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제16조(관계행정청의 허가사항에 관한 제한)
관계행정청은 다음 각호의 경우에는 사전에 국방부장관 또는 관할부대장과 협의하여야 한다. 국가 또는 공공단체가 행하는 사업의 경우에도 또한 같다. [개정 1981.11.23, 1992.12.2, 2004.1.20]
1. 비행안전구역안에서 제8조제2항ㆍ제3항 및 제11조의 규정에 저촉될 우려가 있는 건축물ㆍ구조물의 설치나 변경ㆍ식물의 재배 또는 등화의 설치나 변경에 관한 허가 기타 처분을 하고자 할 때
2. 기지보호구역안에서의 무선통신시설의 설치 전파발사에 관한 허가 기타 처분을 하고자 할 때

부 칙[1970.8.7 제2225호]
이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.

부칙 [81·11·23]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법의 시행으로 인하여 제8조의 규정에 저촉되는 장애물의소유자등에 대하여 제9조제1항의 규정에 의한 제거를 명할 때에는 1년이상의유예기간을 두어야 한다.

부칙 [92·12·2]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (공군기지에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 공군기지는 이 법에 의한군용항공기지로 본다.
제3조 (기존 건축물등에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 작전기지의 비행안전구역에설치되어 있는 건축물·구조물 그밖의 비행장애물은 이 법에 적합하게 설치된 것으로 본다.
제4조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는종전의 규정에 의한다.
제5조 (다른 법률의 개정) ①한국가스공사법중 다음과 같이 개정한다. 제16조의3제17호중 "공군기지법"을 "군용항공기지법"으로 한다.
②집단에너지사업법중 다음과 같이 개정한다. 제49조제1항제16호중 "공군기지법"을 "군용항공기지법"으로 한다.
제6조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 공군기지법의규정을 인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [97·1·13]
이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [97·12·17]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[1999.2.5 제5794호(항공법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) ① 생략
②군용항공기지법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제11호, 제8조제1항 및 제13조제1호중 "항공보안시설"을 각각 "항행안전시설"로 한다.
③ 내지 ④생략

부칙 [2002.8.26.]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(기존 건축물 등에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 작전기지 및 예비기지의 비행안전구역안에 설치되어 있는 기존의 건축물·구조물 그 밖의 장애물은 이 법에 의하여 적합하게 설치된 것으로 본다.

부칙 [2004.1.20. 법률 제7083호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.