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제31조(보호구역)
①정치망어업(定置網漁業)의 어업권을 보호하기 위하여 보호구역을 둔다.
②제1항의 보호구역에서 어업권의 행사에 방해가 되는 행위를 제한하거나 금지하는 것에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하며, 제1항의 보호구역의 범위에 관하여 필요한 사항은 해양수산부령으로 정한다.

부칙 [2007.4.11 제8377호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제15조제13항의 개정규정은 2007년 7월 4일부터 시행하고, 부칙 제15조제4항의 개정규정은 2007년 7월 27일부터 시행하며, 부칙 제15조제24항의 개정규정은 2008년 1월 20일부터 시행한다.
제2조(선박의 총톤수에 관한 경과조치) 법률 제4252호 수산업법개정법률 시행일인 1991년 2월 2일 당시 법률 제3641호 선박법개정법률 부칙 제3조 본문에 따라 「선박법」의 종전 규정에 따라 이미 총톤수가 측정된 어선에 대하여는 1991년 2월 2일 이후 다시 측정할 때까지는 제43조제1항 및 제2항의 개정규정 중 “8톤”을 “10톤”으로 본다.
제3조(이미 담보로 제공된 어업권에 관한 경과조치) 법률 제4252호 수산업법개정법률 시행일인 1991년 2월 2일 전에 어촌계 또는 지구별조합이 가진 어업권으로서 법률 제4252호 수산업법개정법률 전의 규정에 따라 이미 담보로 제공된 어업권(공동어업권을 제외한다)은 제23조의 개정규정에도 불구하고 법률 제4252호 수산업법개정법률 전의 규정을 적용한다.
제4조(주소이전에 관한 경과조치) 법률 제4252호 수산업법개정법률 시행일인 1991년 2월 2일 당시 어업권의 잔여기간이 2년 미만인 어업권을 가진 자로서 그 이업권의 유효기간이 끝남에 따라 그 어업권의 유효기간 만료일부터 소급하여 1년 이내에 그 수면에서 같은 종류의 어업권을 새롭게 받기 위하여 그 수면이 위치하는 시·도의 관할구역 안으로 주소를 옮긴 자는 제15조 제3항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 그 시·도의 관할 구역 안에서 1년 전부터 계속하여 주소를 가진 것으로 본다.
제5조(입어자에 대한 경과조치) ①법률 제4252호 수산업법개정법률 시행일인 1991년 2월 2일 당시 종전의 규정에 따라 입어자로 등록된 자는 이 법에 따른 입어자로 본다.
②법률 제4252호 수산업법개정법률 시행일인 1991년 2월 2일 당시 공동어업의 어장 안에서 입어관행이 있는 것으로 인정되는 자로서 종전의 규정에 따라 어업권원부에 입이자로 등록하지 아니한 자는 법률 제4252호 수산업법개정법률 시행일인 1991년 2월 2일부터 2년 이내에 법률 제4252호 수산업법개정법률 제16조에 따라 어업권원부에 등록을 한 경우에 한정하여 입어 자로 본다.
제6조(보호수면에 관한 경과조치) ①법률 제4252호 수산업법개정법률 시행일이 1991년 2월 2일 당시 종전의 규정에 따라 지정된 보호수면은 이 법에 따라 지정된 보호수면으로 본다.
②법률 제4252호 수산업법개정법률 시행일인 1991년 2월 2일 당시 보호수면에서 행하여지는 어로행위는 그 보호수면 지정기간이 끝나는 날까지는 종전의 규정에 따른다. 다만, 법률 제4252호 수산업법개정법률 시행일인 1991년 2월 2일부터 2년이 지난 때에는 그 보호수면에서는 제67조제2항의 개정규정에 따른 어로행위를 하여서는 아니 된다.
제7조(면허어업의 유효기간 연장에 관한 경과조치) 법률 제5977호 수산업법중개정법률 시행일인 1999년 4월 15일 당시 면허를 받았거나 면허의 연장허가를 받은 어업면허의 유효기간의 연장허가에 관하여는 제16조제2항의 개정규정에도 불구하고 법률 제5977호 수산업법중개정법 률 전의 해당 규정에 따른다.
