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제46조(보고·검사)
①환경부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 대통령령이 정하는 경우에는 다음 각호의 자에게 필요한 보고를 하게 하거나 자료를 제출하게 할 수 있으며, 관계 공무원으로 하여금 당해 시설 또는 사업장 등에 출입하여 관계서류나 시설·장비 등을 검사하게 할 수 있다. [개정 99·2·8,2002.12.26] [[시행일 2003.06.27.]]
1. 제17조의 규정에 의한 특정공산품을 제조·수입 또는 판매하는 자 [[시행일 99·8·9]]
2. 제20조의 규정에 의한 분뇨 또는 축산폐수를 재활용하는 자 [[시행일 99·8·9]]
2의2. 제21조의 규정에 의하여 분뇨처리시설을 설치·운영하는 자 [신설 2002.12.26] [[시행일 2003.06.27.]]
2의3. 제30조의 규정에 의하여 축산폐수공공처리시설을 설치·운영하는 자 [신설 2002.12.26] [[시행일 2003.06.27.]]
3. 제35조의 규정에 의한 분뇨등관련영업을 하는 자 [[시행일 99·8·9]]
4. 제38조의 규정에 의한 오수처리시설등설계·시공업자 [[시행일 2003.06.27.]]
5. 제39조의 규정에 의한 오수처리시설등제조업자 [[시행일 99·8·9]]
②환경부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 관계 공무원으로 하여금 오수처리시설·단독정화조 또는 축산폐수처리시설(분뇨등처리업자가 설치한 축산폐수처리시설을 제외한다)이 설치된 건물등에 출입하여 그 유지·관리상태를 검사하게 할 수 있다. [개정 99·2·8,2002.12.26] [[시행일 2003.06.27.]]
③제1항 및 제2항의 규정에 의하여 출입·검사를 행하는 공무원은 그 권한을 표시하는 증표를 지니고 이를 관계인에게 내보여야 한다.

