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제4조(보호구역등의 지정권자 등)
①국방부장관은 합동참모의장(이하 “합참의장”이라 한다)의 건의(관계 행정기관의 장과 미리 협의한 후 관계 행정기관의 장의 의견서를 첨부하여야 한다)에 따라 보호구역등을 지정하거나 이를 변경 또는 해제할 수 있다.
②국방부장관은 군사기지의 용도 해제, 군사시설의 철거, 작전환경의 변화, 그 밖의 사유로 보호구역등을 유지할 필요가 없게 된 때에는 지체 없이 이를 해제하여야 한다.
③국방부장관은 제1항 및 제2항에 따라 보호구역등을 지정·변경 또는 해제하려는 때에는 제15조제1항에 따른 국방부 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다.
④국방부장관은 제1항 및 제2항에 따라 보호구역등을 지정·변경 또는 해제한 때에는 이를 지체 없이 관계 행정기관의 장에게 통보하여야 한다.

부칙 [2007.12.21 제8733호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 9개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제17조부터 제19조까지의 규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 폐지) 「군사시설보호법」, 「해군기지법」 및 「군용항공기지법」은 각각 폐지한다.
제3조(보호구역등 관리기본계획 등에 관한 적용례) ①이 법 시행 후 제16조제1항에 따른 최초의 보호구역등 관리기본계획은 2009년 6월 30일까지 수립하여야 한다.
②이 법 시행 후 제16조제3항에 따른 최초의 보호구역등 관리계획은 2009년 12월 31일까지 수립하여야 한다.
제4조(손실보상청구 기간에 관한 적용례) 제20조제2항(같은 조 제1항제2호에 해당하는 경우에 한한다)은 이 법 시행 후 손실보상금의 지급사유가 발생하는 것부터 적용한다.
제5조(일반적 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 「군사시설보호법」, 「해군기지법」 및 「군용항공기지법」에 따라 행하여진 처분·절차, 그 밖의 행위는 이 법에 따라 행하여진 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 「군용전기통신법」 에서 규정하고 있는 특별보호구역과 관련된 처분·절차, 그 밖의 행위는 이 법에 따라 행하여진 것으로 본다.
제6조(보호구역등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 「군사시설보호법」, 「해군기지법」,「군용항공기지법」 및 「군용전기통신법」에 따라 설정되거나 지정된 군사시설보호구역, 민간인통제선, 해군기지구역, 기지보호구역 및 특별보호구역은 각각 이 법에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역과 민간인통제선으로 지정·고시 된 것으로 보되, 제5조에 따른 지정범위를 초과하는 구역 및 민간인통제선은 이 법 시행일 이전에 이 법의 규정에 적합하도록 변경하여야 한다. 다만, 지뢰지대 등 안전과 관련한 지역의 변경은 관할 행정기관과 협의를 거쳐 변경시기를 1년 이내에서 연장할 수 있다.
②이 법 시행 당시 종전의 「군사시설보호법」 및 「군용항공기지법」에 따라 지정·고시된 대공방어협조구역 및 비행안전구역은 각각 이 법에 따른 대공방어협조구역 및 비행안전구역으로 지정·고시된 것으로 본다.
제7조(토지매수 청구에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 토지매수를 청구한 자에 대하여는 종전의 「군용항공기지법」에 따른다.
제8조(손실보상에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 손실보상을 청구한 자에 대하여는 「군용전기통신법」 및 「군용항공기지법」의 종전 규정에 따른다.
제9조(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 「군사시설보호법」, 「해군기지법」, 「군용항공기지법」 및 「군용전기통신법」에 따른다.
제10조(다른 법률의 개정) ①경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률 제3조 중 “군사시설보호법”을 “「군사기지 및 군사시설 보호법」”으로 한다.
②고도(古都)보존에관한특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제2항 중 “군사시설보호법 제10조의 규정에 의한”을 “「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른”으로 한다.
③광업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조제1항제3호를 다음과 같이 하고, 제4호 및 제12호를 각각 삭제한다.
3. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
④군용전기통신법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조, 제10조, 제11조제1항제5호, 제21조제1호 및 제2호를 각각 삭제한다.
⑤금강수계물관리및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제6호에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역
⑥기상관측표준화법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제6호에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역
⑦낙동강수계물관리및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제6호에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역
⑧댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제15호를 다음과 같이 한다.
15. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
⑨ 도로법 일부를 다음과 같이 개정한다. [개정 2008.3.21 제8976호(도로법)]
제25조제1항제10호를 다음과 같이 한다.
10. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
⑩신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조제1항제10호를 다음과 같이 한다.
10. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제9조제1항제1호에 따른 보호구역등에의 출입허가 및 같은 법 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
⑪야생동·식물보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제54조제5호를 다음과 같이 한다.
5. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제6호에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역
⑫어촌·어항법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제11호를 다음과 같이 하고, 같은 조 제12호 및 제13호를 각각 삭제한다.
11. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
⑬영산강·섬진강수계물관리및주민지원등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제6호에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역
⑭외국인토지법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제6호에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역, 그 밖에 국방목적을 위하여 외국인등의 토지취득을 특별히 제한할 필요가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역
⑮자연공원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제9호를 다음과 같이 한다.
9. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제9조제1항제1호에 따른 통제보호구역 등에의 출입허가
<16>자연재해대책법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제4항제6호를 다음과 같이 한다.
6. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제9조제1항제1호에 따른 통제보호구역 등에의 출입허가 및 같은 법 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
<17>전원개발촉진법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항제14호를 다음과 같이 한다.
13. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
<18>접경지역지원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호를 다음과 같이 한다.
1. “접경지역”이란 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제7호에 따른 민간인통제선 이남(以南)의 시·군의 관할 구역에 속하는 지역으로서 민간인통제선으로부터 거리 및 지리적 여건·개발정도 등을 기준으로 하여 대통령령으로 정하는 지역을 말한다. 다만, 군사분계선 남방 2킬로미터 지점을 잇는 선으로부터 민간인통제선 사이의 지역으로서 집단취락지역 등 대통령령으로 정하는 지역과 해상의 북방한계선 이남지역 중 대통령령으로 정하는 지역은 접경지역으로 본다.
제3조 단서 중 “「군사시설보호법」”을 “「군사기지 및 군사시설 보호법」”으로 하고, 제9조제2항 중 “「군사시설보호법」 제10조에 따른 행정청의 허가사항에 관한 협의 요청을 받은 관할 부대장”을 “「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의요청을 받은 관할부대장등”으로 한다.
<19>지방소도읍육성지원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항 중 “군사시설보호법 제10조의 규정에 의한 시행청의 허가사항에 관한 협의요청을 받은 관할 부대장”을 “「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의요청을 받은 관할부대장등”으로 한다.
<20>지역특화발전특구에 대한 규제특례법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조의 제목 중 “「군사시설보호법」”을 “「군사기지 및 군사시설보호법」”으로 하고, 같은 조 제1항을 다음과 같이 한다.
①「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제6호에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역 안에서 실시하는 특화사업은 같은 법 제13조에 따라 국방부장관 또는 관할부대장등과 협의한 것으로 본다.
<21>집단에너지사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제49조제1항제13호를 다음과 같이 하고, 같은 항 제14호 및 제15호를 각각 삭제한다.
13. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제9조제1항제1호에 따른 통제보호구역 등에의 출입허가 및 같은 법 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
<22>집회 및 시위에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제3항제3호 중 “「군사시설보호법」 제2조제1호”를 “「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제2호”로 한다.
<23>철도건설법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제18호를 다음과 같이 한다.
18. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제9조제1항제1호에 따른 통제보호구역 등에의 출입허가 및 같은 법 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
<24>측량법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조의2 후단 중 “「군사시설보호법」”을 “「군사기지 및 군사시설 보호법」”으로 한다.
<25>토지이용규제 기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표의 연번 43란부터 46란까지, 48란 및 50란부터 55란까지를 각각 다음과 같이 하고, 같은 별표의 연번 47란, 49란, 56란부터 65란까지 및 198란부터 200란까지를 각각 삭제한다.
[별표생략]
<26>통신비밀보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제5호 중 “군사시설보호법”을 “「군사기지 및 군사시설 보호법」”으로 한다.
<27>하천법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제1항제6호를 다음과 같이 한다.
6. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제9조제1항제1호에 따른 통제보호구역 등에의 출입허가 및 같은 법 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
<28>한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제6호에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역
<29>한국가스공사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조의3제16호를 다음과 같이 하고, 같은 조 제17호 및 제18호를 각각 삭제한다.
16. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제9조제1항제1호에 따른 통제보호구역 등에의 출입허가 및 같은 법 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한협의
<30>항공법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제3항 중 “「군용항공기지법」의 적용을 받는 비행장”을 “「군사기지 및 군사시설 보호법」의 적용을 받는 항공작전기지”로 하고, 제96조제1항제16호를 다음과 같이 하며, 같은 항 제17호를 삭제한다.
16. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한협의
제11조(다른 법률과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법률에서 종전의 「군사시설보호법」, 「해군기지법」 또는 「군용항공기지법」 및 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2008.3.21 제8976호(도로법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ㆍㆍㆍ<생략>ㆍㆍㆍ, 부칙 제9조제94항의 개정규정은 2008년 9월 22일부터 ㆍㆍㆍ<생략>ㆍㆍㆍ 시행한다.
제2조부터 제8조까지 생략
제9조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <93> 까지 생략
<94> 법률 제8733호 군사기지 및 군사시설 보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
부칙 제10조제9항을 다음과 같이 한다.
⑨ 도로법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제10호를 다음과 같이 한다.
10. 「군사기지 및 군사시설 보호법」 제13조에 따른 행정기관의 허가등에 관한 협의
<95> 부터 <99> 까지 생략
제10조 생략

부 칙[2009.6.9 제9780호(항공법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 부터 ④ 까지 생략
⑤ 군사기지 및 군사시설 보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1 제4호다목 중 “「항공법」 제2조제13호의 장애물제한표면”을 “「항공법」 제2조제16호의 장애물 제한표면”으로 한다.
⑥ 부터 <19> 까지 생략
제12조 생략