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제7조(과학기술기본계획)
①정부는 이 법의 목적을 효율적으로 달성하기 위하여 과학기술발전에 관한 중·장기 정책목표 및 방향을 설정하고, 이에 따른 과학기술기본계획(이하 "기본계획"이라 한다)을 세우고 추진하여야 한다.
②교육과학기술부장관은 5년마다 관계 중앙행정기관의 과학기술관련 계획과 시책 등을 종합하여 기본계획을 세우며, 제9조제1항의 규정에 따른 국가과학기술위원회의 심의를 거쳐 이를 확정한다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
③기본계획에는 다음 각호의 사항이 포함되어야 한다. [개정 2004.9.23]
1. 과학기술의 발전목표 및 정책의 기본방향
1의2. 과학기술혁신관련 산업정책·인력정책 및 지역기술혁신정책 등의 추진방향
2. 과학기술투자의 확대
3. 과학기술 연구개발의 추진 및 협동연구개발 촉진
3의2. 기업·대학 및 연구기관 등의 과학기술혁신역량의 강화
4. 연구성과의 확산, 기술이전 및 실용화 촉진
5. 기초과학의 진흥
6. 과학기술교육의 다양화 및 질적 고도화, 과학기술인력의 양성 및 활용 증진
7. 과학기술지식·정보자원의 확충·관리 및 유통체제의 구축
8. 지방과학기술의 진흥
9. 과학기술의 국제화 촉진
10. 남북간 과학기술 교류협력의 촉진
11. 과학기술문화의 창달 촉진
12. 민간부문의 기술개발 촉진
13. 그 밖에 대통령령이 정하는 과학기술진흥에 관한 중요사항
④관계 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체의 장은 기본계획에 따라 연도별 시행계획을 세우고 추진하여야 한다.
⑤교육과학기술부장관은 매년 제4항의 규정에 따른 다음 해 시행계획 및 지난 해 추진실적을 종합하여 제9조제1항의 규정에 따른 국가과학기술위원회의 심의를 받아야 한다. 이에 관한 세부적인 사항은 대통령령으로 정한다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
⑥관계 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체의 장은 과학기술관련 계획을 세울 때에는 제1항의 중·장기 정책목표 및 방향에 따라야 한다.
⑦교육과학기술부장관은 제1항에 따른 중·장기 정책목표 및 방향을 설정하거나 기본계획을 세우기 위하여 필요한 때에는 관계 중앙행정기관, 지방자치단체, 관련 교육·연구기관 및 국가연구개발사업에 참여하는 법인·단체에 필요한 자료의 제출을 요청할 수 있다. [신설 2006.9.27, 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]

