 등을 받거나 신고를 한 자에 대하여는 제13조 및 제15조의 규정을 적용하지 아니한다.
1. 수산업법 제8조·제41조·제42조 및 제44조의 규정에 의한 면허어업, 허가어업, 시험 또는 교습어업 및 신고어업
2. 내수면어업개발촉진법 제7조 내지 제9조의 규정에 의한 면허어업·허가어업 및 신고어업
3. 염관리법 제3조제1항의 규정에 의한 염제조업
부칙 [2002.12.26]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제13조제6항, 제18조의2, 제20조의2 및 제22조의3의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.2.9 법률 제7167호(야생동·식물보호법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제28조 생략
제29조 ① 내지 ⑨ 생략
⑩습지보전법중 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항중 “자연환경보전법 제2조제18호의 규정에 의하여 지정·고시된 생태계위해외래동·식물”을 “야생동·식물보호법 제2조제4호의 규정에 의한 생태계교란야생동·식물”로 한다.
⑪ 이하생략

부칙 [2005.3.31 제7461호]
이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.10.4 제8045호(해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 생략 ② 생략
③습지보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항중 “야생동·식물보호법 제2조제4호의 규정에 의한 생태계교란야생동·식물”을 “「야생동·식물보호법」 제2조제4호의 규정에 의한 생태계교란야생동·식물 또는 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 제2조제12호의 규정에 의한 해양생태계교란생물”로 한다.
④ 내지 ⑥ 생략
제11조 생략

부칙 [2007.1.26 제8291호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.4.11 제8351호(농어촌정비법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제14조제25항의 개정규정은 법률 제8170호 자연재해대책법 일부개정법률 부칙 제1조에 따른 시행일부터 시행하고, 부칙 제14조제34항 및 제35항의 개정규정은 2007년 7월 4일부터 시행하며, 부칙 제14조제16항 및 제18항의 개정규정은 2007년 7월 27일부터 시행하고, 제21조제1항과 제92조제1항제12호의 개정규정은 2007년 9월 28일부터 시행한다.
제2조 내지 제13조 생략
제14조(다른 법률의 개정) ① 내지 <17> 생략
<18>법률 제8291호 습지보전법 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항 각 호 외의 부분 단서 중 “「농어촌정비법」 제2조제4호”를 “「농어촌정비법」 제2조제6호”로 한다.
<19> 내지 <42> 생략
제15조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>··· 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <511> 까지 생략
<512> 습지보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제3항, 제5조제1항 중 "해양수산부장관"을 "국토해양부장관"으로 한다.
제4조제1항부터 제3항까지, 제6조제1항, 제7조제1항, 제8조제1항 각 호 외의 부분·제2항 각 호 외의 부분·제5항, 제10조제1항, 제11조제1항, 제13조제3항·제5항 각 호 외의 부분, 제14조, 제15조제1항 각 호 외의 부분 본문·제2항·제3항, 제18조의2제1항 본문, 제19조, 제20조제2항·제3항·제4항, 제22조제1항, 제27조제2항 중 "환경부장관·해양수산부장관"을 각각 "환경부장관·국토해양부장관"으로 한다.
제5조제3항 전단·제5항 전단, 제8조제3항, 제9조제1항, 제12조제2항 본문, 제18조, 제21조제2항 중 "환경부장관 또는 해양수산부장관"을 각각 "환경부장관·국토해양부장관"으로 한다.
제5조의2제1항제3호, 제12조제2항 본문, 제16조제2항 본문, 제18조의2제3항, 제20조의2제1항·제3항 중 "환경부장관 또는 해양수산부장관"을 각각 "환경부장관 또는 국토해양부장관"으로 한다.
제5조의2제3항 중 "해양수산부"를 "국토해양부"로 한다.
제5조의2제4항 각 호 외의 부분 후단 중 "국방부·문화관광부·농림부·환경부·건설교통부·해양수산부·산림청"을 "국방부·문화체육관광부·농림수산식품부·환경부·국토해양부·산림청"으로 하고, 같은 항 제3호 중 "환경부장관 또는 해양수산부장관"을 "환경부장관 또는 국토해양부장관"으로 한다.
제6조제2항 중 "환경부 및 해양수산부의 공동부령(이하 "공동부령"이라 한다)"을 "환경부 및 국토해양부의 공동부령(이하 "공동부령 이라 한다)"으로 한다.
제12조제1항 각 호 외의 부분 중 "환경부장관, 해양수산부장관"을 "환경부장관, 국토해양부장관"으로 한다.
제18조의2제2항 본문 중 "환경부장관, 해양수산부장관"을 "환경부장관, 국토해양부장관"으로 하고, 같은 조 제4항 중 "공동부령"을 "환경부령"으로 한다.
제20조의2제2항 중 "환경부장관 또는 해양수산부장관"을 "환경부장관 또는 국토해양부장관"으로, "산업자원부장관"을 "지식경제부장관"으로 한다.제21조제1항 중 "환경부장관 또는 해양수산부장관"을 "환경부장관"또는 국토해양부장관"으로, "환경부 또는 해양수산부"를 "환경부 또는 국토해양부"로 한다.
제22조의3제1항 중 "환경부장관, 해양수산부장관"을 "환경부장관, 국토해양부장관"으로 한다.
<513> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.21 제8958호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2010.4.15 제10272호(공유수면 관리 및 매립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제12조까지 생략
제13조(다른 법률의 개정) ① 부터 <31> 까지 생략
<32> 습지보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항 중 “「공유수면매립법」 제4조”를 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제22조”로, “동법 제8조”를 “같은 법 제27조”로, “동법 제9조”를 “같은 법 제28조”로 한다.
제23조 중 “「공유수면매립법」”을 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」”로 한다.
<33> 부터 <75> 까지 생략
제14조 생략

