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제49조(종말처리시설 기본계획)
①환경부장관은 제48조제1항의 규정에 의하여 종말처리시설을 설치(변경을 포함한다)하고자 하는 때에는 기본계획을 수립하여야 한다.
②시행자(환경부장관을 제외한다. 이하 제49조의2제2항 및 제4항에서 같다)가 제48조제1항의 규정에 따라 종말처리시설을 설치(변경을 포함한다)하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 종말처리시설 기본계획을 수립하여 환경부장관의 승인을 얻어야 한다. 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다. [개정 2007.1.3] [[시행일 2007.7.4]]
③환경부장관은 제1항 및 제2항의 규정에 따라 종말처리시설 기본계획을 수립하거나 승인(변경승인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 때에는 그 종말처리시설에서 폐수를 처리할 수 있는 지역(이하 "공동처리구역"이라 한다)을 지정하고 공동처리구역지정을 포함한 종말처리시설의 기본계획의 수립 또는 승인내용을 고시하여야 하며, 그 사업예정지역을 관할하는 시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 종말처리시설 기본계획서의 사본을 송부하여야 한다. [개정 2007.1.3] [[시행일 2007.7.4]]
④제3항의 규정에 따라 종말처리시설 기본계획서의 사본을 송부받은 시장·군수·구청장은 지체 없이 이를 이해관계인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. [개정 2007.1.3] [[시행일 2007.7.4]]

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (수질오염공정시험방법에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제22조의3의 규정에 의하여 공고된 환경오염공정시험법은 제7조의 규정에 의하여 고시된 수질오염공정시험방법으로 본다.
제3조 (배출허용기준에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제14조 또는 제15조의3제2항의 규정에 의한 배출허용기준은 제8조 또는 제13조제3항의 규정에의한 배출허용기준으로 본다.
제4조 (배출시설 및 방지시설에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제15조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 배출시설의 설치 또는 변경에 대한 허가를 받은 자는 제10조제1항 또는 제2항의 규정에 의한 허가를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제15조의2제1항 본문 또는 제15조의3제1항의 규정에 의하여 설치된 방지시설 또는 공동방지시설은 제11조제1항 본문, 제13조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 설치된 것으로 보며, 종전의 환경보전법 제15조의2제1항 단서의 규정에 의하여 방지시설의 설치를 하지 아니한 것은 제11조제1항 단서의 규정에 의하여 설치를 하지 아니한 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제16조의 규정에 의하여 배출시설과 방지시설의 사용개시신고를 하거나 적합판정을 받은 자는 제14조의 규정에 의한 설치완료신고 또는 적합판정을 받은 것으로 본다.
④이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제17조 내지 제19조·제20조 또는 제21조의 규정에 의하여 배출시설 또는 방지시설에 대한 개선명령·조업정지명령·이전명령· 허가취소 또는 폐쇄명령등을 받은 자는 제16조 내지 제18조·제20조 또는 제21조의 규정에 의한 개선명령·조업정지명령·이전명령·허가취 소 또는 폐쇄명령등을 받은 것으로 본다.
제5조 (배출시설관리인에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제23조 또는 제23조의2의 규정에 의하여 행한 배출시설관리인의 임명신고 및 변경명령은 제23조제1항 또는 제24조의 규정에 의한 임명신고 및 변경명령으로 본다.
제6조 (배출부과금에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제19조의2의 규정에 의하여 행한 배출부과금의 납부명령·납입 및 체납처분은 제19조의 규정에 의하여 행한 납부명령·납입 및 체납처분으로 본다.
제7조 (자가측정등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제22조의 규정에 의하여 행한 측정은 제22조의 규정에 의하여 행한 측정으로, 종전의 환경보전법 제22조의2의 규정에 의하여 행한 측정대행자의 지정은 제44조의 규정에 의하여 행한 측정대행자의 지정으로 본다.
제8조 (폐수종말처리시설에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제43조제1항의 규정에 의하여 환경오염방지사업의 일환으로 설치되었거나 설치중인 종합폐수처리시설은 제25조제1항 본문의 규정에 의하여 설치된 폐수종말처리시설로 본다. 다만, 그 설치·운영에 필요한 비용의 부담에 관하여는 종전의 환경보전법 제43조 내지 제46조의 규정에 의한다.
②제1항의 경우에 환경처장관은 이 법 시행일부터 3월이내에 제26조제2항의 규정에 의하여 공동처리구역을 지정하고 이를 고시하여야 한다.
③제25조제1항 본문의 규정에 의하여 설치되는 폐수종말처리시설의 설치·운영에 필요한 비용의 부담에 관하여는 종전의 환경보전법 제43조 내지 제46조의 규정에 의한다.
제9조 (방지시설업에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제47조 또는 제49조의 규정에 의하여 방지시설업의 등록 또는 변경등록을 한 자 또는 등록이 취소된 자는 제39조 또는 제41조의 규정에 의한 방지시설업의 등록 또는 변경등록을 하거나 또는 등록이 취소된 것으로 본다.
제10조 (폐수처리업에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 폐수처리자의 지정을 받은 자는제43조제1항의 규정에 의한 폐수처리업 허가를 받은 것으로 본다. 다만, 이 법 시행일부터 6월이내에 제43조제1항의 규정에 의한 자본금, 기술능력, 시설 및 장비를 갖추어야 한다.
제11조 (농약잔류허용기준에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제42조의2의 규정에 의한 농약잔류허용기준은 제47조 규정에 의한 농약잔류허용기준으로 본다.
제12조 (배출시설관리인등의 교육에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제61조의2의 규정에 의하여 행한 배출시설관리인등 기술요원에 대한 교육훈련은 제48조의 규정에 의하여 행한 교육으로 본다.
제13조 (청문에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제62조의4의 규정에 의하여 행한 청문은 제53조의 규정에 의하여 행한 청문으로 본다. 다만, 이 법 시행당시 청문절차가 진행중에 있는 사건에 대하여는 그 종료시까지 종전의 규정에의하여 청문을 행한다.
제14조 (종전의 환경보전법에 의한 고시·처분 및 계속중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 환경보전법에 의하여 행한 고시·조건부허가·행정처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제15조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행한 종전의 환경보전법의 위반행위에 대한 벌칙의 적용은 종전의 규정에 의한다.
제16조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 환경보전법의 규정을 인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [91·5·31]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [92·12·8]
① (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
② (배출시설관리인의 명칭변경에 따른 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 배출시설관리인은 이 법에 의한 환경관리인으로 본다.