부칙 [93·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (가산금등에 관한 적용례) 가산금등에 관한 제29조제2항 및 제3항의 개정규정은 이 법 시행이후에 부과되는 축산폐수에 대한 배출부과금에 대하여 이를 적용한다.
제3조 (오·폐수병합처리시설에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 환경정책기본법 제40조의 규정에 의한 환경기술감리단의 기술검토를 거쳐 설치하였거나 설치중인 오수·분뇨·축산폐수 또는 폐수를 병합처리하는 시설은 제12조제1항의 개정규정에 의하여 환경처장관의 승인을 얻어 설치하였거나 설치중인 시설로 본다.
제4조 (공동축산폐수정화시설에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 축산업자가 공동으로 설치하였거나 설치중인 축산폐수정화시설로서 제25조의2의 개정규정에 의한 축산단지 또는 사업장이 밀집된 지역에 설치된 축산폐수정화시설은 제25조의2의 개정규정에 의한 설치승인을 얻은 시설로 본다. 다만, 이 법 시행일부터 1년이내에 제5조의 규정에 의한 방류수수질기준에 적합하도록 하여야 한다.
제5조 (간이축산폐수정화조의 설치등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설치하였거나 설치중인 간이축산폐수정화조로서 제33조제1항의 개정규정에 의한 특별대책지역등에 설치된 것은 제33조제1항 및 제2항의 개정규정에 적합한 간이축산폐수정화조로 본다.
②이 법 시행당시 제33조제1항의 개정규정에 의한 간이축산폐수정화조를 설치하여야 하는 축산시설을 설치·운영하는 자는 이 법 시행일부터 1년이내에 제33조제1항의 개정규정에 적합한 간이축산폐수정화조를 설치하여야 한다.
제6조 (정화조 또는 축산폐수정화시설의 설계·시공업의 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사에게 정화조 또는 축산폐수정화시설의 설계·시공업의 등록 또는 변경등록을 한 자는 제38조제1항의 개정규정에 의하여 환경처장관에게 등록 또는 변경등록을 한 것으로 본다.
제7조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률의 규정을 인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [94·1·5]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [97·3·7]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제33조제1항 본문의 개정규정은 이 법 시행후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (합병정화조설치에 관한 규정의 시행일) ①제9조의2의 개정규정은 다음 각호의 지역에 있어서는 1999년 1월 1일부터, 그 외의 지역에 있어서는 2002년 1월 1일부터 시행한다.
1. 환경정책기본법 제22조의 규정에 의한 특별대책지역
2. 수질환경보전법 제33조의 규정에 의한 특정호소수질관리구역
3. 수도법 제3조제15호의 규정에 의한 상수원취수시설로부터 유하거리 4킬로미터이내의 상수원상류지역과 동법 제5조의 규정에 의한 상수원보호구역
4. 자연공원법 제4조 내지 제6조의 규정에 의한 공원구역 및 동법 제25조의 규정에 의한 공원보호구역
5. 지하수법 제10조의 규정에 의한 지하수보전구역
②제1항의 규정에 불구하고 하천, 호수, 바다의 경계로부터 유하거리 500미터이내의 지역에서 다음 각호의 건물 기타 시설물을 설치·운영하는 경우에는 1997년 7월 1일부터 시행한다.
1. 식품위생법 제21조의 규정에 의한 식품접객업
2. 공중위생법 제2조의 규정에 의한 숙박업 또는 목욕탕업
제3조 (합병정화조에 관한 경과조치) 부칙 제2조의 규정에 의한 제9조의2의 개정규정의 시행당시 단독정화조 및 간이오수정화조를 설치·운영하고 있거나 설치중인 자에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (단독정화조에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 정화조를 설치한 자는 제10조의 개정규정에 의한 단독정화조를 설치한 것으로 본다.
제5조 (축산폐수처리시설등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 축산폐수정화시설 또는 축산폐수처리시설은 이 법에 의한 축산폐수처리시설 또는 축산폐수공공처리시설로 본다.
제6조 (오수정화시설등의 설계·시공업 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 오수정화시설·정화조 또는 축산폐수정화시설의 설계·시공업의 등록 또는 변경등록을한 자는 제38조제1항의 개정규정에 의하여 시·도지사에게 등록 또는 변경등록을 한 것으로 본다.

