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제39조(공제하지 아니하는 매입세액)
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. [개정 2014.1.1

, 2017.12.19

] [[시행일 2018.1.1]]
1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
3. 삭제 [2014.1.1

]
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
5. 「개별소비세법」 제1조제2항제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부 칙[2013.6.7 제11873호]
제1조(시행일) 이 법은 2013년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(신고·납부에 관한 적용례) 신고·납부에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세기간부터 적용한다.
제4조(직전 과세기간에 관한 특례) 제61조제2항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일이 속하는 과세기간의 직전 과세기간은 직전 연도의 제1기 및 제2기 과세기간 모두로 한다.
제5조(간이과세 및 일반과세의 적용시기에 관한 적용 특례) 이 법 시행일 직전 1역년의 공급대가가 제61조제1항에 따른 금액에 미달되거나 그 이상이 되어 같은 조에 따라 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 경우 그 적용기간은 제62조의 개정규정에도 불구하고 2013년 7월 1일부터 2014년 12월 31일까지로 한다.
제6조(간이과세자 예정부과·납부세액의 산정에 관한 특례) 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 제66조의 개정규정에 따라 간이과세자의 직전 과세기간의 납부세액을 산정하는 경우에는 직전 연도의 제1기 및 제2기 과세기간의 공급대가를 합산한 값에 제63조제2항의 개정규정에 따른 해당 업종의 부가가치율을 적용하여 산정한다.
제7조(여성용 생리처리 위생용품에 대한 부가가치세 면제에 관한 특례) 법률 제7007호 부가가치세법중개정법률 제12조제1항제3호의2에 따라 부가가치세의 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 같은 법의 시행 전에 취득한 재화를 이 법 시행 후 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 제10조제1항 및 제41조의 개정규정을 적용하지 아니한다.
제8조(특수관계자에 대한 사업용 부동산 등의 무상임대 공급 시 매입세액 공제에 관한 특례) 법률 제11129호 부가가치세법 일부개정법률 제7조제3항에 따라 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하던 자로서 그 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 감가상각자산에 대하여 이 법 시행일 현재 매입세액을 공제받지 아니한 경우에는 제43조의 개정규정을 준용하여 매입세액을 공제할 수 있다.
제9조(투자자문업 및 한국투자공사의 위탁자산 관리·운용용역에 대한 부가가치세 면제에 관한 특례) 대통령령 제19892호 부가가치세법 시행령 일부개정령 제33조제1항제4호아목 및 같은 항 제17호의4에 따라 부가가치세 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 2007년 2월 28일 전에 취득한 재화를 이 법 시행 후 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 사용하는 경우에는 제10조제1항의 개정규정을 적용하지 아니한다.
제10조(「노인장기요양보험법」에 따른 장기요양기관이 제공하는 용역에 대한 부가가치세 면제에 관한 특례) 대통령령 제20626호 부가가치세법 시행령 일부개정령 제29조제13호에 따라 부가가치세 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 2008년 7월 1일 전에 취득한 재화를 이 법 시행 후 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 사용하는 경우에는 제10조제1항의 개정규정을 적용하지 아니한다.
제11조(사회복지서비스이용권을 대가로 공급하는 용역에 대한 부가가치세 면제에 관한 특례) 대통령령 제21304호 부가가치세법 시행령 일부개정령 제29조제14호에 따라 부가가치세 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 2009년 2월 4일 전에 취득한 재화를 이 법 시행 후 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 사용하는 경우에는 제10조제1항의 개정규정을 적용하지 아니한다.
제12조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과하였거나 부과하여야 할 부가가치세 또는 환급하였거나 환급하여야 할 부가가치세에 대하여는 이 법의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제13조(일반과세자·간이과세자에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 일반과세자 또는 간이과세자에 해당하는 자는 이 법의 개정규정에 따른 일반과세자 또는 간이과세자로 본다.
제14조(사업자등록 등에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 사업자등록(사업자 단위 과세 사업자로의 변경등록 및 주사업장 총괄 납부 사업자로의 등록을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 신청하였거나 사업자등록을 한 경우에는 이 법에 따라 사업자등록을 신청하였거나 사업자등록을 한 것으로 본다.
② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 휴업, 폐업, 등록사항의 변경 신고 등을 한 경우에는 이 법에 따라 신고 등을 한 것으로 본다.
제15조(세금계산서 발급 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 재화나 용역을 공급한 분 또는 재화를 수입한 분에 대하여 이 법 시행 후에 세금계산서를 발급하여야 하거나 발급할 수 있는 경우에는 이 법의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제16조(부가가치세 예정신고 및 확정신고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부가가치세의 예정신고 또는 확정신고 등 부가가치세를 신고하고 납부한 자에 대하여는 이 법의 개정규정에 따라 부가가치세를 신고하고 납부한 것으로 본다.
제17조(가산세에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과하였거나 부과하여야 할 부가가치세에 대한 가산세에 관하여는 이 법의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제18조(다른 법률의 개정) ① 국세기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조제2항 단서 중 "「부가가치세법」 제18조제2항"을 "「부가가치세법」 제48조제3항"으로 한다.
제26조의2제1항제1호의2다목 중 "「부가가치세법」 제22조제3항 및 제6항"을 "「부가가치세법」 제60조제2항제2호·제3항 및 제4항"으로 한다.
제47조의2제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항 단서 중 "같은 법 제18조제1항, 제19조제1항 및 제27조"를 각각 "같은 법 제48조제1항, 제49조제1항 및 제67조"로 하고, 같은 조 제3항제2호 중 "「부가가치세법」 제29조"를 "「부가가치세법」 제69조"로 하며, 같은 조 제4항 중 "「부가가치세법」 제17조의2제3항 단서"를 "「부가가치세법」 제45조제3항 단서"로 한다.
제47조의3제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항제2호 각 목 외의 부분 단서 중 "같은 법 제18조제1항, 같은 조 제2항 단서, 제19조제1항 및 제27조"를 각각 "같은 법 제48조제1항·제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조"로 하고, 같은 조 제4항제2호 중 "「부가가치세법」 제17조의2제3항 단서"를 "「부가가치세법」 제45조제3항 단서"로 한다.
제47조의4제3항 중 "「부가가치세법」 제17조의2제3항 단서"를 "「부가가치세법」 제45조제3항 단서"로 한다.
제47조의5제2항제3호 중 "「부가가치세법」 제34조"를 "「부가가치세법」 제52조"로 한다.
제49조제1항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「부가가치세법」 제60조제1항(같은 법 제68조제2항에서 준용되는 경우를 포함한다), 같은 조 제2항제1호·제3호부터 제5호까지 및 같은 조 제5항부터 제8항까지의 규정에 따른 가산세
② 소득세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조제2항제2호 중 "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제32조"로 한다.
제78조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「부가가치세법」 제2조제3호에 따른 사업자가 같은 법 제48조·제49조·제66조 또는 제67조에 따라 신고한 경우
제81조제3항 각 호 외의 부분 단서 중 "「부가가치세법」 제22조제2항부터 제4항까지"를 "「부가가치세법」 제60조제2항·제3항·제5항·제6항"으로 하고, 같은 항 제3호 본문 중 "「부가가치세법」 제20조"를 "「부가가치세법」 제54조"로 한다.
제160조의2제2항제2호 중 "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제32조"로 한다.
제162조의3제4항 단서 중 "「부가가치세법」 제5조"를 "「부가가치세법」 제8조"로, "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제32조"로 한다.
제163조제2항 본문 중 "「부가가치세법」 제12조제1항제1호"를 "「부가가치세법」 제26조제1항제1호"로 한다.
제163조의2제1항 본문 중 "「부가가치세법」 제16조제1항 및 제5항"을 "「부가가치세법」 제32조제1항·제7항 및 제35조제1항"으로 하고, 같은 항 단서 중 "「부가가치세법」 제20조제4항"을 "「부가가치세법」 제54조제5항"으로 한다.
