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제61조(학교 및 교육과정 운영의 특례)
①학교교육제도를 포함한 교육제도의 개선과 발전을 위하여 특히 필요하다고 인정되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 제21조제1항·제24조제1항·제26조제1항·제29조제1항·제31조·제39조·제42조 및 제46조의 규정을 한시적으로 적용하지 아니하는 학교 또는 교육과정을 운영할 수 있다.
②제1항의 규정에 의하여 운영되는 학교 또는 교육과정에 참여하는 교원 및 학생등은 이로 인하여 불이익을 받지 아니한다.

부칙 [1997.12.13 제5438호]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 (학교에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의한 유치원·초등학교·중학교·고등학교·고등기술학교·공민학교·고등공민학교 및 특수학교와 이에 준하는 각종학교는 각각 이 법에 의하여 설립된 것으로 본다.
제3조 (학교규칙에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 고등학교이하 각급학교의 학교규칙은 이 법에 의한 학교규칙으로 본다.
제4조 (졸업자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의하여 유치원·초등학교·중학교·고등학교·고등기술학교·공민학교·고등공민학교 및 특수학교와 이에 준하는 각종학교를 졸업한 자는 각각 이 법에 의한 유치원·초등학교·중학교·고등학교·고등기술학교·공민학교·고등공민학교 및 특수학교와 이에 준하는 각종학교를 졸업한 자로 본다.
제5조 (기술학교 졸업자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의한 기술학교를 졸업한 자의 자격에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제6조 (학력인정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법 제81조 각호의 학교중 고등학교이하 각급학교를 졸업한 자와 동등이상의 학력이 있다고 인정된 자는 각각 이 법에 의하여 그 학력이 있다고 인정된 자로 본다.
제7조 (학교운영위원회에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 지방교육자치에관한법률에 의하여 국·공·사립의 초등학교·중학교·고등학교 및 특수학교에 구성된 학교운영위원회는 각각 이 법에 의하여 구성된 것으로 본다.
제8조 (교원자격에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의한 교사자격증과 교장·교감·원장 및 원감자격증을 가지고 있는 자는 각각 이 법에 의한 해당 자격증을 가지고 있는 것으로 본다.
제9조 (기술학교 교장 또는 교감자격에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의한 기술학교 교장 또는 교감자격증을 가지고 있는 자는 이 법에 의한 고등기술학교 교장 또는 교감자격증을 가지고 있는 것으로 본다.
제10조 (교도교사자격에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 교도교사자격증을 가지고 있는 자는 이 법에 의한 전문상담교사자격증을 가지고 있는 것으로 본다.
제11조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 교육법에 의한다.
제12조 (조기입학자격 부여자에 관한 적용례) 제27조제2항의 규정은 이 법 시행당시 종전의 교육법에 의하여 상급학교로의 조기입학을 위한 자격을 부여받아 상급학교에 입학한 자에 대하여도 이를 적용한다.
제13조 (다른 법률의 개정) ①사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제54조제3항중 "교육법 제77조의 결격사유에 해당하거나 이 법에"를 "이 법에"로 한다.
제57조중 "교육법 제77조제1호 또는 제2호"를 "국가공무원법 제33조제1항 각호의 1"로 한다.
②학교급식법중 다음과 같이 개정한다.
제10조제2항중 "지방교육자치에관한법률 제44조의2의 규정"을 "초·중등교육법 제31조의 규정"으로 한다.
제14조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 교육법 또는 그 규정을 인용한 경우에는 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 교육법 또는 그 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [1999.8.31 제6007호]
이 법은 2000년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 [2000.1.28 제6209호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제30조의2 및 제30조의3의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
②(중등학교 정교사1급 자격에 관한 적용례) 별표 2의 중등학교 정교사(1級)자격에 관한 개정규정은 교육대학원 및 교육부장관이 지정하는 대학원 교육과의 2001연도 신입생부터 적용한다.
③(양호교사2급 자격에 관한 적용례) 별표 2의 양호교사(2級)자격에 관한 개정규정은 2002연도 대학 신입생부터 적용한다.

