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제2조(처우의 기본원칙)
①소년원장 또는 소년분류심사원장(이하 “원장”이라 한다)은 보호소년등을 처우할 때에 인권보호를 우선적으로 고려하여야 하며, 그들의 심신 발달 과정에 알맞은 환경을 조성하고 안정되고 규율있는 생활속에서 보호소년등의 성장 가능성을 최대한으로 신장시킴으로써 사회적응력을 길러 건전한 청소년으로서 사회에 복귀할 수 있도록 하여야 한다. [개정 2013.7.30

, 2020.10.20

] [[시행일 2021.4.21]]
②보호소년에게는 품행의 개선과 진보의 정도에 따라 점차 향상된 처우를 하여야 한다.
[전문개정 2007.12.21

] [[시행일 2008.6.22]]
[본조개정 2020.10.20

제5조에서 이동, 종전의 제2조는 제3조로 이동] [[시행일 2021.4.21]]

부칙 [90·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [95·1·5]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) ①소년법중 다음과 같이 개정한다. 제12조중 "소년감별소의 감별결과"를 "소년분류심사원의 분류심사결과"로 한다. 제18조제1항제3호 및 제5항중 "소년감별소"를 각각 "소년분류심사원"으로 한다. 제35조중 "소년감별소"를 "소년분류심사원"으로 한다.
②사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위 에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제3조의 제목중 "소년감별소장"을 "소년분류심사원장"으로 하고, 동조제2항중 "소년감별소 또는 그 지소의 장"을 "소년분류심사원 또는 그 지원의 장"으로, "소년감별소 또는 그 지소"를 "소년분류심사원 또는 그 지원"으로 한다. 제5조제2호중 "소년감별소 또는 그 지소의 장"을 "소년분류심사원 또는 그 지원의 장"으로 한다.
제6조제2호중 "소년감별소 또는 그 지소"를 "소년분류심사원 또는 그 지원"으로 한다.

부칙 [95·12·29]
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [96·12·12]
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [97·12·24]
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략

부칙 [2001.1.29. 법률제6400호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <43>생략
<44>소년원법중 다음과 같이 개정한다.
제29조제5항중 "교육부장관"을 "교육인적자원부장관"으로 한다.
<45> 내지 <79>생략
제4조 생략

부칙 [2004.1.20.]
이 법은 3월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.12.21 제8723호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(퇴원 신청에 관한 적용례) 제43조의 개정규정에 따른 퇴원 신청은 이 법 시행 후 최초로 소년원 송치처분을 받은 보호소년부터 적용한다.
제3조(소년보호위원에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 보호소년지도위원은 이 법에 따른 소년보호위원으로 본다.
제4조(다른 법률의 개정) ①보호관찰등에관한법율 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제3호, 제6조제2호, 제3장제3절의 제목, 제22조의 제목, 같은 조 제1항, 제23조의 제목, 같은 조 제1항·제2항, 제25조, 제29조제1항, 제30조제4호, 제42조제1항제2호, 제48조의 제목, 같은 조 제1항·제2항, 제50조제2항, 제51조제1항제3호 및 제53조제1항 중 “가퇴원”을 각각 “임시퇴원”으로 한다.
②약사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제4항제10호 중 “「소년원법」”을 “「보호소년 등의 처우에 관한 법률」”로 한다.
제5조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「소년원법」이나 그 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법이나 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2009.12.29 제9847호(감염병의 예방 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑥ 까지 생략
⑦ 보호소년 등의 처우에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제21조의 제목 중 "전염병"을 "감염병"으로 하고, 같은 조 제1항 및 제2항 중 "전염병"을 각각 "감염병"으로 한다.
⑧ 부터 <30> 까지 생략
제22조 생략

부 칙[2010.5.4 10274호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2010.6.4 제10339호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <42>까지 생략
<43> 보호소년 등의 처우에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조제3항 중 "노동부장관"을 "고용노동부장관"으로 한다.
<44>부터 <82>까지 생략
제5조 생략

부 칙[2011.4.5 제10541호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <123>까지 생략
<124> 보호소년 등의 처우에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제29조의2제2항 및 제3항 중 "교육과학기술부장관"을 각각 "교육부장관"으로 한다.
<125>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.7.30 제11953호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.1.7 제12190호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.3.29 제14105호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(국유재산특례의 유효기간) 제51조제4항부터 제6항까지의 개정규정은 2024년 12월 31일까지 효력을 가진다.
제3조(보호처분의 변경 대상자 범위에 관한 적용례) 제9조제5항의 개정규정은 이 법 시행 당시 보호처분의 변경 절차가 진행 중인 사건에 대해서도 적용한다.
제4조(보호소년등의 징계에 관한 적용례) 제15조의 개정규정은 이 법 시행 전에 행하여진 규율 위반 행위에 대해서도 적용한다.
제5조(보호소년등에 대한 면회 제한에 관한 적용례) 제18조제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행 후 제15조제1항제7호의 처분을 받은 경우부터 적용한다.

부 칙[2018.9.18 제15754호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2020.10.20 제17505호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제54조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(징계에 관한 적용례) 제15조제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 징계처분을 하는 경우부터 적용한다.
제3조(외래진료 시 비용 부담에 관한 적용례) 제20조의3제2항 후단의 개정규정은 이 법 시행 이후 의료재활소년원 출원생이 같은 항 전단의 개정규정에 따라 외래진료를 신청하는 경우부터 적용한다.
제4조(범죄경력자료 등의 조회 요청에 관한 적용례) 제54조의 개정규정은 이 법 시행 이후 퇴원하는 소년부터 적용한다.
제5조(다른 법률의 개정) ① 보호관찰 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항 중 "소년의료보호시설"을 "의료재활소년원"으로 한다.
② 소년법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제1항제7호 중 "소년의료보호시설"을 "의료재활소년원"으로 한다.
제41조 본문 중 "소년의료보호시설"을 "의료재활소년원"으로 한다.