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제91조(한국희귀의약품센터의 설립)
①적용 대상이 드물고 대체의약품이 없어 긴급하게 도입할 필요가 있는 의약품 및 희귀질환자 치료용 의약품(이하 “희귀의약품등”이라 한다)에 대한 각종 정보 제공 및 공급(조제 및 투약 업무를 포함한다. 이하 같다) 등에 관한 업무를 하기 위하여 한국희귀의약품센터(이하 “센터”라 한다)를 둔다.
②센터는 법인으로 한다.
③센터에 관하여 이 법에서 규정한 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.
④제1항에 따른 센터의 운영 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 [63·12·13]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 2월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 이 법 시행당시의 국정처방서는 이 법에 의한 대한약전 제2부가 제정·공고될 때까지 이를 대한약전 제2부로 본다.
제3조 삭제 [94·1·7]
제4조 (동전) 종전의 법령에 의하여 받은 약사면허·의약품등의 제조업이나 그 수출입업의 허가나 등록, 약국개설등록, 약종상·한약종상 및 매약청매상의 허가는 이 법에 의하여 받은 약사면허, 약품등의 제조업이나 그 수출입업의 허가나 승인, 약국개설승인, 약종상·한약종상 및 매약상의 허가로 보며, 이 법 시행당시 종전의 법령에 의한 약사면허를 받을 자격을 가진 자는 이 법에 의한 약사면허를 받을 자격을가진 자로 본다. 다만, 이 법에 의한 시설기준에 적합하지 아니하는 시설은 이 법 시행일로부터 1년이내에 이 법에 의한 시설기준에 적합하도록 그 시설을 개수하여야 한다.
제5조 (동전) 종전의 법령에 의하여 행한 약사에 관한 처분은 이 법에 의한 처분으로 본다.
제6조 (동전) 가족계획용 의약품 및 의료용구로서 보건사회부장관이 정하는 품목은 이 법 제35조·제41조·제42조 및 제63조제4항의 적용을 받지 아니한다. 또한 열차·항공기 기타 보건사회부장관이 지정하는 장소에서의 의약품의 수여 및 판매에 관하여는 제35조 및 제41조의 규정에 불구하고 보건사회부령이 정하는 바에 따라 보건사회부장관이 지정하는 품목에 한하여 보건사회부장관이 지정하는 자로 하여금 실수요자에게 수여 또는 판매하게 할 수 있다. [개정 71·1·13, 75·12·31]

부칙 [65·4·3]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 2월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 삭제 [91·12·31]
제3조 (경과조치) 종전의 법령에 의하여 받은 의약품등의 제조 또는 그 수출입업의 허가나 약국개설등록 또는 승인·의약품판매업의 허가를 받은 자로서 이 법에 의한 시설기준에 적합하지 아니하는 시설은 이 법 시행일로부터 1년이내에 이 법에 의한 시설기준에 적합하도록 하여야 한다.
제4조 (동전) 종전의 법령에 의하여 약국개설승인·약국제제품목의 등록은 이 법에 의하여 받은 약국개설·등록 또는 약국제제품목의 신고로 본다.
제5조 (동전) 이 법 시행당시 종전의 법령에 의하여 의약품등의 제조품목 승인을 얻은 자는 시행일로부터 6월내에 제조업의 허가를 받지 아니한 때에는 그 승인을 취소된 것으로 본다.

부칙 [67·3·3]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 이 법 시행당시의 대한약사회와 서울特別市·부산시 및 도약사회는 각각 이 법에 의하여 설립된 대한약사회 및 대한약사회지부로 본다.
제3조 (동전) 이 법 시행당시의 매약상을 경영하는 자는 이 법 시행일로부터 2년이내에 보건사회부령이 정하는 약종상시험을 거쳐 매약상허가를 받은 지역에 한하여 약종상의 허가를 받을 수 있다.

부칙 [71·1·13]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 종전의 법령에 의하여 허가를 받은 약업사(종전의 약종상을 말한다), 매약상은 종전 법령의 적용을 받는다. [개정 91·12·31]
③(동전) 이 법 시행당시 한약종상의 허가를 받은 자는 이 법에 의한 한약업사로 본다.
④(동전) 이 법 시행당시의 한약종상중 전란 기타 천재지변으로 허가지역을 이탈한 자와 1967·3·3 법률 제1910호의 시행 이전에 허가지역을 이탈한 자로서 거주지를 관할하는 서울特別市長·부산시장 또는 도지사의 허가를 받았을 때에 한하여 당해 거주지를 허가지역으로 할 수 있다.

부칙 [73·3·13]
이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.

부칙 [75·12·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의약품 또는 위생용품의 제조업허가를 받은 자로서 제2조제7항의 규정에 의하여 지정된 품목의 허가를 받은 자는 이 법에 의한 의약부외품제조업 및 품목허가를 받은 것으로 본다. 다만, 의약부외품제조업허가를 받지 아니한 자는 이 법 시행일로부터 1년이내에 이 법에 의한 의약부외품제조업허가를 받아야 한다.

부칙 [81·4·13]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (약사법의 개정에 따른 경과조치) ①이 법 시행당시 개정전의 약사법 제16조제2항 및 제42조제1항의 규정에 의하여 서울特別市長·부산시장 또는 도지사에게 등록을 한 자는 이 법에 의하여 시장·군수 또는 구청장에게 등록한 것으로 본다.
②이 법 시행당시 개정전의 약사법 제19조제2항 및 제21조제2항의 규정에 의하여 서울特別市長·부산시장 또는 도지사의 승인을 얻은 자는 이 법에 의하여 시장·군수 또는 구청장의 승인을 얻은 것으로 본다.
③이 법 시행당시 개정전의 약사법 제20조 및 제33조제1항의 규정에 의하여 서울特別市長·부산시장 또는 도지사에게 신고한 자는 이 법에 의하여 시장·군수 또는 구청장에게 신고한 것으로 본다. 다만, 개정된 약사법 제33조제1항 단서의 경우에는 그러하지 아니하다.
④이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제12조 내지 제15조 생략

부칙 [86·5·10]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [90·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [91·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (의약품등의 수입허가에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의약품등의 수입허가를 받은 품목은 제34조제1항의 규정에 의한 수입허가를 받았거나 신고를 한 것으로 본다.
제3조 (의약품도매상의 허가제한에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의약품도매상의 허가를 받은 자중 의료기관의 개설자는 제37조제4항제4호의 규정에 불구하고 이 법 시행일부터 1년까지 의약품도매상의 영업을 할 수 있다.