부 칙[2011.7.28 제10977호(야생생물 보호 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑨까지 생략
⑩ 습지보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항 중 “「야생동ㆍ식물보호법」 제2조제4호의 규정에 의한 생태계교란야생동ㆍ식물”을 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물”로 한다.
⑪부터 <20>까지 생략
제11조 생략

부 칙[2012.2.1 제11257호(생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 습지보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항 중 “「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 생태계교란 야생생물”을 “「생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 생태계교란 생물”로 한다.
⑤부터 ⑦까지 생략

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <502>까지 생략
<503> 습지보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제3항, 제4조제1항부터 제3항까지, 제5조제1항 전단, 같은 조 제3항 전단, 같은 조 제5항 전단, 제5조의2제1항제3호, 같은 조 제4항제3호, 제6조제1항, 제7조제1항, 제8조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 같은 조 제3항 및 제5항, 제9조제1항, 제10조제1항, 제11조제1항, 제12조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항 본문, 제13조제3항, 같은 조 제5항 각 호 외의 부분, 제14조, 제15조제1항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제2항 및 제3항, 제16조제2항 본문, 제18조, 제18조의2제1항 본문, 같은 조 제2항 본문, 같은 조 제3항, 제19조, 제20조제2항부터 제4항까지, 제20조의2제1항부터 제3항까지, 제21조제1항ㆍ제2항, 제22조제1항, 제22조의3제1항 및 제27조제2항 중 "국토해양부장관"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제5조의2제3항, 제6조제2항 및 제21조제1항 중 "국토해양부"를 각각 "해양수산부"로 한다.
제5조의2제4항 각 호 외의 부분 후단 중 "농림수산식품부ㆍ환경부ㆍ국토해양부"를 "농림축산식품부ㆍ환경부ㆍ해양수산부"로 한다.
제20조의2제2항 중 "지식경제부장관"을 "산업통상자원부장관"으로 한다.
<504>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.7.16 제11910호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(원상회복명령에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 원상회복명령을 받은 자는 제14조제1항의 개정규정에 따라 원상회복명령을 받은 자로 본다.

부 칙[2014.3.24 제12525호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제18조의2제1항 및 제19조의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(권한 이양 등에 따른 경과조치) 제18조의2제1항 및 제19조의 개정규정 시행 당시 종전의 규정에 따라 시·도지사가 한 다음 각 호의 행위 또는 각 호와 관련하여 시·도지사에 대하여 한 행위는 같은 개정규정에 따라 시장·군수·구청장이 한 행위 또는 시장·군수·구청장에 대하여 한 행위로 본다.
1. 제18조의2제1항에 따른 습지보호지역등의 이용료 징수
2. 제19조에 따른 포상금의 지급

부 칙[2016.1.27 제13880호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2019.8.27 제16568호(양식산업발전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제14조까지 생략
제15조(다른 법률의 개정) ①부터 ㉞까지 생략
㉟ 습지보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제20조의2제1항 중 "어업권"을 "어업권ㆍ양식업권"으로 한다.
㊱부터 <61>까지 생략
제16조 생략