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제21조(과징금의 부과)
①국토교통부장관은 운송사업자가 제19조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하여 사업정지처분을 하여야 하는 경우로서 그 사업정지처분이 해당 화물자동차 운송사업의 이용자에게 심한 불편을 주거나 그 밖에 공익을 해칠 우려가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업정지처분을 갈음하여 2천만원 이하의 과징금을 부과ㆍ징수할 수 있다. [개정 2013.3.23

제11690호(정부조직법)]
②제1항에 따라 과징금을 부과하는 위반행위의 종류ㆍ정도 등에 따른 과징금의 금액과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③국토교통부장관은 제1항에 따라 과징금 부과처분을 받은 자가 과징금을 정한 기한에 내지 아니하면 국세 체납처분의 예에 따라 징수한다. [개정 2013.3.23

제11690호(정부조직법)]
④제1항에 따라 징수한 과징금은 다음 각 호 외의 용도로는 사용(보조 또는 융자를 포함한다)할 수 없다.[개정 2011.6.15

][[시행일 2011.12.16]]
1. 화물 터미널의 건설과 확충
2. 공동차고지(사업자단체, 운송사업자 또는 운송가맹사업자가 운송사업자 또는 운송가맹사업자에게 공동으로 제공하기 위하여 설치하거나 임차한 차고지를 말한다. 이하 같다)의 건설과 확충
3. 경영개선이나 그 밖에 화물에 대한 정보 제공사업 등 화물자동차 운수사업의 발전을 위하여 필요한 사업
4. 제60조의2제1항에 따른 신고포상금의 지급
⑤국토교통부장관은 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 과징금으로 징수한 금액의 운용계획을 수립ㆍ시행하여야 한다. [개정 2013.3.23

제11690호(정부조직법)]

부칙 [1997.8.30 제5408호]
제1조 (施行日) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제1조의2 (유효기간) 제6조의 규정은 2009년 12월 31일까지 효력을 가진다.
[본조신설 2004.1.20]
제2조 (화물자동차운송사업의 등록에 관한 특례) ①1999년 6월 30일이전까지는 제3조의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 화물자동차운송사업을 경영(증차의 경우를 포함한다)하고자 하는 자는 건설교통부장관의 면허를 받아야 한다.
②제4조제1항의 각호의 1에 해당하는 자는 제1항의 규정에 의한 화물자동차운송사업의 면허를 받을 수 없다.
③제1항의 규정에 의한 면허기준은 다음 각호의 1과 같다.
1. 당해 사업계획이 수송수요와 수송력공급에 적합할 것
2. 당해 사업계획이 장기경영에 적합할 것
3. 당해 사업이 공익상 필요하며 또한 적절할 것
4. 건설교통부령이 정하는 기준에 적합할 것
[전문개정 1997.12.13]
제3조 (화물자동차운수사업에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행당시 자동차운수사업법의 규정에 의하여 행정기관이 행한 처분 그밖의 행정기관의 행위 또는 각종 신고 그밖의 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제4조 (화물자동차운수사업의 등록에 관한 경과조치) ①여객자동차운수사업법 시행당시 종전의 자동차운수사업법 제4조의 규정에 의하여 화물자동차운송사업의 면허를 받거나 등록을 한 자와 부칙 제2조의 규정에 의하여 화물자동차운송사업의 면허를 얻은 자는 제3조의 규정에 의하여 화물자동차운송사업의 등록을 한 것으로 본다. 다만, 이 경우 제3조제4항의 규정은 동 사업자에 대하여 1999년 6월 30일까지 이를 적용하지 아니한다.
②이 법 시행당시 화물자동차운수사업법 제49조의 규정에 의하여 등록한 자동차운송알선사업자는 제21조의 규정에 의하여 화물자동차운송주선사업의 등록을 한 것으로 본다. 다만, 자동차운송중개·대리업의 경우에는 이 법 시행일부터 1년이내에 제21조제4항의 규정에 의한 화물자동차운송주선사업의 등록기준에 적합하도록 하여야 한다.
[전문개정 1997.12.13]
제5조 (사업자단체에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 자동차운수사업법 제64조 및 동법 제68조의 규정에 의하여 설립된 화물자동차운송사업조합 및 그 연합회와 자동차운송알선사업조합 및 그 연합회는 각각 제33조의 규정에 의하여 설립된 협회 및 제35조의 규정에 의하여 설립된 연합회로 본다.
제6조 (공제사업에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 육운진흥법 제8조의 규정에 의하여 공제사업의 시행에 관한 허가를 받은 전국화물자동차운송사업조합연합회는 제36조제1항의 규정에 의하여 공제사업의 시행에 관한 허가를 받은 것으로 본다.
제7조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료규정의 적용에 있어서는 자동차운수사업법의 규정에 의한다.
제8조 (다른 법률의 개정) ①교통사고처리특례법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항중 "보험업법 제5조·제7조 또는 육운진흥법 제8조"를 "보험업법 제5조·제7조, 육운진흥법 제8조 또는 화물자동차운수사업법 제36조"로 하고, 동조제2항중 "보험업법에 의한 보험사업자 또는 육운진흥법에 의한 공제사업자"를 "보험업법에 의한 보험사업자나 육운진흥법 또는 화물자동차운수사업법에 의한 공제사업자"로 한다.
②농업협동조합법중 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항중 "자동차운수사업법 제4조·제8조 및 제58조"를 "자동차운수사업법 제4조·제8조 및 제58조와 화물자동차운수사업법 제39조"로 한다.
③축산업협동조합법 중 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항중 "자동차운수사업법 제4조·제8조 및 제58조"를 "자동차운수사업법 제4조·제8조 및 제58조와 화물자동차운수사업법 제39조"로 한다.
④수산업협동조합법중 다음과 같이 개정한다.
제14조의2중 "자동차운수사업법 제58조"를 "화물자동차운수사업법 제39조"로 한다.
⑤임업협동조합법중 다음과 같이 개정한다.
제7조의2제1항중 "자동차운수사업법 제4조·제8조 및 제58조"를 "자동차운수사업법 제4조·제8조 및 제58조, 화물자동차운수사업법 제39조"로 한다.
제9조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 자동차운수사업법 또는 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [1997.12.13 제5448호(여객자동차운수사업법)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) 자동차운수사업법중 다음과 같이 개정한다.
부칙 제2조 및 제4조를 각각 다음과 같이 한다.
제2조 (화물자동차운송사업의 등록에 관한 특례) ①1990년 6월 30일이전까지는 제3조의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 화물자동차운송사업을 경영(증차의 경우를 포함한다)하고자 하는 자는 건설교통부장관의 면허를 받아야 한다.
②제4조제1항의 각호의 1에 해당하는 자는 제1항의 규정에 의한 화물자동차운송사업의 면허를 받을 수 없다.
③제1항의 규정에 의한 면허기준은 다음 각호의 1과 같다.
1. 당해 사업계획이 수송수요와 수송력공급에 적합할 것
2. 당해 사업계획이 장기경영에 적합할 것
3. 당해 사업이 공익상 필요하며 또한 적절할 것
4. 건설교통부령이 정하는 기준에 적합할 것
제4조 (화물자동차운수사업의 등록에 관한 경과조치) ①여객자동차운수사업법시행당시 종전의 자동차운수사업법 제4조의 규정에 의하여 화물자동차운송사업의 면허를 받거나 등록을 한 자와 부칙 제2조의 규정에 의하여 화물자동차운송사업의 면허를 얻은 자는 제3조의 규정에 의하여 화물자동차운송사업의 등록을 한 것으로 본다. 다만, 이 경우 제3조제4항의 규정은 동 사업자에 대하여 1999년 6월 30일까지 이를 적용하지 아니한다.
②이 법 시행당시 화물자동차운수사업법 제49조의 규정에 의하여 등록한 자동차운송주선사업자는 제21조의 규정에 의하여 화물자동차운송주선사업의 등록을 한 것으로 본다. 다만, 자동차운송중개·대리업의 경우에는 이 법 시행일부터 1년이내에 제21조제4항의 규정에 의한 화물자동차운송주선사업의 등록기준에 적합하도록 하여야 한다.
제12조 생략