부칙 [94·1·7]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제21조제4항· 제5항, 제41조제2항의 규정, 1963년 12월 13일 법률 제1491호 약사법개정법률 부칙 제3조의 삭제규정 및 이 법 부칙 제3조의 규정은 2000년 7월 1일부터 시행한다. [개정 99·3·31]
제2조 (약사국가시험의 응시자격에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 약사국가시험의 응시자격이 있는 자와 보건사회부장관이 인정하는 외국의 해당 대학에 재학중인 자는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (한의사·수의사의 조제에 관한 경과조치) 한의사가 자신이 치료용으로 사용하는 한약 및 한약제제를 자신이 직접 조제하거나 수의사가 자신이 치료용으로 사용하는 동물용의약품을 직접 조제하는 경우에는 제21조제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 이를 조제할 수 있다.
제4조 (약사의 한약조제에 관한 경과조치) ①제21조제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 자는 제21조제7항의 규정에 준하여 한약을 조제할 수 있다.
1. 이 법 시행당시 약사면허소지자와 약학을 전공하는 대학을 졸업하고 약사면허를 받지 아니한 자로서 각 이 법 시행일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 한약조제시험에 합격한 자. 다만, 한약조제시험은 약사면허를 취득한 후 응시하여야 한다.
2. 이 법 시행당시 약학을 전공하는 대학에 재학중인 자로서 보건사회부령이 정하는 한약관련과목을 이수하고 졸업후 2년이내에 대통령령이 정하는 한약조제시험에 합격한 자. 다만, 한약조제시험은 약사면허를 취득한 후 응시하여야 한다.
②이 법 시행당시 1년이상 한약을 조제해 온 약사로서 시장·군수 또는 구청장의 확인을 받은 자는 제21조제1항의 규정에 불구하고 이 법 시행일부터 2년간 제21조제7항의 규정에 준하여 한약을 조제할 수 있다.

부칙 [94·12·31]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제34조의2제2항제3호의 개정규정은 1995년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 [95·12·6]
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [95·12·29]
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [96·8·8]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이내에 제41조의 개정규정에 의한 해양수산부와 해양경찰청의 조직에 관한 대통령령의 시행일부터 시행한다. [1996·8·8 대통령령 제15135호에 의하여 공포한 날부터 시행]
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [97·12·13 법5453]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [97·12·13 법5454]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
부칙 [98·2·28]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [99·3·31]
①(시행일) 이 법은 2000년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제4731호 약사법중개정법률 부칙 제1조의 개정규정 및 이 법 부칙 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 법률 제5853호 의료보호법중개정법률 부칙 제1항에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 제2조제1호의 개정규정중 약국에 관련된 사항과 제10조제1항제4호의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행한다.
부칙 [99·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·9·7]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [2000·1·12]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (의약외품에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 의료부외품 및 위생용품은 제2조제7항의 개정규정에 의한 의약외품으로 본다.
제3조 (약국의 개설등록 제한에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 약국개설자중 의료기관의 시설안 또는 구내에 약국을 개설한 자는 제16조제5항제2호의 개정규정에 불구하고 이 법 시행일부터 1년까지 약국의 업무를 할 수 있다.
제4조 (약국 및 의약품등製造業의 폐업 등에 관한 경과조치) 제20조, 제32조 단서의 개정규정에 의한 폐업·휴업 또는 재개신고는 이 법 시행후 최초로 폐업·휴업하거나 그 재개신고를 하는 것부터 적용한다.
제5조 (의약외품제조업의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의약부외품 또는 위생용품의 제조업허가를 받은 자는 제26조의 개정규정에 의하여 의약외품의 제조업신고를 한 자로 본다.
제6조 (의약품 및 의료용구의 소분업허가에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의약품·의료용구의 소분업허가를 받은 자는 각각 제26조의 개정규정에 의하여 의약품·의료용구의 제조업허가를 받은 자로 보고, 의약부외품 또는 위생용품의 소분업허가를 받은 자는 제26조의 개정규정에 의하여 의약외품의 제조업신고를 한 자로 본다.
제7조 (의약품 및 의료용구의 제조품목허가 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의약품·의료용구의 소분품목 허가를 받거나 신고를 한 자는 제26조의 개정규정에 의하여 의약품·의료용구의 제조품목 허가를 받거나 신고를 한 자로 보고, 의약부외품 및 위생용품의 소분품목 허가를 받거나 신고를 한 자는 제26조의 개정규정에 의하여 의약외품의 제조품목 허가를 받거나 신고를 한 자로 본다.
제8조 (의약외품의 수입품목허가등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의약부외품 및 위생용품의 수입품목 허가를 받거나 신고를 한 자는 제34조의 개정규정에 의하여 의약외품의 수입품목 허가를 받거나 신고를 한 자로 본다.
제9조 (의료용구판매업의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의료용구판매업의 등록을 한 자는 제42조의 개정규정에 의하여 의료용구판매업의 신고를 한 자로 본다.
제10조 (다른 법률의 개정) ①화장품법중 다음과 같이 개정한다.
부칙 제5조를 삭제한다.
②유해화학물질관리법중 다음과 같이 개정한다. 제3조제2호중 "의약부외품"을 "의약외품(동법 제2조제7항제1호의 규정에 의한 의약외품을 제외한다)"으로 한다.
제11조 (약업사의 전문의약품 판매에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 법률 제2279호 약사법중개정법률 부칙 제2항의 규정에 의하여 영업중인 약업사는 이 법 제21조제6항의 규정에 의하여 보건복지부장관이 의료기관 또는 약국이 없는 지역으로 정하는 지역외에서는 전문의약품을 판매할 수 없다.

부칙 [2000·8·5]
이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제39조제2호의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2001.1.29. 법률제6400호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조제20항은 2002년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [2001.8.14. 법률제6511호]
제1조(시행일) ①이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②제1항의 규정에 불구하고 제21조제5항제5호의 개정규정은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
③제1항의 규정에 불구하고 제23조의2의 개정규정은 의사회분회 등이 제22조의2제2항의 개정규정에 의한 지역처방의약품목록 및 의료기관별 처방의약품목록을 당해 시·군·구의 약사회분회에 제공한 후(제22조의2제4항의 개정규정에 의하여 처방의약품목록을 조정하는 경우에는 조정한 날) 30일이 경과한 날부터 시행한다.
④제1항의 규정에 불구하고 제26조제6항 및 제7항의 개정규정과 제26조의4의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(약국의 개설등록 제한에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정에 의한 약국개설자중의료기관의 시설 또는 부지의 일부를 분할·변경 또는 개수하여 약국을 개설한 경우에는 제16조제5항제3호의 개정규정에 불구하고 이 법 시행일부터 1년까지 약국의 영업을 할 수 있다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 개설등록한 약국중 의료기관과 약국간에 전용의 복도·계단·승강기 또는 구름다리 등의 통로가 설치되어 있는 경우에는 제16조제5항제4호의 개정규정에 불구하고 이 법 시행일부터 1년까지 동 개정규정에 위반되지 않도록 하여야 한다.
제3조 (처방의약품의 목록작성 등에 관한 경과조치) ①의료기관개설자는 이 법 시행일부터 10일 이내에 제22조의2제1항의 개정규정에 의한 당해 의료기관의 처방의약품목록을 그 의료기관이 소재하는 시·군·구의 의료법 제26조제5항의 규정에 의한 의사회분회 또는 치과의사회분회(이하 "의사회분회 등"이라 한다)에 제출한다.
②의사회분회 등은 이 법 시행일부터 30일 이내에 제22조의2제2항의 개정규정에 의한 지역처방의약품목록 및 의료기관별 처방의약품목록을 당해 시·군·구의 약사회분회에 제공한다.
제4조 (임상시험계획의 승인 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 제26조제6항의 규정에 의하여 식품의약품안전청장의 승인을 얻은 임상시험계획은 제26조의4의 개정규정에 의하여 승인을 얻은 것으로 본다.
제5조 (임직원 등의 의약품도매상 허가제한에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 의약품도매상 허가를 받아 영업중인 으료기관의 임직원은 제37조제4항의 개정규정에 불구하고 이 법 시행일부터 1년까지 의약품도매상의 영업을 할 수 있다.
제6조 (한국희귀의약품센터에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 재단법인 한국희귀의약품센터는 제72조의12의 개정규정에 의하여 설립된 한국희귀의약품센터로 본다.
②한국희귀의약품센터는 이 법 시행일부터 6월 이내에 이 법에 의한 정관을 작성하여 식품의약품안전청장의 인가를 받아야 한다.

