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제20조(생태계보전지역등에서의 행위제한)
①누구든지 생태계보전지역안에서는 다음 각호의 1에 해당하는 생태계 훼손행위를 하여서는 아니된다. 다만, 자연공원법에 의하여 지정된 공원구역 또는 문화재보호법에 의한 문화재(보호구역을 포함한다)에 대하여는 자연공원법 또는 문화재보호법이 정하는 바에 의한다.
1. 생태계보전지역안에서 특별히 보호할 필요가 있어 환경부장관이 지정한 야생동· 식물(생태계특별보호구역안에서는 모든 야생동·식물)을 포획·채취·이식· 훼손하거나 고사시키는 행위 또는 포획하거나 고사시키기 위하여 화약류·덫·올무· 그물·함정을 설치하거나 유독물·농약 등을 살포·주입하는 행위
2. 건축물 기타 공작물의 신축·증축(기존 건축연면적의 2배이상 증축하는 경우에 한한다) 및 토지의 형질변경
3. 하천·호소 등의 구조를 변경하거나 수위 또는 수량에 증감을 가져오는 행위
4. 토석의 채취
5. 기타 자연환경보전에 유해하다고 인정되는 행위로서 대통령령이 정하는 행위
②다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. [개정 2001.4.7.]
1. 군사목적상 필요한 경우, 천재·지변 또는 이에 준하는 대통령령이 정하는 재해가 발생하여 긴급한 조치가 필요한 경우
2. 제1항제1호외의 행위로서 생태계보전지역안에 거주하는 주민의 생활양식의 유지 또는 향상을 위하여 필요하거나 기존에 실시하던 영농행위를 지속하기 위하여 필요한 행위등 대통령령이 정하는 행위를 하는 경우
3. 환경부장관이 당해 지역의 보전에 지장이 없다고 인정하여 허가하거나 생태계의 관리를 위하여 필요하다고 고시하는 경우
4. 다른 법령에 의하여 관계행정기관의 장이 직접 실시하거나 관계행정기관의 장의 인·허가등을 얻은 경우. 이 경우 관계행정기관의 장은 미리 환경부장관과 협의하여야한다.
5. 농어촌정비법 제2조의 규정에 의한 농업생산기반정비사업으로서 제19조의 규정에 의한 생태계보전지역관리기본계획에 포함된 사항을 시행하는 경우
6. 환경부장관이 생태계보전지역을 보호·관리하기 위하여 필요한 시설을 설치하는 경우
③누구든지 생태계보전지역안에서 다음 각호의 1에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다. 다만, 군사목적상 필요한 경우, 천재·지변 또는 이에 준하는 대통령령이 정하는 재해가 발생하여 긴급한 조치가 필요한 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수질환경보전법 제2조의 규정에 의한 특정수질유해물질, 폐기물관리법 제2조의 규정에 의한 폐기물 또는 유해화학물질관리법 제2조의 규정에 의한 유독물을 버리는 행위
2. 환경부령이 정하는 인화물질을 소지하거나 환경부장관이 지정하는 장소외에서 취사 또는 야영하는 행위
3. 자연환경보전에 관한 안내판 기타 표지물을 오손 또는 훼손하거나 함부로 이전하는행위
4. 기타 생태계보전지역의 보전을 위하여 금지하여야 할 행위로서 대통령령이 정하는 행위
④환경부장관은 멸종위기야생동·식물 또는 보호야생동·식물의 보호를 위하여 불가피한 경우 또는 취약한 생태계의 보전을 위하여 특히 필요한 경우에는 대통령령이정하는 개발사업을 제한하거나 제2항제2호의 규정에 불구하고 영농행위를 제한할 수 있다.

