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제13조(어선의 등기와 등록)
① 어선의 소유자나 농림수산식품부령으로 정하는 선박의 소유자는 그 어선이나 선박이 주로 입항·출항하는 항구 및 포구(이하 "선적항"이라 한다)를 관할하는 시장·군수·구청장에게 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 어선원부에 어선의 등록을 하여야 한다. 이 경우 「선박등기법」 제2조에 해당하는 어선은 선박등기를 한 후에 어선의 등록을 하여야 한다.
② 제1항에 따른 등록을 하지 아니한 어선은 어선으로 사용할 수 없다.
③ 시장·군수·구청장은 제1항에 따른 등록을 한 어선에 대하여 다음 각 호의 구분에 따른 증서 등을 발급하여야 한다.
1. 총톤수 20톤 이상인 어선 : 선박국적증서
2. 총톤수 20톤 미만인 어선(총톤수 5톤 미만의 무동력어선은 제외한다) : 선적증서
3. 총톤수 5톤 미만인 무동력어선 : 등록필증
④ 선적항의 지정과 제한 등에 필요한 사항은 농림수산식품부령으로 정한다.
[전문개정 2008.3.28

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부 칙[1993.6.11 제4559호]
제1조(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(어선설비기준에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 “어선설비등에관한규칙(農林水産部令 第939號 1985·7·4 改正)”은 제3조·제4조 및 제5조의 규정에 의한 수산청장의 고시일 전일까지 그 효력을 가진다.
제3조(어선의 등록에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 제2조제1항의 규정에 의하여 새로이 어선에 해당하게 되는 선박(水産業法의 規定에 의하여 許可·申告·免許漁業에 종사하고 있는 船舶에 한한다)으로서 당해 선박의 소유자가 이 법 시행일부터 1년이내에 시·도지사에게 신고한 선박의 경우에는 제13조제1항의 규정에 의하여 등록한 것으로 본다.
②시·도지사는 제1항의 규정에 의하여 등록한 것으로 보는 선박에 대하여 등록후 1월이내에 등록필증을 교부하여야 한다.
제4조(등록의 말소에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 수산업을 위한 허가·신고·면허등의 효력이 상실된 어선은 이 법 시행일부터 1년이 경과하는 날까지 어선등록이 유효한 것으로 본다.
제5조(건조·개조중인 어선에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 수산업에 종사하게 하기 위하여 건조·개조중인 선박으로서 당해 선박의 소유자 또는 당해 선박을 건조·개조하는 자가 이 법 시행후 1월이내에 시·도지사에게 신고한 선박의 경우에는 제9조제2항 및 제43조제2호의 개정규정을 적용하지 아니한다.
제6조(어선의 총톤수측정에 대한 특례) 1982년 12월 31일이전에 건조되었거나 개조에 착수된 어선의 소유자는 제37조의 규정에 의하여 준용되는 법률 제3641호 선박법개정법률 부칙 제3조제1항의 규정에 불구하고 총톤수의 개측을 신청할 수 있다.
제7조(다른 법률의 개정) ①사법경찰관사의직무를행할자와그직무범위에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제5조에 제25호를 다음과 같이 신설한다.
25. 어선법 제11조의 규정에 의한 현장확인공무원
제6조에 제20호를 다음과 같이 신설한다.
20. 제5조제25호에 게기한 자에 있어서는 그 소속관서관할구역안에서 발생하는 어선법 제9조의 규정에 위반되는 범죄
②해양오염방지법중 다음과 같이 개정한다.
제27조제4항중 “어선법 제16조”를 “어선법 제21조”로 한다.
제32조제3호중 “어선법 제26조”를 “어선법 제34조”로 한다.