제164조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "「부가가치세법」 제4조에 따른 사업자단위과세사업자"를 "「부가가치세법」 제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자"로 한다.
제168조제3항 중 "「부가가치세법」 제5조"를 "「부가가치세법」 제8조"로 한다.
③ 법인세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항 후단 중 "「부가가치세법」 제5조"를 "「부가가치세법」 제8조"로 한다.
제25조제2항제2호 중 "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제32조"로 한다.
제66조제2항제3호다목 중 "「부가가치세법」 제32조의2"를 "「부가가치세법」 제46조제4항"으로 한다.
제76조제9항 각 호 외의 부분 후단 중 "「부가가치세법」 제22조제2항부터 제5항까지"를 "「부가가치세법」 제60조제2항·제3항·제5항부터 제7항까지"로 한다.
제111조제3항 중 "「부가가치세법」 제5조"를 "「부가가치세법」 제8조"로 한다.
제116조제2항제3호 중 "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제32조"로 한다.
제117조의2제4항 단서 중 "「부가가치세법」 제5조"를 "「부가가치세법」 제8조"로, "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제32조"로 한다.
제120조의3제1항 본문 중 "「부가가치세법」 제16조제1항 및 제5항"을 "「부가가치세법」 제32조제1항·제7항 및 제35조제1항"으로, "「부가가치세법」 제20조"를 "「부가가치세법」 제54조"로 하고, 같은 항 단서 중 "「부가가치세법」 제20조제4항"을 "「부가가치세법」 제54조제5항"으로 한다.
제121조제2항 본문 중 "「부가가치세법」 제12조제1항제1호"를 "「부가가치세법」 제26조제1항제1호"로 한다.
④ 주세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제10호 중 "「부가가치세법」 제3조제1항"을 "「부가가치세법」 제5조제1항"으로 한다.
제13조제1항제2호 및 같은 항 제7호 중 "「부가가치세법」 제3조제1항"을 각각 "「부가가치세법」 제5조제1항"으로 한다.
제15조제1항제4호 및 같은 조 제2항제4호 중 "「부가가치세법」 제3조제1항"을 각각 "「부가가치세법」 제5조제1항"으로 한다.
제16조제4항 중 "「부가가치세법」 제5조제5항"을 "「부가가치세법」 제8조제6항"으로 한다.
⑤ 증권거래세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조의2 중 "「부가가치세법」 제4조제3항에 따른 사업자단위과세사업자"를 "「부가가치세법」 제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자"로 한다.
⑥ 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제104조의7제3항 중 "「부가가치세법」 제6조"를 "「부가가치세법」 제9조 및 제10조"로 한다.
제104조의8제2항 단서를 다음과 같이 한다.
다만, 매출가액과 매입가액이 없는 「부가가치세법」 제2조제5호에 따른 일반과세자에 대하여는 본문을 적용하지 아니하며, 같은 조 제4호에 따른 간이과세자에 대하여는 공제세액이 납부세액에 같은 법 제63조제3항, 제64조 및 제65조에 따른 금액을 가감(加減)한 후의 금액을 초과할 때에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.
제104조의25제1항 본문 중 "「부가가치세법」 제13조제1항"을 "「부가가치세법」 제29조"로, "「부가가치세법」 제9조에 따른 거래시기"를 "「부가가치세법」 제15조에 따른 공급시기"로 한다.
제105조제1항제5호마목 중 "「부가가치세법」 제12조"를 "「부가가치세법」 제26조"로 하고, 같은 항 제6호가목 중 "「부가가치세법」 제12조"를 "「부가가치세법」 제26조"로 한다.
제105조의2제1항 각 호 외의 부분 중 "「부가가치세법」 제3조제4항"을 "「부가가치세법」 제2조제5호"로 하고, 같은 조 제2항 중 "「부가가치세법」 제32조"를 "「부가가치세법」 제36조"로 한다.