부칙 [1997.12.13 제5453호(행정절차법의시행에따른공인회계사법등의정비에관한법률)]
제1조 (施行日) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략

부칙 [2000.1.28 제6235호]
이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2002.2.4 제6656호(공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <82>생략
<83>화물자동차운수사업법중 다음과 같이 개정한다.
제31조제2항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로 한다.
제31조제3항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로, "토지수용법 제14조"를 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제20조제1항"으로 한다.
<84>및 <85>생략
제12조 생략

부칙 [2002.8.26 제6731호]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제8조제2항 및 제50조제1항제3호의2의 개정규정은 2004년 12월 31일부터 시행한다.
②(화물자동차운송사업 등록기준 대수에 관한 특례) 제3조제4항의 규정에 의한 등록기준 중 일반화물자동차운송사업 등록에 있어 기준이 되는 대수는 2004년 12월 30일까지 5대 이상으로 한다.
③(화물자동차운수사업 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 건설교통부장관에게 화물자동차운수사업을 등록한 자는 제3조제1항 또는 제21조제1항의 개정규정에 의하여 시·도지사에게 등록한 것으로 본다.
④(벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 위반행위에 대한 벌칙 및 과태료 규정의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
⑤(화물자동차운송사업 등록업무등의 이양준비) 건설교통부장관은 이 법 시행일전까지 제3조제1항 및 제2항과 제21조제1항 및 제2항의 개정규정에 의한 화물자동차운수사업 등록업무 등을 시·도지사에게 차질없이 이양할 수 있도록 화물자동차 관리를 위한 전산망을 구축하여야 한다. 이 경우 화물자동차의 등록업무 및 변경등록업무등 전산망에서 관리할 사항에 대하여는 대통령령으로 정한다.

