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제11조(연구기관에 대한 상위평가)
① 과학기술정보통신부장관은 제10조제1항에 따라 실시한 연구기관에 대한 자체평가의 결과에 대하여 절차 및 방법의 객관성·공정성 등에 관한 평가(이하 "상위평가"라 한다)를 실시하여야 한다.
② 과학기술정보통신부장관은 상위평가의 결과를 관계 중앙행정기관의 장 및 연구회에 알려주어야 하며, 평가결과에 따른 시정조치를 요구할 수 있다.
③ 관계 중앙행정기관의 장 및 연구회는 상위평가의 결과에 대하여 과학기술정보통신부장관에게 이의를 신청할 수 있다.
④ 상위평가의 실시와 그 결과에 대한 이의신청에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부 칙[2021.12.28 제18644호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(사업 전략계획의 수립 등에 관한 적용례) 제6조의 개정규정은 이 법 시행 이후 제7조의 개정규정에 따라 자체평가의 실시 대상이 되는 연구개발사업에 대해서도 적용한다.
제3조(연구개발사업 효과성 분석에 관한 적용례) 제19조제2항의 개정규정 중 제6조에 따른 사업 전략계획의 추진과정에 대한 분석에 관한 부분은 제7조의 개정규정에 따라 자체평가의 실시 대상이 되는 연구개발사업부터 적용한다.
제4조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위로 본다.

부 칙[2023.10.31 제19782호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(평가결과의 국회 소관 상임위원회 제출에 관한 적용례) 제30조제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 실시하는 특정평가 및 상위평가부터 적용한다.