부칙 [93·12·27]
① (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
② (측정대행자의 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지정 또는 변경지정된 측정대행자는 제44조의 개정규정에 의하여 등록 또는 변경등록된 측정대행업자로 본다.
③ (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [94·1·5]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [94·8·3]
① (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②내지 ④생략

부칙 [95·8·4]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [95·12·29]
① (시행일) 이 법은 1996년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제19조제1항 내지 제3항의 개정규정은 배출시설중 대통령령이 정하는 규모에 해당하는 배출시설에 대하여는 1997년 1월 1일부터, 그외의 배출시설에 대하여는 2000년 1월 1일부터 시행한다.
② (신고한 배출시설에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제10조제1항의 규정에 의하여 신고한 배출시설중 제30조의2의 개정규정에 의한 특정시설에 해당하는 시설은 동조의 개정규정에 의하여 신고한 특정시설로 본다.
③ (벌칙에 대한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [97·8·28 법5389]
① (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
② (폐수처리업자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 폐수처리업의 허가를 받은 자는 제43조제1항의 개정규정에 의한 폐수처리업의 등록을 한 자로 본다.
③ (벌칙에 대한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
④ (다른 법률의 개정) 기업활동규제완화에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다. 제54조의2·제54조의3·제54조의5 및 제55조의5제5호중 "제14조제4항·제15조제3항· 제18조"를 각각 삭제한다.