부칙 [2002.1.14. 법률 제6611호]
제1조(시행일) 이 법은 공포후 1년 6월이 지난 날부터 시행한다.
제1조의 단서 및 제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2002.3.30.]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(행정처분에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 행정처분은 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2002.12.30]
①(시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법은 시행 당시 제2조제7항제3호의 개정규정에 의한 의약외품의 제조업자 또는 수입업자는 이 법 시행후 3월 이내에 제26조제1항 또는 제34조제1항의 규정에 의하여 허가를 받거나 신고를 하여야 한다.
부칙 [2003.09.29]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.1.29 법률 제7148호(전염병예방법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제40조의6, 제40조의8제1항제3호ㆍ제4호, 제56조의2제1항의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 생략
②藥師法중 다음과 같이 개정한다.
제72조의5제1항중 "國立保健院長"을 "질병관리본부장"으로 한다.
③ 이하 생략

부칙 [2005.1.27 법률 제7376호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
②(안전용기·포장에 관한 적용례) 제57조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제조업자가 출하하거나 수입자가 수입신고를 하는 제품부터 적용한다.

부칙 [2005.7.29 제7635호]
제1조 (시행일)
이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (한약사 면허부여에 대한 특례)
다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 대학에서 종전의 제3조의2제2항의 위임에 따른 대통령령 제14319호 약사법시행령중개정령 제3조의2의 개정규정이 정한 한약관련 과목을 95학점 이상 이수하고 한약사국가시험에 합격한 자에게는 제3조의2제2항의 개정규정에 불구하고 한약사면허를 부여한다.
1. 1997년 3월 6일 당시 약학을 전공하는 대학(한약학과를 제외한 학과에 한한다)에 재학 중이던 자로서 1996학년도 이전에 입학한 자
2. 1997년 3월 6일 당시 약학을 전공하는 대학을 졸업한 자
3. 1997년 3월 6일 당시 약학을 전공하는 대학 외의 대학에 재학 중이던 자로서 1996학년도 이전에 입학한 자와 약학을 전공하는 대학 외의 대학을 졸업한 자
제3조 (약학사학위를 받은 자에 관한 경과조치)
이 법 시행 당시 한약학과를 졸업하고 약학사학위를 받은 자는 제3조의2제2항의 개정규정에 의한 한약학사학위를 받은 자로 본다.
제4조 (대한한약사회에 대한 경과조치)
①이 법 시행 당시「민법」제32조의 규정에 따라 설립된 사단법인 대한한약사회는 그 총회의 결의를 거쳐 모든 권리 및 의무를 제11조의2 개정규정에 따라 설립되는 대한한약사회가 승계할 수 있도록 보건복지부장관에게 이에 관한 승인을 신청할 수 있다.
②제1항의 규정에 따른 신청에 의하여 승인을 얻은 사단법인 대한한약사회는 이 법에 따른 대한한약사회의 설립과 동시에 「민법」중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 본다. 이 경우 사단법인 대한한약사회에 속하고 있던 모든 권리 및 의무는 대한한약사회가 승계한다.

부칙 [2006.10.4 제8035호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(회수·폐기명령등에 관한 적용례) 제65조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 의약품등으로 인한 위해가 발생하였거나 발생할 우려가 있다고 인정되는 의약품등부터 적용한다.
③(의약품등의 회수사실 공표에 관한 적용례) 제65조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 회수하는 의약품등부터 적용한다.
④(유통 중인 위해의약품등의 회수에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 유통 중인 의약품등에 대하여는 제31조의2의 개정규정을 적용한다.
부칙 [2007.1.3 제8201호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제21조제5항제8호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
②(과징금부과처분에 관한 적용례) 제71조의3제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과징금부과처분을 받는 자 부터 적용한다.

