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제41조(허가어업)
① 총톤수 8톤 이상의 동력어선(動力漁船) 또는 수산자원을 보호하고 어업조정(漁業調整)을 하기 위하여 특히 필요하여 대통령령으로 정하는 총톤수 8톤 미만의 동력어선을 사용하는 어업(이하 “근해어업”이라 한다)을 하려는 자는 어선 또는 어구마다 농림수산식품부장관의 허가를 받아야 한다.
② 무동력어선, 총톤수 8톤 미만의 동력어선 또는 어선의 안전조업과 어업조정을 위하여 대통령령으로 정하는 총톤수 8톤 이상 10톤 미만의 동력어선을 사용하는 어업으로서 근해어업 및 제3항에 따른 어업 외의 어업(이하 “연안어업”이라 한다)에 해당하는 어업을 하려는 자는 어선 또는 어구마다 시·도지사의 허가를 받아야 한다.
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 어업을 하려는 자는 어선·어구 또는 시설마다 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 한다. [개정 2010.1.25

] [[시행일 2010.4.23]]
1. 구획어업: 일정한 수역을 정하여 어구를 설치하거나 무동력어선 또는 총톤수 5톤 미만의 동력어선을 사용하여 하는 어업. 다만, 농림수산식품부령으로 정하는 어업으로 시·도지사가 「수산자원관리법」 제36조 및 제38조에 따라 총허용어획량을 설정·관리하는 경우에는 총톤수 8톤 미만의 동력어선에 대하여 허가할 수 있다.
2. 육상해수양식어업: 인공적으로 조성한 육상의 해수면에서 수산동식물을 양식하는 어업
3. 종묘생산어업: 일정하게 구획된 바다·바닷가 또는 인공적으로 조성한 육상의 해수면에 시설물을 설치하여 수산종묘(水産種苗)를 생산하는 어업(생산한 종묘를 일정기간 동안 중간육성하는 경우를 포함한다)
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 허가를 받아야 하는 어업별 어업의 종류는 대통령령으로 정하며, 다음 각 호의 사항 및 그 밖에 허가와 관련하여 필요한 절차 등은 농림수산식품부령으로 정한다. 다만, 허가의 우선순위는 어업의 여건 등을 고려하여 해당 어업을 허가하는 행정관청이 정한다.
1. 어업의 종류별 어선의 톤수, 기관의 마력, 어업허가의 유예, 허가의 제한사유, 양륙항(揚陸港)의 지정, 조업해역의 구분 및 허가 어선의 대체
2. 연안어업과 구획어업에 대한 허가의 정수 및 그 어업에 사용하는 어선의 부속선, 사용하는 어구의 종류
3. 육상해수양식어업의 양식물, 종묘생산어업의 종묘의 종류 및 육상해수양식어업과 종묘생산어업의 시설기준
⑤ 행정관청은 제35조제1호·제3호·제4호 또는 제6호(제34조제1항제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)에 해당하는 사유로 어업의 허가가 취소된 자와 그 어선 또는 어구에 대하여는 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 그 허가를 취소한 날부터 1년의 범위에서 어업의 허가를 하여서는 아니 된다.

부 칙[2009.4.22 제9626호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(행정처분의 승계에 관한 적용례) 제44조제3항의 행정처분의 승계는 이 법 시행 후 최초로 행정처분을 받는 것부터 적용한다.
제3조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「수산업법」, 「기르는 어업육성법」 및 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」에 따른 처분ㆍ절차와 그 밖의 행위로서 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법에 따라 행하여진 것으로 본다.
제4조(육상해수양식어업 및 종묘생산어업에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제43조제2항에 따라 어업허가를 받은 육상해수양식어업 및 종묘생산어업은 제41조제3항의 개정규정에 따라 해당 허가의 유효기간 만료일까지 그 허가받은 수면을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받은 것으로 본다.
제5조(어업허가의 제한 및 조건에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 어업허가에 붙여진 제한 또는 조건은 제43조의 개정규정에 따라 붙여진 것으로 본다.
제6조(기르는어업 발전 기본계획 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「기르는 어업육성법」 제4조 및 제5조에 따라 세워진 기르는어업발전기본계획 및 시행계획은 제50조 및 제51조의 개정규정에 따라 세워진 기본계획 및 시행계획으로 본다.