부칙 [97·12·13]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [99·2·8]
제1조 (시행일) ①이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②제1항의 규정에 불구하고 제9조의 개정규정은 다음 각호외의 지역에 있는 건물등(하천·호소·바다의 경계로부터 직선거리 500미터이내인 지역에서 식품위생법 제21조의 규정에 의한 식품접객업 및 공중위생법 제2조의 규정에 의한 숙박업 또는 목욕장업의 영업을 하는 건물등을 제외한다)에 대하여는 2002년 1월 1일부터 시행한다.
1. 환경정책기본법 제22조의 규정에 의하여 상수원의 수질보전을 위하여 지정한 특별대책지역
2. 호소수질관리법 제7조의 규정에 의한 호소수질보전구역
3. 수도법 제3조제15호의 규정에 의한 취수시설로부터 유하거리 4킬로미터이내의 상류지역과 동법 제5조의 규정에 의한 상수원보호구역
4. 자연공원법 제7조의 규정에 의하여 고시된 공원구역 및 동법 제25조의 규정에 의한공원보호구역
5. 지하수법 제12조의 규정에 의한 지하수보전구역
③제2항 본문의 규정에 의한 하천·호소·바다의 정의는 다음 각호와 같다. [개정 2005.7.29 제7643호(수로업무법)] [[시행일 2006.1.30]]
1. "하천"이라 함은 하천법 제2조제1호 및 동법 제10조의 규정에 의한 하천과 소하천정비법 제2조제1호의 규정에 의한 소하천을 말한다.
2. "호소"라 함은 호소수질관리법 제2조제1호의 규정에 의한 호소를 말한다.
3. "바다"라 함은 「수로업무법」제5조제1항제7호의 규정에 의한 해안선 바깥쪽의 수면지역을 말한다.
④제1항의 규정에 불구하고 제24조(축산폐수처리의무)의 개정규정은 제2항 각호의 지역에 있어서는 1999년 7월 1일부터, 그밖의 지역에 있어서는 2000년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (오수처리시설에 관한 경과조치) 부칙 제1조제1항의 규정에 의한 이 법 시행당시(이하 "이 법 시행당시"라 한다) 운영하고 있거나 설치중인 오수정화시설 또는 합병정화조는 제9조의 개정규정에 의한 오수처리시설을 운영하고 있거나 설치중인 것으로 본다.
제3조 (오수처리시설등의 운영기구 설치에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 제14조제6항의 개정규정에 의한 오수처리시설 또는 단독정화조를 이용하는 자는 이 법시행일부터 1년이내에 운영기구를 설치하고 그 대표자를 지정하여 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다.
제4조 (간이축산폐수정화조에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제33조의 규정에의하여 간이축산폐수정화조를 운영하고 있거나 설치중인 자는 제25조의 개정규정에 의한 축산폐수처리시설을 운영하고 있거나 설치중인 것으로 본다.
제5조 (축산폐수공공처리시설의 공고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 축산폐수공공처리시설을 설치·운영하고 있는 지방자치단체의 장은 부칙 제1조제1항의규정에 의한 이 법 시행일(이하 "이 법 시행일"이라 한다)부터 6월이내에 제30조제4항의 개정규정에 의한 공고를 하여야 한다.
제6조 (가축사육의 금지에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 제34조제3항의 개정규정에 의한 가축사육 금지지역에서 가축을 사육하고 있는 자는 동규정에 불구하고 운영중인 축산폐수배출시설의 규모안에서 가축을 사육할 수 있다.
제7조 (분뇨등관련영업자에 대한 경과조치) ①이 법 시행당시 분뇨수집·운반업 또는 축산폐수수집·운반업의 허가를 받은 자는 제35조제2항제1호의 개정규정에 의한 분뇨등수집·운반업의 허가를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 제42조제1항제1호의 규정에 의하여 대통령령이 정하는 자는 이 법 시행일부터 1년까지는 제35조제2항제4호의 개정규정에 의한 오수처리시설등관리업의 허가를 받은 자로 본다.
제8조 (정화조제조업자에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 등록한 정화조제조업자는 이 법 시행일부터 1년 6월까지는 제39조제4항의 개정규정에 의한 오수처리시설등제조업의 등록을 한 자로 본다.
제9조 (벌칙 등의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제10조 (다른 법률의 개정) ①중소기업창업지원법중 다음과 같이 개정한다. 제22조제2항제3호중 "오수정화시설 또는 정화조"를 "오수처리시설 또는 단독정화조"로, "동법 제11조"를 "동법 제12조"로 하고, 동항제5호중 "제24조"를 제24조의2"로 한다.
②보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다. 제5조제1항제3호중 "오수정화시설"을 "오수처리시설"로 한다.
③환경영향평가법중 다음과 같이 개정한다. 제27조의2제1항제5호중 "오수정화시설"을 "오수처리시설"로 한다.
④하수도법중 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항중 "오수정화시설을 정화조"를 "오수처리시설을 단독정화조"로 한다. 제32조제4항중 "오수정화시설 또는 정화조"를 "오수처리시설 또는 단독정화조"로 한다.
⑤건축법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제3항중 "오수정화시설 또는 분뇨정화조"를 "오수처리시설 또는 단독정화조"로 한다.
제8조제5항제12호중 "오수정화시설 및 정화조"를 "오수처리시설 및 단독정화조"로 한다.
제18조제4항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률 제12조의 규정에 의한 오수처리시설 또는 단독정화조의 준공검사
⑥수도권신공항건설촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제8조제1항제23호중 "오수정화시설"을 "오수처리시설"로, "정화조"를 "단독정화조"로 한다.
⑦유통단지개발촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제31조제1항제8호중 "오수정화시설 또는 정화조"를 "오수처리시설 또는 단독정화조"로, "동법 제11조"를 "동법 제12조"로, "동법 제24조"를 "동법 제24조의2"로 한다.
⑧도시재개발법중 다음과 같이 개정한다.
제26조제2항제4호중 "오수정화시설 또는 정화조"를 "오수처리시설 또는 단독정화조"로 한다.
⑨고속철도건설촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제8조제1항제26호중 "오수정화시설"을 "오수처리시설"로, "정화조"를 "단독정화조"로 한다.
⑩신항만건설촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제9조제2항제19호중 "오수정화시설"을 "오수처리시설"로, "정화조"를 "단독정화조"로 한다.