부칙 [2007.4.11 제8365호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제81조의 개정 규정은 2007년 7월 4일부터 시행한다.
제2조(시행일에 관한 경과조치) 부칙 제1조 단서에 따라 제81조의 개정규정이 시행되기 전까지는 그에 해당하는 종전의 제71조의3을 적용한다.
제3조(과징금 부과처분에 관한 적용례) 제81조제4항의 개정규정은 법률 제8201호 약사법 일부개정법률의 시행일인 2007년 7월 4일 이후 최초로 과징금 부과처분을 받는 자부터 적용한다.
제4조(가족계획용 의약품등에 관한 경과조치) 가족계획용 의약품으로서 보건복지부장관이 정하는 품목은 제44조?제50조 및 제68조제4항의 개정규정을 적용하지 아니한다. 또한 열차·항공기 그 밖에 보건복지부장관이 지정하는 장소에서의 의약품의 수여 및 판매에 관하여는 제44조 및 제50조의 개정규정에도 불구하고 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 보건복지부장관이 지정하는 품목에 한정하여 보건복지부장관이 지정하는 자로 하여금 실수요자에게 수여 또는 판매하게 할 수 있다.
제5조(약업사 등에 관한 경과조치) 법률 제2279호 약사법중개정법률의 시행일인 1971년 1월 13일 당시 종전의 법령에 따라 허가를 받은 약업사(종전의 약종상을 말한다)와 매약상은 종전 법령의 적용을 받는다.
제6조(한약업사에 대한 경과조치) 법률 제2279호 약사법중개정법률의 시행일인 1971년 1월 13일 당시 한약종상의 허가를 받은 자는 이 법에 의한 한약업사로 본다.
제7조(한약종상의 허가지역에 관한 경과조치) 법률 제2279호 약사법중개정법률의 시행일인 1971년 1월 13일 당시의 한약종상 중 전란 그 밖의 천재지변으로 허가지역을 이탈한 자와 법률 제1910호 약사법중개정법률의 시행일인 1967년 3월 3일 전에 허가지역을 이탈한 자로서 거주지를 관할하는 서울특별시장·부산시장 또는 도지사의 허가를 받았을 때에 한정하여 당해 거주지를 허가지역으로 할 수 있다.
제8조(한의사·수의사의 조제에 관한 경과조치) 한의사가 자신이 치료용으로 사용하는 한약 및 한약제제를 자신이 직접 조제하거나 수의사가 자신이 치료용으로 사용하는 동물용 의약품을 자신이 직접 조제하는 경우에는 제23조제1항 및 제2항의 개정규정에도 불구하고 이를 조제할 수 있다.
제9조(약사의 한약조제에 관한 경과조치) 제23조제1항의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제23조제6항의 개정규정에 준하여 한약을 조제할 수 있다.
1. 법률 제4731호 약사법중개정법률의 시행 당시 약사면허소지자와 약학을 전공하는 대학을 졸업하고 약사면허를 받지 아니한 자로서 같은 법의 시행일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 한약조제 시험에 합격한 자. 다만, 한약조제시험은 약사면허를 취득한 후 응시하여야 한다.
2. 법률 제4731호 약사법중개정법률의 시행 당시 약학을 전공하는 대학에 재학 중인 자로서 보건복지부령으로 정하는 한약 관련 과목을 이수하고 졸업 후 2년 이내에 대통령령으로 정하는 한약조제 시험에 합격한 자. 다만, 한약조제시험은 약사면허를 취득한 후 응시하여야 한다.
제10조(약업사의 전문의약품 판매에 관한 경과조치) 법률 제6153호 약사법중개정법률의 시행일인 2000년 7월 1일 당시 영업 중인 약업사는 제23조제5항의 개정규정에 따라 보건복지부장관이 의료기관 또는 약국이 없는 지역으로 정하는 지역 외의 지역에서는 전문의약품을 판매할 수 없다.
제11조(대체조제에 관한 경과조치) 제27조의 개정규정은 의사회분회등이 제25조제2항에 따라 지역처방의약품 목록 및 의료기관별 처방의 약품 목록을 당해 시·군·구의 약사회 분회에 제공한 후(제25조제4항에 따라 처방의약품 목록을 조정하는 경우에는 조정한 날) 30일이지난 날부터 시행한다.
제12조(한국희귀의약품센터에 대한 경과조치) 법률 제6511호 약사법중개정법률의 시행일인 2001년 8월 14일 당시 「민법」 제32조에 따라 설립된 재단법인 한국희귀의약품센터는 제91조의 개정규정에 따라 설립된 한국희귀의약품센터로 본다.
제13조(한약사 면허부여에 관한 특례) 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 자로서 대학에서 법률 제7376호 약사법중개정법률 제3조의 2제2항의 위임에 따른 대통령령 제14319호 약사법시행령중개정령 제3조의2에서 정한 한약 관련 과목을 95학점 이상 이수하고 한약사국가시험에 합격한 자에게는 제4조제2항의 개정규정에도 불구하고 한약사면허를 부여한다.
1. 1997년 3월 6일 당시 약학을 전공하는 대학(한약학과를 제외한 학과에 한한다)에 재학 중이던 자로서 1996학년도 이전에 입학한 자
2. 1997년 3월 6일 당시 약학을 전공하는 대학을 졸업한 자
3. 1997년 3월 6일 당시 약학을 전공하는 대학 외의 대학에 개학 중 이던 자로서 1996학년도 이전에 입학한 자와 약학을 전공하는 대학 외의 대학을 졸업한 자
제14조(약학사 학위를 받은 자에 대한 경과조치) 법률 제7635호 약사법 일부개정법률의 시행 당시 한약학과를 졸업하고 약학사 학위를 받은 자는 제4조의 개정규정에 따라 한약학사 학위를 받은 자로 본다.
제15조 (약사·한약사국가시험의 응시자격에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정 에 따라 약사·한약사국가시험의 응시자격이 있는 자는 이 법에 따른 응시자격이 있는 것으로 본다.
제16조(대한약사회 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 설립된 대한약사회, 대한한약사회와 그 지부 또는 분회는 이 법에 따라 설립·설치된 것으로 본다.
제17조(면허에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 약사·한약사의 면허를 받은 자는 이 법에 따라 면허를 받은 것으로 본다.
제18조(허가 등 처분에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 보건복지부장관, 식품의약품안전청장, 시·도지사, 시장·군수·구청장으로부터 허가를 받거나 등록, 신고를 한 경우 또는 허가, 등록 등의 신청을 한 경우에는 이 법에 따라 받거나 한 것으로 본다.
제19조(처분 등에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위로 본다.
제20조(벌칙이나 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.
제21조(다른 법률의 개정) ①건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항 단서 중 "약사법 제16조의 규정"을 "「약사법」 제20조"로 한다.
②담배사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제2호 중 "약사법 제2조제4항 및 제7항의 규정에 의한"을 "「약사법」 제2조제4호 및 제7호에 따른"으로 한다.
③보건범죄단속에관한특별조치법 일부들 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항 각 호 외의 부분 중 "약사법 제26조제1항"을 "「약사법」 제31조제1항"으로, "동법 제56조제2호"를 "같은 법 제62조제2호"로 한다.
제3조제1항제1호 중 "약사법 제45조의 규정에 의한"을 "「약사법」제53조에 따른"으로 한다.
④보건의료기술 진흥법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2항 중 "약사법 제2조제4항 및 제7항"을 "「약사법」 제2조 제4호 및 제7호"로 한다.
제2조제6항 중 "약사법 제2조제5항 및 제6항"을 "「약사법」 제2조 제5호 및 제6호"로 한다.
⑤수산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조의3제2항 본문 중 "약사법 제72조의6의 규정"을 "「약사법」 제85조"로 한다.
⑥야생동·식물보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제2항제2호 중 "약사법 제34조의 규정에 의한"을 "「약사법」 제42조에 따른"으로 한다.
⑦流通團地開發促進法 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호차목 중 "약사법 제36조제1항제2호의 규정에 의한"을 "「약사법」 제44조제2항제2호에 따른"으로 한다.
⑧유통산업발전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제16호 중 "「약사법」 제16조의 규정에 의한"을 "「약사법」 제20조에 따른"으로 한다.
⑨제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제193조제1항 중 "「약사법」 제16조의 규정"을 "「약사법」 제20조"로 한다.
⑩지역특화발전특구에 대한 규제특례법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제29조 중 "「약사법」 제37조제3항"을 "「약사법」 제45조제5항"으로 한다.
⑪혈액관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제4항 중 "약사법 제26조의 규정에 의하여"를 "「약사법」 제31조에 따라"로 한다.
⑫화장품법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 단서 중 "약사법 제2조제4항"을 "「약사법」 제2조제4호"로 한다.
제22조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「약사법」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2007.7.27 제8558호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(처방전의 의심사항 확인에 관한 적용례) 처방전의 의심사항 확인에 관한 제26조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발행하는 처방전부터 적용한다.

부칙 [2007.10.17 제8643호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 의약품관리종합정보센터에 관한 사항은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
②(고시·처분·명령 및 계속 중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「약사법」 에 따라 행한 고시·처분·명령, 그 밖의 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고, 그 밖의 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행 위로 본다.
③(벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「약사법」을 위반한 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 「약사법」에 따른다.

