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제13조(집행지휘)
① 치료명령은 검사의 지휘를 받아 보호관찰관이 집행한다.
② 제1항에 따른 지휘는 판결문 등본을 첨부한 서면으로 한다.

부 칙[2010.7.23 제10371호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
②(치료명령 청구에 관한 경과조치) 제4조제1항에 따른 치료명령 청구는 이 법 시행 전에 저지른 성폭력범죄에 대하여도 적용한다.
③(성폭력 수형자 등에 대한 치료명령에 관한 경과조치) 제22조 및 제25조에 따른 치료명령은 성폭력범죄를 저질러 이 법 시행 당시 형의 집행 또는 치료감호ㆍ보호감호의 집행 중에 있는 성도착증 환자에 대하여도 적용한다.

부 칙[2011.8.4 제11005호(의료법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, ㆍㆍㆍ<생략>ㆍㆍㆍ 부칙 제4조는 공포한 날부터 시행하고, ㆍㆍㆍ<생략>ㆍㆍㆍ 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 성폭력범죄자의 성충동 약물치료에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호, 제4조제2항ㆍ제6항, 제9조, 제22조제2항제5호, 같은 조 제4항, 제25조제2항 중 “정신과”를 각각 “정신건강의학과”로 한다.
⑥부터 ⑭까지 생략

부 칙[2012.12.18 제11556호(성폭력범죄의 처벌 등에 관한 특례법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 성폭력범죄자의 성충동 약물치료에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호나목 중 “제12조”를 “제13조”로, “제14조”를 “제15조”로 한다.
⑧부터 ⑮까지 생략

부 칙[2012.12.18 제11557호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(치료명령 청구에 관한 적용례) 제4조제1항의 개정규정은 이 법 시행 전에 저지른 성폭력범죄에 대하여도 적용한다.
제3조(성폭력 수형자에 대한 치료명령 청구에 관한 적용례) 제22조제1항의 개정규정은 성폭력범죄를 저질러 이 법 시행 당시 형이 집행 중인 수형자에 대하여도 적용한다.