부칙 [2001.1.29 제6400호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <27>생략
<28>초·중등교육법중 다음과 같이 개정한다.
제6조, 제7조, 제8조제1항, 제9조제1항 제2항, 제21조제1항 내지 제3항, 제23조제2항, 제25조, 제29조제1항 및 제62조중 "교육부장관"을 각각 "교육인적자원부장관"으로 한다.
제10조제2항, 제11조, 제30조의2제5항, 제30조의3제6항 및 제60조제3항중 "교육부령"을 각각 "교육인적자원부령"으로 한다.
<29>내지 <79>생략
제4조 생략

부칙 [2001.4.7 제6462호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②삭제 [2002.8.26]

부칙 [2002.8.26 제6714호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (양호교사 자격에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 양호교사 자격증을 가지고 있는 자는 이 법에 의한 보건교사 자격증을 가지고 있는 것으로 본다.
제3조 (학교운영위원회 위원의 결격사유에 관한 적용례) 제31조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 선출되는 학교운영위원회 위원부터 적용한다.
제4조 (특수학교 정교사 2급 자격에 관한 적용례) 별표 2의 특수학교 정교사(2급)자격에 관한 개정규정(교육대학원 및 교육인적자원부장관이 지정하는 대학원에서 특수교육을 전공하고 석사학위를 받은 자에 관한 사항에 한한다)은 교육대학원 및 교육인적자원부장관이 지정하는 대학원의 2003학년도 입학자부터 적용한다.
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 초·중등교육법의 양호교사를 인용한 경우에는 보건교사를 인용하는 것으로 본다.

부칙 [2003.7.25 제6934호]
이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. [개정 2004.1.20]

부칙 [2004.1.20 제7068호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행 당시 전문상담교사 자격증을 가지고 있는 자는 제21조제2항 및 별표 2의 개정규정에 의하여 전문상담교사(1급) 자격증을 가지고 있는 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 사서교사 자격증을 가지고 있는 자는 제21조제2항 및 별표 2의 개정규정에 의하여 사서교사(2급) 자격증을 가지고 있는 것으로 본다.
제3조 (자격기준에 관한 특례) 별표 2의 영양교사(2급)란 제2호의 개정규정을 적용함에 있어서 학교급식법 제5조의 규정에 따라 설치된 학교급식시설에서 3년 이상 학교급식을 전담한 교직원(교육청이나 직속기관의 식품위생직을 포함한다)중 학사학위소지자에 대하여는 1년 이상의, 전문학사학위소지자에 대하여는 2년 이상의 영양교육과정을 이수한 경우 교사자격기준을 충족한 것으로 본다.

부칙 [2004.1.29 제7120호(유아교육법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ①초·중등교육법중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "유아교육 및 초·중등교육"을 "초·중등교육"으로 한다.
제2조 각호외의 부분중 "유아교육 및 초·중등교육"을 "초·중등교육"으로 하고, 동조제1호를 삭제한다.
제5조중 "유치원·초등학교"를 "초등학교"로 한다.
제19조제1항제1호를 삭제한다.
제20조제1항중 "교장 또는 원장"을 "교장"으로, "교무 또는 원무"를 "교무"로, "학생 또는 원아를"을 "학생을"로 한다.
제20조제2항중 "교감 또는 원감"을 각각 "교감"으로, "교장 또는 원장"을 각각 "교장"으로, "교무 또는 원무"를 "교무"로, "학생 또는 원아를"을 "학생을"로, "학교 또는 유치원"을 "학교"로 한다.
제20조제3항중 "학생 또는 원아를"을 "학생을"로 하고, 동조제4항중 "교장 또는 원장"을 "교장"으로 한다.
제21조제1항중 "교장·원장·교감 및 원감"을 "교장 및 교감"으로 한다.
제22조제1항중 "학생 또는 원아"를 "학생"으로 한다.
제4장제3절(제35조 내지 제37조)을 삭제한다.
제55조 및 제59조중 "유치원·초등학교"를 각각 "초등학교"로 한다.
제60조제1항 및 제2항중 "제2조제1호"를 각각 "제2조제2호"로 한다.
별표 1의 제목 "교장·교감·원장·원감자격기준(第21條第1項관련)"을 "교장·교감자격기준(제21조제1항관련)"으로 하고, 동표의 자격란중 "교장(園長)"을 "교장"으로 하며, 동표의 교장의 유치원란을 삭제한다.
별표 1의 자격란중 "교감(園監)"을 "교감"으로 하고, 동표의 교감의 유치원란을 삭제하며, 동표의 비고란 제2호를 다음과 같이 한다.
2. 교장·교감·교육장·장학관·장학사·교육연구관·교육연구사 및 유아교육법의 규정에 의한 원장·원감의 경력연수는 교육경력연수로 볼 수 있다.
별표 2의 정교사(1급)의 유치원란을 삭제하고, 동표의 정교사(2급)의 유치원란을 삭제하며, 동표의 준교사의 유치원란을 삭제하고, 동표의 사서교사·실기교사·보건교사(1급)·보건교사(2급)·영양교사(1급)·영양교사(2급)란의 학교별란의 "유치원"을 삭제하며, 동표의 비고란 제2호를 다음과 같이 한다.
2. 교장·교감·교육장·장학관·장학사·교육연구관·교육연구사 및 유아교육법의 규정에 의한 원장·원감의 경력연수는 교육경력연수로 볼 수 있다.
②내지 ⑪생략
제9조 생략