제8조(시험어업에 관한 경과조치) 법률 제5977호 수산업법중개정 법률 시행일인 1999년 4월 15일 당시 종전의 규정에 따라 허가 받은 시험어업은 그 허가의 유효기간이 끝날 때까지는 제44조제1항의 개정규정에도 불구하고 그 허가가 유효한 것으로 본다.
제9조(어획물운반업 및 수산물가공업에 관한 경과조치) 법률 제5977호 수산업법중개정법률 시행일인 1999년 4월 15일 당시 종전의 규정에 따라 어획물운반업 또는 수산물가공업의 허가를 받은 자는 제49조제1항 및 제51조의 개정규정에 따라 어획물운반업 또는 수산물가공업의 등록을 한 자로 본다.
제10조(토지등의 사용허가에 대한 보상에 관한 경과조치) 법률 제5977호 수산업법중개정법률 시행일인 1999년 4월 15일 당시 종전의 제64조 또는 제65조에 따른 행위로 인한 손실보상에 관하여는 법률 제5977호 수산업법중개정법률 제83조에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제11조(유료낚시터 또는 체험어장에 관한 경과조치) 법 률 제6398호 수산업법중개정법률 시행일인 2001년 10월 1일 당시 종전의 규정에 따라 지정받은 유료낚시터 또는 체험어장은 제57조의 개정규정에 따라 지정받은 유어장으로 본다.
제12조(육상어업 등의 신고를 한 자에 대한 경과조치) 법률 제7314호 수산업법중개정법률 시행일인 2005년 7월 1일 당시 종전의 규정에 따라 육상양식어업 또는 육상종묘생산어업의 신고를 한 자는 그 신고어업의 유효기간이 끝나는 날까지는 제43조제2항의 개정규정에 따라 지정받은 육상양식어업 또는 육상종묘생산 어업의 허가를 받은 것으로 본다.
제13조(처분 등에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 행적기관의 행위나 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위로 본다.
제14조(벌칙이나 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.
제15조(다른 법률의 개정) ①골재채취법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제1항제11호 중 “수산업법제69조”를 “「수산업법」 제67조”로 한다.
②공유수면매입법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제2호 중 “수산업법 제2조제7호”를 “「수산업법」 제2조 제10호”로 한다.
제16조제1항제6호 중 “수산업법 제69조”를 “「수산업법」 제67조”로 한다.
③기르는어업육성법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제2호 중 “수산업법 제14조”를 “「수산업법」 제16조”로 하고, 같은 항 제3호 중 “수산업법 제41조”를 “「수산업법」 제43조”로 하며, 같은 항 제4호 중 “수산업법 제44조”를 “「수산업법」 제46조”로 하고, 같은 항 제5호 중 “수산업법 제79조제3항 단서”를 “「수산업법」 제77조제3항 단서”로 한다.
제12조제2항제3호 중 “수산업법 제41조제1항제2호”를 “「수산업법」 제43조제1항제2호”로 하고, 같은 항 제4호 중 “수산업법 제44조”를 “「수산업법」 제46조”로 한다.
제12조제4항 전단 중 “수산업법 제79조제1항”을 “「수산업법」 제77조제1항”으로 한다.
④법률 제8298호 기르는 어업육성법 일부개정법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제2항제1호 중 “같은 법 제41조제2항제3호”를 “같은 법 제43조제2항제3호”로 한다.
⑤내수면어업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항 중 “수산업법 제16조제1항”을 “「수산업법」 제19조제1항”으로 하고, 같은 조 제2항 중 “수산업법 제15조제2항 및 제3항”을 “「수산업법」 제18조제2항과 제3항”으로 한다.
제10조제4항 중 “「수산업법」 제89조”를 “「수산업법」 제86조”로 한다.