제106조제1항제9호의3 중 "「부가가치세법」 제25조제1항"을 "「부가가치세법」 제61조제1항"으로 하고, 같은 항 제11호 중 "「부가가치세법」 제12조"를 "「부가가치세법」 제26조"로 하며, 같은 조 제5항 중 "「부가가치세법」 제25조제1항제1호"를 "「부가가치세법」 제61조제1항제1호"로 한다.
제106조의3제3항제1호 중 "「부가가치세법」 제12조"를 "「부가가치세법」 제26조"로 하고, 같은 항 제2호 후단 중 "「부가가치세법」 제17조에 따라 공제받을 수 있는"을 "「부가가치세법」 제38조에 따른 공제하는"으로 하며, 같은 조 제9항 중 "「부가가치세법」 제17조를"을 "「부가가치세법」 제37조부터 제39조까지의 규정을"로 한다.
제106조의4제2항 중 "「부가가치세법」 제15조"를 "「부가가치세법」 제31조"로 하고, 같은 조 제3항제2호 중 "「부가가치세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제14조"를 "「부가가치세법」 제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조"로 하며, 같은 조 제4항 중 "「부가가치세법」 제19조의2"를 "「부가가치세법」 제50조"로 하고, 같은 조 제6항 중 "「부가가치세법」 제17조"를 "「부가가치세법」 제37조 및 제38조"로 하며, 같은 조 제8항 중 "「부가가치세법」 제18조, 제19조 및 제27조"를 "「부가가치세법」 제48조, 제49조, 제66조 및 제67조"로 한다.
제106조의5제1항 중 "「부가가치세법」 제17조제1항에 따른"을 "「부가가치세법」 제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라"로 하고, 같은 조 제2항 후단 중 "「부가가치세법」 제18조에 따른 예정신고 및 같은 법 제24조제2항에 따른 환급신고 시 이미 고금에 대한 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제19조"를 "「부가가치세법」 제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제59조제2항에 따른 환급신고 시 이미 고금에 대한 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제49조"로 한다.
제106조의6제1항 중 "「부가가치세법」 제18조, 제19조 및 제27조"를 "「부가가치세법」 제48조, 제49조, 제66조 및 제67조"로 한다.
제106조의8제1항 전단 중 "「부가가치세법」 제11조제1항제1호"를 "「부가가치세법」 제21조제1항"으로, "같은 법 제3조"를 "같은 법 제5조"로, "같은 법 제16조"를 "같은 법 제32조"로 하고, 같은 항 후단 중 "「부가가치세법」 제13조"를 "「부가가치세법」 제29조제1항"으로 하며, 같은 조 제2항 중 "「부가가치세법」 제22조"를 "「부가가치세법」 제60조"로 하고, 같은 조 제3항 중 "「부가가치세법」 제18조 및 제19조"를 "「부가가치세법」 제48조 및 제49조"로 한다.
제107조제7항 중 "「부가가치세법」 제11조를"을 "「부가가치세법」 제21조부터 제25조까지의 규정을"로 한다.
제108조제1항 중 "「부가가치세법」 제17조제1항에 따른"을 "「부가가치세법」 제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라"로 하고, 같은 조 제2항 후단 중 "「부가가치세법」 제18조에 따른 예정신고 및 같은 법 제24조제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제19조"를 "「부가가치세법」 제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제59조제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제49조"로 한다.
법률 제11614호 조세특례제한법 일부개정법률 제111조의4제1항 후단 중 "「부가가치세법」 제11조제1항제4호"를 "「부가가치세법」 제24조제1항"으로 한다.
제121조의23제1항 중 "「부가가치세법」 제6조"를 "「부가가치세법」 제9조 및 제10조"로 한다.
제126조의4제1항 중 "「부가가치세법」 제16조에도 불구하고"를 "「부가가치세법」 제32조에도 불구하고"로, "「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기"를 "「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기"로 하고, 같은 조 제2항 중 "「부가가치세법」 제17조제1항 및 제26조제3항"을 "「부가가치세법」 제37조, 제38조 및 제63조제3항"으로 한다.
제126조의5제2항 중 "「부가가치세법」 제32조의2제1항"을 "「부가가치세법」 제46조제1항 및 제2항"으로 한다.