부칙 [97·8·28 법5390]
① (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②및 ③생략

부칙 [97·12·13 법5453]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 (초지법 등의 개정에 따른 경과조치) ①생략
②이 법 시행일부터 1998년 2월 28일까지는 수질환경보전법 제53조제1호의 개정규정중 "허가의"를 "승인·허가의"로, 동조제3호의 개정규정중 "등록"을 "허가"로 본다.
③내지 ⑧생략

부칙 [97·12·13 법5454]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부칙 [99·2·8 법5870]
① (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
② (벌칙등의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [99·2·8 법5893]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·2·8 법5914]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [2000·1·21]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 9월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 폐지) 호소수질관리법은 이를 폐지한다.
제3조 (특정시설에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 특정시설의 설치신고를 한 자는 제30조의2제1항의 개정규정에 의한 기타수질오염원의 설치신고를 한 자로 본다.
제4조 (낚시금지구역 및 낚시제한구역에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 호소수질관리법에 의하여 지정된 낚시금지구역 및 낚시제한구역은 이 법에 의하여 지정된 낚시금지구역 및 낚시제한구역으로 본다.
제5조 (벌칙 등의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 위반행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 각각 종전의 규정에 의한다.
제6조 (종전의 호소수질관리법에 의한 고시·처분 및 계속중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 호소수질관리법에 의하여 행한 고시·행정처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제7조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 호소수질관리법을 인용하고 있는 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2000·2·3]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [2001.3.28 제6541호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙[2002.1.26 제6627호]
제1조(시행일) 이 법은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [2002.2.4 제6654호]
제1조(시행일) 이 법은 2003년1월1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [2002.12.26]
이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2003.5.26 제6913호(환경기술개발및지원에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (환경친화기업에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 대기환경보전법 제10조의3, 수질환경보전법 제10조의2 및 소음ㆍ진동규제법 제20조의 규정에 의하여 환경친화기업으로 지정받은 사업장은 제19조의2의 개정규정에 의하여 환경친화기업으로 지정받은 것으로 본다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②수질환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제10조의2를 삭제한다.
- 이하 생략 -

부칙 [2004.2.9]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (배출시설에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제10조제1항의 규정에 의하여 폐수배출시설의 설치허가를 받아 제10조제6항 및 제7항의 규정에 의한 제한지역에 폐수무방류배출시설에 해당하는 배출시설을 설치하였거나 설치중인 자는 제10조제1항 단서의 개정규정에 의한 폐수무방류배출시설의 설치허가를 받은 것으로 본다.
제3조 (환경기술인의 명칭변경에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 환경관리인은 이 법의 개정규정에 의한 환경기술인으로 본다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①환경범죄의단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호나목중 “수질환경보전법 제15조제1항 각호의 1 또는 제29조제1항제1호의 규정에 해당하는 행위”를 “수질환경보전법 제15조제1항 및 제2항 각호의 1 또는 제29조제1항제1호의 규정에 해당하는 행위”로 한다.
제2조제3호나목중 “수질환경보전법 제2조제5호의 규정에 의한 폐수배출시설”을 “수질환경보전법 제2조제5호의 규정에 의한 폐수배출시설 및 제5호의3의 규정에 의한 폐수무방류배출시설”로 한다.
제2조제5호바목중 “수질환경보전법 제15조제1항제1호·제2호”를 “수질환경보전법 제15조제1항제1호·제2호 및 동조제2항 각호의 1”로 한다.
②대기환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제24조·제48조·제57조·제58조 및 제59조중 “환경관리인”을 각각 “환경기술인”으로 한다.
③소음·진동규제법중 다음과 같이 개정한다.
제18조·제21조·제50조·제60조 및 제61조중 “환경관리인”을 각각 “환경기술인”으로 한다.
④기업활동규제완화에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제28조·제29조·제37조·제38조·제40조 및 제54조의4중 “환경관리인”을 각각 “환경기술인”으로 한다.

부칙 [2004.10.22 제7240호(석유및석유대체연료사업법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑦ 생략
⑧수질환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제29조제1항제1호중 "석유사업법"을 "석유및석유대체연료사업법"으로 한다.
⑨ 내지 ⑮ 생략
제6조 생략

부칙 [2004.12.31 제7292호(유해화학물질관리법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지④ 생략
⑤수질환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제29조의3제2항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 유해화학물질관리법 제2조제3호의 규정에 의한 유독물
⑥내지⑨ 생략
제12조 생략

부칙 [2005.3.31 제7428호(채무자 회생 및 파산에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①내지[67] 생략
[68]수질환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조의2제2항 및 제43조의4제2항 본문중 "파산법"을 각각 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」"로 한다.
[69]내지[145] 생략
제6조 생략

