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제5조(등록의 신청)
① 항만운송사업의 등록을 신청하려는 자는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 사업계획을 첨부한 등록신청서를 해양수산부장관에게 제출하여야 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
② 해양수산부장관은 제1항에 따른 등록신청을 받으면 사업계획과 제6조의 등록기준을 검토한 후 등록요건을 모두 갖추었다고 인정하는 경우에는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 등록증을 발급하여야 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
[전문개정 2009.5.27]

부칙
①(施行日) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(經過措置) 이 법 시행당시 해운관청의 허가를 받아 항만하역사업을 영위하는 자는 이 법에 의하여 면허를 받은 것으로 본다. 다만, 제6조의 규정에 의한 기준에 적합하지 아니한 자는 이 법 시행일로부터 6월이내에 이 법에 의한 기준에 적합하도록하지 아니할 때에는 그 허가를 취소한다.
③(同前) 이 법 시행당시 검수사업등을 영위하는 자는 이 법 시행일로부터 3월이내에 이 법의 규정에 의한 면허를 받아야 한다. 다만, 그 면허를 받을 때까지는 종전의 예에 의하여 검수사업등을 영위할 수 있다.
④(同前) 이 법 시행당시 해운관청의 등록을 받은 검수원등은 이 법에 의하여 등록을 받은 것으로 본다.
⑤(同前) 운임·요금 및 항만운송약관은 제10조 및 제12조의 규정에 불구하고 이 법 시행일로부터 3월에 한하여 종전의 예에 의하여 수수 또는 시행할 수 있다.

부칙 [75·12·31]
①(施行日) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
②(經過措置) 이 법 시행당시 개항질서법 제37조의 규정에 의하여 항계내 영업의 허가를 받은 자는 이 법에 의한 항만운송부대사업의 허가를 받은 것으로 본다.

부칙 [83·12·31]
①(施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.
②(종전의 항만운송부대사업에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 항만운송부대사업의 허가를 받은 자는 제26조의3의 개정규정에 의하여 항만운송부대사업의 허가를 받거나 등록을 한 것으로 본다.
③(해외항만사업의 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 해외항만사업을 영위하고 있는 자는 이 법 시행일로부터 30일이내에 해운항만청장에게 제26조의6의 개정규정에 의하여 등록을 하여야 한다.
④(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부 칙[1991. 3. 8 ]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑥생략
⑦항만운송사업법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제3항중 "항만법 제2조제1항"을 각각 "항만법 제2조제2호"로 한다.
⑧생략

부 칙[1993. 8. 5 ]
제1조 (施行日) 이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ①내지 ③생략
④항만운송사업법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제6항중 "해외건설촉진법 제2조제1호 및 제2호에서 정한 공사 및 용역을"을 "해외건설촉진법 제2조제1호의 규정에 의한 해외공사를"로 한다.
⑤생략

부 칙[1995. 1. 5 ]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②항만운송사업법중 다음과 같이 개정한다.
제3장에 제29조의2를 다음과 같이 신설한다.
제29조의2 (민원사무의 전산처리등) 이 법에 의한 민원사무의 전산처리등에 관하여는 항만법 제70조의3의 규정을 준용한다.
③내지 ⑤생략
제4조 생략

부칙 [97·4·10]
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다
제2조 (검수원등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 제7조의 규정에 의하여 검수원등의 등록을 한 자는 각각 이 법에 의하여 검수사등의 등록을 한 것으로 본다.
제3조 (면허 및 허가등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 항만운송사업의 면허 및 항만운송부대사업의 허가를 받거나 등록을 한 자는 각각 이 법에 의하여 항만운송사업 또는 항만운송관련사업의 등록을 한 것으로 본다.
제4조 (사단법인 한국항만운송협회에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시의 사단법인 한국항만운송협회는 사원총회의 의결에 의하여 그의 모든 권리 및 의무를 이 법에 의하여 설립될 협회가 승계하도록 해양수산부장관에게 승인을 신청할 수 있다.
②사단법인 한국항만운송협회는 제1항의 규정에 의하여 해양수산부장관의 승인을 얻은 때에는 이 법에 의한 협회의 설립과 동시에 민법중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 보며, 사단법인 한국항만운송협회에 속하였던 모든 권리 및 의무는 이 법에 의하여 설립될 협회가 이를 승계한다.
제5조 (다른 법률의 개정) 해운법중 다음과 같이 개정한다. 제2조제2호중 "항만운송부대사업"을 "항만운송관련사업"으로 한다.

부칙 [97·12·13 법5453]
제1조 (施行日) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [97·12·13 법5454]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부칙 [99·2·8]
①(施行日) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(운임 및 요금에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 인가를 받은 운임 및 요금중 해양수산부령이 정하는 항만시설에서 하역하는 화물 또는 해양수산부령이 정하는 품목의 화물의 운임 및 요금은 제10조제2항의 개정규정에 의하여 신고한 것으로 본다.
③(물품공급업을 등록한 자에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 항만운송관련사업중 물품공급업을 등록한 자는 제26조의3제1항의 개정규정에 의하여 신고한 것으로 본다.
④(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부 칙[2002. 1.26 제6627호]
제1조 (시행일) 이 법은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 <49>생략
<50>항만운송사업법중 다음과 같이 개정한다.
제23조제3항중 "민사소송법"을 "민사집행법"으로 한다.
<51>내지 <55>생략
제7조 생략

부칙 [2003.05.27]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제27조의3의 개정규정은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(물품공급업을 신고한 자에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 물품공급업을 신고한 자는 제26조의3제1항의 개정규정에 의하여 신고한 것으로 본다.
제3조(사단법인 한국항만연수원에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 사단법인 한국항만연수원은 사원총회의 의결에 의하여 그의 모든 권리·의무를 이 법에 의하여 설립되는 교육훈련기관이 승계하도록 해양수산부장관에게 그 승인을 신청할 수 있다.
②사단법인은 한국항만연수원이 제1항의 규정에 의하여 해양수산부장관의 승인을 얻은 때에는 이 법에 의한 교육훈련기관의 설립과 동시에 민법중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 보며, 사단법인 한국항만연수원에 속하였던 모든 권리·의무는 이 법에 의하여 설립되는 교육훈련기관이 이를 승계한다.