⑦ 조세범 처벌법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제2항 중 "「부가가치세법」 제22조제3항제1호 및 제4항제2호"를 "「부가가치세법」 제60조제2항제2호 및 제6항제2호"로 한다.
제17조제1호나목 중 "「부가가치세법」 제35조제2항"을 "「부가가치세법」 제74조제2항"으로 한다.
⑧ 지방세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제65조 중 "「부가가치세법」 제1조"를 "「부가가치세법」 제4조"로 한다.
제66조 중 "「부가가치세법」 제2조"를 "「부가가치세법」 제3조"로 한다.
제67조 중 "「부가가치세법」 제4조에 따른 부가가치세의 신고·납세지"를 "「부가가치세법」 제6조에 따른 납세지"로 한다.
제68조 중 "「부가가치세법」 제23조제3항"을 "「부가가치세법」 제58조제2항"으로 한다.
제70조제1항 중 "「부가가치세법」 제32조의6"을 "「부가가치세법」 제72조"로 하고, 같은 조 제2항 중 "「부가가치세법」 제18조, 제19조, 제19조의2, 제27조 및 제34조"를 "「부가가치세법」 제48조부터 제50조까지, 제52조, 제66조 및 제67조"로 한다.
⑨ 관세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제266조제2항 중 "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제32조 및 제35조"로 한다.
⑩ 상가건물 임대차보호법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항 중 "「부가가치세법」 제5조"를 "「부가가치세법」 제8조"로 한다.
⑪ 대외무역법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제1항 중 "「부가가치세법」 제11조제1항제4호"를 "「부가가치세법」 제24조"로 한다.
⑫ 공직자윤리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항제1호 중 "「부가가치세법」 제13조"를 "「부가가치세법」 제29조"로 한다.
⑬ 석유 및 석유대체연료 사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제39조제4항제1호 중 "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제32조"로 한다.
⑭ 식품위생법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제37조제7항 중 "「부가가치세법」 제5조"를 "「부가가치세법」 제8조"로 한다.
제75조제3항제2호 중 "「부가가치세법」 제5조"를 "「부가가치세법」 제8조"로 한다.
제19조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「부가가치세법」 또는 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 대신하여 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부 칙[2013.7.26 제11944호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(수정수입세금계산서 발급에 관한 적용례) 제35조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수정신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다.

부 칙[2013.12.24 제12113호]
제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(부가가치세 세액에 관한 적용례) 제72조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세기간에 납부 또는 환급하는 분부터 적용한다.

부 칙[2014.1.1 제12167호]
제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(간이과세자의 과세기간 등에 관한 적용례) 제5조제4항, 제62조제1항·제2항 및 제66조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 1역년의 공급대가의 합계액이 제61조제1항에 따른 금액에 미달하거나 그 이상이 되는 경우부터 적용한다.
제4조(재화 공급의 특례에 관한 적용례) 제10조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다.
제5조(사업의 포괄양도에 따른 사업양수자의 부가가치세 대리납부에 관한 적용례) 제10조제8항제2호 단서, 제38조제1항제1호 및 제52조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 사업을 양도하는 분부터 적용한다.
제6조(현금매출명세서 등의 제출에 관한 적용례) 제55조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다.
제7조(간이과세와 일반과세의 적용기간에 관한 적용 특례) ① 제62조제1항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 직전 1역년의 공급대가의 합계액이 제61조제1항에 따른 금액 이상이 되어 종전의 제62조제1항에 따른 기간에 간이과세자에 관한 규정이 적용되지 아니하는 경우로서 이 법 시행일이 속하는 해의 1역년의 공급대가의 합계액이 제61조제1항에 따른 금액에 미달하여 제62조제1항의 개정규정에 따른 기간에 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 경우에는 간이과세의 적용기간을 2016년 1월 1일부터 2016년 6월 30일까지로 한다.