부칙 [2007.12.21 제8723호(보호소년 등의 처우에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①생략
②약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제4항제10호 중 “「소년원법」”을 “「보호소년 등의 처우에 관한 법률」”로 한다.
제5조 생략

부칙 [2007.12.21 제8728호(형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑧ 생략
⑨약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제4항제10호 중 “「행형법」”을 “「형의 집행 및 수용자의 처우에 관한 법률」”로 한다.
⑩ 내지 ⑫ 생략
제6조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <475> 까지 생략
<476> 약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호·제7호 각 목 외의 부분·제9호 각 목 외의 부분, 제3조제1항·제2항제2호, 제4조제1항, 제6조제1항, 제7조, 제8조제1항부터 제3항까지, 제10조제2항, 제13조제1항·제3항, 제15조제1항, 제16조제1항·제2항, 제17조, 제18조제1항, 제23조제3항제3호·제4항제7호·제5항·제6항 단서, 제24조제5항, 제26조제2항제3호, 제41조제1항 본문, 제45조제5항제4호, 제47조의2제1항·제4항·제5항, 제48조제3호, 제49조, 제69조제1항 각 호 외의 부분, 제70조제1항, 제77조 각 호 외의 부분, 제79조제1항·제2항 각 호 외의 부분·제3항, 제82조 전단, 제83조, 제84조제1항·제2항, 제98조제2항 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제3조제1항, 제4조제1항, 제6조제4항, 제7조, 제15조제2항, 제20조제2항 전단, 제21조제3항제5호, 제22조 본문, 제23조제1항 단서·제4항제6호, 제24조제3항, 제26조제2항제3호·제3항, 제27조제6항, 제28조제1항·제2항, 제30조제1항, 제31조제1항 전단 및 후단·제3항·제5항 및 제6항, 제32조제2항, 제34조제2항 본문 및 단서·제5항·제7항, 제35조제1항, 제36조제1항 본문, 제37조제1항, 제38조제1항·제2항, 제39조제1항 전단·제2항·제3항, 제41조제1항 본문·제2항, 제42조제1항 전단·제5항, 제43조제1항, 제45조제1항 전단·제3항·제6항, 제47조, 제48조제3호, 제50조제2항 단서, 제53조제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제56조 각 호 외의 부분 단서·제10호, 제58조제4호, 제59조, 제63조 본문, 제64조제2항, 제65조 각 호 외의 부분 단서·제9호, 제68조제6항, 제69조제3항, 제71조제1항·제2항·제5항, 제72조제2항·제3항, 제76조제3항, 제78조제3항, 제79조제2항제1호·제3항, 제80조, 제85조제1항 전단, 제86조제4항 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제18조제1항 중 "보건복지부"를 "보건복지가족부"로 한다.
제85조제1항 전단 및 후단·제2항 중 "농림부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제85조제4항 후단 중 "농림부령"을 "농림수산식품부령"으로 한다.
<477> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.6.13 제9123호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.11.2 제9819호(군에서의 형의 집행 및 군수용자의 처우에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제4항제10호 중 “「군행형법」”을 “「군에서의 형의 집행 및 군수용자의 처우에 관한 법률」”로 한다.
③ 생략
제6조 생략

부 칙[2009.12.29 제9847호(감염병의 예방 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑪ 까지 생략
⑫ 약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제7호다목 중 “전염병”을 “감염병”으로 한다.
제23조제3항제3호 중 “전염병”을 각각 “감염병”으로 하고, 같은 조 제4항제4호 중 “「전염병예방법」에 따른 제1종 전염병환자”를 “「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」에 따른 제1군감염병환자”로 하며, 같은 항 제6호 중 “전염병”을 “감염병”으로 한다.
⑬ 부터 <30> 까지 생략
제22조 생략

부 칙[2010.1.18 제9932호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <79> 까지 생략
<80> 약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호·제7호 각 목 외의 부분·제9호 각 목 외의 부분, 제3조제1항·제2항제2호, 제4조제1항, 제6조제1항, 제7조, 제8조제1항부터 제3항까지, 제10조제2항, 제13조제1항·제3항, 제15조제1항, 제16조제1항·제2항, 제17조, 제18조제1항, 제23조제3항제3호·제4항제7호·제5항·제6항 단서, 제24조제5항, 제26조제2항제3호, 제41조제1항 본문, 제45조제5항제4호, 제47조의2제1항·제4항·제5항, 제48조제3호, 제49조, 제69조제1항 각 호 외의 부분, 제70조제1항, 제77조 각 호 외의 부분, 제79조제1항·제2항 각 호 외의 부분·제3항?제4항, 제82조 전단, 제83조, 제84조제1항·제2항, 제98조제2항 중 “보건복지가족부장관”을 각각 “보건복지부장관”으로 한다.
제3조제1항, 제4조제1항, 제6조제4항, 제7조, 제15조제2항, 제20조제2항 전단, 제21조제3항제5호, 제22조 본문, 제23조제1항 단서·제4항제6호, 제24조제3항, 제26조제2항제3호·제3항, 제27조제6항, 제28조제1항·제2항, 제30조제1항, 제31조제1항·제3항·제5항, 제32조제2항, 제34조제2항 본문 및 단서·제5항·제7항, 제35조제1항, 제36조제1항 본문, 제37조제1항, 제38조제1항·제2항, 제39조제1항 전단·제2항·제3항, 제41조제1항 본문·제2항, 제42조제1항 전단·제5항, 제43조제1항, 제45조제1항 전단·제3항·제6항, 제47조, 제48조제3호, 제50조제2항 단서, 제53조제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제56조 각 호 외의 부분 단서·제10호, 제58조제4호, 제59조, 제63조 본문, 제64조제2항, 제65조 각 호 외의 부분 단서·제9호, 제68조제6항, 제69조제3항, 제71조제1항·제2항·제5항, 제72조제2항·제3항, 제76조제3항, 제78조제3항, 제79조제2항제1호·제4항, 제80조, 제85조제1항 전단, 제86조제4항 중 “보건복지가족부령”을 각각 “보건복지부령”으로 한다.
제18조제1항 중 “보건복지가족부”를 “보건복지부”로 한다.
<81> 부터 <137> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2010.5.27 제10324호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2011.3.30 제10512호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제19조, 제23조제4항, 제30조제1항, 제31조제6항·제8항·제11항, 제42조제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(의약품등과 의료기기가 조합된 제품 등에 관한 적용례) 제31조제7항(제42조제4항의 개정규정에 따라 준용되는 경우를 포함한다)의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 품목허가를 신청하거나 품목신고를 하는 것부터 적용한다.
제3조(시험성적서 등의 제출에 관한 적용례) 제31조제10항제1호ㆍ제2호(제42조제4항의 개정규정에 따라 준용되는 경우를 포함한다)의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 품목허가를 신청하거나 품목신고를 하는 것부터 적용한다.
제4조(신고대상 원료의약품에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 식품의약품안전청장에게 신고한 원료의약품은 제31조의2의 개정규정(제42조제4항의 개정규정에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따라 등록한 것으로 본다.
제5조(기존의 허가를 받은 의약품 도매상에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 의약품 도매상 허가를 받은 자는 제45조의 개정규정에 따른 허가를 받은 것으로 본다. 다만, 이 법 시행일부터 2년 이내에 제45조의 개정규정에 따른 시설을 갖추어야 한다.
제6조(다른 법률의 개정) 첨단의료복합단지 지정 및 지원에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제3항 및 제4항 중 “「약사법」 제31조제9항”을 각각 “「약사법」 제31조제11항”으로 한다.