부칙 [2005.3.31 제7459호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (배출부과금 부과에 관한 적용례) 제41조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 부과되는 배출부과금부터 적용한다.
제3조 (비점오염원 신고에 관한 적용례) 비점오염원의 설치신고에 관한 제53조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제33조제1항의 규정에 의하여 폐수배출시설의 설치허가의 신청 또는 신고를 하는 사업자와 「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법」 제17조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 평가서를 제출하는 사업자부터 적용한다.
제4조 (벌칙 등의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (다른 법률의 개정) ①건설폐기물의재활용촉진에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조제1항제2호 중 "수질환경보전법 제10조제1항 및 제2항"을 "「수질환경보전법」 제33조제1항 및 제2항"으로 하고, 동조제2항제2호 중 "수질환경보전법 제14조"를 "「수질환경보전법」 제37조"로 한다.
②국민임대주택건설등에관한특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제9호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 한다.
③국제회의산업육성에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항제6호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 하고, 동조제2항제4호 "수질환경보전법 제14조"를 "「수질환경보전법」 제37조"로 한다.
④국토의계획및이용에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제3항제1호 라목을 삭제한다.
⑤금강수계물관리및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제4호 바목중 "수질환경보전법 제25조제1항"을 "「수질환경보전법」제48조제1항"으로 하고, 제5조제1항제1호중 "수질환경보전법 제2조제5호"를 "「수질환경보전법」 제2조제10호"로 하며, 제7조제1항 본문중 "수질환경보전법 제2조제4호"를 "「수질환경보전법」 제2조제9호"로 하고, 제12조제1항 전단중 "수질환경보전법 제8조·제32조제2항"을 "「수질환경보전법」 제12조제3항 및 제32조"로 하며, 제15조제1항중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」제33조"로 하고, 제18조제1항중 "수질환경보전법 제2조제3호"를 "「수질환경보전법」 제2조제8호"로 하며, 제19조제1항중 "수질환경보전법 제27조"를 "「수질환경보전법」 제51조"로 한다.
⑥기업활동규제완화에관한특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제2항 단서중 "수질환경보전법 제2조제3호"를 "「수질환경보전법」제2조제8호"로 하고, 제22조중 "수질환경보전법 제25조"를 "「수질환경보전법」제48조"로 하며, 제29조제4항제1호중 "수질환경보전법 제23조"를 "「수질환경보전법」 제47조"로 하고, 제32조제1항제4호중 "「수질환경보전법」 제11조제4항"을 "「수질환경보전법」 제35조제4항"으로 하며, 제38조 전단중 "수질환경보전법 제11조"를 "「수질환경보전법」 제35조"로 "동법 제23조"를 "동법 제47조"로 하며, 제40조제1항제9호중 "수질환경보전법 제23조"를 "「수질환경보전법」 제47조"로 하며, 제54조 각호외의 부분중 "수질환경보전법 제8조"를 "「수질환경보전법」 제32조"로, "수질환경보전법 제19조제1항"을 "「수질환경보전법」 제41조제1항"으로 한다.
⑦낙동강수계물관리및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호중 "수질환경보전법 제2조제2호 및 제3호"를 "「수질환경보전법」제2조제7호 및 제8호"로 하고, 동조제4호 바목중 "수질환경보전법 제25조제1항"을 "「수질환경보전법」 제48조제1항"으로 하며, 제5조제1항제1호중 "수질환경보전법 제2조제5호"를 "「수질환경보전법」 제2조제10호"로 하고, 제7조제1항 본문중 "수질환경보전법 제2조제4호"를 "「수질환경보전법」 제2조제9호"로 하며, 제12조 전단중 "수질환경보전법 제8조·제32조제2항"을 "「수질환경보전법」제12조제3항·제32조"로 하고, 제13조제2항중 "수질환경보전법 제19조"를 "「수질환경보전법」 제41조"로 하며, 제18조제2항제2호 및 제19조제1항중 "수질환경보전법 제2조제3호"를 각각 "「수질환경보전법」 제2조제8호"로 하고, 제19조제6항제2호중 "수질환경보전법 제8조"를 "「수질환경보전법」 제32조"로 하며, 제20조제1항중 "수질환경보전법 제27조"을 "「수질환경보전법」 제51조"로 하고, 제22조제2항중 "수질환경보전법 제11조제5항"을"「수질환경보전법」제35조제5항"으로 한다.
⑧농약관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제3항제8호중 "수질환경보전법 제2조제4호"를 "「수질환경보전법」제2조제9호"로 한다.
⑨농어촌정비법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제19조제1항중 "수질환경보전법 제16조, 제17조, 제19조 내지 제21조, 제32조"를 "「수질환경보전법」 제12조, 제39조 내지 제44조"로 한다.