부칙 [2004.1.20 제7100호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제9조 내지 제9조의3, 제17조제1항제3호의4, 제20조의2, 제24조의5제1항제2호, 제48조의2 및 제50조제1항제4호의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행하고, 제8조의2 내지 제8조의5(제24조 및 제24조의6에서 준용하는 경우를 포함한다), 제12조제7호(제8조의2의 규정에 의한 적재물배상보험등의 가입에 한하며, 제24조에서 준용하는 경우를 포함한다), 제24조의4제4호(제8조의2의 규정에 의한 적재물배상보험등의 가입에 한한다), 제50조제3호의2 내지 제3호의5의 개정규정은 2004년 12월 31일부터 시행한다.
제2조 (화물자동차운송사업 및 화물자동차운송주선사업 등록에 관한 특례) 이 법 공포일부터 시행일의 전일까지 화물자동차운송사업 및 화물자동차운송주선사업을 경영하고자 하는 자는 이 법 부칙 제1조의 규정에 불구하고 시·도지사에게 화물자동차운송사업 및 화물자동차운송주선사업을 등록할 수 없다.
제3조 (화물자동차운송사업 허가에 관한 특례) ①제3조제5항제2호의 개정규정에 의한 허가기준중 일반화물자동차운송사업의 허가에 있어 기준이 되는 대수는 2004년 12월 30일까지 5대 이상으로 한다.
②이 법 공포 당시 화물자동차운송사업을 경영하는 자에게 명의신탁한 화물자동차에 의하여 화물자동차운송사업을 위탁받은 자중 2004년 12월 31일부터 당해 명의신탁 및 위·수탁계약을 해지하고 당해 차량으로 화물자동차운송사업을 경영하고자 하는 자는 제3조제5항제1호의 개정규정에 불구하고 건설교통부장관에게 허가를 신청할 수 있으며, 허가신청을 받은 건설교통부장관은 당해 허가신청자에 대하여 화물자동차운송사업의 허가를 할 수 있다.
제4조 (운송사업자 등의 허가기준의 신고에 관한 적용례) 이 법 시행 당시 운송사업자 또는 운송주선사업자에 대하여 제3조제7항(제21조제5항에서 준용하는 경우를 포함한다)의 개정규정을 적용함에 있어서는 이 법 시행일을 당해 사업자의 사업허가일로 본다.
제5조 (화물자동차운송사업의 허가 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사에게 화물자동차운송사업을 등록한 자는 제3조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관의 허가를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사에게 변경등록 또는 변경신고를 한 자는 제3조제3항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관의 변경허가를 받았거나 건설교통부장관에게 변경신고를 한 것으로 본다.
제6조 (운송약관에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사에게 운송약관의 신고 또는 변경신고를 한 자는 제7조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관에게 신고 또는 변경신고를 한 것으로 본다.
제7조 (분쟁에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사가 분쟁을 조정하거나 조정안을 작성한 경우에는 제8조제4항 및 제5항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 분쟁을 조정하거나 조정안을 작성한 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사가 분쟁조정업무를 소비자보호법 제26조제1항의 규정에 의한 한국소비자보호원 또는 동법 제19조제1항의 규정에 따라 등록한 소비자단체에 위탁한 경우에는 제8조제7항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 위탁한 것으로 본다.
제8조 (적재물배상보험등의 가입에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 보험등의무가입자에 해당하는 자는 제8조의2의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 2005년 3월 31일까지 적재물배상보험등에 가입하고, 건설교통부령이 정하는 바에 따라 그 사실을 건설교통부장관에게 신고하여야 한다.
②제1항의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 경우 운송사업자는 1대당 25만원, 운송주선사업자는 50만원의 과태료에 처한다. 이 경우 과태료의 부과·징수·이의방법 및 이의기간에 관하여는 제50조제2항 내지 제5항의 규정을 준용한다.
제9조 (화물운송종사자격에 관한 경과조치) ①이 법 공포 당시 종전의 규정에 의하여 화물자동차운수사업의 운전업무에 종사하고 있는 자(제9조의2제1호에 해당하는 자를 제외한다)로서 제9조의 개정규정의 시행일 이후에도 계속하여 당해 운전업무에 종사하고자 하는 자는 동 개정규정의 시행일부터 6월 이내에 건설교통부장관에게 신고하여야 한다.
②제1항의 규정에 의하여 신고한 자는 제9조의 개정규정에 불구하고 화물운송종사자격이 있는 것으로 본다. 이 경우 건설교통부장관은 신고한 자에 대하여 화물운송종사자격증을 교부하여야 한다.
③이 법 공포일의 다음날부터 제9조의 개정규정의 시행일의 전일까지 종전의 규정에 의하여 화물자동차운수사업의 운전업무에 종사하고 있는 자(제9조의2제1호에 해당하는 자를 제외한다)는 제9조의 개정규정에 불구하고 이 법 시행후 6월이 되는 날까지는 화물자동차운수사업의 운전업무에 종사할 수 있다.
제10조 (개선명령에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사가 개선을 명한 경우에는 제12조의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 개선을 명한 것으로 본다.
제11조 (양도·양수 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사에게 양도·양수의 신고를 한 자는 제14조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관에게 신고를 한 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사에게 합병의 신고를 한 자는 제14조제2항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관에게 신고를 한 것으로 본다.
제12조 (화물자동차운송사업의 상속에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사에게 화물자동차운송사업의 상속의 신고를 한 자는 제15조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관에게 신고를 한 것으로 본다.
제13조 (화물자동차운송사업의 휴지·폐지에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사에게 휴지 또는 폐지신고를 한 자는 제16조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관에게 신고를 한 것으로 본다.
제14조 (화물자동차운송사업의 등록취소 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사가 등록취소 등을 한 경우에는 제17조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 허가취소 등을 한 것으로 본다.
제15조 (자동차사용정지에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사에게 화물자동차의 자동차등록증과 자동차번호판을 반납한 자는 제18조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관에게 반납한 것으로 본다.
제16조 (과징금의 부과에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사가 과징금을 부과한 경우에는 제19조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 부과한 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사가 과징금으로 징수한 금액의 운용계획을 수립·시행한 경우에는 제19조제5항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 수립·시행한 것으로 본다.
제17조 (청문에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정(제24조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 의하여 시·도지사가 청문을 실시한 경우에는 제20조의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 청문을 실시한 것으로 본다.
제18조 (화물자동차운송주선사업의 허가 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사에게 화물자동차운송주선사업을 등록한 자는 제21조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관의 허가를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사에게 등록사항의 변경신고를 한 자는 제21조제2항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관에게 허가사항의 변경신고를 한 것으로 본다.
제19조 (협회의 설립에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사에게 협회의 설립인가를 받은 경우에는 제33조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관에게 인가를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 정관의 변경인가를 받은 경우에는 제33조제7항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관의 변경인가를 받은 것으로 본다.
제20조 (자가용화물자동차에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시장·군수 또는 구청장에게 자가용화물자동차의 사용신고 또는 변경신고를 한 자는 제38조의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 시·도지사에게 자가용화물자동차의 사용신고 또는 변경신고를 한 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시장·군수 또는 구청장에게 자가용화물자동차의 유상운송의 허가를 신청하거나 허가를 받은 자는 제39조 단서의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 시·도지사에게 자가용화물자동차의 유상운송의 허가를 신청하거나 허가를 받은 것으로 본다.
제21조 (권한의 위임·위탁에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 권한의 일부를 시·도의 조례가 정하는 바에 따라 위임한 경우에는 제45조제1항 및 제2항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 시·도지사가 건설교통부장관의 승인을 받아 재위임한 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 권한의 일부를 시·도의 조례가 정하는 바에 따라 협회·연합회 또는 대통령령이 정하는 전문검사기관에 위탁한 경우에는 이 법에 의하여 건설교통부장관이 위탁한 것으로 본다.
제22조 (수수료에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 지방자치단체의 조례가 정한 수수료(시·도지사가 정한 경우에 한한다)는 제47조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 정한 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 수탁기관이 수수료(시·도지사가 승인한 경우에 한한다)를 정하여 시·도지사의 승인 또는 변경승인을 얻은 경우에는 이 법에 의하여 건설교통부장관의 승인 또는 변경승인을 얻은 것으로 본다.
제23조 (과태료에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 과태료를 부과·징수한 경우에는 제50조제2항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 부과·징수한 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사에게 이의를 제기한 경우에는 제50조제3항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관에게 이의를 제기한 것으로 본다.
③이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 관할법원에 이의제기 사실을 통보한 경우에는 제50조제4항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 통보한 것으로 본다.
④이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 지방세체납처분의 예에 의하여 과태료를 징수한 경우에는 제50조제5항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 건설교통부장관이 국세체납처분의 예에 의하여 과태료를 징수한 것으로 본다.
⑤이 법 시행전의 위반행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제24조 (다른 법률의 개정) ①유통산업발전법중 다음과 같이 개정한다. 제2조제13호중 "화물자동차운수사업법 제3조"를 "화물자동차운수사업법 제3조 및 제24조의2"로 한다.
②자동차관리법중 다음과 같이 개정한다.
제37조제1항제4호중 "화물자동차운수사업법 제17조제1항제11호"를 "화물자동차운수사업법 제17조제1항제11호 및 제24조의5제1항제12호"로 한다.
③자동차손해배상보장법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제3항제3호중 "화물자동차운수사업법 제3조"를 "화물자동차운수사업법 제3조 및 제24조의2"로 한다.