부칙 [2005.3.31 제7428호(채무자 회생 및 파산에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①내지[136] 생략
[137]항만운송사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제3항중 "파산법"을 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」"로 한다.
[138]내지[145] 생략
제6조 생략

부칙 [2007.4.11 제8379호(항만법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제12조제1항제3호의 개정규정은 2007년 9월 28일부터 시행하고, 부칙 제10조제11항의 개정규정은 2008년 1월 20일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑨ 생략
⑩항만운송사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제29조의2 중 “항만법 제70조의3”을 “「항만법」 제77조”로 한다.
⑪ 생략
제11조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <683> 까지 생략
<684> 항만운송사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제3호 본문·단서 및 제3항제1호·제2호, 제5조제1항 및 제2항, 제7조제1항, 제10조제1항 전단, 같은 조 제2항 전단 및 제3항 전단, 제26조의3제1항 본문 및 제28조 중 "해양수산부령"을 각각 "국토해양부령"으로 한다.
제2조제3항제3호, 제4조제1항, 제5조제1항 및 제2항, 제6조 단서, 제7조제1항, 제10조제1항 전단 및 제2항 전단, 같은 조 제3항 전단 및 제4항, 제26조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제27조의6제1항 및 제3항, 제29조제1항·제2항 및 제29조의3 각 호 외의 부분 중 "해양수산부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 한다.
제9조 각 호 외의 부분, 제26조의3제1항 본문, 제26조의5제1항 각 호 외의 부분 본문, 제27조의2제1항 및 제29조제1항 중 "지방해양수산청장"을 각각 "지방해양항만청장"으로 한다.
제26조의3제1항 단서 중 "지방해양수산청장"을 "지방해양항만청장"으로 한다.
제27조의3제3항 중 "해양수산부장관"을 "국토해양부장관"으로 한다.
<685> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.21 제8981호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.5.27 제9732호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.6.9 제9773호(항만법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법률의 개정) ① 부터 <24> 까지 생략
<25> 항만운송사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3항제1호 중 “「항만법」 제2조제2호에 따른 지정항만”을 “「항만법」 제2조제1호에 따른 항만”으로 하고, 같은 항 제2호 중 “「항만법」 제2조제2호에 따른 지정항만 외”를 “「항만법」 제2조제1호에 따른 항만 외”로 하며, 같은 항 제3호 중 “「항만법」 제2조제6호에 따라”를 “「항만법」 제2조제5호에 따라”로 한다.
제4조제3항 중 “「항만법」 제2조제6호”를 “「항만법」 제2조제5호”로 한다.
제29조의2 중 “「항만법」 제77조”를 “「항만법」 제89조”로 한다.
<26> 및 <27> 생략
제10조 생략

부 칙[2010.3.31 제10219호(지방세기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 부터 <56> 까지 생략
<57> 항만운송사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제2항제3호 중 “「지방세법」”을 “「지방세기본법」”으로 한다.
<58> 부터 <61> 까지 생략
제12조 생략

부 칙[2012.12.18 제11595호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(검수사등의 자격취득 결격사유에 관한 적용례) 제8조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 검수사등의 자격을 취득하는 사람부터 적용한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행하되, 같은 조 제477항에 따른 「약사법」 제47조제1항 및 제481항에 따른 「의료기기법」 제18조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 1년의 범위에서 해당 법률에 관한 대통령령으로 정하는 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <659>까지 생략
<660> 항만운송사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제5호 각 목 외의 부분 본문, 같은 호 다목, 같은 조 제3항제1호·제2호, 제5조제1항·제2항, 제7조제1항, 제10조제1항 전단, 같은 조 제2항 전단, 같은 조 제3항 전단, 제26조의3제1항 본문, 제28조 및 제29조제3항 중 "국토해양부령"을 각각 "해양수산부령"으로 한다.
제2조제3항제3호, 제4조제1항, 제5조제1항·제2항, 제6조 단서, 제7조제1항, 제10조제1항 전단, 같은 조 제2항 전단, 같은 조 제3항 전단, 같은 조 제4항, 제26조제1항 각 호 외의 부분 본문, 제27조의3제3항, 제27조의6제1항·제3항, 제29조제1항, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 같은 조 제3항 및 제29조의3 각 호 외의 부분 중 "국토해양부장관"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
법률 제11595호 항만운송사업법 일부개정법률 제8조의3제1항 각 호 외의 부분 및 제2항 중 "국토해양부장관"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
법률 제11595호 항만운송사업법 일부개정법률 제8조의3제2항 중 "국토해양부령"을 "해양수산부령"으로 한다.
<661>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2014.3.24 제12546호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(운임 및 요금의 인가에 관한 특례) 제10조제2항에도 불구하고 같은 항에 따른 해양수산부령으로 정하는 품목에 해당하는 화물에 대하여 2018년 6월 30일까지는 같은 조 제1항에 따라 운임과 요금을 정하여 해양수산부장관의 인가를 받아야 한다.