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제40조(벌칙)
허위의 신청이나 기타 부정한 방법으로 보조금의 교부를 받은 자와 간접보조금의 교부를 받은 자 또는 그 사실을 알면서 보조금이나 간접보조금을 교부한 자는 5년 이하의 징역 또는 500만원 이하의 벌금에 처한다.

부 칙[1963.11.1 제1431호]
①(시행일) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법의 시행전에 이미 교부된 보조금등과 간접보조금등에 관하여는 이 법을 적용하지 아니한다.

부 칙[1986.12.31 제3874호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 이 법 시행전에 편성ㆍ확정된 예산에 대하여는 제19조제2항 및 제21조제3항의 개정규정은 이를 적용하지 아니한다.
제3조 (서울특별시장의 보조사업에 대한 임시특례) 보조사업을 수행하고자 하는 자가 서울특별시장인 경우에 제7조제1항의 개정규정에 의하여 중앙관서의 장이 행하는 내무부장관과의 협의는 서울특별시의회가 구성될 때까지 중앙관서의 장이 국무총리에 보고하는 것으로 갈음하고, 제7조제2항의 개정규정에 의한 내무부장관의 경제기획원장관 및 관계중앙관서의 장에 대한 의견서 제출과 제12조제2항 및 제19조제2항의 개정규정에 의한 중앙관서의 장의 내무부장관에 대한 통보는 서울특별시의회가 구성될 때까지 이를 하지 아니하는 것으로 한다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제39조제1항중 "보조금관리법"을 "보조금의예산 및관리에관한법률"로 한다.
②지방문화사업조성법중 다음과 같이 개정한다.
제5조중 "보조금관리법 제3장 및 제4장"을 "보조금의예산 및관리에관한법률 제4장 및 제5장"으로 한다.
제5조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법률에서 종전의 보조금관리법의 규정을 인용 또는 준용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 내용의 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용 또는 준용한 것으로 본다.

부 칙[1990·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (문교부의 각칭변경에 따른 다른 법률의 개정) ① 내지 <44>생략
<45>보조금의 예산 및 관리에 관한 법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항중 "문교부장관"을 "교육부장관"으로 한다.
<46> 내지 <50>생략
제5조 내지 제10조 생략

부칙 [97·12·13]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부 칙[1999·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ③생략
④보조금의예산 및관리에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항·제3항, 제7조제2항, 제8조제2항, 제10조제1항, 제11조제1항·제2항, 제12조제2항, 제14조, 제19조제2항 및 제21조제3항 각호외의 부분중 "재정경제원장관"을 각각 "기획예산처장관"으로 한다.
제15조제1항중 "재정경제원"을 "기획예산처"로 한다.
제3조제2항, 제7조제1항·제2항·제12조제2항 및 제19조제2항중 "내무부장관"을 각각 "행정자치부장관"으로 한다.
⑤ 내지 <78>생략
제4조 내지 제5조생략
제6조 (조직폐지 및 신설에 따른 다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 기획예산위원회 또는 예산청을 인용한 경우에는 기획예산처를, 기획예산위원회위원장 또는 예산청장을 인용한 경우에는 기획예산처장관을, 기획예산위원회 또는 예산청소속공무원을 인용한 경우에는 기획예산처소속공무원을, 공보실 또는 해외홍보와 관련하여 문화관광부를 인용한 경우에는 국정홍보처를, 공보실장 또는 문화관광부장관을 인용한 경우에는 국정홍보처장을, 공보실 또는 문화관광부소속공무원을 인용한 경우에는 국정홍보처소속공무원을, 문화재와 관련하여 문화관광부 또는 문화재관리국을 인용한 경우에는 문화재청을, 문화관광부장관 또는 문화재관리국장을 인용한 경우에는 문화재청장을, 문화관광부 또는 문화재관리국소속 공무원을 인용한 경우에는 문화재청소속 공무원을 각각 인용한 것으로 본다.

부 칙[2001.1.29 제6400호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②보조금의예산 및관리에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항중 "교육부장관"을 "교육인적자원부장관"으로 한다.
③ 내지 <79>생략
제4조 생략

부칙 [2006.10.4 제8050호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 규정은 법률에 따라 정부회계에 관한 기준이 마련되어 시행되는 회계연도부터, 부칙 제11조제14항, 동조제17항(「국유재산법」 제48조제4항 관련 규정에 한한다) 및 동조제29항(「물품관리법」 제21조 관련 규정에 한한다)의 규정은 각각 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 <31> 생략
<32>보조금의예산및관리에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제7호 중 “예산회계법 제14조제1항 및 제2항”을 “「국가재정법」 제6조”로 한다.
제4조제4항 후단 중 “4월 30일”을 “5월 31일”로 한다.
제39조 중 “예산회계법 제15조 및 제117조”를 “「국가재정법」 제11조 및 제99조”로 한다.
<33> 내지 <59> 생략
제12조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <697> 까지 생략
<698> 보조금의예산및관리에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제3조제2항, 제7조제1항·제2항, 제12조제2항 및 제19조제2항 중 "행정자치부장관"을 각각 "행정안전부장관"으로 한다.
제6조제1항 전단·제3항, 제7조제2항, 제8조제2항, 제10조제1항 전단, 제11조제1항·제2항, 제12조제2항, 제14조 단서, 제15조제1항, 제19조제2항 및 제21조제3항 중 "기획예산처장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
<699> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략