부칙 [2001.1.16 제6353호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (폐지법률) 과학기술혁신을위한특별법 및 과학기술진흥법은 이를 각각 폐지한다.
제3조 (경과조치) ①이 법 시행당시 부칙 제2조의 규정에 따라 폐지되는 과학기술혁신을위한특별법(이하 "종전특별법"이라 한다)의 규정에 따른 과학기술혁신5개년계획과 연도별시행계획의 수립·추진 및 추진실적의 제출·보고에 관한 사항은 제7조의 규정에 따른 과학기술기본계획이 세워질 때까지 종전특별법의 규정에 따른다.
②이 법 시행당시 종전특별법의 규정에 따른 지방과학기술진흥종합계획은 제8조의 규정에 따라 세워진 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전특별법의 규정에 따라 설립된 한국과학기술평가원은 제20조의 규정에 따라 설립된 한국과학기술기획평가원으로 본다.
④이 법 시행당시 종전특별법의 규정에 따라 설립된 한국과학문화재단은 제30조의 규정에 따라 설립된 것으로 본다.
⑤이 법 시행당시 부칙 제2조의 규정에 따라 폐지되는 과학기술진흥법(이하 "종전법률"이라 한다)의 규정에 따라 설치된 과학기술진흥기금은 제22조의 규정에 따라 설치된 것으로 본다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항 후단중 "과학기술혁신을위한特別法 제4조"를 "과학기술기본법 제9조"로 한다.
②방위산업에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제21조의3제2항중 "과학기술진흥법에 의한 과학기술정보유통에 관한 시책과 계획에 따라 유통"을 "과학기술기본법에 의한 국가과학기술지식·정보의 관리· 유통에 관한 시책에 따라 관리·유통"으로 한다.
③기초과학연구진흥법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항 및 제17조중 "과학기술진흥법 제14조"를 각각 "과학기술기본법 제22조"로 한다.
제16조제2항중 "과학기술진흥법 제5조의 규정에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
④협동연구개발촉진법을 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항중 "과학기술진흥법 제2조 및 제3조"를 "과학기술기본법 제17조"로 한다.
제5조제2항중 "자금과 과학기술진흥법 제9조제2항제1호의 규정에 의한 사업의 계획수립자 또는 시행자가 투자하는 연구개발비가 포함된다"를 "자금이 포함된다"로 한다.
⑤민군겸용기술사업촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제18조제3호중 "과학기술진흥법 제14조"를 "과학기술기본법 제22조"로 한다.
⑥한국과학재단법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제2항중 "과학기술진흥법 제14조"를 "과학기술기본법 제22조"로 한다.
⑦기금관리기본법중 다음과 같이 개정한다.
별표 2중 제30호를 다음과 같이 한다.
30. 과학기술기본법
⑧농촌진흥법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항중 "과학기술진흥법 제5조의 규정에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
⑨산업발전법중 다음과 같이 개정한다.
제23조제3항 전단중 "과학기술혁신을위한特別法 제4조"를 "과학기술기본법 제9조"로 한다.
⑩산업기술기반조성에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항중 "과학기술진흥법 제3조의 규정에 의한 과학기술진흥종합계획"을 "과학기술기본법 제7조의 규정에 의한 과학기술기본계획"으로 하고, 동조제2항중 "과학기술진흥법 제5조의 규정에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
⑪에너지이용합리화법중 다음과 같이 개정한다.
제37조제3항중 "과학기술진흥법에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
⑫보건의료기술진흥법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항중 "과학기술진흥법 제5조의 규정에 의한 종합과학기술심의회"를 "과학기술기본법 제9조의 규정에 의한 국가과학기술위원회"로 한다.
⑬환경기술개발및지원에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항중 "과학기술혁신을위한特別法 제4조"를 "과학기술기본법 제9조"로 한다.
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전특별법 또는 종전법률을 인용한 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2002.12.26 제6815호(과학기술인공제회법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) 과학기술기본법중 다음과 같이 개정한다.
제22조제3항제3호중 "과학기술문화의 창달"을 "과학기술문화의 창달 및 과학기술인의 복지 증진"으로 한다.

부칙 [2003.12.30 제7015호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.1.29 제7159호(복권및복권기금법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2004년 4월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①내지 ④생략
⑤과학기술기본법중 다음과 같이 개정한다.
제22조제2항제4호를 제5호로 하고, 동항에 제4호를 다음과 같이 신설한다.
4. 복권및복권기금법 제23조제1항의 규정에 의하여 배분된 복권수익금
⑥내지 ⑬생략

부칙 [2004.9.23 제7218호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제32조제2항의 개정규정은 과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률이 시행되는 날부터 시행하며, 제9조제3항·제4항·제6항 및 제7항, 제12조제1항·제2항 및 제32조제3항의 개정규정은 정부조직법 제29조제1항 및 제2항의 규정에 의한 과학기술부의 과학기술혁신사무를 담당하는 본부의 조직에 관한 대통령령이 시행되는 날부터 시행한다.