부칙 [2005.12.7 제7711호]
이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.12.30 제7833호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.9.27 제7988호(소비자보호법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제70조 내지 제76조의 개정규정은 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제11조 생략
제12조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑪ 생략
⑫화물자동차운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제7항 및 제13조제2항 중 “소비자보호법 제26조제1항의 규정에 의한 한국소비자보호원 또는 동법 제19조제1항의 규정에 따라 등록한 소비자단체”를 각각 “「소비자기본법」제33조제1항의 규정에 따른 한국소비자원 또는 동법 제29조의 규정에 따라 등록한 소비자단체”로 한다.
제13조 생략

부칙 [2006.12.26 제8094호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙[2006.12.30 제8138호 (교통세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제2호의 개정규정은 2007년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑧ 생략
⑨화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제29조제2항제1호중 “「교통세법」”을 “「교통·에너지·환경세법」”으로, “교통세”를 “교통·에너지·환경세”로 한다.
제6조 생략

부칙 [2007.12.31 제8829호(개별소비세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑫ 생략
⑬화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제29조제2항제2호 중 “「특별소비세법」을 “「개별소비세법」”으로, “특별소비세”를 “개별소비세”로 한다.
제12조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <627> 까지 생략
<628> 화물자동차운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항·제3항 본문·단서, 제5항제1호·제7항, 제6조, 제7조제1항 전단·제2항, 제8조제4항, 제5항·제7항, 제9조제1항제3호 전단·제2항, 제10조제11항, 제12조 각 호 외의 부분, 제12조의2제1항·제2항, 제13조제1항부터 제3항까지, 제14조제1항·제2항, 제15조제1항, 제16조제1항, 제17조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제18조제1항 각 호 외의 부분·제2항 각 호 외의 부분, 제19조제1항, 제3항·제5항, 제20조, 제20조의2제1항 각 호 외의 부분 본문, 제21조제1항 본문, 제2항·제4항제1호, 제23조의2제1항 각 호 외의 부분 본문, 제24조의2제1항·제2항 본문·단서·제3항제1호, 제24조의4 각 호 외의 부분, 제24조의5제1항 각 호 외의 부분 본문, 제24조의11제2항, 제27조제1항부터 제3항까지, 제28조, 제29조제2항 각 호 외의 부분 후단, 제29조의2제2항·제3항, 제32조제1항·제2항, 제33조제1항·제4항·제7항, 제36조제1항·제3항, 제36조의3, 제37조제1항·제2항, 제42조제1항, 제43조제1항, 제44조제1항, 제44조의2제1항, 제45조제1항·제2항, 제46조제1항 전단·후단, 제47조제2항 전단 및 제50조제2항부터 제4항까지 중 "건설교통부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 한다.
제2조제1호·제3호 후단, 제3조제1항·제3항 본문·단서, 제5항제2호·제7항, 제6조제2항, 제8조제4항, 제9조제1항제1호·제2호·제3항, 제9조의3제2항, 제10조제11항·제12항, 제11조제2항, 제13조제4항, 제14조제1항·제2항, 제16조제1항, 제19조제5항, 제20조의2제2항, 제21조제4항제2호, 제23조제3항 본문·단서, 제24조의2제1항·제2항 본문·단서·제3항제2호, 제24조의8제1호·제2호, 제24조의9제2항, 제24조의11제3항, 제29조제1항제5호, 제33조제8항, 제35조, 제38조제1항, 제39조 단서, 제40조 단서, 제42조제1항, 제44조제2항 및 제47조제1항 본문 중 "건설교통부령"을 각각 "국토해양부령"으로 한다.
<629> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.21 제8979호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(유효기간) 제5조의 개정규정은 2009년 12월 31일까지 효력을 가진다.
제3조(처분 등에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위로 본다.
제4조(벌칙이나 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.
제5조(다른 법률의 개정) ① 교통사고처리특례법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 본문 중 “화물자동차운수사업법 제36조”를 “「화물자동차 운수사업법」 제51조”로 한다.
②기업활동 규제완화에 관한 특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제55조의5제8호 중 “제12조”를 “제13조”로 한다.
③농업협동조합법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 및 제2항 중 “화물자동차운수사업법 제39조”를 각각 “「화물자동차 운수사업법」 제56조”로 한다.
④물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제2항제5호 중 “제21조제1항”을 “제24조제1항”으로 한다.
⑤산림조합법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항 중 “화물자동차운수사업법 제39조”를 “「화물자동차 운수사업법」 제56조”로 한다.
⑥소비자생활협동조합법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조 중 “화물자동차운수사업법 제39조”를 “「화물자동차 운수사업법」 제56조”로 한다.
⑦수산업협동조합법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조 중 “화물자동차운수사업법 제39조”를 “「화물자동차 운수사업법」 제56조”로 한다.
⑧유통산업발전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제13호 중 “제24조의2”를 “제29조”로 한다.
⑨자동차관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제37조제1항제4호 중 “화물자동차운수사업법 제17조제1항제11호 및 제24조의5제1항제12호”를 “「화물자동차 운수사업법」 제19조제1항제11호 및 제32조제1항제12호”로 한다.
⑩전자거래기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 제53호 중 “제9조의3제1항”을 “제10조제1항”으로 한다.
⑪제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제325조의2제2항 중 “제6조제1항”을 “제5조제1항”으로 하고, 같은 조 제3항 중 “제6조”를 “제5조”로 하며, 같은 조 제4항 중“제38조제1항”을 “제55조”로 한다.
제6조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「화물자동차 운수사업법」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2008.3.21 제8980호(여객자동차 운수사업법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2008년 7월 14일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조 (다른 법률의 개정) ① 부터 ⑨ 까지 생략
⑩ 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제52조 중 "제66조의2"를 "제70조"로 한다.
제8조 생략