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제49조 내지 제52조 및 부칙 제10조제2항의 규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다. [개정 99·2·8 법5876]
제2조 (특정야생동·식물의 포획등의 허가에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 특정야생동·식물의 포획·채취·이식·가공·수출·유통 또는 보관에 관한 허가를 받은 경우에는 제11조제1항 단서의 개정규정에 의한 멸종위기야생동· 식물 또는 보호야생동·식물의 포획·채취·이식·가공·수출·유통 또는 보관에 관한허가를 받은 것으로 본다.
제3조 (멸종위기에 처한 야생동·식물에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 멸종위기에 처한 야생동·식물의 수출·재수출·수입·반입, 수입· 반입목적외 사용, 점유·소유 또는 진열의 승인을 얻은 경우에는 제14조제1항 내지 제3항의 개정규정에 의한 국제적멸종위기종의 수출·재수출·수입·반입, 수입· 반입목적외 사용, 점유·소유 또는 진열의 승인을 얻은 것으로 본다.
제4조 (자연생태계보전지역에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지정·고시된 다음 각호의 자연생태계보전지역은 각각 다음과 같이 지정·고시된 것으로 본다.
1. 대덕산·금대봉자연생태계보호지역 : 강원도 생태계보전지역
2. 광양백운산자연생태계보호지역 : 전라남도 생태계보전지역
3. 조종천상류 명지산·청계산자연생태보호지역 : 경기도 생태계보전지역
4. 거제고란초 특정야생동·식물보호지역 : 경상남도 생태계보전지역 및 야생동· 식물특별보호구역
제5조 (자연환경에 관한 기초조사등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 실시한 자연환경에 관한 기초조사·보완조사 및 정밀조사는 제32조 및 제33조의 개정규정에 의한 자연환경조사·보완조사 및 정밀조사로 본다.
제6조 (자연생태계위해동·식물의 수입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 자연생태계위해동·식물의 수입·반입 또는 목적외 사용 승인을 얻은 경우에는 제39조제1항 및 제2항의 개정규정에 의한 생태계위해동·식물의 수입·반입 또는 목적외 사용 승인을 얻은 것으로 본다.
제7조 (협회에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립된 한국자연보존협회는 제56조의 개정규정에 의한 한국자연보전협회로 본다.
제8조 (계속중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행한 처분 기타 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위는 이 법에 의한 처분 기타 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제9조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행한 위반행위에 대한 벌칙의 적용은 종전의 규정에 의한다.
제10조 (다른 법률의 개정) ①환경정책기본법중 다음과 같이 개정한다. 제25조를 삭제한다.
②환경개선특별회계법중 다음과 같이 개정한다. 제3조에 제6호를 다음과 같이 신설한다.
6. 자연환경보전법 제49조의 규정에 의한 생태계보전협력금 제4조제1항 단서중 "제3조제11호의 환경개선부담금"을 "제3조제6호의 생태계보전협력금 및 그 가산금으로 조성된 재원을 제3호의2의 용도에, 동조제11호의 환경개선부담금"으로 하고, 동조에 제3호의2를 다음과 같이 신설한다.
3의2. 자연환경보전법 제52조의 규정에 의한 용도
제11조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 자연환경보전법의 규정을인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [99·2·8 법5876]
① (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② (벌칙 등의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [99·2·8 법5914]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [99·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [2001.4.7.]
① (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제49조·제50조제1항 및 제52조의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
② (생태계보전협력금의 부과·징수에 관한 적용례) 제49조의 개정규정은 이 법 공포후 6월이 경과한 날 이후 최초로 인가·허가·승인 등을 신청하는 사업부터 적용한다.
③ (생태계보전지역에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 지정된 생태계보전지역은 제2조제12호의 규정에 의하여 지정·고시된 것으로 본다.

부칙(공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률) <제6656호,2002.2.4>
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <46>생략
<47>자연환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제5호중 "토지수용법 제3조"를 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제4조"로 한다.
제25조제2항중 "공공용지의취득및손실보상에관한특례법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로 한다.
제53조제2항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로 한다.
제53조제3항중 "토지수용법"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률"로 하고, "토지수용법 제14조 및 제16조"를 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제20조제1항 및 제22조"로 하며, "동법 제17조 및 동법 제25조제2항"을 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제23조제1항 및 동법 제28조제1항"으로 한다.
<48>내지 <85>생략
제12조 생략

부칙 [2002.12.26.]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2002.12.30. (환경정책기본법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ① 및 ② 생략
③자연환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항중 "의견을 듣고 환경정책기본법 제36조의 규정에 의한 환경보전위원회(이하 "환경보전위원회"라 한다) 및 국무회의의"를 "의견을 듣고 국무회의의"로 한다.
④ 내지 ⑥ 생략

부칙 [2004.2.9 법률 제7167호(야생동식물보호법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제28조 생략
제29조 (다른 법률의 개정) ①자연환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제5호 내지 제8호를 각각 삭제한다.
제2조제12호중 “멸종위기야생동·식물 또는 보호야생동·식물의 서식지·도래지로서 중요하거나 생물다양성”을 “생물다양성”으로 한다.
제2조제18호를 삭제한다.
제9조 내지 제15조를 각각 삭제한다.
제16조제1항중 “환경부장관은 멸종위기야생동·식물 또는 보호야생동·식물의 보호를 위하여 필요한 지역”을 “환경부장관은”으로 한다.
제17조를 삭제한다.
제18조제1항제3호 및 동조제2항제1호를 각각 삭제한다.
제39조 내지 제41조를 각각 삭제한다.
제52조제2호 및 제10호를 각각 다음과 같이 개정한다.
2. 야생동·식물보호법 제7조의 규정에 의한 서식지외보전기관의 지원
10. 야생동·식물보호법 제58조제3호의 규정에 의한 생태계교란야생동·식물의 퇴치기술 개발 및 천적의 연구
제60조제1항중 “제8조, 제10조”를 “제8조”로 하고, “제36조, 제39조, 제40조”를 “제36조 하며, 동조제2항중 “제10조제3항, 제21조제1항·제2항”을 “제1조제1항·제2항”으로 한다.
제62조 및 제63조를 각각 삭제한다.
제64조제1호 내지 제3호를 각각 삭제한다.
제65조 및 제66조를 각각 삭제한다.
제67조중 “제62조 내지 제65조”를 “제64조”로 한다.
제68조제2항제1호를 삭제한다.
② 이하 생략