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제25조(공원보호구역)
①공원관리청은 자연공원의 보호를 위하여 필요한 배후지(背後地) 또는 진입도로 주변의 일정구역을 공원위원회의 심의를 거쳐 공원보호구역으로 지정할 수 있다.
②공원관리청이 제1항의 규정에 의하여 공원보호구역을 지정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 지체없이 이를 고시하여야 한다.
③공원보호구역 안에서 제23조제1항제1호 내지 제5호의 1에 해당하는 행위를 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 공원관리청의 허가를 받아야 한다. 다만, 환경부령이 정하는 경미한 사항은 그러하지 아니하다.
④제23조제2항·제3항의 규정과 제24조의 규정은 공원보호구역의 점용 및 사용에 관하여 이를 준용한다.
⑤제3항의 규정에 의한 허가의 기준은 자연마을지구에서의 허용행위의 기준에 의한다. [개정 2005.3.31

] [[시행일 2005.10.1]]

부칙
제1조(시행일 ) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(용도지구에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 용도지구중 취락지구는 이 법에 의하여 자연취락지구로 결정된 것으로 본다.
제3조(국립공원협회에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 설립된 국립공원협회는 이 법에 의하여 설립된 자연공원협회로 본다.
제4조(계속중인 행위 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 공원관리청이 행한 허가 등 처분이나 그 밖의 행위는 이 법에 의하여 공원관리청이 행한 것으로 보며, 공원관리청에 대한 허가의 신청이나 그 밖의 행위는 이 법에 의한 공원관리청에 대한 행위로 본다.
제5조(벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제6조(다른 법률과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 자연공원법의 규정을 인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2002.2.4 제6654호(국토기본법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑫생략
⑬자연공원법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항중 "국토건설종합계획법 제7조의 규정에 의한 국토건설종합계획심의회"를 "국토기본법 제26조의 규정에 의한 국토정책위원회"로 한다.
⑭내지 <16> 생략
제7조 생략

부 칙[2002.2.4 제6654호(국토기본법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑫생략
⑬자연공원법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항중 "국토건설종합계획법 제7조의 규정에 의한 국토건설종합계획심의회"를 "국토기본법 제26조의 규정에 의한 국토정책위원회"로 한다.
⑭내지 <16> 생략
제7조 생략

부칙 [2002.12.30 제6841호(산지관리법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 10월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 및 제12조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ① 내지 [45] 생략
[46] 자연공원법중 다음과 같이 개정한다.
제21조제7호를 다음과 같이 한다.
7. 산지관리법 제14조·제15조의 규정에 의한 산지전용허가 및 산지전용신고, 산림법 제62조(제52조에서 준용하는 경우를 포함한다)·제90조제1항의 규정에 의한 입목벌채 등의 허가 및 동법 제73조제2항의 규정에 의한 입목·죽의 벌채 승인 또는 허가
[47] 내지 [74] 생략

부칙 [2005.3.31 제7456호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(행위허가에 관한 적용례) 제21조 및 제23조제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 제23조의 개정규정에 의하여 최초로 허가를 신청하는 행위부터 적용한다.
제3조(자연공원의 용도지구에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의한 자연보존지구·자연환경지구·자연취락지구·밀집취락지구 및 집단시설지구는 각각 제18조의 개정규정에 의한 공원자연보존지구·공원자연환경지구·공원자연마을지구·공원밀집마을지구 및 공원집단시설지구로 본다.
제4조(국립공원관리공단의 임원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 국립공원관리공단의 부이사장으로 재임 중인 자는 그 임기만료일까지 제50조의 개정규정에 의하여 상근이사로 선임된 것으로 본다.
제5조(자연공원협회에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 설립된 자연공원협회는 제81조의 개정규정에 의하여 설립된 한국자연공원협회로 본다.
제6조(다른 법률의 개정) ①障碍人·老人·姙産婦등의便宜增進保障에관한法律 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호중 “同條第7號”을 “동조제10호”로 한다.
②環境犯罪의團束에관한特別措置法 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항중 “自然保存地區 및 自然環境地區”를 “공원자연보존지구 및 공원자연환경지구”로 한다.