부 칙[2010.3.31 제10221호(지방세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 부터 <22> 까지 생략
<23> 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조제2항제1호 중 “「지방세법」 제196조의17제1항”을 “「지방세법」 제136조제1항”으로, “주행세”를 “자동차세”로 한다.
제8조 생략

부 칙[2011.6.15 제10804호]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
② 제56조의2의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행하고, 제11조제7항, 제11조의2, 제11조의3 및 제47조의2의 개정규정은 2013년 1월1일부터 시행하며, 제19조제1항제7호의2·제7호의3·제12호의2·제12호의3 및 제27조제1항제7호의2·제8호의2 및 제32조제1항제9호의2·제13호의2의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(유효기간) 제5조의2의 개정규정은 2012년 12월 31일까지 효력을 가진다.
제3조(적용례) 제44조의2제1항 및 제56조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 운송사업자등 또는 자가용 화물자동차의 소유자ㆍ사용자부터 적용한다.
제4조(화물자동차 휴게시설 확충계획에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 국토해양부장관이 정하여 시행 중인 화물자동차 휴게시설 확충을 위한 계획은 제46조의2의 개정규정에 따라 수립한 것으로 본다.
제5조(다른 법률의 개정) 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제325조의2제1항 중 “제5조제1항”을 “제5조의2제1항”으로 하고, 같은 조 제4항 중 “제5조제1항 및 제2항”을 “제5조의2제2항ㆍ제3항”으로 한다.

부 칙[2011.9.16 제11064호]
제1조(시행일) 이 법은 2011년 12월 16일부터 시행한다.
제2조(화물자동차 운송사업 허가에 관한 특례) 법률 제7100호 화물자동차운수사업법중개정법률 부칙 제3조제2항에 따라 2004년 1월 20일 당시 화물자동차 운송사업을 경영하는 자에게 명의신탁한 화물자동차에 의하여 화물자동차 운송사업을 위탁받은 자 중 해당 명의신탁 및 위·수탁계약을 해지하고 해당 차량으로 화물자동차 운송사업을 경영하고자 하는 자는 제3조제5항제1호에도 불구하고 국토해양부장관에게 허가를 신청할 수 있으며, 허가신청을 받은 국토해양부장관은 해당 차량의 신청자에게 이를 허가 할 수 있다.
제3조(벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용은 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2012.6.1 제11481호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제9호, 제43조제2항, 제44조제2항·제3항, 제44조의2제1항·제2항 및 제48조제1항의 개정규정은 2012년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(화물운송 종사자격 결격사유에 관한 적용례) 제9조제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 화물운송 종사자격을 신청하는 자부터 적용한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <670>까지 생략
<671> 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호, 같은 조 제3호 후단, 제3조제1항, 같은 조 제3항 본문 및 단서, 같은 조 제5항제2호, 같은 조 제7항, 제5조의2제3항, 제7조제3항, 제8조제1항제1호·제2호, 같은 조 제3항, 제10조제2항, 제10조의2제3항, 제11조제11항·제12항, 같은 조 제13항 각 호 외의 부분, 제11조의2제1항 본문 및 단서, 같은 조 제5항, 제11조의3제1항·제2항, 제12조제2항, 제15조제3항·제5항·제9항, 제16조제1항부터 제3항까지, 제18조제1항, 제19조제1항제1호의2, 제21조제5항, 제23조제2항, 제24조제1항 본문, 같은 조 제2항, 같은 조 제4항제2호, 제26조제7항, 제29조제1항, 같은 조 제2항 본문 및 단서, 같은 조 제3항제2호, 제34조의2제2항·제3항, 제35조제1호·제2호, 제36조제2항, 제38조제3항, 제40조제4항, 제43조제1항제7호, 제46조의2제2항제5호, 같은 조 제3항, 제46조의3제3항, 제46조의6제2항, 제47조의2제1항, 같은 조 제2항 전단 및 후단, 같은 조 제4항·제5항, 제47조의3제1항, 제48조제8항, 제50조제1항 전단, 제55조 전단, 제56조 단서, 제57조제1항 단서, 같은 조 제2항, 제59조제1항, 제61조제2항, 제65조제1항 본문 및 같은 조 제2항 중 "국토해양부령"을 각각 "국토교통부령"으로 한다.
제3조제1항, 같은 조 제3항 본문 및 단서, 같은 조 제5항제1호, 같은 조 제7항, 제5조의2제1항, 제6조제1항 전단, 같은 조 제2항, 제7조제3항·제4항·제6항, 제8조제1항제2호부터 제4호까지, 같은 조 제2항, 제10조의2제1항 전단 및 후단, 같은 조 제3항, 같은 조 제4항 전단, 제11조제11항, 같은 조 제13항 각 호 외의 부분, 제12조제2항, 제13조 각 호 외의 부분, 제14조제1항·제2항, 제15조제1항부터 제3항까지·제5항부터 제8항까지, 제15조의2제1항 각 호 외의 부분 본문, 제16조제1항부터 제3항까지, 제17조제1항, 제18조제1항, 제19조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제20조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 제21조제1항·제3항·제5항, 제22조 각 호 외의 부분, 제23조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제24조제1항 본문, 같은 조 제2항, 같은 조 제4항제1호, 제27조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제29조제1항, 같은 조 제2항 본문 및 단서, 같은 조 제3항제1호, 제31조 각 호 외의 부분, 제32조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제34조의2제1항·제2항, 제34조의3 각 호 외의 부분 본문, 제38조제2항, 제41조제1항부터 제3항까지, 제42조, 제43조제2항 각 호 외의 부분 후단, 제44조제2항·제3항, 제44조의2제1항제5호, 제46조의2제1항·제3항부터 제6항까지, 제46조의3제6항·제8항, 제46조의4제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항 전단, 제47조제1항·제2항, 제47조의2제1항·제3항·제4항, 제47조의3제1항·제2항, 제48조제1항·제4항·제7항, 제51조제1항, 제51조의2제1항, 제51조의3제1항·제2항, 제51조의6제2항 전단, 제51조의7제1항 각 호 외의 부분, 제51조의8 각 호 외의 부분, 제51조의9 각 호 외의 부분, 제51조의10제2항, 제54조제1항·제2항, 제59조제1항, 제60조, 제61조제1항 각 호 외의 부분, 제62조제1항, 제63조제1항·제2항, 제64조제1항 전단·후단 및 제70조제3항 중 "국토해양부장관"을 각각 "국토교통부장관"으로 한다.
<672>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.5.22 제11804호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(경과조치) 이 법 시행 당시 법률 제10804호 화물자동차 운수사업법 일부개정법률 제5조의2에 따라 신고한 운임 및 요금은 제5조의 개정규정에 따라 신고한 운임 및 요금으로 본다.
제3조(다른 법률의 개정) 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제325조의2제1항 중 "제5조의2제1항"을 "제5조제1항"으로 하고, 같은 조 제4항 중 "제5조의2제2항ㆍ제3항"을 "제5조제2항ㆍ제3항"으로 한다.