부 칙[2011.6.7 제10788호]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
② 제1항에도 불구하고 제2조제15호부터 제17호까지, 제14조제1항, 제36조제3항, 제37조, 제37조의3, 제38조제1항, 제39조제3항, 제45조, 제54조, 제56조, 제57조, 제61조제1항제2호, 제65조(제1항제4호 및 제2항은 제외한다), 제68조의2제3항, 제82조, 제85조제1항, 제88조제1항, 제89조, 제89조의2, 제94조제1항제4호, 제95조제1항(제6호의2 및 제8호는 제외한다), 제96조, 제97조, 제98조제1항제7호의3 및 제2항부터 제5항까지의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
③ 제1항에도 불구하고 제21조제3항제4호, 제68조의3부터 제68조의11까지, 제84조제2항, 제94조제1항제9호의2, 제98조제1항제7호의4 및 제7호의5의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제2조는 공포한 날부터 시행한다.
제2조(의약품안전관리원의 설립준비) ① 식품의약품안전청장은 이 법 시행일부터 30일 이내에 10명 이내의 설립위원을 위촉하여 의약품안전관리원의 설립에 관한 사무와 설립 당시의 이사 및 감사의 선임에 관한 사무를 담당하게 하여야 한다.
② 설립위원은 의약품안전관리원의 정관을 작성하여 식품의약품안전청장의 인가를 받아야 한다.
③ 설립 당시의 의약품안전관리원장은 식품의약품안전청장이 임명한다.
④ 설립위원은 제2항에 따른 인가를 받은 때에는 지체 없이 의약품안전관리원의 설립등기를 한 후 의약품안전관리원장에게 사무를 인계하여야 한다.
⑤ 설립위원은 제4항에 따른 사무인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.
⑥ 의약품안전관리원의 설립준비에 필요한 비용 등은 국가가 부담한다.
제3조(임상시험 등의 승인 등에 관한 적용례) 제34조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 의약품등으로 임상시험 또는 생물학적 동등성시험의 계획 승인 신청을 한 자부터 적용한다.
제4조(용기 등의 기재 사항에 관한 적용례) 제65조제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제조 또는 수입하는 의약외품부터 적용한다.
제5조(수수료에 관한 적용례) 제82조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 임상시험 또는 생물학적 동등성시험의 계획 승인 신청을 하는 경우와 비임상시험실시기관 등을 지정하는 경우부터 적용한다.
제6조(임상시험실시기관 등의 지정에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 식품의약품안전청장이 지정한 임상시험실시기관은 제34조의2제1항의 개정규정에 따라 식품의약품안전청장이 지정한 임상시험실시기관으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 제73조에 따라 식품의약품안전청장 또는 시ㆍ도지사가 지정한 자는 제73조제1항의 개정규정에 따라 식품의약품안전청장 또는 시ㆍ도지사가 지정한 품질검사기관으로 본다.
제7조(대한약전에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 공고된 대한약전은 제51조의 개정규정에 따른 대한민국약전으로 공고된 것으로 본다.
제8조(국가검정의약품에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제53조에 따라 식품의약품안전청장의 검정을 받은 의약품은 제53조의 개정규정에 따라 식품의약품안전청장의 출하승인을 받은 의약품으로 본다.
제9조(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙을 적용할 때에는 종전의 규정을 따른다.
제10조(다른 법률의 개정) ① 보건범죄 단속에 관한 특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제1호 중 “국가검정의약품”을 “국가출하승인의약품”으로 한다.
② 의료급여법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제4호 및 같은 조 제2항제1호라목 중 “동법 제72조의12의 규정에 따라”를 각각 “같은 법 제91조에 따라”로 한다.
제11조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「약사법」의 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2011.7.21 제10888호(수산생물질병 관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제15조까지 생략
제16조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제85조제5항 중 “「기르는 어업 육성법」”을 “「수산생물질병 관리법」”으로 한다.
③ 생략
제17조 생략

부 칙[2011.12.2 제11118호]
이 법은 「대한민국과 미합중국 간의 자유무역협정 및 대한민국과 미합중국 간의 자유무역협정에 관한 서한교환」이 발효되는 날부터 시행한다. 다만, 제5조제4호의 개정규정은 공포한 날부터 시행하며, 법률 제10512호 약사법 일부개정법률 제42조제4항 전단의 개정규정은 2012년 3월 31일부터 시행한다.

부 칙[2011.12.31 제11141호(국민건강보험법)]
제1조(시행일) 이 법은 2012년 9월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조제2항제3호 중 “「국민건강보험법」 제39조제2항”을 “「국민건강보험법」 제41조제2항”으로 한다.
<19>부터 <28>까지 생략
제22조 생략