부 칙[2002.2.4 제6656호(공익사업을위한토지등의취득 및보상에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <39>생략
<40>오수·분뇨 및축산폐수의처리에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득 및보상에관한법률"로 한다.
제8조제3항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득 및보상에관한법률"로, "동법 제14조"를 "동법 제20조제1항"으로 한다.
<41> 내지 <85>생략
제12조 생략

부 칙[2002.12.26 제6827호]
① (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과된 날부터 시행한다. 다만, 제58조제1항제1호 및 동조제2항제1호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
② (기존 축산폐수배출시설에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 허가 또는 신고대상 축산폐수배출시설을 설치·운영하고 있는 자는 이 법 시행일부터 2년 6월 이내에 제25조제2항의 개정규정에 의하여 축분을 분리·저장할 수 있는 시설을 설치하여야 한다.
③ (분뇨처리시설 등의 설계·시공업자에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제38조제1항·제4항제1호 및 제2호의 규정에 의하여 분뇨처리시설설계·시공업과 오수처리시설·단독정화조 및 축산폐수처리시설 설계·시공업의 등록을 한 자는 제38조제1항의 개정규정에 의한 오수처리시설등설계·시공업의 등록을 한 것으로 보되, 이 법 시행일부터 1년 이내에 이 법의 규정에 의한 요건을 갖추어 새로이 등록증을 교부받아야 한다.
④ (행정처분 등에 관한 경과조치) 제21조제2항·제23조제3항·제24조의2·제26조·제28조제4항·제29조·제30조제3항·제31조제3항·제38조제1항·제39조제1항·제40조 및 제41조제1항의 개정규정에 따라 업무의 소관이 변경된 경우 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 환경부장관, 시·도지사 등 행정기관이 행한 허가, 신고 그 밖의 행정기관의 행위 또는 각종 신청 그 밖의 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
⑤ (벌칙 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2004.1.29 법률 제7129호(공중화장실등에관한법률)]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
② 및 ③ 생략
④(다른 법률의 개정) 오수ㆍ분뇨및축산폐수의처리에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제16조를 삭제한다.
제43조의2제2호를 삭제한다.

부칙 [2005.3.31 제7428호(채무자 회생 및 파산에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①내지[82] 생략
[83]오수 · 분뇨및축산폐수의처리에관한법률일부를 다음과 같이 개정한다.
제36조제2호중 "파산자"를 "파산선고를 받은 자"로 한다.
[84]내지[145] 생략
제6조 생략

부칙 [2005.3.31 제7459호(수질환경보전법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <21> 생략
<22>오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제1호 및 제10조제1항제2호중 "수질환경보전법 제25조"를 각각 "「수질환경보전법」 제48조"로 하고, 제11조제1항중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 "수질환경보전법 제11조"를 "「수질환경보전법」제35조"로 하며, 동조제2항중 "수질환경보전법 제2조제1호"를 "「수질환경보전법」 제2조제4호"로 하고, 제24조 후단중 "수질환경보전법 제2조제4호"를 "「수질환경보전법」 제2조제9호"로 하며, 제42조제1항제2호중 "수질환경보전법 제23조"를 "「수질환경보전법」 제47조"로 한다.
<23>내지 <36> 생략
제6조 생략

부칙 [2005.7.29 제7643호(수로업무법)]
제1조 (시행일)
이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정)① 생략
②오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
법률 제5864호 오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률중개정법률 부칙 제1조제3항제3호중 “수로업무법 제5조제1항제7호”를 “「수로업무법」 제5조제1항제5호”로 한다.