부 칙[1995.12.30 제5131호(수산업법)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) 어선법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제1호중 "수산제조업"을 "수산물가공업"으로 한다.
제12조 생략

부 칙[1996·8·8 제5153호(정부조직법)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 30일이내에 제41조의 개정규정에 의한 해양수산부와 해양경찰청의 조직에 관한 대통령령의 시행일부터 시행한다.
[1996·8·8 대통령령 제15135호에 의하여 공포한 날부터 시행]
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 〈20〉생략
〈21〉어선법중 다음과 같이 개정한다.
제3조 본문·제12호, 제4조 본문, 제5조제1항 본문, 제7조, 제8조제1항 본문·제3항 내지 제5항, 제9조제1항·제3항, 제10조제1항 본문·제2항, 제11조제1항 본문, 제14조제1항·제2항,제15조 단서, 제21조제1항 본문·제4호, 제22조제1항 본문, 동조제2항·제4항, 제23조, 제24조제1항·제2항, 제25조제1항 내지 제4항, 제26조, 제27조제1항 본문, 동조제2항, 제30조, 제31조제6항, 제32조, 제33조, 제34조제1항, 제37조제1항·제2항, 제38조 본문, 제40조제1항·제2항, 제41조제1항 본문·제2항 본문·제3항 내지 제5항, 제46조제3호, 제49조 후단, 제52조 및 제53조제2항 내지 제4항중 "수산청장"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제24조제2항중 "해운항만청장"을 "해양수산부장관"으로 한다.
제4조 단서, 제5조제1항 단서·제2항, 제8조제1항·제4항·제5항, 제13조제1항·제4항, 제14조제1항, 제15조 단서, 제16조제1항·제2항, 제17조제1항, 제18조, 제19조제1항 본문, 제20조제1항·제2항, 제21조제1항 본문·제3호, 제22조제1항·제4항·제6항, 제24조제3항, 제25조제1항·제5항, 제26조, 제28조제1항 단서·제2항·제3항, 제30조제1항, 제37조, 제39조 본문 및 제41조제4항중 "농림수산부령"을 각각 "해양수산부령"으로 한다.
〈22〉내지 〈69〉생략
제4조 생략