제7조(기르는어업센터에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제20조에 따라 설립된 기르는어업센터는 제55조의 개정규정에 따라 세워진 기르는어업센터로 본다.
제8조(수산진흥종합대책에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제18조에 따라 세워진 수산진흥종합대책은 제74조의 개정규정에 따라 세워진 수산진흥종합대책으로 본다.
제9조(어업구조조정에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「농어촌발전 특별조치법」 제11조에 따라 추진하고 있는 어업구조개선사업은 이 법에 따라 추진하는 어업구조조정사업으로 본다.
제10조(수산발전기금에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」에 따른 수산발전기금은 제76조의 개정규정에 따른 수산발전기금으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」에 따른 수산발전기금의 지원, 위탁기관 등은 이 법에 따른 수산발전기금의 지원, 위탁기관 등으로 본다.
제10조의2(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.
[본조신설 2010.1.25]
제11조(다른 법률의 개정) ① 국가재정법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 2 제35호를 다음과 같이 한다.
35. 「수산업법」
② 공유수면관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조의2 단서 중 “「수산업법」 제43조제2항제2호 및 제3호”를 “ 「수산업법」 제41조제3항제2호 및 제3호”로 한다.
제9조제1항제6호 중 “같은 법 제43조제2항제2호 및 제3호”를 “같은 법 제41조제3항제2호 및 제3호”로 한다.
③ 공유수면매립법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제4호를 다음과 같이 한다.
4. 「수산업법」 제41조제3항에 따른 구획어업ㆍ육상해수양식어업 및 종묘생산어업의 허가를 받은 자
④ 기르는 어업육성법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호, 제3조제2항제2호, 제4조부터 제8조까지 및 제30조를 각각 삭제한다.
⑤ 내수면어업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항 중 “「수산업법」 제19조제1항”을 “「수산업법」 제17조제1항”으로 하고, 같은 조 제2항 중 “「수산업법」 제18조제2항”을 “「수산업법」 제16조제2항”으로 한다.
제10조제4항 중 “「수산업법」 제86조”를 “「수산업법」 제88조”로 한다.
제16조제1항제3호 중 “「수산업법」 제37조”를 “「수산업법」 제35조”로 하고, 같은 항 제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「수산업법」 제34조제1항제1호부터 제4호까지, 제8호 및 제9호의 어느 하나에 해당하는 때
제21조제1항제1호 중 “「수산업법」 제36조”를 “「수산업법」 제34조”로 하고, 같은 항 제1호의2 중 “「수산업법」 제36조제1항제1호”를 “「수산업법」 제34조제1항제1호”로, “「수산업법」 제36조제1항제5호”를 “「수산업법」 제34조제1항제6호”로 하며, 같은 항 제2호 중 “「수산업법」 제63조제2항의 規定에 의한”을 “「수산업법」 제72조제2항에 따른”으로 하고, 같은 조 제2항 중 “「수산업법」 제79조제2항 내지 제4항을”을 “「수산업법」 제81조제2항부터 제4항까지의 규정을”로 한다.
⑥ 법률 제9426호 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제6항제18호 중 “「수산업법」 제51조에 따른”을 “「수산업법」 제59조에 따른”으로 한다.
⑦ 선박직원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제5호 중 “「수산업법」 제62조제1항”을 “「수산업법」 제71조제1항”으로 한다.
⑧ 어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 “「수산업법」 제43조”를 “「수산업법」 제41조”로 하고, 제2조제5호, 제18조, 제19조, 제20조, 제21조, 제22조, 제23조, 제24조, 제25조, 제26조, 제28조 및 제32조제1항제2호를 각각 삭제하며, 제29조제1항을 다음과 같이 한다.
① 농림수산식품부장관은 이 법에 따른 권한 또는 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 시ㆍ도지사 또는 수산업협동조합중앙회에 각각 위임 또는 위탁할 수 있다.
⑨ 어장관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 중 “같은 법 제43조제2항제3호 또는 같은 조 제3항”을 “같은 법 제41조제3항제1호 및 제3호”로 한다.
제3조제3항 전단 및 제4조제3항 전단 중 “「수산업법」 제86조”를 각각 “「수산업법」 제88조”로 한다.