제16조제1항제1호 중 “수산업법 제34조제1항제1호 내지 제4호·제6호 및 제7호”를 “「수산업법」 제36조제1항제1호부터 제4호까지, 제7호, 제8호”로 하고, 같은 항 제3호 중 “수산업법 제35조제1호·제2호 및 제5호 내지 제7호의 1”을 “「수산업법」 제37조제1호부터 제5호까지의 규정의 어느 하나”로 하며, 같은 항 제4호 중 “수산업법 제79조제1항제5호”를 “「수산업법」 제77조제1항제4호”로 한다.
제21조제1항제1호 중 “수산업법 제34조제1항제1호 내지 제4호”를 각각 “「수산업법」 제36조제1항제1호부터 제4호까지의 규정”으로 하고, 같은 항 제1호의2 중“「수산업법」 제34조제1항제1호 내지 제4호”를 “「수산업법」 제36조제1항제1호부터 제4호까지의 규정”으로, “「수산업법」 제34조제1항제5호”를 “「수산업법」 제36조제1항제5호”로 한다.
제21조제1항제2호 중 “수산업법 제62조제2항”을 “「수산업법」 제63조제2항”으로 하고, 같은 항 제3호 중 “수산업법 제74조제2항”을 “「수산업법」 제72조제2항”으로 하며, 같은 조 제2항 중 “수산업법 제81조제2항 내지 제4항”을 “「수산업법」 제79조제2항 내지 제4항”으로 한다.
⑥농림수산업자신용보증법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제4호의2 중 “수산업법 제41조제1항제2호”를 “「수산업법」 제43조제1항제2호”로 한다.
⑦농림어업인 삶의 질 향상 및 농산어촌지역 개발촉진에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2호 중 “수산업법 제2조제8호”를 “「수산업법」 제2조제11호”로 한다.
⑧농어업인 부채경감에 관한 특별조치법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 중 “수산업법 제2조제8호”를 “「수산업법」 제2조제11호”로, “동법 제9조의2”를 “같은 법 제10조”로 한다.
⑨농어업재해대책법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제9호 중 “수산업법 제9조의2”를 “「수산업법」 제10조”로 한다.
⑩농어촌주민의 보건복지증진을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호 중 “수산업법 제2조제8호”를 “「수산업법」 제2조제11호”로 한다.
⑪배타적 경제수역에서의 외국인어업 등에 대한 주권적 권리의 행사에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항 중 “수산업법 제54조의2”를 “「수산업법」 제56조”로 한다.
⑫산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조제6항제18호 중 “수산업법 제49조제1항”을 “「수산업법」 제51조”로 한다.
⑬법률 제8222호 선박직원법 일부개정법률 일부를 다음과 같이한다.
제6조제5호 및 부칙 제2항 중 “「수산업법」 제61조제1항의 규정에 따라”를 각각 “「수산업법」 제62조제1항에 따라”로 한다.
⑭수산물품질관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 “수산업법 제79조제1항제5호”를 “「수산업법」 제77조제1항제4호” 로 한다.
제24조의3제2항 본문 중 “수산업법 제18조”를 “「수산업법」 제21조”로 한다.
제29조제5항제3호 중 “수산업법 제41조제1항제2호”를 “「수산업법」 제43조제1항제2호”로 한다.
제51조제2항 및 제52조 중 “수산업법 제9조의2”를 각각 “「수산업법」 제10조”로 한다.
⑮수산업협동조합법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 “수산업법 제2조제2호”를 “「수산업법」 제2조제2호와 제4호”로 하고, 같은 조 제3호 중 “수산업법 제2조제8호”를 “「수산업법」 제2조제11호와 제16호”로 한다.
<16>어선원및어선재해보상보험법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항제1호 중 “수산업법 제41조제1항제2호”를 “「수산업법」 제43조제1항제2호”로 하고, 같은 항 제2호 중 “수산업법 제46조제1항제3호”를 “「수산업법」 제49조제1항제3호”로 한다.
<17>이업협정체결에 따른 이업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 중 “수산업법 제41조”를 “「수산업법」 제43조”로, “동법 제46조”를 “같은 법 제49조”로 한다.