부 칙[2012.2.1 제11251호]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 제1항에도 불구하고 제65조의2, 제72조, 제76조, 제94조, 제96조 및 제98조제1항제6호의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
③ 제1항에도 불구하고 제85조 및 법률 제10788호 약사법 일부개정법률 제95조의 개정규정은 공포 후 1년 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(의약외품 용기나 포장 및 첨부 문서의 기재사항에 관한 경과조치) 제65조의2의 개정규정 시행 당시 종전의 규정에 따라 기재사항이 기재되어 있는 용기나 포장 및 첨부 문서(표시를 포함한다)는 같은 개정규정에도 불구하고 같은 개정규정 시행 후 2년이 되는 날까지 해당 품목의 의약외품의 용기나 포장 및 첨부 문서에 계속 사용할 수 있다.
제3조(벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료를 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2012.5.14 제11421호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제31조의5 및 제42조제4항 전단의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행하고, 법률 제11251호 약사법 일부개정법률 제95조제1항제8호의 개정규정은 2013년 8월 2일부터 시행한다.
제2조(품목허가 및 품목신고의 유효기간에 관한 특례) 2013년 1월 1일 전에 품목허가를 받거나 품목신고를 한 의약품과 2013년 1월 1일 전에 재심사 기간이 끝난 의약품에 대한 품목허가 또는 품목신고의 유효기간은 제31조의5제1항의 개정규정(제42조제4항 전단의 개정규정에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에도 불구하고 2018년 1월 1일부터 2023년 12월 31일까지의 범위에서 식품의약품안전처장이 정하여 고시하는 날까지로 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행하되, 같은 조 제477항에 따른 「약사법」 제47조제1항 및 제481항에 따른 「의료기기법」 제18조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 1년의 범위에서 해당 법률에 관한 대통령령으로 정하는 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <476>까지 생략
<477> 약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제7호 각 목 외의 부분 및 제26조제2항제3호 중 "보건복지부장관"을 각각 "식품의약품안전처장"으로 한다.
제2조제8호·제14호, 제18조제1항, 제26조제2항제1호, 제27조제2항제1호 본문, 제31조제1항부터 제4항까지, 같은 조 제10항 각 호 외의 부분 본문, 제31조의2제1항, 같은 조 제2항 전단, 같은 조 제3항 본문, 제31조의3제1항부터 제4항까지, 같은 조 제5항 전단·후단, 같은 조 제6항, 제31조의5제3항·제4항, 제32조제1항, 제33조제1항·제2항, 제34조제1항 전단, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제5항·제6항, 제34조의2제1항, 제34조의3제1항, 제35조제1항·제2항, 제35조의2제1항부터 제3항까지, 제36조제1항 단서, 같은 조 제2항 본문·단서, 같은 조 제3항, 제37조의2제2항·제4항, 제38조제2항, 제39조제1항 후단, 같은 조 제2항, 제40조 각 호 외의 부분 본문, 제42조제1항 전단, 같은 조 제2항제1호, 제43조제1항, 제51조제1항, 제52조제1항·제2항, 제53조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제3호, 제54조, 제62조제7호, 제68조의2제1항·제2항, 제68조의4 각 호 외의 부분, 제68조의6제2항 전단, 제68조의8제1항부터 제3항까지, 제68조의11제3항 각 호 외의 부분, 제69조제1항 각 호 외의 부분, 제70조제1항, 제71조제1항부터 제3항까지, 제72조제1항 본문, 같은 조 제2항, 제73조제1항·제2항, 제74조, 제75조, 제76조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제76조의2제1항 각 호 외의 부분 본문, 제77조 각 호 외의 부분, 제81조제1항 전단, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 같은 조 제4항 본문, 제83조, 제88조제1항 본문, 제92조제1항제3호, 같은 조 제2항, 제98조제2항 중 "식품의약품안전청장"을 각각 "식품의약품안전처장"으로 한다.
제2조제9호 각 목 외의 부분 중 "보건복지부장관"을 "보건복지부장관과 협의하여 식품의약품안전처장"으로 한다.
제18조제1항 중 "보건복지부"를 "식품의약품안전처"로 한다.
제21조제3항제5호, 제24조제3항 및 제47조제2항 단서, 같은 조 제3항 단서 중 "보건복지부령"을 각각 "식품의약품안전처장과 협의하여 보건복지부령"으로 한다.
제31조제1항부터 제3항까지, 같은 조 제5항·제6항·제9항, 같은 조 제10항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제11항, 제31조의2제1항, 같은 조 제2항 전단·후단, 같은 조 제3항 본문, 같은 조 제5항, 제31조의3제1항·제2항·제7항, 제31조의4제1항 각 호 외의 부분 본문·같은 항 제5호, 같은 조 제2항, 제31조의5제1항제3호, 같은 조 제5항 단서, 같은 조 제6항, 제32조제2항, 제34조제2항, 같은 조 제3항제1호 단서, 같은 항 제2호 본문·단서, 같은 항 제4호, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 단서, 같은 항 제2호, 같은 조 제7항, 제34조의2제3항·제4항, 제34조의3제3항·제4항, 제35조제1항, 제35조의2제4항, 제36조제1항 본문, 같은 조 제3항, 제37조제1항, 제37조의2제5항, 제37조의3제1항·제2항, 제38조제1항·제2항, 제39조제1항 전단, 같은 조 제2항·제3항, 제40조제3호, 제42조제1항 전단, 같은 조 제2항제2호, 같은 조 제5항, 제43조제1항, 제53조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항, 제56조제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 항 제10호, 제58조제4호, 제59조, 제63조 본문, 제64조제2항, 제65조제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 항 제8호, 제65조의2, 제68조제6항, 제68조의2제1항·제3항, 제68조의8제1항·제2항, 제71조제1항·제2항·제5항, 제72조제1항 단서, 같은 조 제2항·제4항, 제73조제3항·제4항, 제73조의2제2항, 제73조의3제2항, 제76조의2제3항 및 제86조제4항 중 "보건복지부령"을 각각 "총리령"으로 한다.
제41조제1항 본문, 같은 조 제2항, 제69조제3항 및 제78조제3항 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지부장관과 협의하여 총리령"으로 한다.
제47조제1항 중 "보건복지부령"을 "대통령령"으로 한다.
제47조의2제4항 중 "보건복지부장관"을 "보건복지부장관 및 식품의약품안전처장"으로 한다.
제54조 중 "교육과학기술부장관"을 "미래창조과학부장관"으로 한다. 제68조의11제1항 중 "식품의약품안전청"을 "식품의약품안전처"로 한다.
제76조제3항을 다음과 같이 한다.
③ 제1항과 제2항에 따른 행정처분 기준 중 의약품등의 제조업자, 품목허가를 받은 자, 원료의약품 등록을 한 자, 수입자, 임상시험 또는 생물학적 동등성 시험의 계획 승인을 받은 자에 대한 허가·신고·등록·승인의 취소, 업무의 정지 등에 대한 행정처분 기준은 총리령으로, 약사, 한약사, 약국개설자 또는 의약품판매업자의 면허·등록·허가의 취소, 자격 또는 업무의 정지 등에 대한 행정처분 기준은 보건복지부령으로 정한다.
제78조제1항 및 제2항 중 "식품의약품안전청"을 각각 "보건복지부, 식품의약품안전처"로 한다.
제78조제2항 중 "식품의약품안전청장"을 "보건복지부장관, 식품의약품안전처장"으로 한다.
제80조를 다음과 같이 한다.
제80조(면허·허가·등록증 등의 갱신) 약사면허 또는 한약사면허를 받은 자, 약국개설등록을 한 자, 안전상비의약품 판매자 또는 의약품 판매업 허가를 받은 자는 보건복지부령으로, 의약품등의 제조업 허가를 받거나 위탁제조판매업 신고를 한 자는 총리령으로 정하는 바에 따라 면허증·허가증·등록증 등을 갱신하여야 한다.
제82조를 다음과 같이 한다.
제82조(수수료) ① 다음 각 호에 해당하는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 수수료를 내야 한다. 면허·등록·허가 등 보건복지부령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.
1. 제3조 및 제4조에 따른 약사·한약사 면허를 받으려는 자
2. 제20조에 따른 약국 개설등록을 하려는 자
3. 제44조의2에 따른 안전상비의약품 판매자의 등록을 하려는 자
4. 제45조에 따른 의약품 판매업의 허가를 받으려는 자
5. 의약품유통정보의 제공 신청을 하려는 자
6. 약사국가시험 등 시험에 응시하려는 자
7. 그 밖에 보건복지부령으로 정하는 사항을 요청하는 자
② 식품의약품안전처 소관 업무와 관련하여 다음 각 호에 해당하는 자는 총리령으로 정하는 바에 따라 수수료를 내야 한다. 허가·갱신·등록·신고·승인 또는 그 밖에 총리령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.
1. 허가·갱신·등록·신고·승인·지정, 사전 검토 신청을 하려는 자
2. 신제품의 기준을 정하려는 자
3. 그 밖에 총리령으로 정하는 사항을 요청하는 자
제84조를 다음과 같이 한다.
제84조(권한의 위임 및 위탁) ① 보건복지부장관은 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 질병관리본부장 또는 시·도지사에게 위임할 수 있다.
② 식품의약품안전처장은 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방식품의약품안전청장, 식품의약품안전평가원장 또는 시·도지사에게 위임할 수 있다.
③ 식품의약품안전처장 및 시·도지사는 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장 또는 보건소장에게 위임할 수 있다.
④ 시장·군수·구청장은 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 보건소장에게 위임할 수 있다.
⑤ 보건복지부장관과 식품의약품안전처장은 이 법에 따른 약사(藥事)에 관한 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 제67조에 따른 단체 또는 의약품안전관리원에 위탁할 수 있다.
제85조제1항을 다음과 같이 한다.
① 이 법에 따른 보건복지부장관 또는 식품의약품안전처장의 소관 사항 중 동물용으로만 사용할 것을 목적으로 하는 의약품 또는 의약외품에 관하여는 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관의 소관으로 하며, 이 법의 해당 규정 중 "보건복지부장관" 또는 "식품의약품안전처장"은 "농림축산식품부장관" 또는 "해양수산부장관"으로, "보건복지부령" 또는 "총리령"은 "농림축산식품부령" 또는 "해양수산부령"으로 본다. 이 경우 농림축산식품부장관이 농림축산식품부령을 발하거나 해양수산부장관이 해양수산부령을 발할 때에는 보건복지부장관 또는 식품의약품안전처장과 협의하여야 한다.
제85조제2항 중 "농림수산식품부장관"을 "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"으로 하고, 같은 조 제4항 후단 중 "농림수산식품부령"을 "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"으로 한다.
법률 제11251호 약사법 일부개정법률 제85조제6항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제7항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제8항제1호·제2호 중 "농림수산식품부장관"을 각각 "농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관"으로 한다.
법률 제11251호 약사법 일부개정법률 제85조제8항 각 호 외의 부분 후단 및 같은 조 제9항 중 "농림수산식품부령"을 각각 "농림축산식품부령 또는 해양수산부령"으로 한다.
제89조제3항을 다음과 같이 한다.
③ 제1항과 제2항에 따라 제조업자등의 지위를 승계한 자는 다음 각 호의 구분에 따라 1개월 이내에 식품의약품안전처장(의약품판매업자의 경우에는 시장·군수·구청장을 말한다)에게 신고하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 제조업자등의 지위를 승계한 상속인이 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하면 상속이 시작된 날부터 6개월 이내에 그 지위를 다른 사람에게 양도하여야 한다.
1. 의약품등의 제조업자, 품목허가를 받은 자 및 위탁제조판매업 신고를 한 자의 지위를 승계한 자: 총리령으로 정하는 바에 따를 것
2. 의약품 판매업자의 지위를 승계한 자: 보건복지부령으로 정하는 바에 따를 것
법률 제11421호 약사법 일부개정법률 부칙 제2조 중 "식품의약품안전청장"을 "식품의약품안전처장"으로 한다.
<478>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.7.30 제11985호(식품·의약품분야 시험·검사 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제69조제1항제1호 및 제2호 중 "비임상시험실시기관, 제73조제1항에 따른 품질검사기관"을 각각 "비임상시험실시기관"으로 한다.
제73조의 제목 중 "품질검사기관"을 "시험·검사기관"으로 한다.
제73조제1항 중 "식품의약품안전처장 또는 시·도지사가 지정한 품질검사기관(이하 "품질검사기관"이라 한다)"을 "「식품·의약품분야 시험·검사 등에 관한 법률」 제6조제2항제3호에 따라 식품의약품안전처장이 지정하는 의약품 등 시험·검사기관(이하 "시험·검사기관"이라 한다)"으로 하고, 같은 조 제2항부터 제4항까지를 각각 삭제한다.
제73조의2를 삭제한다.
제73조의3을 삭제한다.
제74조 중 "비임상시험실시기관 또는 품질검사기관"을 "비임상시험실시기관"으로, "제45조제2항 및 제73조제2항"을 "제45조제2항"으로 한다.
제76조의2제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "제34조의3 또는 제73조에 따른"을 "제34조의3에 따른"으로, "비임상시험실시기관 또는 품질검사기관(이하 "검사기관등"이라 한다)"을 "비임상시험실시기관(이하 "검사기관등"이라 한다)"으로 한다.
제76조의2제1항제2호 중 "제34조의3제3항 또는 제73조제3항"을 "제34조의3제3항"으로, "비임상시험성적서 또는 품질검사성적서"를 "비임상시험성적서"로 한다.
제76조의2제1항제3호 중 "제34조의2제2항·제4항, 제34조의3제2항·제4항 또는 제73조제2항·제4항"을 "제34조의2제2항·제4항 또는 제34조의3제2항·제4항"으로 한다.
제76조의2제1항제4호 중 "제34조의2제3항, 제34조의3제3항 또는 제73조제3항"을 "제34조의2제3항 또는 제34조의3제3항"으로 한다.
제95조제1항제6호의2 중 "제34조의2제3항, 제34조의3제3항 또는 제73조제3항에 따른 임상시험성적서, 생물학적 동등성시험성적서, 비임상시험성적서 또는 품질검사성적서"를 "제34조의2제3항 또는 제34조의3제3항에 따른 임상시험성적서, 생물학적 동등성시험성적서 또는 비임상시험성적서"로 한다.
제98조제1항제4호의2 중 "제37조의2(제42조제4항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 제73조의3제1항을"을 "제37조의2(제42조제4항에서 준용하는 경우를 포함한다)를"로 한다.
⑤ 및 ⑥ 생략