제8조제1항 단서 중 “「수산업법」 제15조제7항”을 “「수산업법」 제13조제7항”으로 하고, 같은 조 제3항 중 “「수산업법」 제37조(같은 법 제48조”를 “「수산업법」 제35조(같은 법 제49조”로 하며, 같은 조 제4항 중 “「수산업법」 제37조”를 “「수산업법」 제35조”로 한다.
제20조제4호 중 “「수산업법」 제43조ㆍ제46조 및 제58조”를 “「수산업법」 제41조ㆍ제42조ㆍ제47조 및 제66조”로 한다.
⑩ 어촌·어항법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제4항 중 “「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제22조의 규정”을 “「수산업법」 제76조”로 한다.
⑪ 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제144조제1항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「수산업법」 제54조제1항
제209조제1항 중 “「수산업법」 제43조”를 “「수산업법」 제41조”로, “같은 법 제46조”를 “같은 법 제47조”로, “같은 법 제47조”를 “같은 법 제48조”로 하고, 같은 조 제2항 중 “제15조제6항, 제21조제1항 단서, 제29조제5항, 제31조제2항, 제40조제1항, 제43조제4항”을 “제13조제6항, 제19조제1항 각 호 외의 부분 단서, 제27조제5항, 제29조제2항, 제38조제1항, 제41조제4항”으로, “제46조”를 “제47조”로, “제47조”를 “제48조”로 한다.
제212조제3항 중 “「수산업법」 제86조”를 “「수산업법」 제88조”로 한다.
제213조제4항 중 “「기르는어업 육성법」 제4조, 제7조제1항부터 제3항까지 및”을 “「수산업법」 제50조, 제53조제1항부터 제3항까지 및 「기르는어업 육성법」”으로 하고, 같은 조 제5항 중 “「기르는어업 육성법」 제7조제4항, 제8조제2항,”을 “「수산업법」 제53조제4항, 제54조제2항 및 「기르는어업 육성법」”으로 한다.
⑫ 항만과 그 주변지역의 개발 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제4항 중 “같은 법 제43조에 따른 허가어업 및 같은 법 제46조”를 “같은 법 제41조에 따른 허가어업, 같은 법 제42조에 따른 한시어업허가 및 같은 법 제47조”로, “같은 법 제79조부터 제85조까지”를 “같은 법 제81조부터 제87조까지”로 한다.
제18조제1항 중 “같은 법 제43조에 따른 허가어업 및 같은 법 제46조”를 “같은 법 제41조에 따른 허가어업, 같은 법 제42조에 따른 한시어업허가 및 같은 법 제47조”로 한다.
⑬ 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제5항 중 “「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제22조의 규정에 의한”을 “「수산업법」 제76조에 따른”으로 한다.
제53조제1항 단서 중 “「수산업법」 제79조의 규정을”을 “「수산업법」 제81조를”로 한다.
⑭ 해양심층수의 개발 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제40조제5항 중 “「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제22조”를 “「수산업법」 제76조”로 한다.
⑮ 해양환경관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제19조제4항 중 “「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제22조의 규정”을 “「수산업법」 제76조”로 한다.
제12조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「수산업법」, 종전의 「기르는 어업육성법」, 종전의 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 또는 그 규정을 인용한 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2010.1.25 제9948호]
①(시행일) 이 법은 2010년 4월 23일부터 시행한다. 다만, 제2조, 제8조, 제9조, 제13조, 제13조의2, 제40조의2 및 제89조의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다.
②(구획어업 허가 어선에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제43조제3항에 따라 구획어업 중 일정한 수역을 정하여 어구를 설치하여 하는 어업을 하기 위하여 허가를 받은 어선은 제49조제1항의 개정규정에 따라 지정을 받은 관리선으로 본다.

부 칙[2010.4.15 제10272호(공유수면 관리 및 매립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제12조까지 생략
제13조(다른 법률의 개정) ① 부터 <28> 까지 생략
<29> 법률 제9626호 수산업법 전부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제1항 및 제2항을 각각 다음과 같이 한다.
① 어업권자에 대하여는 그 면허를 받은 어업에 필요한 범위에서 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따른 행위가 허용된다.
② 제1항의 경우에 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제46조를 적용하지 아니한다.
제77조제1항제8호 중 “「공유수면관리법」 제9조제2항”을 “「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제13조제2항”으로 한다.
<30> 부터 <75> 까지 생략
제14조 생략