<18>어촌·어항법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제7호 중 “「수산업법」 제69조”를 “「수산업법」 제67조”로 한다.
<19>연안관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제1항제8호 중 “수산업법 제69조”를 “「수산업법」 제67조”로 한다.
<20>외국인투자촉진법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1 제10호마목 중 “수산업법 제41조제2항”을 “「수산업법」 제43조제2항”으로 하고, 제11호러목 중 “수산업법 제49조제1항”을 “「수산업법」 제51조”로 한다.
<21>자유무역협정체결에따른농어업인등의지원에관한특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호 중 “「수산업법」 제2조제8호”를 “「수산업법」 제2조제12호”로, “동법 제9조의2”를 “같은 법 제10조”로 한다.
<22>제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제209조제1항 중 “「수산업법」 제41조”를 “「수산업법」 제43조”로, “동법 제44조”를 “같은 법 제46조”로, “동법 제44조의2제 1항 내지 제3항의 규정”을 “같은 법 제47조제1항에서 제3항까지의 규정”으로 한다.
제209조제2항 중 “「수산업법」 제41조제4항”을 “「수산업법」 제43조제4항”으로, “제44조제1항·제2항 단서 및 제44조의2제4항”을 “제46조제1항·제2항 단서 및 제47조제4항”으로 한다.
제212조제3항 중 “「수산업법」 제89조”를 “「수산업법」 제86조”로 한다.
<23>해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제53조제1항 단서 중 “「수산업법」 제81조”를 “「수산업법」 제79조”로 한다.
<24>법률 제8260호 해양환경관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
부칙 제23조제8항 중 “제82조제1항중 “해양오염방지법 제2조제10호의 규정에 따른 해양시설”을 “제80조제1항제2호 중 “「해양오염방지법」 제2조제10호의 해양시설”로 한다.
제16조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「수산업법」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2007.7.27 제8564호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제53조제1항제10호·제58조의2·제89조제1항 및 제96조제1호의2의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행하고, 제67조의2부터 제67조의4까지·제94조의2 및 부칙 제4조의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(수산자원보호구역에 관한 경과조치) ①부칙 제1조 단서에 따른 부칙 제4조의 시행 당시 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 수산자원보호구역 안에서의 행위제한 등과 관련하여 행하여진 건축물이나 그 밖의 시설의 건축 등의 허가는 이 법 제67조의3제2항의 개정규정에 따라 관리관청이 행한 것으로 본다.
②부칙 제1조 단서에 따른 부칙 제4조의 시행 당시 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 수산자원보호구역 안에서의 행위제한 등과 관련하여 행한 원상회복 명령은 이 법 제67조의3제3항의 개정규정에 따라 관리관청이 행한 것으로 본다.
제3조(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙의 적용은 종전의 규정에 따른다.
제4조(다른 법률의 개정) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조제4항 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”으로 한다.
제25조제2항 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”으로 한다.
제27조제2항 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”으로 한다.
제28조제1항 본문 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”으로 한다.
제29조제2항 각 호 외의 부분에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 제6호의 도시관리계획은 해양수산부장관이 결정한다.
제30조제1항 전단 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”으로 한다.
제32조제3항 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”으로 한다.
제33조제2항 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다)”으로 한다.
제35조제2항 전단 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다)”으로 한다.
제40조 중 “건설교통부장관”을 “해양수산부장관”으로 한다.
제76조제5항에 제5호를 다음과 같이 신설한다.
5. 자연환경보전지역 중 수산자원보호구역인 경우에는 「수산업법」으로 정하는 바에 따른다.
제82조를 삭제한다.
제137조제1항 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다)”으로 한다.
제138조제1항 중 “건설교통부장관”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”으로 한다.
제139조제1항 중 “건설교통부장관의 권한”을 “건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 권한”으로 한다.
제141조제5호를 삭제한다.

부칙 [2007.8.3 제8626호(원양산업발전법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조~제5조 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①수산업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제7호를 삭제 한다.
제43조제1항제2호를 삭제한다.
② 생략
제7조 생략