부 칙[2013.8.6 제11998호(지방세외수입금의 징수 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 <42>까지 생략
<43> 약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제81조제4항 본문 및 단서 중 "국세 또는 지방세 체납처분의 예에 따라 징수한다"를 각각 "국세 체납처분의 예 또는 「지방세외수입금의 징수 등에 관한 법률」에 따라 징수한다"로 한다.
<44>부터 <71>까지 생략

부 칙[2013.8.13 제12074호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(업무의 정지에 관한 적용례) 제76조제1항의 개정규정은 이 법 시행 전의 위반행위에 대하여 행정처분을 하는 경우에도 적용한다.

부 칙[2014.3.18 제12450호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 9개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제5조, 제20조제6항, 제45조제2항제2호 및 제98조제1항제2호의2의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제2조, 제24조제4항, 제98조제1항제3호의2의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행하며, 제37조의4, 제42조제4항 및 제98조제1항제4호의3의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(부담금의 부과·징수 등에 관한 준비행위) 식품의약품안전처장은 이 법이 공포된 날부터 부담금의 부과·징수 및 운영조직 설립 등 이 법 시행을 위하여 필요한 준비행위를 할 수 있다.
제3조(피해구제에 관한 적용례) 의약품 부작용 피해구제는 이 법 시행 후 최초로 발생한 부작용 피해부터 적용한다.
제4조(피해구제급여 지급범위의 단계적 적용) 피해구제급여는 이 법 시행 후 5년의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 사망일시보상금부터 지급하되 그 지급 범위를 단계적으로 확대하여 적용한다.
제5조(금치산자 등에 대한 경과조치) 제5조의 개정규정에도 불구하고 법률 제10429호 민법 일부개정법률 부칙 제2조에 따라 금치산 또는 한정치산 선고의 효력이 유지되는 사람에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.