⑩농지법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제34조제2항제2호 및 제39조제1항제2호중 "수질환경보전법 제2조제5호"를 각각 "「수질환경보전법」 제2조제10호"로 한다.
⑪대기환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조의2제1항제1호중 "수질환경보전법 제10조제1항 내지 제3항"을 "「수질환경보전법」 제33조제1항 내지 제3항"으로 한다.
⑫도시및주거환경정비법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제2항제6호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 한다.
⑬무역거래기반조성에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항제6호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 하고, 동조제2항제4호중 "수질환경보전법 제14조"를 "「수질환경보전법」제37조"로 한다.
⑭부담금관리기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 제47호중 "수질환경보전법 제19조"를 "「수질환경보전법」 제41조"로 한다.
⑮사회기반시설에대한민간투자법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 처목중 "수질환경보전법 제25조제1항"을 "「수질환경보전법」제48조제1항"으로 한다.
<16>산업집적활성화및공장설립에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제1항제10호중 "수질환경보전법 제10조제1항"을 "「수질환경보전법」제33조제1항"으로 하고, 제14조의2제1항제5호중 "수질환경보전법 제14조제1항"을 "「수질환경보전법」 제37조제1항"으로 하며, 제16조제7항제5호중 "수질환경보전법 제10조제2항·제3항"을 "「수질환경보전법」제33조제2항·제3항"으로 한다.
<17>수도권신공항건설촉진법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제1항제24호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 한다.
<18>수도법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제3항제1호중 "수질환경보전법 제2조제2호 및 제3호"를 "「수질환경보전법」 제2조제7호 및 제8호"로 한다.
<19>신항만건설촉진법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항제20호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 한다.
<20>악취방지법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제4호중 "수질환경보전법 제25조"를 "「수질환경보전법」 제48조"로 한다.
<21>영산강·섬진강수계물관리및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호중 "수질환경보전법 제2조제2호 및 제3호"를 "「수질환경보전법」제2조제7호 및 제8호"로 하고, 동조제4호 바목중 "수질환경보전법 제25조제1항"을 "「수질환경보전법」 제48조제1항"으로 하며, 제5조제1항제1호중 "수질환경보전법 제2조제5호"를 "「수질환경보전법」 제2조제10호"로 하고, 제7조제1항 본문중 "수질환경보전법 제2조제4호"를 "「수질환경보전법」 제2조제9호"로 하며, 제12조제1항 전단중 "수질환경보전법 제8조·제32조제2항"을 "「수질환경보전법」 제12조제3항 및 제32조"로 하고, 제13조제2항중 "수질환경보전법 제19조"를 "「수질환경보전법」 제41조"로 하며, 제15조제1항중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 하고, 제18조제1항중 "수질환경보전법 제2조제3호"를 "「수질환경보전법」 제2조제8호"로 하며, 동조제6항제2호중 "수질환경보전법 제8조"를 "「수질환경보전법」 제32조"로 하고, 제19조제1항중 "수질환경보전법 제27조"를 "「수질환경보전법」 제51조"로 한다.
<22>오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제1호 및 제10조제1항제2호중 "수질환경보전법 제25조"를 각각 "「수질환경보전법」 제48조"로 하고, 제11조제1항중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 "수질환경보전법 제11조"를 "「수질환경보전법」제35조"로 하며, 동조제2항중 "수질환경보전법 제2조제1호"를 "「수질환경보전법」 제2조제4호"로 하고, 제24조 후단중 "수질환경보전법 제2조제4호"를 "「수질환경보전법」 제2조제9호"로 하며, 제42조제1항제2호중 "수질환경보전법 제23조"를 "「수질환경보전법」 제47조"로 한다.
<23>유통단지개발촉진법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제31조제1항제9호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 하고, 동조동항제10호중 "수질환경보전법 제14조"를 "「수질환경보전법」제37조"로 한다.
<24>주한미군기지이전에따른평택시등의지원등에관한특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제21호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 한다.