부 칙[2013.7.16 제11933호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.1.14 제12248호(도로법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제23조까지 생략
제24조(다른 법률의 개정) ①부터 <125>까지 생략
<126> 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제46조의4제1항제10호 중 "「도로법」 제34조"를 "「도로법」 제36조"로 하고, "같은 법 제38조"를 "같은 법 제61조"로 한다.
제25조 생략

부 칙[2014.1.14 제12258호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.3.18 제12475호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(화물운송 종사자격 결격사유에 관한 적용례) 제9조제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 제23조제9호의 개정규정에 따라 화물운송 종사자격이 취소된 사람부터 적용한다.
제3조(화물자동차 운송사업의 허가 및 화물운송 종사자격 취소에 관한 적용례) 제19조제1항제13호 및 제23조제1항제9호의 개정규정은 이 법 시행 후 발생한 교통사고와 관련하여 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 보험금을 청구하여 금고 이상의 형을 선고받고 그 형이 확정된 경우부터 적용한다.
제4조(재결신청에 관한 적용례) 제46조제3항 및 제46조의5제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 시·도지사, 시장·군수·구청장 또는 사업시행자가 재결을 신청하는 경우부터 적용한다.
제5조(화물자동차 휴게소의 건설사업 시행에 관한 적용례) 제46조의3제8항의 개정규정은 이 법 시행 후 국토교통부장관 또는 시·도지사가 건설계획의 승인 또는 변경승인 신청을 받은 경우부터 적용한다.
제6조(과태료 특례에 관한 적용례) 제71조의 개정규정은 이 법 시행 후 제19조제1항, 제23조제1항, 제27조제1항 또는 제32조제1항의 개정규정에 따라 허가 또는 종사자격을 취소하거나 사업 또는 종사자격의 정지, 감차 조치를 명하는 경우부터 적용한다.
제7조(영업소 설치에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 화물자동차 운송사업자, 화물자동차 운송주선업자 또는 화물자동차 운송가맹사업자가 국토교통부장관의 허가를 받아 설치한 영업소는 각각 제3조제8항, 제24조제6항 및 제29조제5항의 개정규정에 따라 허가를 받아 설치한 영업소로 본다.
제8조(행정처분기준에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 위반행위에 대한 행정처분에 관하여는 제19조제1항제11호 및 제32조제1항제12호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2014.5.28 제12707호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(화물자동차 운송사업의 양도·양수 등으로 인한 위·수탁계약에 관한 적용례) 제16조제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 같은 조 제1항 또는 제2항에 따른 신고를 하는 경우부터 적용한다.
제3조(표준 위·수탁계약서의 사용 및 위·수탁계약 기간에 관한 적용례) 제40조제4항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 위·수탁계약을 체결 또는 갱신하는 경우부터 적용한다.
제4조(위·수탁계약의 갱신 또는 해지에 관한 경과조치) 제40조의2제1항 또는 제40조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 해당 사항이 발생한 경우부터 적용한다.

부 칙[2014.6.3 제12738호(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 <63>까지 생략
<64> 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제46조의4제1항제26호 중 "「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」 제15조"를 "「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제15조"로 한다.
<65> 생략
제3조 생략

부 칙[2015.1.6 제12997호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2015.6.22 제13374호(물류정책기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조의2제5항 중 "제34조의2제2항의 인증정보망"을 "「물류정책기본법」 제38조에 따라 인증 받은 화물정보망"으로 한다.
제15조, 제15조의2 및 제22조제1호를 각각 삭제한다.
제28조 전단 및 제33조 전단 중 "제15조, 제15조의2, 제16조부터"를 각각 "제16조부터"로 한다.
제34조의2 및 제34조의3을 각각 삭제한다.
제34조의4제1항 및 제2항 중 "인증정보망"을 각각 "「물류정책기본법」 제38조에 따라 인증 받은 화물정보망"으로 한다.
제70조제2항제7호의2 및 제7호의3을 각각 삭제한다.
② 생략

부 칙[2015.6.22 제13382호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제11조, 제11조의3, 제26조, 제26조의2, 제27조, 제28조, 제32조, 제33조, 제40조의5, 제43조, 제44조의2, 제46조, 제46조의5, 제47조 및 제70조제2항제20호·제21호의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(금치산자 등에 대한 경과조치) 제4조제1호 및 제51조의5제1항제1호의 개정규정에도 불구하고 법률 제10429호 민법 일부개정법률 부칙 제2조에 따라 금치산 또는 한정치산 선고의 효력이 유지되는 사람에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.

