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제9조(회계구분)
①국가의 회계는 일반회계와 특별회계로 구분한다.
②특별회계는 국가에서 특정한 사업을 운영할 때, 특정한 자금을 보유하여 운용할 때, 기타 특정한 세입으로 특정한 세출에 충당함으로써 일반회계와 구분하여 계리할 필요가 있을 때에 법률로 설치한다.

부칙
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다. 다만, 제7조제7항, 제40조제4항, 제42조, 제44조, 제45조, 제76조 및 제81조제3항의 규정은 1990년 1월 1일부터 시행한다.
②(다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 규정을 인용하고 있는 것은 이 법의 해당규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [91·11·30]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [91·12·27]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②삭제 [93·12·31]

부칙 [91·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 1992년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 및 제3조 생략

부칙 [93·12·31]
이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [95·1·5]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [96·12·12]
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·1·21]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [99·2·5]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [99·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2002.12.30]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년1월1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 및 제7조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) 제1항 예산회계법중 다음과 같이 개정한다.
제6조를 삭제한다.
제14조의 제목 "(중앙관서의 장의 정의 및 수입의 직접 사용금지)"를 "(중앙관서의 장의 정의)"로 하고, 동조 제4항을 삭제한다.
제26조제2호중 "제6조"를 "국고금관리법 제32조"로 한다.
제35조제2항을 다음과 같이 한다.
②기획예산처장관은 제1항의 예산배정요구서와 국고금관리법 제30조2항의 월별자금계획에 따라 분기별 예산배정계획을 작성하고 재정경제부장관이 제출한 월별자금계획과 함께 국무회의의 심의를 거쳐 대통령의 승인을 얻어야 한다. 다만, 기획예산처장관은 세출예산배정계획을 작성함에 있어서 재정경제부장관이 제출한 월별자금계획을 수정할 필요가 있을 때에는 재정경제부장관과 협의하여야 한다.
제41조를 다음과 같이 한다.
제41조(수입대체경비) ①용역 및 시설을 제공하여 발생하는 수입과 관련되는 경비로서 대통령령이 정하는 경비(이하 "수입대체경비"라 한다)에 있어서는 중앙관서의 장은 수입이 예산을 초과하거나 초과할 것이 예상되는 경우에는 그 초과수입을 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 초과수입에 직접 관련되는 경비 및 이에 수반되는 경비에 초과지출할 수 있다.
②수입대체경비의 예산초과집행에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제43조제2항제2호마목중 "제41조제1항 단서"를 "제41조"로 한다.
제4장(제48조 내지 제55조)을 삭제한다.
제5장의 제목 "지출"을 "수입 및 지출"로 한다.
제56조 앞의 "제1절 총칙"을 삭제한다.
제56조를 다음과 같이 한다.
제56조(국고금의 관리) 회계 및 기금의 수입·지출 등 국고금의 관리에 관하여는 따로 법률이 정하는 바에 의하되, 다른 법률에 특별한 규정이 없는 사항은 이 법이 정하는 바에 따른다.
제57조를 삭제한다.
제57조 다음의 "제2절 지출원인행위"를 삭제한다.
제58조 및 제59조 각각 삭제한다.
제5장제3절(제61조 내지 제66조, 제68조 내지 제71조) 및 제5장제4절(제72조)을 각각 삭제한다.
제8장의 제목 "국고금과 유가증권"을 "유가증권"으로 한다.
제99조를 다음과 같이 한다.
제99조(유가증권보관의 제한) 중앙관서의 장은 법령의 규정에 의하지 아니하고는 공유 또는 사유의 유가증권을 보관할 수 없다.
제100조를 삭제한다.
제102조·제103조 및 제106조를 각각 다음과 같이 한다.
제102조(한국은행에 대한 검사) 한국은행은 제101조의 규정에 의하여 취급한 유가증권의 수불에 관하여 감사원의 검사를 받아야 한다.
제103조(한국은행의 배상책임) 한국은행이 국가를 위하여 취급하는 유가증권의 출납보관에 관하여 국가에 손해를 끼친 경우에 한국은행의 배상책임에 관하여는 민법과 상법을 적용한다.
제106조(장부의 비치) 재정경제부장관, 기획예산처장관, 중앙관서의 장, 한국은행 및 금융기관은 대통령령이 정하는 바에 의하여 장부를 비치하고 필요한 사항을 기록하여야 한다.
제107조의 제목중 "재정보고"를 "회계보고"로 하고, 동조제1항을 다음과 같이 한다.
①각 중앙관서의 장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 회계에 관한 보고서를 재정경제부장관에게 제출하여야 한다.
제108조를 다음과 같이 한다.
제108조(보고서와 계산서의 제출) 한국은행과 금융기관은 대통령령이 정하는 바에 따라 국가를 위하여 취급한 유가증권의수불 등에 관한 보고서와 계산서를 작성하여 재정경제부장관과 감사원에 제출하여야 한다.
제113·제114조·제119조 내지 제121조 및 제123조를 각각 삭제한다.
제2항 내지 제31항 생략

부칙 [2005.1.27 법률 제7347호(국고금관리법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2005년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①예산회계법중 다음과 같이 개정한다.
제4조 및 제9장(제104조 및 제105조)을 각각 삭제한다.
②내지 ⑦생략