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제42조(벌칙)
다음 각호의 1에 해당하는 자는 50만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 제23조 또는 제24조의 규정에 위반하여 중앙관서의 장의 승인을 얻지 아니하고 보조사업의 내용을 변경하거나 보조사업을 인계·중단 또는 폐지한 자
2. 제26조제2항의 규정에 의한 정지명령에 위반한 자
3. 제27조 또는 제36조제1항의 규정에 위반하여 허위의 보고를 한 자

부 칙[1963.11.1 제1431호]
①(시행일) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법의 시행전에 이미 교부된 보조금등과 간접보조금등에 관하여는 이 법을 적용하지 아니한다.

부 칙[1986.12.31 제3874호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 이 법 시행전에 편성ㆍ확정된 예산에 대하여는 제19조제2항 및 제21조제3항의 개정규정은 이를 적용하지 아니한다.
제3조 (서울특별시장의 보조사업에 대한 임시특례) 보조사업을 수행하고자 하는 자가 서울특별시장인 경우에 제7조제1항의 개정규정에 의하여 중앙관서의 장이 행하는 내무부장관과의 협의는 서울특별시의회가 구성될 때까지 중앙관서의 장이 국무총리에 보고하는 것으로 갈음하고, 제7조제2항의 개정규정에 의한 내무부장관의 경제기획원장관 및 관계중앙관서의 장에 대한 의견서 제출과 제12조제2항 및 제19조제2항의 개정규정에 의한 중앙관서의 장의 내무부장관에 대한 통보는 서울특별시의회가 구성될 때까지 이를 하지 아니하는 것으로 한다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제39조제1항중 "보조금관리법"을 "보조금의예산 및관리에관한법률"로 한다.
②지방문화사업조성법중 다음과 같이 개정한다.
제5조중 "보조금관리법 제3장 및 제4장"을 "보조금의예산 및관리에관한법률 제4장 및 제5장"으로 한다.
제5조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법률에서 종전의 보조금관리법의 규정을 인용 또는 준용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 내용의 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용 또는 준용한 것으로 본다.

부 칙[1990·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (문교부의 각칭변경에 따른 다른 법률의 개정) ① 내지 <44>생략
<45>보조금의 예산 및 관리에 관한 법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항중 "문교부장관"을 "교육부장관"으로 한다.
<46> 내지 <50>생략
제5조 내지 제10조 생략

부칙 [97·12·13]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부 칙[1999·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ③생략
④보조금의예산 및관리에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항·제3항, 제7조제2항, 제8조제2항, 제10조제1항, 제11조제1항·제2항, 제12조제2항, 제14조, 제19조제2항 및 제21조제3항 각호외의 부분중 "재정경제원장관"을 각각 "기획예산처장관"으로 한다.
제15조제1항중 "재정경제원"을 "기획예산처"로 한다.
제3조제2항, 제7조제1항·제2항·제12조제2항 및 제19조제2항중 "내무부장관"을 각각 "행정자치부장관"으로 한다.
⑤ 내지 <78>생략
제4조 내지 제5조생략
제6조 (조직폐지 및 신설에 따른 다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 기획예산위원회 또는 예산청을 인용한 경우에는 기획예산처를, 기획예산위원회위원장 또는 예산청장을 인용한 경우에는 기획예산처장관을, 기획예산위원회 또는 예산청소속공무원을 인용한 경우에는 기획예산처소속공무원을, 공보실 또는 해외홍보와 관련하여 문화관광부를 인용한 경우에는 국정홍보처를, 공보실장 또는 문화관광부장관을 인용한 경우에는 국정홍보처장을, 공보실 또는 문화관광부소속공무원을 인용한 경우에는 국정홍보처소속공무원을, 문화재와 관련하여 문화관광부 또는 문화재관리국을 인용한 경우에는 문화재청을, 문화관광부장관 또는 문화재관리국장을 인용한 경우에는 문화재청장을, 문화관광부 또는 문화재관리국소속 공무원을 인용한 경우에는 문화재청소속 공무원을 각각 인용한 것으로 본다.

부 칙[2001.1.29 제6400호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②보조금의예산 및관리에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항중 "교육부장관"을 "교육인적자원부장관"으로 한다.
③ 내지 <79>생략
제4조 생략