<25>중소기업창업지원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조제2항제5호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 하고, 동조제3항제4호중 "수질환경보전법 제14조"를 "「수질환경보전법」제37조"로 한다.
<26>지하수법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호 가목중 "수질환경보전법 제2조제3호"를 "「수질환경보전법」제2조제8호"로 한다.
<27>철도건설법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제24조중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 한다.
<28>친환경농업육성법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항중 "수질환경보전법 제47조"를 "「수질환경보전법」 제58조"로 한다.
<29>토양환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제1항본문중 "수질환경보전법 제2조제3호"를 "「수질환경보전법」제2조제8호"로 한다.
<30>폐기물관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제31조제1항제2호중 "수질환경보전법 제10조제1항 및 제2항"을 "「수질환경보전법」 제33조제1항 및 제2항"으로 하고, 동조제2항제2호중
"수질환경보전법 제14조"를 "「수질환경보전법」 제37조"로 한다.
<31>한강수계상수원수질개선및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호중 "수질환경보전법 제2조제2호 및 제3호"를 "「수질환경보전법」제2조제7호 및 제8호"로 하고, 동조제4호중 "수질환경보전법 제25조제2항"을 "「수질환경보전법」 제48조제2항"으로 하며, 제5조제1항제1호중 "수질환경보전법 제2조제5호"를 "「수질환경보전법」 제2조제10호"로 한다.
<32>환경개선비용부담법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제1항제1호중 "수질환경보전법 제25조"를 "「수질환경보전법」 제48조"로 한다.
<33>환경개선특별회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제10호중 "수질환경보전법 제19조"를 "「수질환경보전법」 제41조"로 한다.
<34>환경·교통·재해등에관한영향평가법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제33조제1항제2호중 "수질환경보전법 제2조제5호"를 "「수질환경보전법」제2조제10호"로 하고, 동조동항제3호중 "수질환경보전법 제25조"를
"「수질환경보전법」 제48조"로 하며, 동조제2항제2호중 "수질환경보전법 제8조"를 "「수질환경보전법」 제32조"로 하고, 동조동항제3호중 "수질환경보전법 제32조제2항"을 "「수질환경보전법」 제12조제3항"으로 한다.
<35>환경기술개발및지원에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 가목중 "수질환경보전법 제2조제2호"를 "「수질환경보전법」제2조제7호"로 하고, 제12조제1항중 "수질환경보전법 제2조제6호"를 "「수질환경보전법」 제2조제12호"로 하며, 제19조의2제4항제1호중 "수질환경보전법 제10조"를 "「수질환경보전법」 제33조"로 하고, 동조동항제2호중 "수질환경보전법 제49조"를 "「수질환경보전법」 제68조"로 한다.
<36>환경범죄의단속에관한특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 나목중 "수질환경보전법 제2조제2호"를 "「수질환경보전법」제2조제7호"로 하고, 동조제2호 나목중 "수질환경보전법 제15조제1항 및 제2항 각호의 1 또는 제29조제1항제1호"를 "「수질환경보전법」 제15조제1항제1호 또는 제38조제1항 및 제2항 각호의 어느 하나"로 하며, 동조동호 사목중 "수질환경보전법 제29조제1항제2호 또는 제4호"를 "「수질환경보전법」제15조제1항제2호 또는 제4호"로 하고, 동조동호 카목중 "수질환경보전법 제8조"를 "「수질환경보전법」 제32조"로 하며, 동조제3호 나목중 "수질환경보전법 제2조제5호의 규정에 의한 폐수배출시설 및 제5호의2"를 "「수질환경보전법」제2조제10호의 규정에 의한 폐수배출시설 및 제11호"로 하고, 동조제4호 가목중 "수질환경보전법 제43조제1항"을 "「수질환경보전법」 제62조제1항"으로 하며, 동조제5호 바목중 "수질환경보전법 제15조제1항제1호·제2호"를 "「수질환경보전법」 제38조제1항제1호·제2호"로 하고, 제12조제3항중 "수질환경보전법 제19조"를 "「수질환경보전법」 제41조"로 하며, 제13조제2항제2호를 삭제하고, 동조동항제3호중 "호소(호소수질관리법 제2조제1호의 규정에 의한 호소를 말한다)"를 "호소(「수질환경보전법」제2조제13호의 규정에 의한 호소를 말한다)"로 한다.
제6조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 「수질환경보전법」의 규정을 인용한 경우에 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2006.10.4 제8038호(환경분야 시험·검사 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제19조 내지 제23조의 규정은 공포 후 2년이 경과한 날부터 시 행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑤ 생략
⑥수질환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조를 삭제한다.
⑦ 내지 ⑪ 생략
제11조 생략