부칙 [97·12·13 법5453]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [97·12·13 법5454]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부 칙[1997.12.17 제5470호(선박안전법)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.〈단서 생략〉
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (어선검사등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 어선법 제21조제1항·제22조·제24조 및 제25조의 규정에 의하여 행한 어선의 검사, 제조검사, 예비검사, 형식승인, 검정, 우수건조·제조·정비사업장의 지정, 선박 또는 선박용물건의 확인(이하 이 조에서 "어선검사등"이라 한다)은 이 법에 의하여 행한 것으로 본다.
② 및 ③생략
제7조 (어선설비기준에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 어선법 제3조 내지 제5조의 규정에 의한 어선의 설비, 만재흘수선의 표시 및 무선설비에 관한 기준은 이 법에 의한 선박시설등에 관한 해양수산부장관의 고시가 시행될 때까지 그 효력을 가진다.
제8조 생략
제9조 (한국어선협회에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 어선법 제31조의 규정에 의하여 설립된 한국어선협회(이하 "어선협회"라 한다)는 이 법에 의한 기술원의 설립과 동시에 해산된 것으로 보며, 어선협회에 속하는 재산과 권리·의무는 이 법에 의한 기술원이 포괄승계한다.
②이 법에 의한 기술원이 제1항의 규정에 의하여 포괄승계한 재산 및 물건에 관한 등기부 기타 공부에 표시된 어선협회의 명의는 이 법에 의한 기술원의 설립과 동시에 기술원의 명의로 본다.
③제1항의 경우 이 법에 의한 기술원의 재산으로 보는 재산의 가액은 부칙 제8조제3항의 규정에 의한 설립등기일 전일의 장부가액으로 한다.
④제1항의 경우 이 법 시행전에 어선협회가 행한 행위는 이 법에 의한 기술원이 행한 행위로 보며, 어선협회에 대하여 행한 행위는 이 법에 의한 기술원에 대하여 행한 행위로 본다.
⑤제1항의 경우 이 법 시행당시의 어선협회의 임·직원은 이 법에 의한 기술원의 임·직원으로 선임 또는 임명된 것으로 본다. 이 경우 임원의 임기는 어선협회의 임원으로 선임된 날부터 기산한다.
제10조 및 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ①어선법중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "어선의 등록·검사 및 조사·연구"를 "어선의 등록 및 조사·연구"로, "어선의 효율적인 관리와 안전성을 확보하고, 어선의 성능향상"을 "어선의 효율적인 관리와 성능향상"으로 한다.
제3조 내지 제6조, 제21조 내지 제31조를 각각 삭제한다.
제34조제2항중 "어선의 등록·검사등"을 "어선의 등록등"으로 한다.
제37조제2항, 제39조제6호 내지 제13호를 각각 삭제한다.
제41조의 제목중 "검사"를 "총톤수측정"으로 하고, 동조제1항 내지 제3항을 각각 다음과 같이 하며, 동조제4항 및 제5항중 "어선협회"를 각각 "기술원"으로 한다.
①해양수산부장관 또는 시·도지사는 선박안전법 제7조의 규정에 의한 한국선박안전기술원(이하"기술원"이라 한다)으로 하여금 다음의 업무를 대행하게 할 수 있다.
1. 제14조의 규정에 의한 어선의 총톤수측정·개측
2. 제20조제1항의 규정에 의한 선박국적증서등의 검인
②시·도지사는 선박안전법 제8조제2항의 규정에 의한 선급법인으로 하여금 제20조제1항의 규정에 의한 선박국적증서등의 검인업무를 대행하게 할 수 있다.
③기술원은 제1항의 규정에 의하여 대행하는 업무의 범위안에서 해양수산부장관의 승인을 얻어 어선총톤수측정증명서(국제톤수증서·국제톤수확인서 및 재화중량톤수증서를 포함한다)를 교부할 수 있다.
제44조제1항을 다음과 같이 한다.
①제16조의 규정에 의한 어선명칭등의 표시 또는 어선번호판을 은폐·변경 또는 제거하고 어선을 항행 또는 조업에 사용한 자는 1년이하의 징역 또는 1천만원이하의 벌금에 처한다.
제45조를 삭제한다.
제46조를 다음과 같이 한다.
제46조 (罰則) 제10조제1항의 규정에 의한 처분 또는 명령을 이행하지 아니한 자는 500만원이하의 벌금에 처한다.
제47조제4호를 삭제한다.
제48조중 "제43조 내지 제47조"를 "제43조·제44조·제46조 및 제47조"로 한다.
제49조를 다음과 같이 한다.
제49조 (벌칙의 준용) 선박법 제32조·제33조제1항(동법 제10조의 규정에 위반하여 선박국적증서 또는 가선박국적증서를 비치하지 아니하고 대한민국국기를 게양한 경우에 한한다)·제34조·제35조·제36조제2호(동법 제13조제1항·제4항의 규정에 위반하여 국제톤수증서를 비치·반환 또는 신고하지 아니한 경우에 한한다)의 규정은 어선에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 "한국선박"은 "한국어선"으로, "선박"은 "어선"으로, "선박원부"는 "어선원부"로, "선박소유자"는 "어선소유자"로, "선박관리인 은 어선관리인"으로 본다.
제50조중 "선박법 및 선박안전법"을 "선박법"으로 한다.
제51조중 "서울특별시·직할시·도·시·군·구"를 "특별시·광역시·도·시·군·구(자치구를 말한다)"로 한다.
제52조중 "검사증서등을 교부하는 어선협회"를 "어선총톤수측정증명서를 교부하는 기술원"으로 한다.
제53조제1항제7호 및 제8호를 각각 삭제한다.
②내지 ⑤생략

부칙 [99·2·8]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(방치어선에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제35조제2항의 규정에 의한 명령을 이행하지 아니한 자가 소유하는 방치된 어선의 관리 또는 제거에 필요한 조치에 관하여는 제35조제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
③(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
④(다른 법률의 개정) 사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위에 관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제5조제25호 및 제6조제20호를 각각 삭제한다.

부 칙[1999. 4.15 제5971호(선박법)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법율의 개정) 어선법중 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항중 "한국선박안전기술원(이하 "기술원"이라 한다)"을 "선박검사기술협회(이하 "검사협회"라 한다)"로 하고, 동조제3항중 "기술원"을 "검사협회"로 하며, 동조제4항 및 제5항중 "기술원"을 각각 "검사협회"로 한다.
제52조중 "기술원"을 "검사협회"로 한다.