부 칙[2015.12.29 제13694호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제3조제7항, 제11조제18항·제19항, 제27조제1항제7호, 제28조 전단, 제47조의6 및 제70조제2항제21호의2의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.1.19 제13812호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.1.27 제13879호(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제11조까지 생략
제12조(다른 법률의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제46조의4제1항제20호 중 "종말처리시설"을 "공공폐수처리시설"로 한다.
<19> 및 <20> 생략

부 칙[2016.12.27 제14480호(농어촌정비법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ①부터 <64>까지 생략
<65> 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제46조의4제1항제7호 중 "목적 외 사용승인"을 "사용허가"로 한다.

부 칙[2017.1.17 제14532호(물환경보전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <80>까지 생략
<81> 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제46조의4제1항제9호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제33조"를 "「물환경보전법」 제33조"로 하고, 같은 항 제20호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제49조"를 "「물환경보전법」 제49조"로 한다.
<82>부터 <89>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2017.1.17 제14552호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(화물운송 종사자격 결격사유에 관한 적용례) ① 제9조제3호 및 제4호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 화물운송 종사자격을 취득하려는 사람부터 적용한다.
② 제9조제3호가목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 「도로교통법」 제93조제1항제1호부터 제4호까지에 해당하여 운전면허가 취소된 경우부터 적용한다.
③ 제9조제3호나목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 「도로교통법」 제43조를 위반하여 벌금형 이상의 형을 선고받거나 같은 법 제93조제1항제19호에 따라 운전면허가 취소된 경우부터 적용한다.
④ 제9조제3호다목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 운전 중 고의 또는 과실로 교통사고를 일으켜 「도로교통법」 제93조제1항제10호에 따라 운전면허가 취소된 경우부터 적용한다.
⑤ 제9조제4호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 「도로교통법」 제93조제1항제5호 및 제5호의2에 해당하여 운전면허가 취소된 경우부터 적용한다.

부 칙[2017.3.21 제14725호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(화물자동차 운송사업자의 허가사항 변경신고 등에 관한 적용례) 제3조제4항·제5항, 제5조제3항·제4항, 제6조제2항·제3항, 제16조제3항·제4항, 제17조제2항·제3항, 제24조제3항·제4항, 제29조제6항·제7항 및 제55조제2항·제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 허가·변경허가를 신청하거나 신고·변경신고를 하는 경우부터 적용한다.
제3조(다른 법률의 개정) 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제429조제1항 중 "「화물자동차 운수사업법」 제3조제7항"을 "「화물자동차 운수사업법」 제3조제9항"으로, "제2항"을 "제4항"으로 하고, 같은 조 제3항 중 "「화물자동차 운수사업법」 제3조제7항"을 "「화물자동차 운수사업법」 제3조제9항"으로 하며, 같은 조 제4항 중 "「화물자동차 운수사업법」 제5조제2항·제3항"을 "「화물자동차 운수사업법」 제5조제2항·제5항"으로 하고, 같은 조 제5항 중 "「화물자동차 운수사업법」 제55조 전단"을 "「화물자동차 운수사업법」 제55조제1항 전단"으로 한다.

부 칙[2017.8.9 제14873호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.10.24 제14939호(한국교통안전공단법)]
제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑪까지 생략
⑫ 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제64조제1항 전단 및 같은 조 제2항 중 "「교통안전공단법」에 따른 교통안전공단"을 각각 "「한국교통안전공단법」에 따른 한국교통안전공단"으로 한다.

부 칙[2017.11.28 제15127호]
이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2018.3.20 제15516호]
제1조(시행일) 이 법은 2018년 11월 29일부터 시행한다. 다만, 제3조제15항, 제4조제5호·제6호 및 제60조의2제1항제4호의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(사업정지처분을 받은 운송사업자의 주사무소 변경에 관한 적용례) 제3조제15항의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 최초로 운송사업자가 사업정지처분을 받은 경우부터 적용한다.
제3조(화물자동차 운송사업의 허가 결격사유에 관한 적용례) 제4조제6호의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 최초로 제19조제1항제1호 또는 제2호에 해당하여 허가가 취소된 경우부터 적용한다.