② 제62조제1항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 직전 1역년의 공급대가의 합계액이 제61조제1항에 따른 금액에 미달하여 종전의 제62조제1항에 따른 기간에 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 경우로서 이 법 시행일이 속하는 해의 1역년의 공급대가의 합계액이 제61조제1항에 따른 금액 이상이 되어 제62조제1항의 개정규정에 따른 기간에 간이과세자에 관한 규정이 적용되지 아니하게 된 경우에는 일반과세의 적용기간을 2016년 1월 1일부터 2016년 6월 30일까지로 한다.
제8조(부가가치세가 면제되는 재화 등의 공급 시 매입세액 공제에 대한 경과조치) 이 법 시행 전에 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급하거나 공급받은 경우에는 제39조제1항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2014.12.23 제12851호]
제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제53조의2의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(사업자등록에 관한 적용례) 제8조제9항제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 「개별소비세법」 제21조제2항 및 제3항 또는 「교통·에너지·환경세법」 제18조제3항 및 제4항에 따른 사업자단위과세사업자 신고를 하는 분부터 적용한다.
제4조(간이과세자의 예정부과와 납부에 관한 적용례) 제66조제1항의 개정규정은 2015년 1월 1일 이후 개시하는 간이과세자의 과세기간부터 적용한다.
제5조(전자적 용역을 공급하는 국외사업자의 사업 개시에 관한 경과조치) 제53조의2제3항의 개정규정을 적용할 때에 국내에 전자적 용역을 공급하는 사업의 개시일이 2015년 6월 30일 이전인 경우에는 2015년 7월 1일부터 그 사업을 개시한 것으로 보고, 제53조의2제3항 후단에 따라 2015년 7월 20일까지 간편사업자등록을 신청하여야 한다.

부 칙[2015.8.11 제13474호(공동주택관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제33조까지 생략
제34조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑧까지 생략
⑨ 부가가치세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항제13호 중 "「주택법」 제44조제2항"을 "「공동주택관리법」 제18조제2항"으로, "제2조제14호"를 "제2조제1항제10호"로, "제43조제3항"을 "제2조제1항제8호"로, "같은 법 제2조제9호"를 "「주택법」 제2조제9호"로 한다.
⑩부터 <16>까지 생략
제35조 생략

부 칙[2015.12.15 제13556호]
제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제53조의2제1항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예에 관한 적용례) 제35조제1항 및 제50조의2의 개정규정은 이 법 시행 이후 납부유예를 신청한 중소사업자가 2016년 7월 1일 이후 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제4조(전자적 용역을 공급하는 국외사업자의 용역 공급에 관한 적용례) 제53조의2제1항의 개정규정은 같은 개정규정 시행일이 속하는 과세기간에 용역을 공급하는 분부터 적용한다.

부 칙[2016.1.19 제13805호(주택법)]
제1조(시행일) 이 법은 2016년 8월 12일부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ①부터 <34>까지 생략
<35> 부가가치세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항제13호 중 "「주택법」 제2조제9호"를 "「주택법」 제2조제14호"로 한다.
<36>부터 <86>까지 생략
제22조 생략

부 칙[2016.12.20 제14387호]
제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예에 관한 적용례) 제50조의2의 개정규정은 이 법 시행 이후 납부유예를 신청하여 납부를 유예받은 중견사업자가 2017년 4월 1일 이후 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제4조(대리납부에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 사업을 양수받은 경우에는 제52조제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제5조(가산세에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분에 대해서는 제60조제2항·제6항 및 제7항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2017.12.19 제15223호]
제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(재화의 공급으로 보지 아니하는 신탁재산의 이전에 관한 적용례) 제10조제9항제4호의 개정규정은 이 법 시행 이후 신탁재산을 이전하는 경우부터 적용한다.
제4조(수입세금계산서에 관한 적용례) 제35조제2항 및 제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 세관장이 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 수정신고하는 분부터 적용한다.
제5조(대리납부에 관한 적용례) 제52조제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 제10조제9항제2호 본문에 따라 사업을 양도하는 경우부터 적용한다.
제6조(가산세에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분에 대해서는 제60조제3항 및 같은 조 제9항제4호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.