부 칙[1999. 4.15 제5972호(선박법)]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제1조의2의 개정규정(동조의 개정규정에 의하여 새로 등록의 대상이 되는 선박의 등록신청 및 이에 따른 선박국적증서교부의 경우에 한한다), 제2조제3호, 제26조의2의 개정규정(동조의 개정규정에 의하여 선적증서교부의 대상이 되는 선박의 선적증서교부신청 및 이에 따른 선적증서교부의 경우에 한한다) 및 부칙 제4조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①생략
②어선법중 다음과 같이 개정한다.
제37조제1항 전단중 "제14조·제21조, 제23조 내지 제25조, 제26조"를 "제26조"로 하고, 동항 후단을 다음과 같이 한다.
이 경우 "대한민국선박"은 "대한민국어선"으로, "한국선박"은 "한국어선"으로, "선박"은 "어선"으로, "선박취득지"는 "어선취득지"로, "선박관리인"은 "어선관리인"으로, "선박소유자"는 "어선소유자"로 본다.
제37조제3항 후단을 다음과 같이 한다.
이 경우 "한국선박"은 "한국어선"으로 본다.
제49조중 "제35조·제36조제2호(동법 제13조제1항·제4항의 규정에 위반하여 국제톤수증서를 비치·반환 또는 신고하지 아니한 경우에 한한다)"를 "제35조제1항·제35조제2항제2호 및 제3호"로 한다.

부칙 [2002.1.14.]
제1조(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(어선 건조·개조허가 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제8조 및 제10조의 규정에 따라 시·도지사가 행한 어선 건조·개조허가 및 허가취소는 제8조 및 제10조의 개정규정에 의하여 시장·군수·구청장이 행한 것으로 본다.
제3조(어선의 등록 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제13조의 규정에 따라 시·도지사에게 어선의 등록을 한 것은 제13조의 개정규정에 의하여 시장·군수·구청장에게 한 것으로 본다
②이 법 시행 당시 종전의 제19조제2항의 규정에 따라 시·도지사가 등록말소 신청에 관하여 행한 최고는 제19조제2항의 개정규정에 의하여 시장·군수·구청장이 행한 것으로 본다.
제4조(어선번호판 등의 반납 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제19조제3항의 규정에 따라 어선의 등록이 말소된 어선의 소유자중 어선번호판 및 선박국적증서 등을 시·도지사에게 반납하지 아니하거나 반납할 수 없는 자에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2007.1.3 제8221호(선박안전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 10개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제7장의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제15조 생략
제16조(다른 법률의 개정) ①내지 ④생략
⑤어선법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항중 "선박안전법 제7조의 규정에 의한 선박검사기술협회(이하 "검사협회"라 한다)"를 "「선박안전법」제45조의 규정에 따른 선박안전기술공단(이하 "공단"이라 한다)"으로, "동법 제8조제2항"을 "동법 제60조제2항"으로 하고, 동조제3항 내지 제5항중 "검사협회"를 각각 "공단"으로 한다.
⑥내지 ⑧생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <666> 까지 생략
<667> 어선법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항 본문 및 제3항 전단, 같은 조 제4항 및 제5항, 제10조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제14조제1항 및 제2항, 제32조, 제33조, 제38조 각 호 외의 부분, 제39조제2항 전단, 제40조제1항, 제41조제1항 및 제3항부터 제5항까지, 제52조 중 "해양수산부장관"을 각각 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제8조제1항 본문·단서 및 제4항·제5항, 제13조제1항 전단 및 제4항, 제14조제1항, 제15조 단서, 제16조제1항 및 제2항, 제17조제1항, 제18조, 제19조제1항 각 호 외의 부분 및 제41조제4항 중 "해양수산부령"을 각각 "농림수산식품부령"으로 한다.
제39조제1항 본문 중 "해양수산부령"을 "농림수산식품부령"으로 하고, 같은 항 단서 중 "해양수산부장관"을 "농림수산식품부장관"으로 한다.
제40조제1항 중 "지방해양수산청장 또는 시장·군수·구청장"을 "시장·군수·구청장"으로 한다.
<668> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.28 제9007호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제13조의2와 제13조의3의 개정규정은 2008년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ① 선박법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조제6호 중 "제2조제1항 각 호"를 "제2조제1호 각 목"으로 한다.
② 소형선박저당법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 "제2조제1항 각 호"를 "제2조제1호 각 목"으로 한다.
③ 어선원및어선재해보상보험법 일부를 다음과 같이 개정한다
제2조제1항제1호 중 "제2조제1항제4호"를 "제2조제1호라목"으로 한다.