부칙 [2007.1.3 제8209호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(폐수종말처리시설의 설치사업에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 「환경개선비용 부담법」 제12조의규정에 따라 실시한 폐수종말처리시설의 설치사업은 제48조의 개정규정에 따라 실시한 폐수종말처리시설의 설치사업으로 본다.
제3조(폐수종말처리시설 기본계획에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「환경개선비용 부담법」 제15조의 규정에 따라 폐수종말처리시설의 설치 및 운영사업계획의 승인을 얻은 경우에는 제49조의 개정규정에 따른 폐수종말처리시설 기본계획의 승인을 얻은 것으로 본다.
제4조(비용부담계획 승인에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「환경개선비용 부담법」 제16조의 규정에 따라 비용부담계획의 승인을 얻은 경우에는 제49조의2의 개정규정에 따른 비용부담계획 승인을 얻은 것으로 본다.
제5조(폐수종말처리시설 기본계획 등의 적용에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 진행 중인 행위에 대한 폐수종말처리시설 설치사업, 기본계획의 수립 및 승인, 비용부담계획의 수립 및 승인, 강제징수 등에 대하여는 제48조제1항·제49조·제49조의2 및 제49조의6의 개정규정에 따라 진행중인 것으로 본다.
제6조(다른 법률의 개정) ①부담금관리기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 제59호 중 "환경개선비용부담법 제13조의 규정에 따른 환경오염방지사업 비용부담금"을 "「수질환경보전법」제48조의2의 규정에 따른 종말처리시설 부담금"으로 한다.
②환경관리공단법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항제5호 및 같은 항 제7호가목을 각각 다음과 같이 한다.
5. 「수질환경보전법」에 따른 폐수종말처리시설 설치·운영사업
가. 「수질환경보전법」에 따른 폐수종말처리시설
③환경개선특별회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제11호를 다음과 같이 한다.
11. 「환경개선비용 부담법」제9조의 규정에 따른 환경개선부담금, 「수질환경보전법」제48조의2제1항의 규정에 따른 종말처리시설 부담금(시행자가 국가인 경우에 한하되, 동법 제48조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 위탁하여 실시하는 경우를 제외한다) 및 동법 제49조의6제1항 후단의 규정에 따른 가산금
제4조제1항제5호를 다음과 같이 한다
5. 「수질환경보전법」제48조제1항의 규정에 따라 국가가 실시하는 폐수종말처리시설 설치비의 지출

부칙 [2007.1.19 제8260호(해양환경관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제19조제1 항제2호의 규정은 공포한 후 2년이 경과한 날부터, 제110조제1항의 규정은 공포 후 3년이 경과한 날부터, 제40조 및 제53조의 규정은 이 법 시행 후 「선박 유해 방오시스템의 규제에 관한 국제협약」이 우리나라에서 효력을 발생하는 날부터 시행한다.
제2조 내지 제22조 생략
제23조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑧ 생략
⑨수질환경보전법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제10호 단서중 “「해양오염방지법」 제2조의 규정에 따른 선박 및 해양시설”을 “「해양환경관리법」 제2조제16호 및 제17호에 따른 선박 및 해양시설” 로 한다.
⑩ 내지 <17> 생략