부칙 [2005.3.24 제7398호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제30조의2·제30조의3 및 제32조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제30조의5제2항의 개정규정 중 "「학교보건법」 제7조의3제2항의 규정에 의한 건강검사기록"부분과 제30조의6제1항 각호외의 부분의 개정규정 중 "「학교보건법」 제7조의3의 규정에 의한 건강검사에 관한 자료"부분은 2006년 1월 1일부터 시행하며, 제60조의3의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (수업료 그 밖의 납부금의 징수 등에 관한 경과조치) 수업료 그 밖의 납부금의 징수 등에 관하여는 제10조의 개정규정에 의한 시·도의 조례가 제정되기 전까지는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (학교시설 등의 이용에 관한 경과조치) 학교시설 등의 이용에 관하여는 제11조의 개정규정에 의한 시·도의 교육규칙이 제정되기 전까지는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (공립학교의 학교회계의 설치·운영에 관한 경과조치) 공립학교의 학교회계의 설치·운영에 관하여는 제30조의2제5항 및 제30조의3제6항의 개정규정에 의한 시·도의 교육규칙이 제정되기 전까지는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (근로청소년을 위한 특별학급 등의 설립기준 등에 관한 경과조치) 제52조제1항 및 제2항의 규정에 의한 특별학급 및 산업체부설 중·고등학교에 대한 설립기준, 입학방법, 산업체의 경영자·국가 또는 지방자치단체의 교육비부담에 관한 사항은 제52조제4항 내지 제6항의 개정규정에 의한 시·도의 조례가 제정되기 전까지는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2005.12.7 제7701호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.12.29 제7802호(사립학교법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) 초·중등교육법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제2항 단서중 "제1호·제2호"를 "제1호"로 한다.

부칙 [2007.1.3 제8165호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.8.3 제8577호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제13조제1항부터 제3항까지의 개정규정은 2008년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 [2007.12.14 제8675호]
이 법은 2008년 3월 1일부터 시행한다.

부 칙[2007.12.14 제8676호(평생교육법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제4조까지 생략
제5조 (고등기술학교 전공과를 평생교육시설로 전환하는데 따른 적용례 및 경과조치) ① 제31조제4항은 이 법 시행 당시 「초ㆍ중등교육법」 제54조제4항에 따라 전공과를 설치ㆍ운영하는 고등기술학교에 한하여 적용한다.
② 생략
제6조부터 제14조까지 생략
제15조 (다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 초ㆍ중등교육법 일부를 다음과 같이 한다.
별표 2 교사자격기준의 실기교사란 제1호 중 "졸업한 자"를 "졸업한 자 또는 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전문대학학력인정 평생교육시설의 교사자격 관련과를 졸업한 자"로 한다.
④ 생략
제16조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <98> 까지 생략
<99> 초·중등교육법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조, 제7조, 제8조제1항, 제9조제1항·제2항, 제21조제1항부터 제3항까지, 제23조제2항, 제29조제1항 및 제62조 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제10조제2항 전단, 제25조제1항 각 호 외의 부분·같은 항 제7호, 제30조의2제5항, 제30조의3제6항 중 "교육인적자원부령"을 각각 "교육과학기술부령"으로 한다.
제30조의4제1항·제2항 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 하고, 같은 조 제3항 중 "교육인적자원부령"을 "교육과학기술부령"으로 한다.
제30조의5제1항, 제30조의7 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제60조제3항 중 "교육인적자원부령"을 "교육과학기술부령"으로 한다.
별표 1의 중등학교 및 초등학교 교장란 제2호 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 하고, 특수학교 교장란 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
별표 2의 중등학교 정교사(1級)란 제2호 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로, 초등학교 정교사(1級)란 제3호 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로, 특수학교 정교사(1級)란 제2호 및 제4호 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
별표 2의 중등학교 정교사(2級)란 제2호 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로, 초등학교 정교사(2級)란 제3호 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로, 특수학교 정교사(2級)란 제2호의2, 제4호 및 제6호 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
별표 2의 전문상담교사(1급)란 제1호 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로, 전문상담교사(2급)란 제2호 및 제3호 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
별표 2의 사서교사(1급)란 제2호 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로, 사서교사(2급)란 제3호 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로, 영양교사(2급)란 제2호 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
<100> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.21 제8917호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.