부칙 [2005.8.4 제7678호(산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률)]
제1조 (시행일)
이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정)①내지<47> 생략
<48>자연공원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제7호중 “산림법 제62조제1항(제52조에서 준용하는 경우를 포함한다)ㆍ제90조제1항의 규정에 의한 입목벌채 등의 허가 및 동법 제73조제2항의 규정에 의한 입목ㆍ죽의 벌채 승인 또는 동의”를 “「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제19조제5항, 제36조제1항·제4항 및 제45조제1항·제2항의 규정에 의한 입목벌채등의 허가·신고”로 한다.
제26조중 “산림법 제49조ㆍ제56조ㆍ제67조 또는 제71조의 규정에 의한 채종림ㆍ보안림ㆍ천연보호림ㆍ시험림ㆍ보호수 또는 국유림”을 “「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제19조·제43조 또는 제47조의 규정에 의한 채종림·수형목·보안림·산림유전자원보호림·시험림 ·보호수 또는 「국유림의 경영 및 관리에 관한 법률」에 의한 국유림”으로 한다.
제71조제2항 본문중 “산림법”을 “「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」”로 한다.
<49>내지<87> 생략
제12조 생략

부칙 [2007.1.3 제8211호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.4.6 제8338호(하천법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제15조 생략
제16조(다른 법률의 개정) ① 내지 <21> 생략
<22>자연공원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「하천법」 제30조에 따른 하천공사 시행의 허가, 같은 법 제33조에 따른 하천의 점용허가 및 같은 법 제50조에 따른 하천수의 사용허가
제71조제2항 본문중 “하천법”을 “「하천법」”으로 한다.
<23> 내지 <48> 생략
제17조 생략

부칙 [2007.4.11 제8346호(문화재보호법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제11조 생략
제12조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑤ 생략
⑥자연공원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조 중 “문화재보호법”을 “「문화재보호법」”으로, “제8조”를 “제9조”로 한다.
⑦ 내지 ⑫ 생략
제13조 생략

부칙 [2007.4.11 제8352호(농지법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제14조 생략
제15조(다른 법률의 개정) ① 내지 <46> 생략
<47>자연공원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제10호 중 “농지법 제36조제1항”을 “「농지법」 제34조제1항”으로 한다.
<48> 내지 <77> 생략
제16조 생략

부칙 [2007.4.11 제8370호(수도법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제19조제55항의 개정규정은 2007년 7월 4일부터 시행하고, 제7조제3항제1호 및 제56조제1항의 개정규정은 2007년 9월 28일부터 시행하며, 제68조 및 제71조의 개정규정은 2008년 1월 4일부터 시행한다.
제2조 내지 제18조 생략
제19조(다른 법률의 개정) ① 내지 <36> 생략
<37>자연공원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제1호 중 “수도법 제36조 및 제38조”를 “「수도법」 제52조 및 제54조”로 한다.
<38> 내지 <66> 생략
제20조 생략

부칙 [2007.12.21 제8733호(군사기지 및 군사시설 보호법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 9개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제17조부터 제19조까지의 규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑭ 생략
⑮자연공원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제9호를 다음과 같이 한다.
9. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제9조제1항제1호에 따른 통제보호구역 등에의 출입허가
<16> 내지 <30> 생략
제11조 생략

부칙 [2008.3.21 제8950호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.3.21 제8976호(도로법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제8조까지 생략
제9조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <58> 까지 생략
<59> 자연공원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제5호 중 "동법 제40조"를 "같은 법 제38조"로 한다.
제70조제1항제2호 본문 중 "도로법 제50조"를 "「도로법」 제49조"로 한다.
<60> 부터 <99> 까지 생략
제10조 생략