부칙 [2005.12.30 제7805호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.9.27 제7989호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제22조제3항제2호 및 제2호의2의 개정규정은 공포한 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.4.27 제8389호(인적자원개발 기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조생략
제3조(다른 법률의 개정) ①과학기술기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제2항제6호의3 후단 중 “인적자원개발회의”를 “국가인적자원위원회”로 한다.
② 생략
제4조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <118> 까지 생략
<119> 과학기술기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제2항·제5항 전단 및 제7항, 제9조제4항 각 호 외의 부분 중 "과학기술부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제9조제2항제5호 중 "예산의 배분 및 조정"을 "예산의 배분방향"으로 한다.
제9조제7항을 다음과 같이 한다.
⑦ 국가과학기술위원회의 사무를 처리하기 위하여 간사 1인과 사무국을 둔다. 이 경우 간사는 대통령실의 과학교육문화 분야를 보좌하는 정무직인 비서관이 된다.
제9조제8항부터 제10항까지를 제9항부터 제11항까지로 하고, 같은 조에 제8항을 다음과 같이 신설한다.
⑧ 사무국은 교육과학기술부에 두고, 그 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제10조제2항을 다음과 같이 한다.
② 관계 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체의 장은 직접 관할하고 있는 과학기술시책에 국가과학기술위원회의 심의 결과를 반영하여야 한다.
제12조에 제6항 및 제7항을 각각 다음과 같이 신설한다.
⑥ 국가과학기술위원회는 제1항 및 제3항 중 평가에 관한 사항은 「국가연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률」이 정하는 바에 따라 그 사무를 기획재정부장관에게 위임할 수 있다.
⑦ 기획재정부장관이 제6항에 따라 평가에 관한 사무를 수행한 때에는 「국가연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률」제7조 및 제8조에 따른 특정평가 및 자체성과평가의 결과를 종합분석하여 국가과학기술위원회에 이를 보고하여야 한다.
제12조의2를 다음과 같이 한다.
제12조의2 (국가연구개발사업 예산의 배분방향 등 검토·심의)
① 제9조제2항제5호에 따른 국가연구개발사업에 관련된 중앙행정기관의 장은 해당 기관의 다음 다음 해 국가연구개발사업의 투자우선순위에 대한 의견을 매년 10월 31일까지 국가과학기술위원회 및 기획재정부장관에게 제출하여야 한다.
② 관계 중앙행정기관의 장은 「국가재정법」 제28조에 따라 기획재정부장관에게 제출하는 해당 회계연도부터 5회계연도 이상의 기간 동안의 신규사업 및 기획재정부장관이 정하는 주요계속사업 중 국가연구개발사업 관련 중기사업계획서를 매년1월 31일까지 국가과학기술위원회에 제출하여야 한다.
③ 국가과학기술위원회는 제2항에 따른 사업계획서를 검토하고, 정부연구개발투자의 방향·기준을 매년 4월 15일까지 기획재정부장관 및 관계 중앙행정기관의 장에게 알려야 한다.
④ 관계 중앙행정기관의 장은 「국가재정법」 제31조제1항에 따라 기획재정부장관에게 제출하는 해당 기관의 예산요구서 중 국가연구개발사업 관련 예산요구서를 매년 6월 30일까지 국가과학기술위원회에 제출하여야 한다.
⑤ 국가과학기술위원회는 제1항·제2항 및 제4항에 따라 관계 중앙행정기관의 장이 각각 제출한 국가연구개발사업의 투자우선순위에 대한 의견, 국가연구개발사업 관련 중기사업계획서 및 예산요구서에 대하여 다음 각 호의 사항을 검토·심의하고 그 의견을 매년 7월 31일까지 기획재정부장관에게 알려야 한다.
1. 국가연구개발사업의 목표 및 추진방향
2. 국가연구개발사업의 분야별·사업별 투자우선순위
3. 국가연구개발사업 예산의 배분방향
4. 유사하거나 중복되는 국가연구개발사업간의 조정 및 연계
5. 대형 국가연구개발사업의 투자적정성·중점추진방향 및 개선방향
6. 다수 부처 관련 국가연구개발사업의 부처별 역할분담
7. 기초과학연구 및 지방과학기술진흥에 관한 사항
8. 그 밖에 국가연구개발사업의 투자효율성을 높이기 위하여 필요한 사항
⑥ 제2항 및 제4항에도 불구하고 국방 분야의 국가연구개발사업관련계획서 및 예산요구서 중 국방부장관이 국가과학기술위원회와 협의하여 정하는 계획서 및 예산요구서의 경우에는 이를 제출하지 아니할 수 있다.
제13조제3항, 제15조의2제2항제4호 및 제4항, 제17조제3항, 제18조제2항, 제22조제1항, 제22조제4항, 제23조제2항, 제25조, 제27조제1항 및 제3항, 제30조제2항제3호 및 제5항제3호, 제31조제4항 중 "과학기술부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제20조제4항제1호의2 중"예산의 배분 및 조정에의 지원"을 "예산의 배분방향에 대한 지원"으로 한다.
제21조제4항 중 "기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제32조제2항 본문 중 "국가과학기술위원회"를 " 기획재정부장관 및 국가과학기술위원회"로 하고, 같은 조 제3항을 삭제하며, 같은 조 제4항 중 "과학기술부 장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제22조제2항제6호 중 "과학기술부장관이 기획예산처장관"을 "교육과학기술부장관이 기획재정부장관"으로 한다.
<120> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.6.5 제9088호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(한국과학문화재단 명칭 변경에 따른 경과조치) 이 법 시행 당시 한국과학문화재단은 이 법에 따른 한국과학창의재단으로 본다.
③(다른 법률의 개정) 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다. 제73조제1항제8호라목 중 “한국과학문화재단”을 “한국과학창의재단”으로 한다.

부칙 [2008.6.5 제9089호(국가과학기술자문회의법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①과학기술기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조제4항 중 “「국가과학기술자문회의법」에 따른 국가과학기술자문회의”을 “「국가교육과학기술자문회의법」에 따른 국가교육과학기술자문회의”로 한다.
②생략