부 칙[2018.4.17 제15602호]
제1조(시행일) 이 법은 2019년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조의5부터 제5조의7까지, 제67조제1호의2 및 제70조제1항제1호의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(유효기간) 제5조의2부터 제5조의4까지 및 제5조의8 중 화물자동차 안전운임에 관한 부분, 제5조의5부터 제5조의7까지, 제67조제1호의2 및 제70조제1항제1호는 2022년 12월 31일까지 효력을 가진다.
제3조(이 법 시행을 위한 준비행위) 국토교통부장관은 이 법 시행 전에 제5조의2의 개정규정에 따른 화물자동차 안전운임위원회의 구성 및 운영, 제5조의7의 개정규정에 따른 화물자동차 안전운임신고센터의 설치에 관하여 필요한 준비행위를 할 수 있다.
제4조(위·수탁계약 갱신 거절사유에 관한 적용례) 제40조의2제1항제2호나목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 위·수탁차주가 운송사업자에게 지급하기로 한 위·수탁계약상의 월지급액(월 2회 이상 지급하는 것으로 계약한 경우에는 해당 월에 지급하기로 한 금액의 합을 말한다)을 지급하지 아니하는 경우부터 적용한다.
제5조(벌칙 등에 관한 경과조치) 부칙 제2조에 따른 유효기간 만료 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 행위 당시의 규정을 적용한다.
제6조(화물자동차 운송사업의 허가에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 화물자동차 운송사업의 허가를 받은 자는 제3조제1항의 개정규정에 불구하고 이 법에 따라 화물자동차 운송사업의 허가를 받은 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 화물자동차 소유 대수가 2대 이상인 운송사업자는 제3조제1항제1호의 개정규정에 따른 일반화물자동차 운송사업의 허가를 받은 것으로 본다.
③ 이 법 시행 당시 화물자동차 소유 대수가 1대인 운송사업자 중 최대 적재량 5톤 미만의 「자동차관리법」에 따른 화물자동차를 소유한 운송사업자와 같은 법에 따른 경형 및 소형, 중형 특수자동차를 소유한 운송사업자는 제3조제1항제2호의 개정규정에 따른 개인화물자동차 운송사업의 허가를 받은 것으로 본다.
④ 이 법 시행 당시 화물자동차 소유 대수가 1대인 운송사업자 중 최대 적재량 5톤 이상의 「자동차관리법」에 따른 화물자동차를 소유한 운송사업자와 같은 법에 따른 대형 특수자동차를 소유한 운송사업자는 제3조제1항제1호의 개정규정에 따른 일반화물자동차 운송사업의 허가를 받은 것으로 본다. 다만, 제3조제11항, 제11조제13항, 제11조의2, 제19조제1항제7호의4, 제26조제1항 및 제47조의2를 적용할 때에는 제3조제1항제2호의 개정규정에 따른 개인화물자동차 운송사업의 허가를 받은 것으로 본다.
⑤ 이 법 시행 당시 화물자동차 소유 대수가 1대인 운송사업자 중 최대 적재량 5톤 이상의 「자동차관리법」에 따른 화물자동차와 같은 법에 따른 대형 특수자동차를 소유한 운송사업자는 이 법 시행일부터 5년 이내에 제3조제1항제2호의 개정규정에 따른 개인화물자동차 운송사업의 허가를 신청할 수 있으며, 이 법 시행일부터 5년이 경과한 후에도 소유 대수가 1대인 경우에는 개인화물자동차 운송사업의 허가를 받은 것으로 본다.
제7조(화물자동차 운송주선사업의 허가에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 화물자동차 운송주선사업의 허가를 받은 자는 제24조제5항 및 제6항의 개정규정에 불구하고 이 법에 따라 화물자동차 운송주선사업의 허가를 받은 것으로 본다.
제8조(화물자동차 운송가맹사업의 허가에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 화물자동차 운송가맹사업의 허가를 받은 자는 제29조제3항의 개정규정에 불구하고 이 법에 따라 화물자동차 운송가맹사업의 허가를 받은 것으로 본다.
제9조(협회 등에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 사업의 종류별로 설립인가를 받은 화물자동차 운송사업, 화물자동차 운송주선사업의 협회 및 연합회에 대해서는 제3조제1항 및 제24조제5항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다. 다만, 이 법 시행일부터 2년 이내에 제3조제1항제2호 및 제24조제5항의 개정규정에 따라 변경된 사업의 종류별로 국토교통부장관의 인가를 받고 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 하여야 한다.

부 칙[2018.8.14 제15743호]
이 법은 2018년 11월 29일부터 시행한다. 다만, 법률 제15516호 화물자동차 운수사업법 일부개정법률 제11조제22항·제24항, 법률 제15516호 화물자동차 운수사업법 일부개정법률 제27조제1항제7호, 법률 제15516호 화물자동차 운수사업법 일부개정법률 제28조, 제59조제1항, 제62조제2항·제3항 및 제70조제2항제23호의3의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행하고, 제9조의2, 제10조의2제1항·제3항, 법률 제15516호 화물자동차 운수사업법 일부개정법률 제11조제23항, 법률 제15127호 화물자동차 운수사업법 일부개정법률 제12조제1항제9호, 제23조제1항 및 제65조의2의 개정규정은 2019년 7월 1일부터 시행한다.

부 칙[2018.12.31 제16133호(환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제7항제1호다목 중 "연료전지자동차"를 "수소전기자동차"로 한다.
제3조 생략

부 칙[2020.1.29 제16902호(항만법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제18조까지 생략
제19조(다른 법률의 개정) ①부터 <55>까지 생략
<56> 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 개정한다.
제46조의4제1항제30호를 다음과 같이 한다.
30. 「항만법」 제9조제2항에 따른 항만개발사업 시행의 허가 및 같은 법 제10조제2항에 따른 항만개발사업실시계획의 승인
제20조 생략

부 칙[2020.4.7 제17241호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제59조의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2020.6.9 제17453호(법률용어 정비를 위한 국토교통위원회 소관 78개 법률 일부개정을 위한 법률)]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>

부 칙[2020.6.9 제17464호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2021.1.26 제17911호(생활물류서비스산업발전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 화물자동차 운수사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조의2제1항 각 호 외의 부분 중 "대통령령으로 정하는 형태의 화물자동차 운수사업"을 "「생활물류서비스산업발전법」 제2조제3호가목에 따른 택배서비스사업"으로 한다.

부 칙[2021.4.13 제18054호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제8조, 제22조, 제23조 및 제68조(제4호 중 제43조제3항에 관한 부분은 제외한다)의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제3조제7항제1호다목, 제19조제1항제14호 및 제32조제1항제14호의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(화물자동차 운송사업의 허가에 관한 경과조치) 제3조제7항의 개정규정 시행 전에 종전의 규정에 따라 화물자동차 운송사업의 허가를 받은 경우(허가를 신청한 경우를 포함한다)에는 같은 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2021.7.27 제18355호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(차량의 압류에 관한 적용례) 제58조 단서의 개정규정은 이 법 시행 전에 설정된 저당권에 대하여도 적용한다.
제3조(보조금의 지급 정지에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 보조금의 지급 정지에 관하여는 제44조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제4조(공제조합 운영위원회 위원의 결격사유에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 운영위원회 위원인 사람이 이 법 시행 전에 발생한 사유로 제51조의5제1항제3호부터 제5호까지의 개정규정에 따른 결격사유에 해당하게 된 경우에는 같은 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2021.12.7 제18568호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제45조제6항 및 제48조제1항의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(관할 교육감과의 협의에 관한 적용례) 제45조제6항의 개정규정은 같은 개정규정 시행 이후 수립·변경하는 공영차고지의 설치·운영에 관한 계획부터 적용한다.